# TARGET T0128 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0128-subfamily.tuneup.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.17112 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 - 0.064 0.047 0.889 2 K 0.284 0.057 0.659 3 R 0.383 0.067 0.551 4 Y 0.469 0.061 0.470 5 T 0.407 0.051 0.542 6 L 0.155 0.038 0.807 7 P 0.081 0.040 0.879 8 P 0.071 0.063 0.866 9 L 0.101 0.059 0.840 10 P 0.084 0.032 0.883 11 Y 0.100 0.026 0.874 12 A 0.050 0.022 0.928 13 Y 0.008 0.639 0.353 14 N 0.008 0.670 0.322 15 A 0.014 0.726 0.260 16 L 0.042 0.600 0.358 17 E 0.078 0.467 0.456 18 P 0.110 0.410 0.480 19 Y 0.204 0.308 0.488 20 I 0.271 0.225 0.504 21 S 0.146 0.117 0.737 22 A 0.010 0.873 0.118 23 E 0.012 0.860 0.128 24 I 0.028 0.851 0.121 25 M 0.105 0.741 0.154 26 Q 0.188 0.658 0.154 27 L 0.209 0.593 0.199 28 H 0.138 0.474 0.388 29 H 0.042 0.688 0.270 30 Q 0.016 0.756 0.228 31 K 0.020 0.747 0.234 32 H 0.022 0.799 0.179 33 H 0.026 0.841 0.133 34 Q 0.033 0.870 0.097 35 G 0.023 0.894 0.082 36 Y 0.035 0.890 0.076 37 V 0.022 0.893 0.084 38 N 0.012 0.844 0.143 39 G 0.005 0.774 0.220 40 A 0.002 0.928 0.070 41 N 0.001 0.961 0.038 42 A 0.001 0.972 0.028 43 A 0.001 0.985 0.015 44 L 0.001 0.990 0.010 45 E 0.001 0.993 0.007 46 K 0.001 0.992 0.007 47 L 0.001 0.991 0.009 48 E 0.001 0.987 0.013 49 K 0.001 0.976 0.023 50 F 0.002 0.943 0.055 51 R 0.003 0.879 0.118 52 K 0.005 0.734 0.262 53 G 0.004 0.392 0.604 54 E 0.006 0.324 0.670 55 A 0.012 0.527 0.461 56 Q 0.014 0.797 0.189 57 I 0.028 0.855 0.117 58 D 0.053 0.851 0.097 59 I 0.054 0.881 0.065 60 R 0.042 0.903 0.055 61 A 0.043 0.887 0.070 62 V 0.064 0.804 0.133 63 L 0.061 0.707 0.231 64 R 0.043 0.658 0.299 65 D 0.077 0.447 0.476 66 L 0.237 0.377 0.386 67 S 0.496 0.251 0.253 68 F 0.623 0.123 0.253 69 H 0.414 0.066 0.520 70 L 0.231 0.071 0.698 71 N 0.118 0.109 0.774 72 G 0.093 0.373 0.534 73 H 0.097 0.576 0.327 74 I 0.081 0.762 0.157 75 L 0.048 0.850 0.102 76 H 0.039 0.888 0.073 77 S 0.012 0.963 0.025 78 I 0.013 0.958 0.029 79 F 0.022 0.941 0.037 80 W 0.027 0.910 0.063 81 P 0.029 0.837 0.134 82 N 0.023 0.755 0.222 83 M 0.068 0.399 0.533 84 A 0.078 0.168 0.754 85 P 0.057 0.071 0.871 86 P 0.043 0.038 0.919 87 G 0.036 0.051 0.913 88 K 0.023 0.060 0.918 89 G 0.015 0.068 0.916 90 G 0.021 0.031 0.948 91 G 0.060 0.026 0.914 92 K 0.070 0.021 0.909 93 P 0.057 0.055 0.887 94 G 0.070 0.178 0.752 95 G 0.089 0.564 0.347 96 K 0.085 0.737 0.178 97 I 0.013 