# TARGET T0126 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0126.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.66497 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.157 0.776 2 A 0.042 0.271 0.687 3 E 0.042 0.267 0.691 4 D 0.048 0.229 0.723 5 G 0.046 0.063 0.891 6 P 0.078 0.086 0.835 7 Q 0.083 0.128 0.789 8 K 0.085 0.173 0.742 9 Q 0.181 0.162 0.656 10 Q 0.374 0.133 0.493 11 L 0.448 0.095 0.457 12 E 0.418 0.062 0.521 13 M 0.266 0.031 0.703 14 P 0.305 0.020 0.675 15 L 0.549 0.037 0.414 16 V 0.576 0.048 0.377 17 L 0.397 0.071 0.532 18 D 0.136 0.148 0.717 19 Q 0.030 0.206 0.764 20 D 0.029 0.224 0.747 21 L 0.108 0.317 0.575 22 T 0.194 0.267 0.539 23 Q 0.262 0.309 0.429 24 Q 0.220 0.360 0.420 25 M 0.250 0.392 0.358 26 R 0.352 0.401 0.248 27 L 0.425 0.443 0.132 28 R 0.440 0.461 0.099 29 V 0.262 0.671 0.067 30 E 0.208 0.704 0.088 31 S 0.132 0.766 0.103 32 L 0.093 0.799 0.108 33 K 0.049 0.828 0.123 34 Q 0.031 0.817 0.152 35 R 0.030 0.623 0.347 36 G 0.018 0.152 0.829 37 E 0.053 0.127 0.820 38 K 0.173 0.139 0.688 39 K 0.292 0.103 0.605 40 Q 0.306 0.087 0.607 41 D 0.160 0.066 0.774 42 G 0.122 0.269 0.609 43 E 0.252 0.324 0.424 44 K 0.304 0.309 0.387 45 L 0.419 0.205 0.376 46 I 0.384 0.094 0.522 47 R 0.187 0.041 0.772 48 P 0.064 0.141 0.795 49 A 0.080 0.147 0.773 50 E 0.329 0.099 0.572 51 S 0.629 0.050 0.321 52 V 0.816 0.044 0.139 53 Y 0.833 0.055 0.112 54 R 0.778 0.066 0.156 55 L 0.698 0.044 0.258 56 D 0.547 0.040 0.413 57 F 0.269 0.256 0.475 58 I 0.208 0.281 0.510 59 Q 0.191 0.418 0.391 60 Q 0.196 0.412 0.392 61 Q 0.294 0.332 0.374 62 K 0.358 0.274 0.368 63 L 0.438 0.213 0.349 64 Q 0.571 0.109 0.320 65 F 0.575 0.061 0.364 66 D 0.579 0.041 0.380 67 H 0.679 0.026 0.295 68 W 0.788 0.012 0.200 69 N 0.891 0.008 0.100 70 V 0.942 0.007 0.051 71 V 0.942 0.005 0.053 72 L 0.911 0.004 0.085 73 D 0.670 0.005 0.325 74 K 0.337 0.004 0.659 75 P 0.158 0.013 0.828 76 G 0.293 0.011 0.696 77 K 0.740 0.009 0.251 78 V 0.897 0.005 0.098 79 T 0.919 0.006 0.075 80 I 0.871 0.004 0.125 81 T 0.599 0.007 0.394 82 G 0.409 0.010 0.581 83 T 0.317 0.031 0.651 84 S 0.256 0.043 0.701 85 Q 0.084 0.072 0.843 86 N 0.052 0.057 0.891 87 W 0.120 0.087 0.794 88 T 0.127 0.042 0.832 89 P 0.122 0.081 0.797 90 D 0.055 0.084 0.861 91 L 0.014 0.736 0.250 92 T 0.016 0.742 0.242 93 N 0.011 0.816 0.172 94 L 0.011 0.812 0.178 95 M 0.019 0.777 0.204 96 T 0.020 0.752 0.228 97 R 0.010 0.844 0.146 98 Q 0.011 0.790 0.199 99 L 0.025 0.683 0.292 100 L 0.059 0.302 0.639 101 D 0.042 0.050 0.908 102 P 0.047 0.140 0.813 103 A 0.198 0.069 0.733 104 A 0.569 0.086 0.345 105 I 0.820 0.064 0.116 106 F 0.908 0.039 0.053 107 W 0.807 0.035 0.158 108 R 0.482 0.034 0.484 109 K 0.222 0.029 0.749 110 E 0.079 0.039 0.882 111 D 0.028 0.259 0.713 112 S 0.020 0.276 0.704 113 D 0.034 0.264 0.702 114 A 0.091 0.222 0.687 115 M 0.193 0.168 0.639 116 D 0.167 0.123 0.710 117 W 0.052 0.488 0.460 118 N 0.031 0.413 0.555 119 E 0.004 0.884 0.112 120 A 0.004 0.871 0.125 121 D 0.005 0.896 0.098 122 A 0.006 0.912 0.081 123 L 0.007 0.922 0.072 124 E 0.004 0.929 0.067 125 F 0.003 0.902 0.095 126 G 0.004 0.760 0.237 127 E 0.002 0.897 0.101 128 R 0.002 0.897 0.101 129 L 0.001 0.976 0.023 130 S 0.001 0.981 0.019 131 D 0.001 0.989 0.011 132 L 0.001 0.986 0.013 133 A 0.001 0.992 0.008 134 K 0.001 0.991 0.008 135 I 0.001 0.986 0.013 136 R 0.003 0.980 0.017 137 K 0.010 0.961 0.028 138 V 0.030 0.923 0.047 139 M 0.162 0.769 0.070 140 Y 0.385 0.561 0.054 141 F 0.529 0.432 0.039 142 L 0.835 0.123 0.041 143 I 0.833 0.067 0.100 144 T 0.768 0.030 0.202 145 F 0.519 0.036 0.445 146 G 0.121 0.036 0.842 147 E 0.045 0.036 0.918 148 G 0.045 0.015 0.941 149 V 0.111 0.009 0.881 150 E 0.071 0.005 0.924 151 P 0.084 0.228 0.688 152 A 0.170 0.233 0.598 153 N 0.320 0.223 0.457 154 L 0.557 0.098 0.345 155 K 0.736 0.058 0.207 156 A 0.776 0.067 0.157 157 S 0.764 0.062 0.174 158 V 0.762 0.077 0.162 159 V 0.678 0.088 0.233 160 F 0.486 0.170 0.344 161 N 0.308 0.167 0.524 162 Q 0.160 0.141 0.700 163 L 0.034 0.029 0.937