# TARGET T0088 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0088.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.00263 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 A 0.460 0.034 0.506 2 V 0.732 0.024 0.245 3 S 0.831 0.020 0.149 4 F 0.886 0.019 0.095 5 I 0.784 0.017 0.200 6 G 0.456 0.015 0.529 7 S 0.222 0.036 0.742 8 T 0.121 0.053 0.826 9 E 0.097 0.162 0.741 10 N 0.085 0.155 0.759 11 D 0.136 0.177 0.687 12 V 0.165 0.097 0.738 13 G 0.137 0.070 0.793 14 P 0.097 0.082 0.821 15 S 0.081 0.065 0.855 16 Q 0.099 0.100 0.801 17 G 0.089 0.075 0.836 18 S 0.138 0.116 0.746 19 Y 0.164 0.295 0.541 20 S 0.189 0.294 0.517 21 S 0.179 0.363 0.459 22 T 0.164 0.384 0.453 23 H 0.258 0.350 0.392 24 A 0.304 0.289 0.407 25 M 0.259 0.203 0.538 26 D 0.101 0.189 0.710 27 N 0.068 0.074 0.858 28 L 0.151 0.035 0.814 29 P 0.295 0.014 0.691 30 F 0.832 0.012 0.156 31 V 0.904 0.010 0.086 32 Y 0.830 0.012 0.158 33 N 0.519 0.021 0.460 34 T 0.057 0.034 0.909 35 G 0.051 0.046 0.904 36 Y 0.278 0.065 0.657 37 N 0.347 0.066 0.587 38 I 0.430 0.074 0.496 39 G 0.397 0.055 0.548 40 Y 0.352 0.093 0.556 41 Q 0.375 0.107 0.518 42 N 0.482 0.061 0.457 43 A 0.497 0.029 0.474 44 N 0.583 0.016 0.402 45 V 0.900 0.019 0.081 46 W 0.930 0.015 0.055 47 R 0.902 0.019 0.080 48 I 0.755 0.024 0.220 49 S 0.391 0.035 0.574 50 G 0.189 0.037 0.774 51 G 0.334 0.033 0.633 52 F 0.751 0.020 0.228 53 C 0.803 0.019 0.179 54 V 0.783 0.022 0.195 55 G 0.642 0.021 0.337 56 L 0.420 0.020 0.560 57 D 0.305 0.021 0.674 58 G 0.266 0.028 0.706 59 K 0.494 0.022 0.484 60 V 0.522 0.028 0.450 61 D 0.366 0.025 0.609 62 L 0.383 0.026 0.591 63 P 0.417 0.024 0.559 64 V 0.671 0.022 0.307 65 V 0.781 0.022 0.197 66 G 0.730 0.019 0.252 67 S 0.512 0.023 0.465 68 L 0.158 0.034 0.808 69 D 0.040 0.031 0.929 70 G 0.060 0.070 0.869 71 Q 0.326 0.093 0.581 72 S 0.493 0.101 0.405 73 I 0.559 0.139 0.302 74 Y 0.446 0.191 0.363 75 G 0.225 0.255 0.521 76 L 0.162 0.348 0.490 77 T 0.153 0.478 0.369 78 E 0.056 0.768 0.176 79 E 0.033 0.834 0.133 80 V 0.053 0.844 0.103 81 G 0.166 0.667 0.166 82 L 0.293 0.610 0.096 83 L 0.314 0.649 0.037 84 I 0.352 0.612 0.037 85 W 0.469 0.428 0.103 86 M 0.343 0.317 0.340 87 G 0.182 0.177 0.641 88 D 0.116 0.163 0.722 89 T 0.093 0.137 0.771 90 N 0.097 0.128 0.775 91 Y 0.134 0.175 0.691 92 S 0.140 0.236 0.624 93 R 0.123 0.312 0.565 94 G 0.163 0.240 0.597 95 T 0.244 0.358 0.398 96 A 0.197 0.368 0.435 97 M 0.140 0.412 0.449 98 S 0.110 0.300 0.590 99 G 0.072 0.110 0.818 100 N 0.169 0.143 0.688 101 S 0.226 0.227 0.547 102 W 0.224 0.389 0.387 103 E 0.278 0.392 0.329 104 N 0.298 0.373 0.329 105 V 0.344 0.251 0.406 106 F 0.393 0.138 0.468 107 S 0.254 0.079 0.667 108 G 0.305 0.051 0.644 109 W 0.549 0.042 0.409 110 C 0.548 0.041 0.412 111 V 0.392 0.039 0.569 112 G 0.318 0.033 0.649 113 N 0.409 0.038 0.553 114 Y 0.529 0.056 0.415 115 V 0.655 0.040 0.304 116 S 0.584 0.036 0.380 117 T 0.443 0.034 0.524 118 Q 0.407 0.035 0.559 119 G 0.462 0.017 0.521 120 L 0.678 0.011 0.311 121 S 0.780 0.006 0.215 122 V 0.864 0.004 0.132 123 H 0.874 0.003 0.122 124 V 0.881 0.003 0.116 125 R 0.857 0.002 0.141 126 P 0.900 0.002 0.098 127 V 0.961 0.003 0.037 128 I 0.976 0.004 0.020 129 L 0.952 0.004 0.044 130 K 0.822 0.006 0.172 131 R 0.447 0.014 0.539 132 N 0.153 0.024 0.823 133 S 0.128 0.039 0.832 134 S 0.209 0.047 0.744 135 A 0.396 0.054 0.550 136 Q 0.564 0.049 0.386 137 Y 0.769 0.046 0.185 138 S 0.796 0.042 0.162 139 V 0.808 0.045 0.148 140 Q 0.715 0.053 0.232 141 K 0.563 0.061 0.376 142 T 0.439 0.036 0.526 143 S 0.333 0.040 0.626 144 I 0.223 0.122 0.655 145 G 0.269 0.127 0.604 146 S 0.408 0.168 0.424 147 I 0.442 0.124 0.434 148 R 0.470 0.116 0.414 149 M 0.376 0.108 0.516 150 R 0.279 0.056 0.666 151 P 0.242 0.060 0.698 152 Y 0.141 0.052 0.807 153 N 0.085 0.073 0.842 154 G 0.057 0.055 0.888 155 S 0.043 0.050 0.907 156 S 0.011 0.012 0.977