0.969 0.019 98 A 0.009 0.980 0.011 99 D 0.005 0.987 0.008 100 L 0.005 0.981 0.014 101 I 0.006 0.972 0.022 102 N 0.007 0.936 0.057 103 K 0.004 0.888 0.108 104 F 0.011 0.684 0.305 105 F 0.017 0.484 0.499 106 G 0.015 0.099 0.886 107 S 0.020 0.270 0.710 108 F 0.005 0.885 0.111 109 E 0.002 0.952 0.045 110 K 0.002 0.973 0.025 111 F 0.003 0.976 0.021 112 K 0.003 0.979 0.018 113 E 0.002 0.985 0.013 114 E 0.002 0.982 0.016 115 F 0.001 0.990 0.009 116 S 0.002 0.988 0.011 117 Q 0.001 0.982 0.017 118 A 0.004 0.957 0.039 119 A 0.006 0.923 0.071 120 K 0.011 0.859 0.131 121 N 0.012 0.604 0.383 122 V 0.026 0.039 0.935 123 E 0.067 0.033 0.900 124 G 0.138 0.031 0.831 125 V 0.265 0.021 0.714 126 G 0.469 0.027 0.504 127 W 0.802 0.015 0.183 128 A 0.939 0.011 0.050 129 I 0.959 0.012 0.029 130 L 0.961 0.010 0.029 131 V 0.925 0.008 0.067 132 Y 0.817 0.009 0.175 133 E 0.633 0.019 0.348 134 P 0.267 0.046 0.687 135 L 0.088 0.065 0.846 136 E 0.047 0.042 0.910 137 E 0.096 0.027 0.877 138 Q 0.536 0.010 0.454 139 L 0.839 0.005 0.156 140 L 0.943 0.004 0.053 141 I 0.982 0.006 0.012 142 L 0.982 0.007 0.011 143 Q 0.967 0.008 0.025 144 I 0.899 0.020 0.081 145 E 0.678 0.060 0.262 146 K 0.421 0.147 0.432 147 H 0.211 0.272 0.517 148 N 0.193 0.220 0.587 149 L 0.202 0.202 0.596 150 M 0.184 0.152 0.663 151 H 0.214 0.134 0.652 152 A 0.123 0.157 0.720 153 A 0.055 0.187 0.758 154 D 0.050 0.133 0.817 155 A 0.199 0.242 0.559 156 Q 0.369 0.314 0.317 157 V 0.445 0.389 0.165 158 L 0.435 0.485 0.080 159 L 0.333 0.615 0.053 160 A 0.354 0.571 0.075 161 L 0.152 0.721 0.126 162 D 0.093 0.648 0.259 163 V 0.044 0.670 0.285 164 W 0.060 0.727 0.213 165 E 0.059 0.785 0.156 166 H 0.060 0.842 0.098 167 A 0.122 0.833 0.045 168 Y 0.122 0.836 0.042 169 Y 0.109 0.860 0.031 170 L 0.161 0.789 0.050 171 Q 0.127 0.766 0.106 172 Y 0.083 0.740 0.176 173 K 0.051 0.704 0.245 174 N 0.069 0.486 0.444 175 D 0.040 0.539 0.421 176 R 0.033 0.377 0.590 177 G 0.019 0.544 0.437 178 S 0.025 0.725 0.251 179 Y 0.037 0.841 0.122 180 V 0.036 0.884 0.080 181 D 0.065 0.821 0.113 182 N 0.079 0.733 0.188 183 W 0.119 0.590 0.291 184 W 0.129 0.400 0.470 185 N 0.106 0.317 0.578 186 V 0.214 0.213 0.573 187 V 0.207 0.098 0.696 188 N 0.092 0.040 0.868 189 W 0.003 0.933 0.064 190 D 0.002 0.936 0.062 191 D 0.003 0.933 0.064 192 V 0.006 0.899 0.095 193 E 0.009 0.876 0.114 194 R 0.009 0.804 0.187 195 R 0.012 0.621 0.367 196 L 0.016 0.296 0.689 197 Q 0.004 0.026 0.971