# TARGET T0089 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0089.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 62.5276 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.106 0.087 0.807 2 I 0.148 0.080 0.773 3 D 0.160 0.120 0.720 4 L 0.124 0.252 0.623 5 S 0.115 0.274 0.611 6 K 0.144 0.193 0.664 7 T 0.146 0.043 0.811 8 V 0.407 0.006 0.586 9 F 0.864 0.002 0.133 10 Y 0.963 0.002 0.035 11 T 0.990 0.002 0.009 12 S 0.986 0.002 0.012 13 I 0.940 0.002 0.058 14 D 0.677 0.007 0.316 15 I 0.173 0.043 0.784 16 G 0.078 0.035 0.887 17 S 0.225 0.102 0.672 18 R 0.259 0.145 0.596 19 Y 0.530 0.060 0.410 20 I 0.766 0.023 0.211 21 K 0.887 0.008 0.105 22 G 0.983 0.004 0.013 23 L 0.983 0.005 0.012 24 V 0.987 0.002 0.010 25 L 0.970 0.001 0.029 26 G 0.911 0.001 0.088 27 K 0.756 0.003 0.242 28 R 0.271 0.005 0.724 29 D 0.086 0.004 0.910 30 Q 0.056 0.003 0.941 31 E 0.600 0.002 0.398 32 W 0.902 0.001 0.098 33 E 0.978 0.001 0.022 34 A 0.993 0.001 0.006 35 L 0.977 0.002 0.021 36 A 0.904 0.003 0.093 37 F 0.582 0.012 0.406 38 S 0.316 0.030 0.653 39 S 0.364 0.106 0.530 40 V 0.222 0.227 0.550 41 K 0.133 0.326 0.540 42 S 0.104 0.372 0.524 43 R 0.106 0.349 0.545 44 G 0.122 0.292 0.586 45 L 0.138 0.229 0.632 46 D 0.106 0.273 0.621 47 E 0.060 0.303 0.637 48 G 0.075 0.121 0.804 49 E 0.211 0.124 0.665 50 I 0.244 0.189 0.567 51 K 0.186 0.173 0.642 52 D 0.073 0.202 0.725 53 A 0.001 0.977 0.022 54 I 0.001 0.989 0.011 55 A 0.001 0.993 0.007 56 F 0.001 0.992 0.007 57 K 0.001 0.995 0.005 58 E 0.001 0.995 0.005 59 S 0.001 0.995 0.005 60 V 0.001 0.991 0.008 61 N 0.001 0.991 0.009 62 T 0.001 0.987 0.013 63 L 0.001 0.977 0.022 64 L 0.001 0.981 0.019 65 K 0.001 0.979 0.021 66 E 0.001 0.972 0.027 67 L 0.002 0.958 0.040 68 E 0.002 0.961 0.037 69 E 0.002 0.951 0.047 70 Q 0.005 0.906 0.089 71 L 0.005 0.818 0.177 72 Q 0.009 0.094 0.896 73 K 0.106 0.055 0.838 74 S 0.465 0.041 0.494 75 L 0.476 0.034 0.490 76 R 0.274 0.041 0.685 77 S 0.180 0.035 0.785 78 D 0.370 0.047 0.583 79 F 0.782 0.024 0.194 80 V 0.879 0.018 0.103 81 I 0.896 0.016 0.088 82 S 0.750 0.017 0.232 83 F 0.428 0.035 0.537 84 S 0.161 0.031 0.808 85 S 0.100 0.065 0.834 86 V 0.183 0.097 0.720 87 S 0.407 0.107 0.486 88 F 0.539 0.073 0.388 89 E 0.647 0.043 0.310 90 R 0.623 0.033 0.343 91 E 0.469 0.031 0.500 92 D 0.430 0.012 0.558 93 T 0.566 0.008 0.426 94 V 0.818 0.003 0.179 95 I 0.950 0.002 0.048 96 E 0.969 0.002 0.029 97 R 0.965 0.002 0.033 98 D 0.867 0.003 0.130 99 F 0.615 0.004 0.381 100 G 0.267 0.009 0.724 101 E 0.069 0.017 0.914 102 E 0.068 0.031 0.901 103 K 0.105 