# TARGET T0086 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0086.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.57144 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 S 0.08 0.17 0.75 2 H 0.04 0.29 0.67 3 P 0.05 0.28 0.67 4 A 0.07 0.25 0.68 5 L 0.05 0.10 0.85 6 T 0.06 0.14 0.79 7 Q 0.05 0.17 0.78 8 L 0.07 0.15 0.78 9 R 0.13 0.18 0.69 10 A 0.21 0.26 0.53 11 L 0.17 0.35 0.48 12 R 0.18 0.32 0.49 13 Y 0.12 0.26 0.61 14 C 0.08 0.08 0.84 15 K 0.18 0.10 0.72 16 E 0.17 0.10 0.73 17 I 0.10 0.08 0.82 18 P 0.08 0.06 0.86 19 A 0.07 0.06 0.87 20 L 0.04 0.07 0.89 21 D 0.02 0.08 0.91 22 P 0.01 0.64 0.36 23 Q 0.01 0.74 0.25 24 L 0.01 0.85 0.14 25 L 0.02 0.83 0.15 26 D 0.03 0.83 0.14 27 W 0.04 0.82 0.14 28 L 0.06 0.75 0.19 29 L 0.08 0.57 0.35 30 L 0.05 0.36 0.59 31 E 0.05 0.31 0.64 32 D 0.05 0.21 0.73 33 S 0.05 0.20 0.75 34 M 0.00 0.92 0.07 35 T 0.00 0.93 0.07 36 K 0.00 0.96 0.03 37 R 0.00 0.95 0.05 38 F 0.01 0.94 0.05 39 E 0.01 0.91 0.07 40 Q 0.01 0.81 0.18 41 Q 0.01 0.55 0.44 42 G 0.01 0.07 0.92 43 K 0.08 0.04 0.89 44 T 0.37 0.03 0.61 45 V 0.74 0.01 0.26 46 S 0.91 0.00 0.08 47 V 0.97 0.00 0.03 48 T 0.97 0.00 0.02 49 M 0.96 0.01 0.03 50 I 0.81 0.03 0.16 51 R 0.64 0.05 0.31 52 E 0.35 0.17 0.48 53 G 0.26 0.19 0.55 54 F 0.30 0.26 0.44 55 V 0.19 0.32 0.50 56 E 0.06 0.32 0.61 57 Q 0.01 0.24 0.74 58 N 0.01 0.28 0.71 59 E 0.02 0.37 0.61 60 I 0.02 0.31 0.67 61 P 0.02 0.57 0.41 62 E 0.01 0.73 0.26 63 E 0.01 0.79 0.20 64 L 0.01 0.69 0.30 65 P 0.01 0.03 0.96 66 L 0.03 0.05 0.92 67 L 0.02 0.04 0.94 68 P 0.01 0.25 0.73 69 K 0.02 0.41 0.56 70 E 0.02 0.54 0.44 71 S 0.01 0.53 0.46 72 R 0.03 0.39 0.58 73 Y 0.09 0.64 0.26 74 W 0.14 0.77 0.09 75 L 0.11 0.84 0.05 76 R 0.14 0.83 0.03 77 E 0.17 0.82 0.02 78 I 0.20 0.78 0.02 79 L 0.12 0.86 0.02 80 L 0.10 0.86 0.04 81 C 0.08 0.72 0.20 82 A 0.04 0.45 0.50 83 D 0.01 0.23 0.76 84 G 0.01 0.00 0.99 85 E 0.23 0.00 0.77 86 P 0.66 0.00 0.33 87 W 0.82 0.01 0.17 88 L 0.86 0.01 0.13 89 A 0.80 0.01 0.19 90 G 0.74 0.01 0.25 91 R 0.76 0.01 0.23 92 T 0.82 0.01 0.17 93 V 0.85 0.01 0.14 94 V 0.74 0.01 0.26 95 P 0.56 0.01 0.44 96 V 0.34 0.11 0.55 97 S 0.27 0.17 0.56 98 T 0.31 0.18 0.51 99 L 0.28 0.09 0.63 100 S 0.16 0.08 0.76 101 G 0.06 0.41 0.53 102 P 0.03 0.55 0.42 103 E 0.00 0.93 0.07 104 L 0.00 0.94 0.05 105 A 0.00 0.96 0.04 106 L 0.00 0.96 0.03 107 Q 0.00 0.96 0.04 108 K 0.00 0.95 0.04 109 L 0.00 0.88 0.12 110 G 0.00 0.03 0.97 111 K 0.04 0.02 0.93 112 T 0.20 0.05 0.75 113 P 0.18 0.07 0.75 114 L 0.12 0.17 0.72 115 G 0.06 0.22 0.72 116 R 0.08 0.36 0.56 117 Y 0.16 0.38 0.46 118 L 0.21 0.37 0.42 119 F 0.18 0.24 0.58 120 T 0.06 0.06 0.88 121 S 0.03 0.11 0.86 122 S 0.03 0.08 0.89 123 T 0.04 0.13 0.84 124 L 0.05 0.10 0.84 125 T 0.14 0.06 0.79 126 R 0.23 0.11 0.66 127 D 0.36 0.09 0.55 128 F 0.58 0.12 0.29 129 I 0.76 0.07 0.17 130 E 0.83 0.04 0.13 131 I 0.79 0.03 0.19 132 G 0.36 0.03 0.62 133 R 0.15 0.06 0.79 134 D 0.13 0.10 0.77 135 A 0.14 0.14 0.72 136 G 0.14 0.13 0.74 137 L 0.26 0.17 0.57 138 W 0.38 0.20 0.41 139 G 0.50 0.16 0.33 140 R 0.56 0.14 0.29 141 R 0.34 0.39 0.27 142 S 0.34 0.37 0.28 143 R 0.34 0.38 0.28 144 L 0.36 0.32 0.32 145 R 0.22 0.35 0.43 146 L 0.09 0.33 0.58 147 S 0.03 0.25 0.72 148 G 0.05 0.08 0.87 149 K 0.18 0.16 0.66 150 P 0.38 0.17 0.45 151 L 0.61 0.21 0.19 152 L 0.44 0.45 0.11 153 L 0.39 0.51 0.10 154 T 0.25 0.63 0.13 155 E 0.17 0.65 0.18 156 L 0.14 0.55 0.31 157 F 0.06 0.53 0.41 158 L 0.03 0.18 0.79 159 P 0.03 0.07 0.90 160 A 0.04 0.06 0.90 161 S 0.02 0.07 0.91 162 P 0.02 0.07 0.92 163 L 0.01 0.04 0.95 164 Y 0.01 0.01 0.98