# TARGET T0121 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0121.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1448.16 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.071 0.025 0.904 2 A 0.244 0.021 0.735 3 G 0.694 0.014 0.292 4 V 0.923 0.008 0.070 5 R 0.959 0.005 0.036 6 L 0.960 0.006 0.035 7 V 0.862 0.008 0.130 8 D 0.790 0.007 0.203 9 V 0.883 0.005 0.111 10 W 0.936 0.003 0.061 11 K 0.950 0.003 0.047 12 V 0.886 0.004 0.110 13 F 0.630 0.011 0.359 14 G 0.101 0.015 0.884 15 E 0.085 0.022 0.892 16 V 0.544 0.019 0.437 17 T 0.823 0.012 0.166 18 A 0.900 0.009 0.091 19 V 0.853 0.010 0.137 20 R 0.699 0.024 0.277 21 E 0.735 0.012 0.253 22 L 0.774 0.005 0.221 23 S 0.878 0.002 0.120 24 L 0.963 0.001 0.036 25 E 0.950 0.001 0.049 26 V 0.865 0.003 0.133 27 K 0.457 0.006 0.537 28 D 0.038 0.010 0.953 29 G 0.039 0.005 0.956 30 E 0.597 0.003 0.400 31 F 0.842 0.001 0.157 32 M 0.970 0.001 0.029 33 I 0.987 0.001 0.012 34 L 0.975 0.002 0.023 35 L 0.928 0.001 0.070 36 G 0.597 0.005 0.398 37 P 0.134 0.019 0.847 38 S 0.033 0.065 0.902 39 G 0.043 0.226 0.731 40 C 0.048 0.338 0.614 41 G 0.047 0.521 0.433 42 K 0.034 0.723 0.243 43 T 0.019 0.907 0.074 44 T 0.013 0.962 0.025 45 T 0.009 0.974 0.017 46 L 0.006 0.979 0.015 47 R 0.003 0.980 0.017 48 M 0.003 0.962 0.035 49 I 0.003 0.938 0.059 50 A 0.002 0.903 0.094 51 G 0.005 0.179 0.816 52 L 0.040 0.058 0.902 53 E 0.157 0.036 0.807 54 E 0.146 0.013 0.841 55 P 0.132 0.024 0.845 56 S 0.134 0.018 0.848 57 R 0.221 0.015 0.764 58 G 0.434 0.007 0.559 59 Q 0.829 0.008 0.163 60 I 0.959 0.005 0.036 61 Y 0.941 0.005 0.054 62 I 0.824 0.006 0.170 63 G 0.362 0.010 0.627 64 D 0.141 0.013 0.846 65 R 0.374 0.035 0.592 66 L 0.380 0.059 0.560 67 V 0.133 0.218 0.649 68 A 0.081 0.230 0.689 69 D 0.060 0.295 0.645 70 P 0.054 0.244 0.702 71 E 0.039 0.253 0.708 72 K 0.009 0.746 0.245 73 G 0.006 0.839 0.155 74 I 0.006 0.880 0.114 75 F 0.008 0.878 0.113 76 V 0.011 0.903 0.086 77 P 0.019 0.869 0.112 78 P 0.027 0.799 0.174 79 K 0.042 0.623 0.336 80 D 0.080 0.325 0.595 81 R 0.140 0.166 0.694 82 D 0.358 0.046 0.596 83 I 0.762 0.027 0.211 84 A 0.874 0.020 0.106 85 M 0.874 0.020 0.106 86 V 0.733 0.016 0.251 87 F 0.481 0.015 0.504 88 Q 0.169 0.045 0.785 89 S 0.071 0.063 0.866 90 Y 0.058 0.289 0.653 91 A 0.104 0.237 0.659 92 L 0.132 0.219 0.649 93 Y 0.049 0.058 0.893 94 P 0.033 0.081 0.886 95 H 0.058 0.076 0.865 96 M 0.191 0.053 0.755 97 T 0.242 0.078 0.680 98 V 0.048 0.835 0.118 99 Y 0.026 0.897 0.077 100 D 0.014 0.942 0.045 101 N 0.032 0.873 0.095 102 I 0.023 0.898 0.080 103 A 0.016 0.872 0.112 104 F 0.013 0.827 0.160 105 P 0.017 0.641 0.342 106 L 0.013 0.674 0.312 107 K 0.008 0.666 0.326 108 L 0.012 0.571 0.417 109 R 0.008 0.458 0.533 110 K 0.006 0.056 0.938 111 V 0.014 0.058 0.927 112 P 0.008 0.084 0.908 113 R 0.001 0.924 0.075 114 Q 0.001 0.963 0.036 115 E 0.001 0.973 0.026 116 I 0.001 0.970 0.029 117 D 0.001 0.979 0.021 118 Q 0.001 0.984 0.016 119 R 0.001 0.983 0.016 120 V 0.001 0.988 0.012 121 R 0.001 0.990 0.010 122 E 0.001 0.985 0.015 