0.014 0.880 104 R 0.223 0.013 0.764 105 S 0.495 0.018 0.487 106 I 0.580 0.021 0.399 107 T 0.281 0.025 0.695 108 L 0.007 0.935 0.058 109 D 0.002 0.956 0.042 110 I 0.001 0.976 0.023 111 L 0.001 0.980 0.020 112 S 0.001 0.988 0.012 113 E 0.001 0.990 0.010 114 M 0.001 0.989 0.011 115 Q 0.001 0.982 0.018 116 S 0.001 0.982 0.018 117 E 0.001 0.964 0.035 118 A 0.002 0.931 0.067 119 L 0.004 0.900 0.096 120 E 0.011 0.769 0.219 121 K 0.031 0.593 0.376 122 L 0.072 0.273 0.656 123 K 0.059 0.136 0.805 124 E 0.029 0.049 0.922 125 N 0.039 0.043 0.917 126 G 0.172 0.023 0.806 127 K 0.604 0.010 0.386 128 T 0.876 0.004 0.120 129 P 0.961 0.003 0.036 130 L 0.946 0.004 0.050 131 H 0.902 0.005 0.092 132 I 0.839 0.006 0.155 133 F 0.630 0.009 0.361 134 S 0.345 0.035 0.620 135 K 0.093 0.465 0.442 136 R 0.083 0.661 0.256 137 Y 0.125 0.699 0.176 138 L 0.213 0.559 0.228 139 L 0.219 0.438 0.343 140 D 0.111 0.445 0.444 141 D 0.069 0.386 0.545 142 E 0.072 0.367 0.560 143 R 0.069 0.384 0.547 144 I 0.071 0.235 0.694 145 V 0.114 0.090 0.796 146 F 0.179 0.073 0.748 147 N 0.115 0.035 0.851 148 P 0.076 0.188 0.736 149 L 0.103 0.204 0.693 150 D 0.199 0.095 0.706 151 M 0.446 0.040 0.514 152 K 0.606 0.029 0.366 153 A 0.610 0.038 0.352 154 S 0.676 0.033 0.291 155 K 0.829 0.017 0.154 156 I 0.900 0.007 0.092 157 A 0.920 0.003 0.078 158 I 0.922 0.001 0.077 159 E 0.947 0.001 0.053 160 Y 0.978 0.001 0.021 161 T 0.981 0.001 0.018 162 S 0.974 0.002 0.024 163 I 0.910 0.006 0.084 164 V 0.653 0.015 0.331 165 V 0.257 0.034 0.708 166 P 0.068 0.147 0.785 167 L 0.018 0.579 0.403 168 K 0.010 0.770 0.219 169 V 0.003 0.952 0.045 170 Y 0.002 0.973 0.025 171 E 0.001 0.989 0.010 172 M 0.001 0.991 0.008 173 F 0.001 0.997 0.003 174 Y 0.001 0.998 0.002 175 N 0.001 0.997 0.003 176 F 0.001 0.995 0.004 177 L 0.001 0.993 0.007 178 Q 0.001 0.992 0.007 179 D 0.001 0.980 0.020 180 T 0.001 0.948 0.052 181 V 0.003 0.097 0.900 182 K 0.026 0.010 0.964 183 S 0.384 0.021 0.594 184 P 0.600 0.113 0.287 185 F 0.604 0.214 0.182 186 Q 0.642 0.260 0.098 187 L 0.656 0.278 0.066 188 K 0.627 0.277 0.095 189 S 0.479 0.317 0.205 190 S 0.138 0.461 0.401 191 L 0.095 0.592 0.314 192 V 0.046 0.841 0.113 193 S 0.045 0.885 0.070 194 T 0.057 0.896 0.046 195 A 0.056 0.891 0.053 196 E 0.042 0.876 0.082 197 G 0.027 0.841 0.131 198 V 0.035 0.672 0.293 199 L 0.024 0.220 0.756 200 T 0.013 0.079 0.907 201 T 0.015 0.180 0.805 202 P 0.009 0.504 0.487 203 E 0.013 0.595 0.391 204 K 0.025 0.515 0.460 205 D 0.060 0.315 0.625 206 R 0.060 0.127 0.813 207 G 0.071 0.003 0.926 208 V 0.725 0.003 0.272 