# TARGET T0087 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0087.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.6601 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.022 0.906 2 S 0.217 0.010 0.773 3 K 0.449 0.003 0.548 4 I 0.902 0.002 0.097 5 L 0.980 0.001 0.019 6 V 0.986 0.001 0.013 7 F 0.971 0.002 0.027 8 G 0.839 0.003 0.157 9 H 0.482 0.009 0.509 10 Q 0.209 0.021 0.770 11 N 0.094 0.016 0.890 12 P 0.067 0.013 0.919 13 D 0.022 0.011 0.968 14 S 0.003 0.745 0.252 15 D 0.002 0.847 0.151 16 A 0.002 0.926 0.071 17 I 0.002 0.965 0.032 18 G 0.002 0.978 0.020 19 S 0.001 0.989 0.009 20 S 0.001 0.992 0.008 21 M 0.001 0.995 0.005 22 A 0.001 0.997 0.003 23 Y 0.001 0.994 0.005 24 A 0.001 0.996 0.004 25 Y 0.001 0.990 0.010 26 L 0.001 0.978 0.021 27 K 0.001 0.963 0.036 28 R 0.002 0.910 0.088 29 Q 0.003 0.847 0.150 30 L 0.008 0.512 0.480 31 G 0.010 0.044 0.946 32 V 0.052 0.047 0.901 33 D 0.229 0.025 0.745 34 A 0.453 0.016 0.531 35 Q 0.786 0.011 0.203 36 A 0.909 0.011 0.080 37 V 0.858 0.012 0.131 38 A 0.720 0.012 0.269 39 L 0.333 0.022 0.645 40 G 0.157 0.035 0.808 41 N 0.090 0.070 0.840 42 P 0.052 0.136 0.812 43 N 0.034 0.191 0.775 44 E 0.024 0.531 0.445 45 E 0.026 0.614 0.360 46 T 0.026 0.754 0.220 47 A 0.026 0.799 0.176 48 F 0.027 0.810 0.163 49 V 0.027 0.834 0.138 50 L 0.028 0.832 0.140 51 D 0.034 0.790 0.177 52 Y 0.035 0.754 0.211 53 F 0.045 0.620 0.335 54 G 0.049 0.230 0.721 55 I 0.083 0.160 0.757 56 Q 0.123 0.115 0.763 57 A 0.095 0.091 0.814 58 P 0.134 0.111 0.755 59 P 0.238 0.127 0.634 60 V 0.430 0.114 0.455 61 V 0.531 0.084 0.385 62 K 0.447 0.044 0.509 63 S 0.126 0.029 0.846 64 A 0.026 0.479 0.495 65 Q 0.019 0.460 0.521 66 A 0.041 0.317 0.642 67 E 0.068 0.164 0.768 68 G 0.103 0.046 0.851 69 A 0.138 0.022 0.840 70 K 0.309 0.005 0.686 71 Q 0.842 0.002 0.156 72 V 0.975 0.001 0.024 73 I 0.996 0.001 0.004 74 L 0.994 0.001 0.006 75 T 0.906 0.001 0.093 76 D 0.405 0.003 0.592 77 H 0.036 0.024 0.940 78 N 0.011 0.060 0.929 79 E 0.021 0.131 0.848 80 F 0.022 0.223 0.755 81 Q 0.038 0.285 0.677 82 Q 0.059 0.356 0.584 83 S 0.066 0.412 0.522 84 I 0.069 0.452 0.479 85 A 0.064 0.397 0.539 86 D 0.061 0.356 0.583 87 I 0.057 0.407 0.535 88 R 0.081 0.310 0.609 89 E 0.087 0.211 0.702 90 V 0.155 0.069 0.776 91 E 0.367 0.024 0.609 92 V 0.736 0.010 0.254 93 V 0.913 0.008 0.079 94 E 0.976 0.003 0.021 95 V 0.976 0.003 0.021 96 V 0.886 0.003 0.111 97 D 0.432 0.006 0.562 98 H 0.059 0.026 0.915 99 H 0.028 0.043 0.929 100 R 0.061 0.099 0.840 101 V 0.037 0.098 0.865 102 A 0.045 