# TARGET T0127 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0127.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 170.611 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.046 0.913 2 T 0.019 0.592 0.389 3 T 0.032 0.615 0.354 4 A 0.047 0.622 0.331 5 V 0.073 0.502 0.426 6 A 0.098 0.409 0.493 7 R 0.099 0.304 0.597 8 L 0.075 0.332 0.593 9 Q 0.073 0.285 0.642 10 P 0.061 0.302 0.637 11 S 0.060 0.252 0.687 12 A 0.063 0.334 0.603 13 S 0.084 0.377 0.540 14 G 0.064 0.664 0.272 15 A 0.056 0.730 0.214 16 K 0.061 0.702 0.237 17 T 0.074 0.611 0.314 18 R 0.070 0.444 0.486 19 P 0.038 0.183 0.779 20 V 0.015 0.520 0.465 21 F 0.025 0.532 0.443 22 P 0.030 0.562 0.408 23 F 0.026 0.533 0.441 24 S 0.039 0.626 0.335 25 A 0.077 0.566 0.357 26 I 0.102 0.522 0.375 27 V 0.104 0.442 0.454 28 G 0.052 0.271 0.677 29 Q 0.006 0.853 0.141 30 E 0.004 0.908 0.088 31 D 0.002 0.947 0.051 32 M 0.001 0.989 0.011 33 K 0.001 0.993 0.006 34 L 0.001 0.997 0.003 35 A 0.001 0.998 0.002 36 L 0.001 0.998 0.002 37 L 0.001 0.997 0.003 38 L 0.001 0.994 0.005 39 T 0.001 0.989 0.011 40 A 0.001 0.969 0.030 41 V 0.002 0.901 0.097 42 D 0.005 0.311 0.683 43 P 0.010 0.053 0.936 44 G 0.021 0.031 0.948 45 I 0.093 0.025 0.882 46 G 0.186 0.017 0.797 47 G 0.471 0.006 0.523 48 V 0.940 0.003 0.057 49 L 0.981 0.001 0.018 50 V 0.988 0.001 0.011 51 F 0.947 0.001 0.052 52 G 0.595 0.002 0.403 53 D 0.148 0.011 0.841 54 R 0.031 0.050 0.919 55 G 0.069 0.083 0.847 56 T 0.074 0.221 0.705 57 G 0.036 0.592 0.372 58 K 0.018 0.834 0.149 59 S 0.006 0.955 0.038 60 T 0.003 0.984 0.013 61 A 0.002 0.990 0.009 62 V 0.001 0.994 0.005 63 R 0.001 0.996 0.003 64 A 0.001 0.992 0.008 65 L 0.001 0.980 0.019 66 A 0.001 0.962 0.037 67 A 0.001 0.899 0.101 68 L 0.003 0.754 0.243 69 L 0.004 0.397 0.599 70 P 0.003 0.066 0.930 71 E 0.013 0.182 0.805 72 I 0.084 0.227 0.689 73 E 0.221 0.262 0.516 74 A 0.374 0.282 0.344 75 V 0.378 0.289 0.333 76 E 0.378 0.311 0.311 77 G 0.409 0.250 0.341 78 C 0.437 0.202 0.361 79 P 0.381 0.227 0.391 80 V 0.314 0.222 0.463 81 S 0.266 0.203 0.531 82 S 0.221 0.194 0.586 83 P 0.168 0.172 0.660 84 N 0.132 0.192 0.676 85 V 0.123 0.202 0.675 86 E 0.110 0.255 0.636 87 M 0.098 0.263 0.640 88 I 0.111 0.260 0.628 89 P 0.117 0.261 0.622 90 D 0.125 0.261 0.613 91 W 0.095 0.252 0.653 92 A 0.117 0.291 0.592 93 T 0.156 0.308 0.536 94 V 0.214 0.228 0.558 95 L 0.254 0.165 0.581 96 S 0.172 0.122 0.706 97 T 0.117 0.135 0.748 98 N 0.137 0.141 0.722 99 V 0.279 0.178 0.543 100 I 0.369 0.172 0.458 101 R 0.411 0.172 0.416 102 K 0.344 0.169 0.487 103 P 0.251 0.157 0.592 104 T 0.213 0.096 0.690 105 P 0.120 0.066 0.814 106 V 0.072 0.423 0.504 107 V 0.056 0.449 0.496 108 D 0.069 0.407 0.524 109 L 0.074 0.226 0.700 110 P 0.034 0.162 0.804 111 L 0.036 0.244 0.720 112 G 0.050 0.335 0.615 113 V 0.100 0.416 0.485 114 S 0.126 0.445 0.429 115 E 0.120 0.493 