# TARGET T0128 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0128-subfamily.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.42137 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.176 0.735 2 R 0.083 0.182 0.735 3 G 0.076 0.203 0.721 4 S 0.094 0.249 0.658 5 H 0.112 0.288 0.601 6 H 0.144 0.282 0.574 7 H 0.169 0.259 0.571 8 H 0.163 0.249 0.589 9 H 0.147 0.228 0.625 10 H 0.152 0.198 0.650 11 G 0.222 0.158 0.620 12 S 0.443 0.113 0.444 13 V 0.630 0.077 0.293 14 T 0.712 0.061 0.227 15 T 0.725 0.081 0.194 16 K 0.763 0.065 0.172 17 R 0.726 0.071 0.203 18 Y 0.696 0.042 0.261 19 T 0.482 0.044 0.474 20 L 0.150 0.028 0.822 21 P 0.070 0.036 0.893 22 P 0.059 0.057 0.884 23 L 0.074 0.061 0.865 24 P 0.062 0.033 0.905 25 Y 0.080 0.029 0.891 26 A 0.041 0.025 0.934 27 Y 0.006 0.675 0.319 28 N 0.006 0.710 0.284 29 A 0.012 0.767 0.221 30 L 0.034 0.689 0.277 31 E 0.070 0.577 0.354 32 P 0.104 0.492 0.404 33 Y 0.212 0.374 0.414 34 I 0.285 0.257 0.459 35 S 0.144 0.127 0.729 36 A 0.005 0.920 0.075 37 E 0.007 0.905 0.088 38 I 0.017 0.899 0.084 39 M 0.067 0.821 0.112 40 Q 0.128 0.756 0.116 41 L 0.143 0.702 0.155 42 H 0.102 0.562 0.336 43 H 0.033 0.723 0.244 44 Q 0.013 0.779 0.208 45 K 0.019 0.756 0.225 46 H 0.023 0.798 0.179 47 H 0.030 0.834 0.137 48 Q 0.040 0.858 0.102 49 G 0.029 0.887 0.084 50 Y 0.043 0.878 0.078 51 V 0.028 0.887 0.085 52 N 0.014 0.846 0.140 53 G 0.006 0.777 0.217 54 A 0.002 0.938 0.060 55 N 0.001 0.966 0.033 56 A 0.001 0.975 0.025 57 A 0.001 0.987 0.013 58 L 0.001 0.991 0.009 59 E 0.001 0.994 0.006 60 K 0.001 0.994 0.006 61 L 0.001 0.992 0.008 62 E 0.001 0.989 0.010 63 K 0.001 0.981 0.019 64 F 0.001 0.956 0.043 65 R 0.003 0.904 0.093 66 K 0.003 0.792 0.205 67 G 0.003 0.459 0.538 68 E 0.005 0.343 0.652 69 A 0.010 0.521 0.469 70 Q 0.014 0.716 0.270 71 I 0.025 0.775 0.199 72 D 0.039 0.778 0.182 73 I 0.038 0.838 0.124 74 R 0.033 0.873 0.094 75 A 0.038 0.854 0.108 76 V 0.061 0.770 0.170 77 L 0.053 0.710 0.237 78 R 0.037 0.675 0.288 79 D 0.059 0.532 0.410 80 L 0.180 0.456 0.364 81 S 0.414 0.323 0.263 82 F 0.543 0.174 0.283 83 H 0.321 0.087 0.592 84 L 0.182 0.101 0.716 85 N 0.096 0.149 0.755 86 G 0.082 0.430 0.488 87 H 0.090 0.616 0.294 88 I 0.079 0.780 0.141 89 L 0.045 0.861 0.094 90 H 0.032 0.904 0.065 91 S 0.009 0.970 0.021 92 I 0.009 0.966 0.025 93 F 0.015 0.953 0.031 94 W 0.017 0.925 0.057 95 P 0.016 0.875 0.109 96 N 0.014 0.783 0.203 97 M 0.038 0.492 0.470 98 A 0.038 0.233 0.729 99 P 0.022 0.057 0.921 100 P 0.042 0.036 0.922 101 G 0.057 0.031 0.912 102 K 0.022 0.025 0.953 103 G 0.007 0.037 0.956 104 G 0.011 0.036 0.953 105 G 0.040 0.043 0.917 106 K 0.055 0.030 0.915 107 P 0.055 0.066 0.879 108 G 0.071 0.174 0.756 109 G 0.065 0.591 0.344 110 K 