# TARGET T0128 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0128-family.tuneup.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.15662 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 - 0.048 0.050 0.902 2 - 0.113 0.116 0.771 3 - 0.193 0.138 0.669 4 T 0.289 0.163 0.549 5 T 0.302 0.227 0.471 6 K 0.426 0.183 0.391 7 R 0.401 0.198 0.400 8 Y 0.480 0.119 0.401 9 T 0.401 0.095 0.504 10 L 0.125 0.026 0.848 11 P 0.075 0.032 0.892 12 P 0.061 0.055 0.884 13 L 0.086 0.058 0.856 14 P 0.073 0.035 0.892 15 Y 0.116 0.042 0.842 16 A 0.056 0.047 0.897 17 Y 0.008 0.672 0.320 18 N 0.008 0.672 0.320 19 A 0.011 0.782 0.207 20 L 0.012 0.831 0.157 21 E 0.026 0.764 0.210 22 P 0.038 0.749 0.212 23 Y 0.081 0.648 0.271 24 I 0.103 0.618 0.279 25 S 0.069 0.480 0.451 26 A 0.002 0.965 0.033 27 E 0.003 0.958 0.039 28 I 0.005 0.962 0.033 29 M 0.010 0.956 0.034 30 Q 0.019 0.945 0.036 31 L 0.021 0.927 0.051 32 H 0.020 0.863 0.117 33 H 0.011 0.856 0.133 34 Q 0.007 0.875 0.118 35 K 0.011 0.857 0.132 36 H 0.011 0.874 0.115 37 H 0.014 0.890 0.096 38 Q 0.017 0.916 0.066 39 G 0.017 0.924 0.058 40 Y 0.037 0.898 0.066 41 V 0.026 0.896 0.078 42 N 0.013 0.863 0.124 43 G 0.006 0.800 0.194 44 A 0.002 0.944 0.055 45 N 0.001 0.965 0.034 46 A 0.001 0.971 0.028 47 A 0.001 0.973 0.026 48 L 0.001 0.982 0.017 49 E 0.001 0.986 0.014 50 K 0.001 0.984 0.015 51 L 0.001 0.977 0.022 52 E 0.001 0.970 0.029 53 K 0.002 0.950 0.048 54 F 0.005 0.890 0.105 55 R 0.009 0.763 0.228 56 K 0.010 0.511 0.479 57 G 0.005 0.330 0.664 58 E 0.009 0.205 0.786 59 A 0.013 0.303 0.684 60 Q 0.009 0.804 0.187 61 I 0.016 0.858 0.126 62 D 0.021 0.890 0.089 63 I 0.035 0.883 0.082 64 R 0.045 0.878 0.077 65 A 0.048 0.847 0.106 66 V 0.054 0.779 0.167 67 L 0.050 0.699 0.250 68 R 0.033 0.708 0.259 69 D 0.063 0.591 0.345 70 L 0.157 0.380 0.462 71 S 0.315 0.235 0.450 72 F 0.320 0.139 0.541 73 H 0.132 0.033 0.835 74 L 0.134 0.069 0.797 75 N 0.091 0.137 0.772 76 G 0.056 0.574 0.370 77 H 0.042 0.744 0.214 78 I 0.022 0.899 0.079 79 L 0.012 0.933 0.055 80 H 0.007 0.968 0.024 81 S 0.002 0.991 0.007 82 I 0.002 0.991 0.007 83 F 0.003 0.988 0.009 84 W 0.004 0.977 0.019 85 P 0.004 0.956 0.040 86 N 0.004 0.904 0.092 87 M 0.020 0.622 0.357 88 A 0.021 0.285 0.695 89 P 0.017 0.168 0.815 90 P 0.037 0.150 0.813 91 G 0.065 0.112 0.824 92 K 0.050 0.093 0.858 93 G 0.031 0.065 0.903 94 G 0.030 0.069 0.901 95 G 0.052 0.061 0.887 96 K 0.091 0.067 0.842 97 - 0.088 0.051 0.860 98 P 0.044 0.061 0.895 99 G 0.023 