209 V 0.973 0.001 0.025 210 V 0.990 0.001 0.009 211 V 0.968 0.001 0.030 212 N 0.751 0.002 0.247 213 L 0.140 0.016 0.844 214 G 0.024 0.017 0.960 215 Y 0.033 0.030 0.936 216 N 0.050 0.028 0.922 217 F 0.320 0.024 0.656 218 T 0.478 0.015 0.508 219 G 0.773 0.007 0.219 220 L 0.966 0.004 0.030 221 I 0.988 0.004 0.008 222 A 0.994 0.002 0.004 223 Y 0.970 0.003 0.028 224 K 0.824 0.005 0.170 225 N 0.189 0.022 0.789 226 G 0.056 0.012 0.932 227 V 0.428 0.018 0.555 228 P 0.748 0.018 0.234 229 I 0.802 0.025 0.173 230 K 0.817 0.030 0.153 231 I 0.403 0.060 0.537 232 S 0.203 0.035 0.762 233 Y 0.379 0.058 0.563 234 V 0.471 0.058 0.471 235 P 0.370 0.066 0.564 236 V 0.337 0.098 0.565 237 G 0.116 0.135 0.750 238 M 0.029 0.582 0.389 239 K 0.042 0.651 0.307 240 H 0.049 0.697 0.254 241 V 0.038 0.752 0.209 242 I 0.015 0.827 0.159 243 K 0.001 0.978 0.021 244 D 0.001 0.978 0.022 245 V 0.001 0.979 0.020 246 S 0.001 0.975 0.024 247 A 0.002 0.967 0.031 248 V 0.003 0.929 0.069 249 L 0.002 0.891 0.107 250 D 0.005 0.440 0.555 251 T 0.008 0.184 0.808 252 S 0.007 0.139 0.855 253 F 0.001 0.927 0.073 254 E 0.001 0.951 0.048 255 E 0.002 0.961 0.038 256 S 0.003 0.976 0.021 257 E 0.005 0.981 0.014 258 R 0.007 0.978 0.015 259 L 0.015 0.954 0.032 260 I 0.029 0.926 0.045 261 I 0.061 0.864 0.074 262 T 0.094 0.780 0.126 263 H 0.171 0.613 0.216 264 G 0.139 0.459 0.401 265 N 0.104 0.372 0.524 266 A 0.154 0.222 0.624 267 V 0.146 0.166 0.687 268 Y 0.114 0.176 0.710 269 N 0.094 0.170 0.735 270 D 0.091 0.179 0.730 271 L 0.062 0.115 0.823 272 K 0.074 0.110 0.816 273 E 0.174 0.092 0.735 274 E 0.480 0.066 0.453 275 E 0.671 0.047 0.282 276 I 0.719 0.036 0.245 277 Q 0.653 0.042 0.305 278 Y 0.593 0.053 0.354 279 R 0.440 0.076 0.485 280 G 0.310 0.084 0.606 281 L 0.151 0.061 0.787 282 D 0.074 0.018 0.908 283 G 0.138 0.018 0.844 284 N 0.187 0.014 0.800 285 T 0.253 0.024 0.723 286 I 0.422 0.019 0.559 287 K 0.701 0.018 0.281 288 T 0.761 0.011 0.228 289 T 0.782 0.012 0.206 290 T 0.334 0.019 0.647 291 A 0.004 0.943 0.053 292 K 0.001 0.977 0.022 293 K 0.001 0.992 0.008 294 L 0.001 0.987 0.012 295 S 0.001 0.992 0.007 296 V 0.001 0.991 0.009 297 I 0.001 0.991 0.009 298 I 0.001 0.983 0.017 299 H 0.001 0.986 0.014 300 A 0.001 0.988 0.012 301 R 0.001 0.983 0.017 302 L 0.001 0.990 0.010 303 R 0.001 0.993 0.007 304 E 0.001 0.994 0.005 305 I 0.001 0.995 0.005 306 M 0.001 0.993 0.007 307 S 0.001 0.995 0.005 308 K 0.001 0.994 0.006 309 S 0.001 0.996 0.004 310 K 0.001 0.997 0.003 311 K 0.001 0.997 0.003 312 F 0.001 0.994 0.005 313 F 0.001 0.991 0.008 314 R 0.001 