0.093 0.862 103 N 0.070 0.101 0.829 104 F 0.079 0.188 0.733 105 E 0.137 0.218 0.645 106 T 0.180 0.153 0.667 107 A 0.147 0.128 0.726 108 N 0.099 0.116 0.785 109 P 0.121 0.131 0.748 110 L 0.223 0.233 0.544 111 Y 0.385 0.218 0.397 112 M 0.550 0.182 0.268 113 R 0.477 0.171 0.352 114 L 0.333 0.141 0.526 115 E 0.118 0.181 0.702 116 P 0.063 0.233 0.705 117 V 0.089 0.262 0.649 118 G 0.054 0.141 0.805 119 S 0.124 0.446 0.431 120 A 0.038 0.891 0.071 121 S 0.010 0.978 0.013 122 S 0.006 0.991 0.003 123 I 0.004 0.994 0.002 124 V 0.002 0.996 0.002 125 Y 0.001 0.998 0.002 126 R 0.001 0.997 0.002 127 L 0.001 0.993 0.006 128 Y 0.001 0.993 0.006 129 K 0.001 0.985 0.014 130 E 0.001 0.961 0.038 131 N 0.002 0.868 0.130 132 G 0.004 0.076 0.920 133 V 0.023 0.038 0.940 134 A 0.059 0.019 0.922 135 I 0.049 0.054 0.898 136 P 0.021 0.058 0.921 137 K 0.001 0.961 0.038 138 E 0.001 0.981 0.019 139 I 0.001 0.995 0.005 140 A 0.001 0.992 0.007 141 G 0.001 0.994 0.005 142 V 0.002 0.992 0.006 143 M 0.004 0.987 0.009 144 L 0.004 0.985 0.012 145 S 0.007 0.973 0.020 146 G 0.022 0.926 0.052 147 L 0.050 0.854 0.096 148 I 0.080 0.784 0.137 149 S 0.124 0.625 0.252 150 D 0.170 0.437 0.394 151 T 0.082 0.407 0.511 152 L 0.152 0.333 0.515 153 L 0.197 0.266 0.536 154 L 0.188 0.173 0.639 155 K 0.157 0.071 0.772 156 S 0.072 0.048 0.880 157 P 0.048 0.069 0.883 158 T 0.065 0.028 0.906 159 T 0.079 0.016 0.905 160 H 0.026 0.009 0.965 161 A 0.002 0.860 0.138 162 S 0.001 0.897 0.102 163 D 0.001 0.943 0.057 164 P 0.001 0.989 0.010 165 A 0.001 0.992 0.008 166 V 0.001 0.995 0.005 167 A 0.001 0.990 0.010 168 E 0.001 0.991 0.009 169 D 0.001 0.983 0.016 170 L 0.001 0.954 0.045 171 A 0.002 0.933 0.065 172 K 0.002 0.878 0.120 173 I 0.002 0.806 0.192 174 A 0.004 0.531 0.465 175 G 0.004 0.096 0.901 176 V 0.008 0.036 0.956 177 D 0.017 0.034 0.949 178 L 0.001 0.935 0.063 179 Q 0.001 0.972 0.027 180 E 0.001 0.987 0.012 181 Y 0.002 0.985 0.013 182 G 0.003 0.984 0.013 183 L 0.002 0.985 0.013 184 A 0.002 0.978 0.021 185 M 0.003 0.957 0.039 186 L 0.005 0.897 0.098 187 K 0.005 0.861 0.134 188 A 0.012 0.733 0.255 189 G 0.021 0.560 0.419 190 T 0.026 0.375 0.598 191 N 0.027 0.409 0.563 192 L 0.030 0.458 0.512 193 A 0.038 0.487 0.475 194 S 0.053 0.492 0.456 195 K 0.069 0.470 0.461 196 T 0.057 0.488 0.455 197 A 0.008 0.907 0.086 198 A 0.005 0.935 0.060 199 Q 0.004 0.947 0.049 200 L 0.004 0.950 0.046 201 V 0.005 0.945 0.050 202 D 0.005 0.941 0.054 203 I 0.004 0.939 0.057 204 D 0.007 0.917 0.076 205 A 0.012 0.883 0.105 206 K 0.019 0.831 