# TARGET T0126 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0126.remoter-t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.87474 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.403 0.537 2 A 0.045 0.311 0.645 3 E 0.037 0.331 0.632 4 D 0.039 0.295 0.666 5 G 0.055 0.169 0.776 6 P 0.066 0.199 0.736 7 Q 0.052 0.346 0.603 8 K 0.049 0.418 0.533 9 Q 0.109 0.416 0.476 10 Q 0.175 0.424 0.401 11 L 0.225 0.443 0.332 12 E 0.249 0.356 0.396 13 M 0.151 0.147 0.702 14 P 0.210 0.139 0.651 15 L 0.230 0.283 0.486 16 V 0.112 0.531 0.357 17 L 0.058 0.633 0.310 18 D 0.032 0.681 0.287 19 Q 0.021 0.666 0.314 20 D 0.020 0.664 0.317 21 L 0.006 0.898 0.097 22 T 0.009 0.884 0.107 23 Q 0.006 0.947 0.047 24 Q 0.003 0.971 0.026 25 M 0.002 0.980 0.018 26 R 0.002 0.987 0.012 27 L 0.002 0.986 0.012 28 R 0.002 0.985 0.014 29 V 0.002 0.983 0.015 30 E 0.001 0.975 0.023 31 S 0.001 0.967 0.032 32 L 0.003 0.922 0.075 33 K 0.003 0.891 0.106 34 Q 0.002 0.868 0.130 35 R 0.002 0.786 0.211 36 G 0.003 0.633 0.364 37 E 0.003 0.752 0.245 38 K 0.002 0.842 0.155 39 K 0.004 0.854 0.142 40 Q 0.005 0.908 0.087 41 D 0.007 0.903 0.091 42 G 0.008 0.884 0.108 43 E 0.013 0.899 0.088 44 K 0.021 0.872 0.107 45 L 0.031 0.858 0.111 46 I 0.076 0.693 0.231 47 R 0.111 0.525 0.365 48 P 0.057 0.521 0.422 49 A 0.050 0.458 0.491 50 E 0.072 0.397 0.531 51 S 0.095 0.457 0.447 52 V 0.199 0.497 0.304 53 Y 0.240 0.467 0.292 54 R 0.175 0.580 0.245 55 L 0.121 0.564 0.315 56 D 0.066 0.563 0.371 57 F 0.027 0.747 0.227 58 I 0.021 0.736 0.243 59 Q 0.018 0.821 0.161 60 Q 0.027 0.797 0.176 61 Q 0.055 0.761 0.184 62 K 0.064 0.769 0.168 63 L 0.072 0.735 0.192 64 Q 0.090 0.664 0.246 65 F 0.089 0.579 0.331 66 D 0.107 0.483 0.410 67 H 0.148 0.405 0.447 68 W 0.366 0.161 0.474 69 N 0.552 0.108 0.340 70 V 0.705 0.090 0.204 71 V 0.736 0.073 0.191 72 L 0.674 0.064 0.262 73 D 0.452 0.046 0.502 74 K 0.188 0.024 0.788 75 P 0.110 0.038 0.852 76 G 0.196 0.028 0.775 77 K 0.556 0.021 0.424 78 V 0.760 0.013 0.227 79 T 0.774 0.015 0.212 80 I 0.717 0.012 0.271 81 T 0.508 0.018 0.474 82 G 0.347 0.017 0.636 83 T 0.292 0.020 0.688 84 S 0.255 0.047 0.698 85 Q 0.177 0.059 0.764 86 N 0.169 0.055 0.777 87 W 0.124 0.075 0.802 88 T 0.046 0.058 0.896 89 P 0.014 0.463 0.523 90 D 0.013 0.529 0.458 91 L 0.021 0.706 0.274 92 T 0.034 0.600 0.366 93 N 0.035 0.693 0.273 94 L 0.029 0.692 0.279 95 M 0.060 0.500 0.440 96 T 0.049 0.506 0.444 97 R 0.026 0.628 0.346 98 Q 0.024 0.561 0.414 99 L 0.077 0.411 0.513 100 L 0.120 0.145 0.735 101 D 0.044 0.016 0.940 102 P 0.028 0.038 0.933 103 A 0.063 0.027 0.910 104 A 0.413 0.037 0.549 105 I 0.775 0.031 0.194 106 F 0.888 0.027 0.086 107 W 0.800 0.030 0.170 108 R 0.583 0.044 0.373 109 K 0.359 0.040 0.601 110 E 0.197 0.072 0.731 111 D 0.131 0.235 0.634 112 S 0.090 0.308 0.603 113 D 0.066 0.433 0.501 114 A 0.105 0.543 0.351 115 M 0.211 0.482 0.306 116 D 0.277 0.472 0.251 117 W 0.235 0.564 0.201 118 N 0.256 0.483 0.261 119 E 0.251 0.456 0.292 120 A 0.127 0.460 0.412 121 D 0.074 0.244 0.682 122 A 0.055 0.230 0.716 123 L 0.039 0.321 0.640 124 E 0.022 0.416 0.563 125 F 0.013 0.619 0.368 126 G 0.011 0.764 0.226 127 E 0.007 0.890 0.103 128 R 0.006 0.903 0.092 129 L 0.001 0.977 0.022 130 S 0.001 0.982 0.017 131 D 0.001 0.989 0.010 132 L 0.001 0.987 0.012 133 A 0.001 0.992 0.007 134 K 0.001 0.992 0.008 135 I 0.001 0.986 0.012 136 R 0.003 0.981 0.016 137 K 0.009 0.965 0.026 138 V 0.028 0.927 0.045 139 M 0.157 0.775 0.067 140 Y 0.371 0.576 0.053 141 F 0.513 0.447 0.039 142 L 0.834 0.124 0.042 143 I 0.830 0.067 0.103 144 T 0.769 0.029 0.202 145 F 0.523 0.035 0.442 146 G 0.122 0.036 0.841 147 E 0.045 0.036 0.919 148 G 0.045 0.014 0.941 149 V 0.111 0.008 0.880 150 E 0.071 0.005 0.924 151 P 0.085 0.226 0.689 152 A 0.171 0.230 0.599 153 N 0.323 0.220 0.457 154 L 0.565 0.095 0.340 155 K 0.742 0.056 0.202 156 A 0.784 0.064 0.152 157 S 0.769 0.060 0.171 158 V 0.762 0.075 0.163 159 V 0.674 0.088 0.238 160 F 0.479 0.170 0.351 161 N 0.304 0.168 0.529 162 Q 0.158 0.141 0.701 163 L 0.033 0.030 0.937