# TARGET T0120-211-end # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0120-211-end.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.06758 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 Q 0.094 0.156 0.750 2 E 0.060 0.216 0.724 3 G 0.049 0.161 0.789 4 E 0.133 0.198 0.670 5 T 0.170 0.339 0.491 6 A 0.327 0.383 0.290 7 I 0.439 0.324 0.237 8 C 0.387 0.364 0.248 9 S 0.308 0.331 0.362 10 E 0.256 0.304 0.440 11 M 0.328 0.221 0.451 12 T 0.298 0.198 0.503 13 A 0.270 0.099 0.631 14 D 0.172 0.055 0.774 15 R 0.093 0.067 0.839 16 D 0.038 0.044 0.918 17 P 0.046 0.052 0.902 18 V 0.190 0.061 0.750 19 Y 0.292 0.062 0.645 20 D 0.141 0.062 0.797 21 E 0.054 0.206 0.740 22 S 0.034 0.220 0.746 23 T 0.041 0.230 0.729 24 D 0.041 0.184 0.775 25 E 0.029 0.375 0.596 26 E 0.020 0.356 0.624 27 S 0.024 0.224 0.752 28 E 0.042 0.205 0.753 29 N 0.039 0.165 0.796 30 Q 0.024 0.532 0.444 31 T 0.035 0.467 0.499 32 D 0.031 0.470 0.499 33 L 0.022 0.472 0.506 34 S 0.048 0.376 0.576 35 G 0.096 0.337 0.567 36 L 0.208 0.237 0.555 37 A 0.276 0.240 0.485 38 S 0.331 0.308 0.362 39 A 0.421 0.293 0.286 40 A 0.549 0.199 0.252 41 V 0.583 0.132 0.285 42 S 0.370 0.086 0.544 43 K 0.129 0.261 0.610 44 D 0.041 0.207 0.752 45 D 0.030 0.238 0.733 46 S 0.123 0.244 0.633 47 I 0.227 0.312 0.461 48 I 0.186 0.324 0.490 49 S 0.138 0.341 0.521 50 S 0.117 0.242 0.641 51 L 0.111 0.072 0.817 52 D 0.075 0.026 0.900 53 V 0.083 0.386 0.530 54 T 0.094 0.322 0.584 55 D 0.064 0.428 0.508 56 I 0.064 0.265 0.670 57 A 0.031 0.276 0.693 58 P 0.011 0.429 0.560 59 S 0.007 0.531 0.462 60 R 0.005 0.752 0.243 61 K 0.006 0.810 0.185 62 R 0.011 0.857 0.132 63 R 0.015 0.901 0.084 64 Q 0.014 0.908 0.078 65 R 0.018 0.901 0.081 66 M 0.022 0.875 0.104 67 Q 0.028 0.817 0.155 68 R 0.027 0.700 0.273 69 N 0.029 0.557 0.413 70 L 0.014 0.452 0.534 71 G 0.009 0.035 0.956 72 T 0.063 0.051 0.885 73 E 0.043 0.086 0.871 74 P 0.024 0.182 0.795 75 K 0.032 0.287 0.681 76 M 0.034 0.320 0.646 77 A 0.025 0.269 0.706 78 P 0.018 0.408 0.574 79 Q 0.014 0.526 0.461 80 E 0.011 0.609 0.380 81 N 0.014 0.557 0.430 82 Q 0.027 0.605 0.368 83 L 0.043 0.610 0.346 84 Q 0.063 0.632 0.304 85 E 0.066 0.610 0.324 86 K 0.054 0.595 0.351 87 E 0.029 0.528 0.443 88 N 0.027 0.296 0.677 89 S 0.034 0.173 0.793 90 R 0.032 0.026 0.942 91 P 0.045 0.039 0.916 92 D 0.034 0.068 0.899 93 S 0.038 0.185 0.777 94 S 0.039 0.176 0.785 95 L 0.037 0.115 0.848 96 P 0.044 0.102 0.854 97 E 0.073 0.211 0.716 98 T 0.113 0.157 0.729 99 S 0.131 0.125 0.743 100 K 0.072 0.418 0.510 101 K 0.097 0.419 0.484 102 E 0.181 0.365 0.454 103 H 0.322 0.152 0.527 104 I 0.481 0.054 0.465 105 S 0.290 0.038 0.672 106 A 0.073 0.503 0.424 107 E 0.102 0.414 0.484 108 N 0.131 0.363 0.507 109 M 0.229 0.105 0.666 110 S 0.205 0.078 0.717 111 L 0.013 0.902 0.085 112 E 0.008 0.911 0.081 113 T 0.014 0.894 0.092 114 L 0.039 0.709 0.252 115 R 0.031 0.517 0.452 116 N 0.024 0.351 0.625 117 S 0.017 0.141 0.842 118 S 0.006 0.026 0.968 119 P 0.001 0.877 0.122 120 E 0.002 0.893 0.106 121 D 0.002 0.915 0.083 122 L 0.011 0.833 0.156 123 F 0.017 0.792 0.191 124 D 0.023 0.688 0.289 125 E 0.017 0.562 0.421 126 I 0.014 0.134 0.853