0.149 207 T 0.049 0.722 0.229 208 F 0.147 0.568 0.284 209 E 0.301 0.380 0.318 210 L 0.295 0.326 0.379 211 N 0.149 0.187 0.664 212 G 0.166 0.075 0.760 213 S 0.538 0.048 0.414 214 Q 0.806 0.017 0.176 215 V 0.858 0.015 0.127 216 R 0.879 0.011 0.110 217 V 0.888 0.013 0.100 218 A 0.901 0.010 0.089 219 Q 0.940 0.009 0.051 220 V 0.930 0.017 0.053 221 N 0.907 0.025 0.068 222 T 0.810 0.059 0.131 223 V 0.605 0.088 0.307 224 D 0.283 0.155 0.562 225 I 0.042 0.662 0.295 226 N 0.018 0.804 0.178 227 E 0.010 0.887 0.103 228 V 0.014 0.873 0.112 229 L 0.013 0.891 0.096 230 E 0.010 0.868 0.122 231 R 0.006 0.860 0.134 232 Q 0.005 0.827 0.168 233 N 0.005 0.783 0.213 234 E 0.004 0.772 0.224 235 I 0.004 0.838 0.158 236 E 0.004 0.899 0.097 237 E 0.003 0.930 0.067 238 A 0.003 0.946 0.051 239 I 0.002 0.962 0.036 240 K 0.002 0.971 0.027 241 A 0.002 0.975 0.022 242 S 0.006 0.966 0.029 243 Q 0.007 0.953 0.040 244 A 0.009 0.931 0.060 245 A 0.015 0.860 0.125 246 N 0.020 0.612 0.368 247 G 0.018 0.126 0.856 248 Y 0.046 0.061 0.894 249 S 0.172 0.044 0.784 250 D 0.543 0.014 0.443 251 F 0.880 0.002 0.118 252 V 0.975 0.001 0.025 253 L 0.995 0.001 0.005 254 M 0.997 0.001 0.003 255 I 0.996 0.001 0.004 256 T 0.982 0.001 0.018 257 D 0.926 0.002 0.072 258 I 0.771 0.007 0.223 259 L 0.534 0.018 0.447 260 N 0.266 0.030 0.703 261 S 0.074 0.032 0.894 262 N 0.090 0.021 0.889 263 S 0.350 0.014 0.636 264 E 0.731 0.007 0.262 265 I 0.909 0.005 0.085 266 L 0.956 0.005 0.039 267 A 0.952 0.006 0.042 268 L 0.897 0.006 0.098 269 G 0.601 0.011 0.388 270 N 0.115 0.034 0.852 271 N 0.036 0.064 0.899 272 T 0.079 0.206 0.714 273 D 0.166 0.345 0.490 274 K 0.220 0.453 0.327 275 V 0.039 0.912 0.049 276 E 0.015 0.960 0.024 277 A 0.013 0.966 0.021 278 A 0.018 0.952 0.030 279 F 0.015 0.950 0.035 280 N 0.011 0.926 0.063 281 F 0.012 0.873 0.115 282 T 0.016 0.711 0.273 283 L 0.010 0.144 0.847 284 K 0.014 0.103 0.883 285 N 0.051 0.140 0.809 286 N 0.106 0.368 0.526 287 H 0.205 0.447 0.348 288 A 0.297 0.411 0.291 289 F 0.359 0.350 0.291 290 L 0.389 0.320 0.291 291 A 0.231 0.298 0.472 292 G 0.187 0.099 0.714 293 A 0.490 0.055 0.455 294 V 0.630 0.040 0.330 295 S 0.658 0.036 0.306 296 R 0.460 0.056 0.484 297 K 0.397 0.060 0.543 298 K 0.486 0.064 0.450 299 Q 0.512 0.088 0.401 300 V 0.268 0.393 0.339 301 V 0.121 0.617 0.261 302 P 0.040 0.859 0.101 303 Q 0.022 0.910 0.068 304 L 0.019 0.935 0.046 305 T 0.013 0.949 0.038 306 E 0.012 0.932 0.056 307 S 0.006 0.921 0.074 308 F 0.006 0.845 0.149 309 N 0.006 0.584 0.410 310 G 0.002 0.048 0.950