0.983 0.016 315 E 0.001 0.977 0.023 316 V 0.001 0.945 0.054 317 E 0.002 0.630 0.369 318 A 0.004 0.289 0.708 319 K 0.022 0.552 0.426 320 I 0.077 0.695 0.228 321 V 0.062 0.818 0.120 322 E 0.060 0.835 0.105 323 E 0.035 0.817 0.147 324 G 0.032 0.627 0.340 325 E 0.038 0.411 0.551 326 I 0.089 0.292 0.619 327 G 0.107 0.191 0.702 328 I 0.113 0.098 0.789 329 P 0.082 0.055 0.863 330 G 0.072 0.013 0.915 331 G 0.615 0.006 0.379 332 V 0.962 0.002 0.036 333 V 0.978 0.002 0.020 334 L 0.955 0.003 0.042 335 T 0.767 0.005 0.228 336 G 0.412 0.014 0.574 337 G 0.202 0.100 0.697 338 G 0.141 0.276 0.583 339 A 0.125 0.409 0.466 340 K 0.074 0.420 0.506 341 I 0.025 0.284 0.691 342 P 0.011 0.502 0.487 343 R 0.005 0.722 0.273 344 I 0.003 0.942 0.055 345 N 0.003 0.973 0.024 346 E 0.002 0.983 0.015 347 L 0.002 0.983 0.016 348 A 0.001 0.983 0.016 349 T 0.001 0.979 0.020 350 E 0.001 0.965 0.035 351 V 0.002 0.936 0.063 352 F 0.002 0.865 0.133 353 K 0.002 0.036 0.961 354 S 0.042 0.040 0.918 355 P 0.261 0.040 0.699 356 V 0.417 0.088 0.495 357 R 0.593 0.088 0.319 358 T 0.710 0.065 0.225 359 G 0.656 0.058 0.286 360 C 0.615 0.055 0.330 361 Y 0.498 0.076 0.426 362 A 0.343 0.125 0.532 363 N 0.262 0.112 0.626 364 S 0.184 0.124 0.692 365 D 0.102 0.080 0.818 366 R 0.067 0.084 0.849 367 P 0.086 0.180 0.735 368 S 0.103 0.265 0.632 369 I 0.093 0.348 0.559 370 I 0.066 0.343 0.590 371 N 0.038 0.160 0.802 372 A 0.065 0.166 0.769 373 D 0.087 0.234 0.679 374 E 0.054 0.559 0.387 375 V 0.063 0.525 0.412 376 A 0.093 0.470 0.437 377 N 0.083 0.201 0.716 378 D 0.023 0.042 0.935 379 P 0.010 0.716 0.274 380 S 0.008 0.874 0.118 381 F 0.008 0.936 0.056 382 A 0.021 0.932 0.047 383 A 0.025 0.955 0.020 384 A 0.018 0.973 0.008 385 F 0.011 0.983 0.005 386 G 0.010 0.985 0.005 387 N 0.007 0.990 0.004 388 V 0.005 0.990 0.006 389 F 0.007 0.981 0.012 390 A 0.008 0.958 0.034 391 V 0.012 0.874 0.115 392 S 0.016 0.727 0.257 393 E 0.032 0.416 0.553 394 N 0.040 0.203 0.756 395 P 0.076 0.216 0.708 396 Y 0.099 0.228 0.672 397 E 0.110 0.232 0.658 398 E 0.122 0.244 0.633 399 T 0.201 0.209 0.590 400 P 0.259 0.204 0.537 401 V 0.248 0.182 0.569 402 K 0.141 0.224 0.636 403 S 0.071 0.226 0.703 404 E 0.055 0.371 0.574 405 N 0.068 0.461 0.472 406 P 0.056 0.634 0.310 407 L 0.037 0.753 0.209 408 K 0.022 0.831 0.147 409 K 0.014 0.851 0.135 410 I 0.007 0.935 0.058 411 F 0.004 0.945 0.051 412 R 0.004 0.953 0.043 413 L 0.006 0.903 0.092 414 F 0.002 0.961 0.037 415 K 0.003 0.928 0.069 416 E 0.006 0.859 0.135 417 L 0.017 0.646 0.337 418 M 0.025 0.309 0.666 419 E 0.008 0.045 0.947