0.160 0.817 100 G 0.012 0.689 0.298 101 K 0.011 0.864 0.125 102 I 0.003 0.973 0.024 103 A 0.004 0.982 0.014 104 D 0.003 0.988 0.009 105 L 0.003 0.986 0.011 106 I 0.004 0.978 0.017 107 N 0.006 0.952 0.042 108 K 0.004 0.899 0.096 109 F 0.011 0.674 0.314 110 F 0.014 0.441 0.545 111 G 0.011 0.058 0.931 112 S 0.017 0.100 0.883 113 F 0.001 0.941 0.058 114 E 0.001 0.979 0.021 115 K 0.001 0.989 0.011 116 F 0.001 0.988 0.010 117 K 0.002 0.987 0.011 118 E 0.002 0.988 0.010 119 E 0.001 0.984 0.014 120 F 0.003 0.965 0.032 121 S 0.006 0.939 0.055 122 Q 0.003 0.955 0.042 123 A 0.008 0.905 0.087 124 A 0.018 0.868 0.114 125 K 0.041 0.800 0.159 126 N 0.062 0.602 0.336 127 V 0.121 0.157 0.722 128 E 0.152 0.083 0.765 129 G 0.163 0.038 0.799 130 V 0.274 0.020 0.706 131 G 0.463 0.053 0.483 132 W 0.742 0.034 0.224 133 A 0.877 0.032 0.091 134 I 0.892 0.032 0.076 135 L 0.898 0.024 0.078 136 V 0.827 0.016 0.157 137 Y 0.671 0.013 0.317 138 E 0.415 0.018 0.567 139 P 0.128 0.057 0.816 140 L 0.056 0.063 0.881 141 E 0.042 0.046 0.911 142 E 0.097 0.020 0.883 143 Q 0.560 0.007 0.433 144 L 0.874 0.003 0.123 145 L 0.962 0.002 0.036 146 I 0.981 0.002 0.016 147 L 0.964 0.004 0.032 148 Q 0.887 0.005 0.108 149 I 0.646 0.012 0.342 150 E 0.376 0.025 0.599 151 K 0.142 0.033 0.825 152 H 0.064 0.137 0.799 153 N 0.058 0.099 0.843 154 L 0.113 0.137 0.749 155 M 0.162 0.120 0.717 156 H 0.200 0.124 0.676 157 A 0.120 0.120 0.760 158 A 0.060 0.087 0.853 159 D 0.053 0.031 0.916 160 A 0.277 0.024 0.699 161 Q 0.616 0.021 0.363 162 V 0.785 0.022 0.193 163 L 0.867 0.036 0.097 164 L 0.873 0.070 0.056 165 A 0.844 0.081 0.075 166 L 0.598 0.149 0.253 167 D 0.317 0.253 0.430 168 V 0.127 0.496 0.378 169 W 0.055 0.801 0.143 170 E 0.028 0.916 0.056 171 H 0.015 0.953 0.031 172 A 0.015 0.971 0.014 173 Y 0.010 0.977 0.013 174 Y 0.008 0.982 0.011 175 L 0.012 0.972 0.016 176 Q 0.012 0.954 0.034 177 Y 0.009 0.939 0.052 178 K 0.011 0.881 0.108 179 N 0.026 0.683 0.291 180 D 0.023 0.595 0.382 181 R 0.023 0.331 0.646 182 G 0.007 0.764 0.229 183 S 0.007 0.884 0.109 184 Y 0.011 0.928 0.062 185 V 0.011 0.946 0.043 186 D 0.022 0.917 0.061 187 N 0.029 0.864 0.107 188 W 0.063 0.758 0.179 189 W 0.087 0.594 0.319 190 N 0.072 0.523 0.404 191 V 0.202 0.350 0.448 192 V 0.283 0.165 0.553 193 N 0.158 0.062 0.780 194 W 0.004 0.947 0.048 195 D 0.009 0.913 0.078 196 D 0.012 0.905 0.083 197 V 0.028 0.796 0.176 198 E 0.013 0.765 0.222 199 R 0.022 0.606 0.371 200 R 0.022 0.364 0.615 201 - 0.007 0.012 0.981