0.058 0.793 0.149 111 I 0.011 0.973 0.016 112 A 0.009 0.981 0.010 113 D 0.004 0.988 0.007 114 L 0.005 0.984 0.012 115 I 0.005 0.976 0.019 116 N 0.007 0.942 0.052 117 K 0.003 0.892 0.105 118 F 0.011 0.675 0.314 119 F 0.017 0.463 0.520 120 G 0.015 0.086 0.899 121 S 0.021 0.253 0.726 122 F 0.004 0.898 0.098 123 E 0.002 0.959 0.039 124 K 0.002 0.977 0.021 125 F 0.003 0.980 0.017 126 K 0.003 0.982 0.015 127 E 0.002 0.987 0.011 128 E 0.001 0.985 0.014 129 F 0.001 0.992 0.007 130 S 0.001 0.990 0.008 131 Q 0.001 0.985 0.014 132 A 0.003 0.964 0.033 133 A 0.005 0.934 0.061 134 K 0.008 0.882 0.110 135 N 0.010 0.630 0.361 136 V 0.019 0.031 0.949 137 E 0.061 0.030 0.909 138 G 0.142 0.036 0.822 139 V 0.271 0.027 0.702 140 G 0.477 0.033 0.490 141 W 0.808 0.017 0.175 142 A 0.941 0.012 0.046 143 I 0.959 0.014 0.027 144 L 0.962 0.011 0.027 145 V 0.930 0.008 0.062 146 Y 0.836 0.008 0.156 147 E 0.660 0.017 0.323 148 P 0.267 0.042 0.690 149 L 0.081 0.058 0.861 150 E 0.039 0.038 0.923 151 E 0.082 0.023 0.895 152 Q 0.542 0.008 0.450 153 L 0.848 0.003 0.148 154 L 0.951 0.003 0.046 155 I 0.986 0.004 0.010 156 L 0.986 0.005 0.009 157 Q 0.974 0.006 0.020 158 I 0.914 0.015 0.071 159 E 0.704 0.049 0.247 160 K 0.445 0.131 0.423 161 H 0.221 0.251 0.528 162 N 0.199 0.197 0.604 163 L 0.210 0.180 0.611 164 M 0.186 0.139 0.675 165 H 0.207 0.125 0.668 166 A 0.109 0.149 0.742 167 A 0.042 0.195 0.762 168 D 0.037 0.141 0.821 169 A 0.155 0.289 0.555 170 Q 0.284 0.408 0.308 171 V 0.342 0.506 0.151 172 L 0.318 0.612 0.070 173 L 0.222 0.736 0.042 174 A 0.239 0.701 0.060 175 L 0.093 0.815 0.092 176 D 0.057 0.748 0.196 177 V 0.028 0.750 0.222 178 W 0.037 0.806 0.157 179 E 0.032 0.862 0.106 180 H 0.028 0.912 0.060 181 A 0.055 0.917 0.028 182 Y 0.053 0.921 0.026 183 Y 0.046 0.933 0.021 184 L 0.072 0.890 0.038 185 Q 0.059 0.861 0.080 186 Y 0.039 0.828 0.133 187 K 0.029 0.778 0.193 188 N 0.048 0.572 0.381 189 D 0.031 0.590 0.379 190 R 0.030 0.380 0.590 191 G 0.019 0.477 0.504 192 S 0.029 0.688 0.284 193 Y 0.047 0.834 0.120 194 V 0.038 0.891 0.070 195 D 0.068 0.834 0.098 196 N 0.085 0.744 0.171 197 W 0.110 0.620 0.270 198 W 0.116 0.425 0.458 199 N 0.090 0.340 0.570 200 V 0.170 0.226 0.604 201 V 0.145 0.111 0.745 202 N 0.056 0.043 0.901 203 W 0.002 0.934 0.064 204 D 0.002 0.929 0.069 205 D 0.001 0.949 0.050 206 V 0.002 0.947 0.051 207 E 0.001 0.965 0.033 208 R 0.001 0.973 0.026 209 R 0.001 0.970 0.029 210 L 0.001 0.963 0.035 211 Q 0.002 0.959 0.039 212 K 0.002 0.939 0.058 213 A 0.004 0.903 0.093 214 L 0.007 0.817 0.176 215 N 0.006 0.734 0.260 216 G 0.012 0.489 0.500 217 Q 0.049 0.420 0.531 218 I 0.123 0.412 0.465 219 A 0.119 0.384 0.497 220 L 0.182 0.247 0.571 221 K 0.132 0.135 0.732 222 L 0.034 0.020 0.947