# TARGET T0086 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0086.psi-blast.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.68787 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 S 0.03 0.14 0.84 2 H 0.03 0.27 0.70 3 P 0.03 0.44 0.53 4 A 0.03 0.57 0.39 5 L 0.03 0.72 0.25 6 T 0.03 0.77 0.20 7 Q 0.04 0.77 0.20 8 L 0.04 0.72 0.23 9 R 0.05 0.66 0.29 10 A 0.05 0.64 0.31 11 L 0.05 0.57 0.38 12 R 0.06 0.46 0.48 13 Y 0.05 0.41 0.54 14 C 0.06 0.29 0.65 15 K 0.12 0.30 0.58 16 E 0.17 0.34 0.49 17 I 0.17 0.40 0.43 18 P 0.17 0.41 0.42 19 A 0.14 0.40 0.45 20 L 0.13 0.43 0.44 21 D 0.09 0.43 0.48 22 P 0.04 0.66 0.30 23 Q 0.03 0.68 0.28 24 L 0.01 0.87 0.12 25 L 0.01 0.88 0.11 26 D 0.02 0.87 0.12 27 W 0.02 0.83 0.15 28 L 0.03 0.73 0.24 29 L 0.03 0.56 0.41 30 L 0.02 0.46 0.52 31 E 0.01 0.55 0.44 32 D 0.02 0.59 0.39 33 S 0.04 0.64 0.32 34 M 0.08 0.65 0.26 35 T 0.11 0.66 0.23 36 K 0.13 0.65 0.22 37 R 0.14 0.60 0.25 38 F 0.14 0.58 0.29 39 - 0.13 0.51 0.36 40 E 0.16 0.33 0.51 41 Q 0.11 0.19 0.71 42 Q 0.05 0.08 0.87 43 G 0.05 0.08 0.87 44 K 0.14 0.06 0.81 45 T 0.48 0.02 0.49 46 V 0.79 0.01 0.20 47 S 0.88 0.01 0.10 48 V 0.91 0.03 0.06 49 T 0.88 0.04 0.08 50 M 0.76 0.06 0.18 51 I 0.43 0.15 0.42 52 R 0.17 0.27 0.56 53 E 0.08 0.37 0.56 54 G 0.05 0.41 0.54 55 F 0.03 0.42 0.55 56 L 0.02 0.32 0.67 57 P 0.01 0.25 0.73 58 L 0.02 0.19 0.79 59 L 0.02 0.11 0.87 60 P 0.01 0.58 0.41 61 K 0.01 0.65 0.34 62 E 0.02 0.64 0.35 63 S 0.03 0.43 0.54 64 R 0.04 0.28 0.68 65 Y 0.04 0.08 0.88 66 W 0.17 0.07 0.76 67 L 0.46 0.04 0.50 68 R 0.74 0.02 0.24 69 E 0.94 0.01 0.06 70 I 0.98 0.00 0.02 71 L 0.98 0.00 0.01 72 L 0.97 0.00 0.03 73 C 0.84 0.00 0.16 74 A 0.45 0.01 0.53 75 D 0.09 0.03 0.88 76 G 0.05 0.04 0.91 77 E 0.08 0.05 0.87 78 P 0.13 0.12 0.75 79 W 0.25 0.22 0.53 80 L 0.32 0.23 0.45 81 A 0.36 0.19 0.45 82 G 0.29 0.11 0.60 83 R 0.36 0.05 0.59 84 T 0.52 0.04 0.44 85 V 0.63 0.04 0.33 86 V 0.58 0.04 0.39 87 P 0.45 0.04 0.51 88 V 0.33 0.19 0.48 89 S 0.36 0.23 0.42 90 T 0.39 0.22 0.40 91 L 0.31 0.16 0.54 92 S 0.18 0.11 0.71 93 G 0.08 0.14 0.78 94 P 0.04 0.30 0.65 95 E 0.01 0.88 0.11 96 L 0.01 0.91 0.07 97 A 0.02 0.94 0.04 98 L 0.03 0.92 0.05 99 Q 0.02 0.91 0.07 100 K 0.02 0.88 0.10 101 L 0.01 0.78 0.21 102 G 0.01 0.04 0.95 103 K 0.06 0.05 0.89 104 T 0.15 0.05 0.80 105 P 0.11 0.08 0.82 106 L 0.13 0.18 0.69 107 G 0.21 0.23 0.56 108 R 0.37 0.26 0.37 109 Y 0.48 0.23 0.28 110 L 0.42 0.25 0.33 111 F 0.34 0.23 0.43 112 T 0.23 0.21 0.56 113 S 0.12 0.20 0.67 114 S 0.08 0.15 0.77 115 T 0.13 0.11 0.76 116 L 0.17 0.08 0.75 117 T 0.18 0.06 0.76 118 R 0.20 0.06 0.74 119 D 0.30 0.05 0.65 120 F 0.64 0.05 0.31 121 I 0.86 0.03 0.11 122 E 0.89 0.02 0.08 123 I 0.85 0.02 0.13 124 G 0.53 0.03 0.44 125 R 0.22 0.06 0.71 126 D 0.12 0.09 0.78 127 A 0.11 0.11 0.78 128 G 0.09 0.12 0.80 129 L 0.15 0.17 0.68 130 W 0.25 0.17 0.58 131 G 0.32 0.20 0.48 132 R 0.40 0.21 0.39 133 R 0.51 0.19 0.30 134 S 0.54 0.17 0.29 135 R 0.49 0.19 0.32 136 L 0.49 0.17 0.34 137 R 0.47 0.14 0.39 138 L 0.40 0.14 0.46 139 S 0.21 0.17 0.62 140 G 0.12 0.16 0.72 141 K 0.14 0.21 0.65 142 P 0.31 0.26 0.44 143 L 0.57 0.24 0.19 144 L 0.57 0.31 0.12 145 L 0.48 0.37 0.15 146 T 0.37 0.40 0.22 147 E 0.30 0.43 0.28 148 L 0.25 0.38 0.37 149 F 0.14 0.34 0.52 150 L 0.06 0.28 0.65 151 P 0.04 0.18 0.78 152 A 0.05 0.21 0.74 153 S 0.07 0.18 0.75 154 P 0.06 0.18 0.76 155 L 0.07 0.14 0.79 156 Y 0.05 0.10 0.85 157 - 0.02 0.02 0.96