0.386 116 D 0.142 0.499 0.359 117 R 0.202 0.482 0.316 118 V 0.296 0.394 0.311 119 V 0.177 0.401 0.422 120 G 0.112 0.300 0.588 121 A 0.100 0.274 0.626 122 L 0.190 0.108 0.702 123 D 0.387 0.090 0.523 124 I 0.337 0.321 0.342 125 E 0.282 0.321 0.396 126 R 0.221 0.414 0.365 127 A 0.266 0.257 0.477 128 I 0.203 0.265 0.532 129 S 0.127 0.220 0.653 130 K 0.041 0.188 0.771 131 G 0.034 0.088 0.878 132 E 0.202 0.112 0.687 133 K 0.361 0.139 0.501 134 A 0.509 0.122 0.369 135 F 0.449 0.136 0.415 136 E 0.255 0.166 0.580 137 P 0.115 0.242 0.643 138 G 0.088 0.268 0.644 139 L 0.195 0.360 0.445 140 L 0.270 0.412 0.317 141 A 0.208 0.524 0.267 142 R 0.162 0.537 0.301 143 A 0.074 0.431 0.495 144 N 0.055 0.200 0.745 145 R 0.034 0.023 0.943 146 G 0.112 0.001 0.887 147 Y 0.912 0.001 0.087 148 L 0.985 0.001 0.015 149 Y 0.989 0.002 0.009 150 I 0.943 0.007 0.049 151 D 0.568 0.023 0.409 152 E 0.105 0.067 0.829 153 C 0.030 0.150 0.820 154 N 0.049 0.166 0.786 155 L 0.058 0.125 0.817 156 L 0.035 0.077 0.887 157 E 0.007 0.037 0.956 158 D 0.001 0.962 0.038 159 H 0.001 0.983 0.017 160 I 0.001 0.993 0.007 161 V 0.001 0.990 0.009 162 D 0.001 0.995 0.005 163 L 0.001 0.995 0.005 164 L 0.001 0.992 0.008 165 L 0.001 0.988 0.012 166 D 0.001 0.980 0.019 167 V 0.001 0.964 0.035 168 A 0.003 0.899 0.098 169 Q 0.005 0.818 0.178 170 S 0.006 0.510 0.484 171 G 0.011 0.017 0.972 172 E 0.206 0.017 0.777 173 N 0.699 0.014 0.287 174 V 0.808 0.018 0.174 175 V 0.916 0.016 0.068 176 E 0.825 0.020 0.155 177 R 0.672 0.036 0.291 178 D 0.186 0.058 0.756 179 G 0.068 0.004 0.928 180 L 0.513 0.007 0.480 181 S 0.725 0.009 0.266 182 I 0.722 0.016 0.262 183 R 0.617 0.025 0.358 184 H 0.408 0.029 0.564 185 P 0.325 0.022 0.653 186 A 0.255 0.020 0.725 187 R 0.348 0.004 0.648 188 F 0.880 0.001 0.119 189 V 0.974 0.001 0.025 190 L 0.994 0.001 0.006 191 V 0.995 0.001 0.005 192 G 0.965 0.002 0.034 193 S 0.783 0.004 0.213 194 G 0.320 0.007 0.673 195 N 0.070 0.011 0.918 196 P 0.040 0.092 0.868 197 E 0.028 0.142 0.830 198 E 0.021 0.231 0.748 199 G 0.017 0.138 0.845 200 D 0.024 0.073 0.903 201 L 0.031 0.034 0.935 202 R 0.017 0.030 0.954 203 P 0.002 0.892 0.106 204 Q 0.002 0.910 0.088 205 L 0.003 0.937 0.060 206 L 0.011 0.864 0.125 207 D 0.021 0.831 0.148 208 R 0.035 0.725 0.239 209 F 0.067 0.225 0.708 210 G 0.202 0.100 0.698 211 L 0.537 0.108 0.355 212 S 0.735 0.074 0.190 213 V 0.805 0.067 0.129 214 E 0.728 0.060 0.213 215 V 0.437 0.069 0.494 216 L 0.174 0.055 0.771 217 S 0.049 0.054 0.897 218 P 0.019 0.073 0.908 219 R 0.010 0.110 0.880 220 D 0.003 0.618 0.379 221 V 0.001 0.825 0.173 222 E 0.001 0.920 0.078 223 T 0.002 0.943 0.054 224 R 0.002 0.964 0.033 225 V 0.002 0.974 0.024 226 E 0.001 0.980 0.019 227 V 0.001 0.979 0.020 228 I 0.001 0.979 0.019 229 R 0.001 0.980 0.019 230 R 0.003 0.969 0.029 231 R 0.005 0.962 0.033 232 D 0.009 0.947 0.044 233 T 