123 V 0.001 0.977 0.023 124 A 0.001 0.965 0.034 125 E 0.001 0.960 0.039 126 L 0.001 0.952 0.047 127 L 0.001 0.834 0.165 128 G 0.001 0.044 0.955 129 L 0.010 0.078 0.912 130 T 0.018 0.190 0.793 131 E 0.021 0.473 0.506 132 L 0.041 0.630 0.329 133 L 0.065 0.564 0.371 134 N 0.082 0.363 0.554 135 R 0.105 0.327 0.568 136 K 0.101 0.224 0.675 137 P 0.110 0.289 0.601 138 R 0.215 0.258 0.526 139 E 0.289 0.218 0.493 140 L 0.277 0.156 0.568 141 S 0.173 0.141 0.685 142 G 0.036 0.400 0.564 143 G 0.016 0.733 0.251 144 Q 0.027 0.888 0.085 145 R 0.012 0.961 0.027 146 Q 0.005 0.988 0.006 147 R 0.003 0.995 0.002 148 V 0.001 0.999 0.001 149 A 0.001 0.999 0.001 150 L 0.001 0.999 0.001 151 G 0.001 0.999 0.001 152 R 0.001 0.998 0.002 153 A 0.001 0.993 0.006 154 I 0.002 0.977 0.022 155 V 0.004 0.920 0.076 156 R 0.004 0.678 0.317 157 K 0.005 0.017 0.978 158 P 0.034 0.008 0.957 159 Q 0.188 0.003 0.810 160 V 0.905 0.002 0.092 161 F 0.990 0.001 0.009 162 L 0.988 0.003 0.009 163 M 0.932 0.003 0.065 164 D 0.514 0.011 0.475 165 E 0.111 0.033 0.855 166 P 0.038 0.099 0.863 167 L 0.068 0.182 0.750 168 S 0.073 0.187 0.739 169 N 0.124 0.140 0.736 170 L 0.066 0.057 0.877 171 D 0.021 0.029 0.950 172 A 0.001 0.963 0.037 173 K 0.001 0.984 0.016 174 L 0.001 0.992 0.008 175 R 0.001 0.994 0.006 176 V 0.001 0.995 0.004 177 R 0.001 0.997 0.003 178 M 0.001 0.996 0.003 179 R 0.001 0.995 0.005 180 A 0.001 0.995 0.005 181 E 0.001 0.989 0.011 182 L 0.001 0.979 0.021 183 K 0.001 0.978 0.022 184 K 0.001 0.966 0.034 185 L 0.001 0.945 0.054 186 Q 0.002 0.929 0.070 187 R 0.002 0.883 0.115 188 Q 0.002 0.749 0.248 189 L 0.004 0.343 0.653 190 G 0.002 0.005 0.993 191 V 0.069 0.001 0.930 192 T 0.851 0.001 0.148 193 T 0.978 0.001 0.021 194 I 0.992 0.001 0.008 195 Y 0.986 0.001 0.013 196 V 0.939 0.002 0.059 197 T 0.664 0.009 0.327 198 H 0.176 0.040 0.784 199 D 0.041 0.092 0.868 200 Q 0.003 0.863 0.134 201 V 0.001 0.936 0.064 202 E 0.001 0.959 0.040 203 A 0.002 0.955 0.043 204 M 0.005 0.938 0.057 205 T 0.007 0.902 0.091 206 M 0.013 0.800 0.188 207 G 0.045 0.451 0.503 208 D 0.133 0.214 0.653 209 R 0.551 0.114 0.336 210 I 0.895 0.033 0.072 211 A 0.970 0.011 0.019 212 V 0.979 0.004 0.016 213 M 0.894 0.004 0.102 214 N 0.517 0.008 0.475 215 R 0.066 0.008 0.926 216 G 0.083 0.002 0.915 217 V 0.786 0.002 0.212 218 L 0.949 0.002 0.049 219 Q 0.927 0.005 0.068 220 Q 0.859 0.005 0.136 221 V 0.502 0.014 0.485 222 G 0.156 0.007 0.837 223 S 0.077 0.025 0.898 224 P 0.003 0.946 0.051 225 D 0.002 0.967 0.031 226 E 0.003 0.965 0.032 227 V 0.011 0.920 0.069 228 Y 0.018 0.868 0.113 229 D 0.028 0.732 0.240 230 K 0.019 0.455 0.526 231 P 0.026 0.246 0.728 232 A 0.027 0.126 0.847 233 N 0.068 0.139 0.794 234 T 0.139 0.231 0.630 235 F 0.258 0.237 0.505 236 V 0.338 0.269 0.393 237 A 0.326 0.284 0.390 238 G 0.320 0.243 0.437 239 F 0.258 0.224 0.518 240 I 0.124 0.213 0.663 241 G 0.080 0.173 0.746 242 S 0.066 0.155 0.779 243 P 0.051 0.089 0.859 244 P 0.042 0.149 0.809 245 M 0.034 0.242 0.724 246 N 0.037 0.355 0.608 247 F 0.055 0.459 0.486 