# TARGET T0094 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0094.remote-t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.38294 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.01 0.24 0.74 2 E 0.01 0.69 0.30 3 E 0.01 0.77 0.21 4 V 0.02 0.77 0.21 5 K 0.03 0.77 0.20 6 K 0.05 0.71 0.24 7 D 0.12 0.56 0.33 8 V 0.28 0.44 0.28 9 Y 0.49 0.30 0.21 10 S 0.63 0.24 0.12 11 V 0.71 0.16 0.13 12 W 0.66 0.11 0.22 13 A 0.46 0.08 0.47 14 L 0.20 0.03 0.77 15 P 0.04 0.04 0.92 16 D 0.01 0.43 0.57 17 E 0.00 0.55 0.44 18 E 0.00 0.61 0.39 19 S 0.00 0.63 0.36 20 E 0.00 0.82 0.18 21 P 0.00 0.90 0.09 22 R 0.00 0.94 0.06 23 F 0.00 0.98 0.02 24 K 0.00 0.99 0.01 25 K 0.00 0.99 0.01 26 L 0.00 0.99 0.01 27 M 0.00 0.98 0.02 28 E 0.00 0.98 0.02 29 A 0.00 0.97 0.03 30 L 0.00 0.94 0.06 31 R 0.00 0.93 0.07 32 S 0.01 0.88 0.12 33 E 0.01 0.78 0.21 34 F 0.02 0.43 0.55 35 T 0.01 0.25 0.74 36 G 0.01 0.09 0.90 37 P 0.06 0.08 0.86 38 R 0.25 0.05 0.70 39 F 0.42 0.04 0.54 40 V 0.36 0.03 0.62 41 P 0.27 0.03 0.71 42 H 0.33 0.03 0.64 43 V 0.64 0.02 0.34 44 T 0.77 0.01 0.21 45 V 0.82 0.01 0.16 46 A 0.69 0.02 0.29 47 V 0.57 0.03 0.40 48 S 0.39 0.05 0.56 49 A 0.40 0.05 0.56 50 Y 0.45 0.06 0.48 51 L 0.33 0.06 0.61 52 T 0.14 0.06 0.80 53 A 0.02 0.68 0.30 54 D 0.01 0.79 0.21 55 E 0.00 0.92 0.07 56 A 0.00 0.95 0.04 57 K 0.00 0.98 0.02 58 K 0.00 0.99 0.01 59 M 0.00 0.99 0.01 60 F 0.00 0.99 0.01 61 E 0.00 0.99 0.01 62 S 0.00 0.98 0.02 63 A 0.01 0.94 0.05 64 C 0.01 0.86 0.12 65 D 0.03 0.68 0.29 66 G 0.10 0.41 0.49 67 L 0.36 0.15 0.49 68 K 0.56 0.09 0.35 69 A 0.58 0.07 0.36 70 Y 0.37 0.03 0.60 71 T 0.34 0.02 0.63 72 A 0.51 0.03 0.46 73 T 0.66 0.03 0.31 74 V 0.52 0.07 0.41 75 D 0.43 0.08 0.49 76 R 0.43 0.10 0.46 77 V 0.50 0.11 0.39 78 S 0.44 0.11 0.46 79 T 0.15 0.17 0.67 80 G 0.10 0.20 0.69 81 T 0.22 0.28 0.50 82 F 0.40 0.21 0.39 83 F 0.56 0.17 0.27 84 F 0.67 0.10 0.24 85 Q 0.72 0.08 0.21 86 C 0.81 0.07 0.12 87 V 0.89 0.05 0.06 88 F 0.89 0.06 0.04 89 L 0.85 0.08 0.07 90 L 0.82 0.05 0.14 91 L 0.53 0.09 0.38 92 Q 0.25 0.10 0.65 93 T 0.16 0.22 0.63 94 T 0.12 0.36 0.52 95 P 0.11 0.64 0.25 96 E 0.11 0.74 0.15 97 V 0.11 0.78 0.11 98 M 0.06 0.84 0.10 99 E 0.03 0.84 0.13 100 A 0.01 0.84 0.14 101 G 0.02 0.66 0.32 102 E 0.04 0.66 0.30 103 H 0.05 0.69 0.26 104 C 0.10 0.59 0.32 105 K 0.07 0.69 0.24 106 N 0.07 0.73 0.20 107 H 0.12 0.66 0.22 108 F 0.30 0.33 0.37 109 N 0.45 0.21 0.34 110 C 0.39 0.21 0.40 111 S 0.21 0.17 0.62 112 T 0.07 0.12 0.81 113 T 0.09 0.10 0.82 114 T 0.39 0.08 0.53 115 P 0.57 0.07 0.36 116 Y 0.61 0.04 0.35 117 M 0.30 0.03 0.68 118 P 0.12 0.02 0.86 119 H 0.05 0.04 0.92 120 L 0.01 0.88 0.12 121 S 0.01 0.92 0.08 122 L 0.01 0.91 0.08 123 L 0.02 0.83 0.15 124 Y 0.03 0.78 0.19 125 A 0.04 0.56 0.40 126 E 0.03 0.38 0.59 127 L 0.03 0.19 0.79 128 T 0.01 0.12 0.87 129 E 0.00 0.97 0.03 130 E 0.00 0.96 0.04 131 E 0.00 0.97 0.03 132 K 0.00 0.94 0.05 133 K 0.00 0.95 0.05 134 N 0.00 0.93 0.06 135 A 0.00 0.91 0.09 136 Q 0.01 0.88 0.11 137 E 0.01 0.88 0.11 138 K 0.02 0.84 0.14 139 A 0.06 0.76 0.18 140 Y 0.16 0.52 0.33 141 T 0.22 0.37 0.41 142 L 0.22 0.31 0.47 143 D 0.11 0.22 0.68 144 S 0.05 0.17 0.78 145 S 0.04 0.12 0.84 146 L 0.04 0.03 0.93 147 D 0.05 0.05 0.90 148 G 0.15 0.05 0.80 149 L 0.25 0.06 0.68 150 S 0.41 0.07 0.52 151 F 0.51 0.11 0.38 152 R 0.61 0.09 0.31 153 L 0.64 0.13 0.23 154 N 0.63 0.10 0.27 155 R 0.65 0.14 0.21 156 L 0.64 0.18 0.17 157 A 0.72 0.20 0.08 158 L 0.78 0.13 0.09 159 C 0.66 0.14 0.20 160 K 0.48 0.10 0.42 161 T 0.19 0.07 0.74 162 D 0.08 0.06 0.86 163 T 0.02 0.11 0.87 164 E 0.02 0.15 0.83 165 D 0.03 0.26 0.72 166 K 0.05 0.20 0.75 167 T 0.09 0.22 0.69 168 L 0.07 0.30 0.64 169 E 0.10 0.22 0.68 170 T 0.18 0.20 0.62 171 W 0.30 0.30 0.40 172 E 0.53 0.17 0.29 173 T 0.61 0.16 0.23 174 V 0.71 0.13 0.16 175 A 0.80 0.09 0.11 176 V 0.77 0.12 0.11 177 C 0.69 0.09 0.22 178 N 0.37 0.07 0.56 179 L 0.18 0.05 0.76 180 N 0.03 0.04 0.92 181 P 0.01 0.01 0.98