0.016 0.916 0.068 234 Y 0.029 0.822 0.149 235 D 0.034 0.734 0.232 236 A 0.032 0.594 0.374 237 D 0.029 0.337 0.634 238 P 0.021 0.309 0.670 239 K 0.020 0.390 0.590 240 A 0.032 0.475 0.494 241 F 0.052 0.488 0.460 242 L 0.062 0.530 0.409 243 E 0.060 0.587 0.354 244 E 0.044 0.660 0.296 245 W 0.047 0.663 0.290 246 R 0.043 0.636 0.321 247 P 0.031 0.670 0.299 248 K 0.023 0.689 0.288 249 D 0.015 0.820 0.165 250 M 0.010 0.881 0.108 251 D 0.005 0.926 0.069 252 I 0.002 0.956 0.042 253 R 0.001 0.979 0.020 254 N 0.001 0.990 0.010 255 Q 0.001 0.992 0.008 256 I 0.001 0.993 0.007 257 L 0.001 0.993 0.006 258 E 0.001 0.992 0.008 259 A 0.001 0.983 0.016 260 R 0.001 0.963 0.035 261 E 0.003 0.918 0.080 262 R 0.005 0.843 0.152 263 L 0.015 0.625 0.360 264 P 0.016 0.512 0.472 265 K 0.021 0.183 0.797 266 V 0.057 0.099 0.845 267 E 0.118 0.063 0.819 268 A 0.075 0.077 0.848 269 P 0.018 0.058 0.924 270 N 0.001 0.950 0.049 271 T 0.001 0.974 0.026 272 A 0.001 0.988 0.012 273 L 0.001 0.987 0.012 274 Y 0.001 0.992 0.007 275 D 0.001 0.993 0.006 276 C 0.001 0.992 0.007 277 A 0.001 0.991 0.009 278 A 0.001 0.989 0.011 279 L 0.001 0.974 0.026 280 C 0.001 0.958 0.041 281 I 0.001 0.930 0.068 282 A 0.002 0.865 0.134 283 L 0.004 0.637 0.359 284 G 0.004 0.139 0.857 285 S 0.007 0.034 0.959 286 D 0.021 0.023 0.956 287 G 0.021 0.021 0.958 288 L 0.002 0.898 0.100 289 R 0.001 0.951 0.049 290 G 0.001 0.976 0.024 291 E 0.001 0.966 0.033 292 L 0.001 0.981 0.018 293 T 0.001 0.983 0.016 294 L 0.001 0.987 0.012 295 L 0.001 0.988 0.012 296 R 0.001 0.989 0.011 297 S 0.001 0.991 0.008 298 A 0.001 0.991 0.008 299 R 0.001 0.993 0.007 300 A 0.001 0.992 0.008 301 L 0.001 0.990 0.010 302 A 0.001 0.984 0.015 303 A 0.001 0.975 0.025 304 L 0.002 0.953 0.045 305 E 0.002 0.798 0.200 306 G 0.003 0.058 0.939 307 A 0.019 0.040 0.941 308 T 0.102 0.035 0.863 309 A 0.275 0.066 0.659 310 V 0.449 0.045 0.506 311 G 0.240 0.032 0.728 312 R 0.006 0.941 0.053 313 D 0.002 0.953 0.045 314 H 0.001 0.960 0.039 315 L 0.001 0.985 0.015 316 K 0.001 0.989 0.010 317 R 0.001 0.990 0.010 318 V 0.001 0.984 0.016 319 A 0.001 0.975 0.024 320 T 0.001 0.967 0.033 321 M 0.001 0.935 0.064 322 A 0.003 0.899 0.098 323 L 0.004 0.856 0.140 324 S 0.006 0.795 0.198 325 H 0.011 0.751 0.238 326 R 0.021 0.718 0.261 327 L 0.034 0.657 0.309 328 R 0.058 0.536 0.406 329 R 0.062 0.325 0.614 330 D 0.036 0.107 0.857 331 P 0.024 0.522 0.454 332 L 0.022 0.627 0.351 333 D 0.025 0.653 0.322 334 E 0.051 0.513 0.436 335 A 0.070 0.427 0.504 336 G 0.036 0.372 0.592 337 S 0.010 0.444 0.545 338 T 0.016 0.558 0.426 339 A 0.049 0.711 0.240 340 R 0.061 0.829 0.110 341 V 0.043 0.915 0.042 342 A 0.015 0.971 0.014 343 R 0.004 0.990 0.006 344 T 0.005 0.988 0.008 345 V 0.004 0.985 0.011 346 E 0.004 0.979 0.018 347 E 0.002 0.956 0.042 348 T 0.004 0.882 0.114 349 L 0.004 0.593 0.403 350 P 0.001 0.019 0.980