248 L 0.105 0.453 0.442 249 D 0.166 0.425 0.409 250 A 0.170 0.388 0.443 251 I 0.165 0.338 0.498 252 V 0.168 0.255 0.578 253 T 0.098 0.152 0.750 254 E 0.055 0.315 0.629 255 D 0.058 0.324 0.618 256 G 0.069 0.398 0.533 257 F 0.100 0.385 0.515 258 V 0.143 0.380 0.478 259 D 0.137 0.374 0.489 260 F 0.095 0.347 0.558 261 G 0.080 0.342 0.578 262 E 0.085 0.360 0.555 263 F 0.119 0.372 0.508 264 R 0.140 0.371 0.489 265 L 0.139 0.353 0.508 266 K 0.137 0.334 0.529 267 L 0.117 0.293 0.590 268 L 0.093 0.245 0.662 269 P 0.060 0.230 0.710 270 D 0.041 0.254 0.706 271 Q 0.034 0.334 0.632 272 F 0.031 0.540 0.429 273 E 0.033 0.640 0.327 274 V 0.033 0.719 0.248 275 L 0.032 0.770 0.198 276 G 0.030 0.789 0.181 277 E 0.032 0.779 0.188 278 L 0.032 0.764 0.205 279 G 0.037 0.691 0.272 280 Y 0.036 0.633 0.331 281 V 0.040 0.517 0.443 282 G 0.037 0.510 0.453 283 R 0.042 0.582 0.375 284 E 0.074 0.572 0.355 285 V 0.101 0.554 0.345 286 I 0.112 0.503 0.384 287 F 0.109 0.466 0.426 288 G 0.100 0.364 0.536 289 I 0.100 0.294 0.606 290 R 0.073 0.223 0.704 291 P 0.057 0.308 0.635 292 E 0.058 0.338 0.604 293 D 0.074 0.352 0.574 294 L 0.089 0.321 0.590 295 Y 0.112 0.306 0.582 296 D 0.105 0.350 0.545 297 A 0.104 0.398 0.498 298 M 0.123 0.385 0.492 299 F 0.119 0.370 0.511 300 A 0.108 0.331 0.560 301 R 0.095 0.293 0.612 302 V 0.086 0.315 0.598 303 R 0.098 0.290 0.612 304 V 0.098 0.321 0.581 305 P 0.106 0.253 0.642 306 G 0.139 0.195 0.667 307 E 0.235 0.146 0.619 308 N 0.377 0.123 0.500 309 L 0.430 0.124 0.445 310 V 0.419 0.115 0.466 311 R 0.373 0.121 0.506 312 A 0.342 0.116 0.541 313 V 0.365 0.108 0.527 314 V 0.271 0.287 0.442 315 E 0.230 0.313 0.457 316 I 0.184 0.386 0.430 317 V 0.157 0.400 0.443 318 E 0.127 0.382 0.491 319 N 0.121 0.259 0.619 320 L 0.099 0.138 0.763 321 G 0.062 0.059 0.879 322 S 0.068 0.076 0.857 323 E 0.102 0.066 0.832 324 R 0.259 0.080 0.662 325 I 0.456 0.104 0.440 326 V 0.574 0.109 0.317 327 H 0.629 0.104 0.266 328 L 0.547 0.112 0.342 329 R 0.405 0.121 0.474 330 V 0.274 0.234 0.492 331 G 0.235 0.353 0.412 332 G 0.248 0.420 0.332 333 V 0.304 0.426 0.269 334 T 0.426 0.389 0.185 335 F 0.527 0.348 0.125 336 V 0.528 0.383 0.089 337 G 0.591 0.323 0.086 338 A 0.661 0.200 0.139 339 F 0.627 0.128 0.245 340 R 0.315 0.102 0.583 341 S 0.149 0.041 0.810 342 E 0.254 0.092 0.654 343 S 0.447 0.125 0.428 344 R 0.656 0.092 0.252 345 V 0.698 0.062 0.240 346 R 0.669 0.042 0.289 347 E 0.395 0.041 0.565 348 G 0.119 0.010 0.871 349 V 0.188 0.017 0.796 350 E 0.397 0.015 0.589 351 V 0.716 0.013 0.271 352 D 0.828 0.013 0.159 353 V 0.907 0.012 0.082 354 V 0.848 0.017 0.135 355 F 0.711 0.018 0.270 356 D 0.441 0.021 0.539 357 M 0.252 0.077 0.671 358 K 0.223 0.095 0.682 359 K 0.350 0.118 0.532 360 I 0.505 0.087 0.408 361 H 0.721 0.052 0.227 362 I 0.759 0.046 0.195 363 F 0.574 0.050 0.376 364 D 0.160 0.074 0.766 365 K 0.012 0.393 0.595 366 T 0.006 0.423 0.571 367 T 0.021 0.428 0.551 368 G 0.044 0.568 0.388 369 K 0.087 0.526 0.387 370 A 0.119 0.463 0.418 371 I 0.091 0.323 0.586 372 F 0.040 0.085 0.875