# TARGET T0120-211-end # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0120-211-end.remote-t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.23127 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 Q 0.243 0.115 0.642 2 E 0.162 0.166 0.672 3 G 0.023 0.893 0.084 4 E 0.022 0.927 0.051 5 T 0.019 0.953 0.028 6 A 0.047 0.930 0.022 7 I 0.063 0.911 0.026 8 C 0.073 0.887 0.040 9 S 0.059 0.866 0.075 10 E 0.050 0.813 0.137 11 M 0.057 0.654 0.289 12 T 0.066 0.456 0.478 13 A 0.082 0.180 0.737 14 D 0.053 0.060 0.887 15 R 0.049 0.104 0.846 16 D 0.083 0.100 0.816 17 P 0.194 0.102 0.704 18 V 0.392 0.101 0.507 19 Y 0.483 0.107 0.410 20 D 0.352 0.114 0.534 21 E 0.218 0.120 0.662 22 S 0.110 0.112 0.777 23 T 0.063 0.103 0.834 24 D 0.041 0.110 0.849 25 E 0.058 0.196 0.745 26 E 0.068 0.210 0.723 27 S 0.080 0.184 0.737 28 E 0.071 0.214 0.715 29 N 0.080 0.186 0.735 30 Q 0.106 0.258 0.636 31 T 0.168 0.146 0.685 32 D 0.176 0.150 0.674 33 L 0.058 0.669 0.273 34 S 0.100 0.587 0.313 35 G 0.118 0.569 0.313 36 L 0.183 0.466 0.350 37 A 0.195 0.442 0.362 38 S 0.187 0.440 0.372 39 A 0.255 0.486 0.260 40 A 0.310 0.440 0.251 41 V 0.410 0.259 0.330 42 S 0.197 0.160 0.643 43 K 0.058 0.491 0.451 44 D 0.038 0.648 0.314 45 D 0.048 0.705 0.247 46 S 0.178 0.629 0.193 47 I 0.262 0.617 0.121 48 I 0.251 0.615 0.134 49 S 0.178 0.622 0.200 50 S 0.209 0.430 0.360 51 L 0.227 0.163 0.609 52 D 0.077 0.043 0.879 53 V 0.063 0.292 0.645 54 T 0.061 0.212 0.727 55 D 0.057 0.212 0.731 56 I 0.049 0.219 0.731 57 A 0.036 0.244 0.721 58 P 0.029 0.573 0.398 59 S 0.035 0.774 0.191 60 R 0.078 0.764 0.157 61 K 0.086 0.743 0.171 62 R 0.100 0.687 0.213 63 R 0.066 0.544 0.391 64 Q 0.027 0.106 0.867 65 R 0.096 0.382 0.522 66 M 0.224 0.399 0.377 67 Q 0.282 0.392 0.327 68 R 0.245 0.299 0.456 69 N 0.172 0.313 0.515 70 L 0.059 0.335 0.606 71 G 0.031 0.034 0.936 72 T 0.207 0.073 0.720 73 E 0.196 0.188 0.616 74 P 0.076 0.330 0.594 75 K 0.061 0.414 0.525 76 M 0.066 0.330 0.604 77 A 0.042 0.202 0.755 78 P 0.014 0.577 0.408 79 Q 0.009 0.622 0.369 80 E 0.008 0.651 0.340 81 N 0.015 0.479 0.506 82 Q 0.033 0.553 0.414 83 L 0.049 0.558 0.394 84 Q 0.056 0.548 0.396 85 E 0.059 0.449 0.492 86 K 0.034 0.454 0.512 87 E 0.023 0.262 0.715 88 N 0.061 0.258 0.681 89 S 0.086 0.184 0.730 90 R 0.068 0.036 0.896 91 P 0.045 0.058 0.897 92 D 0.034 0.036 0.929 93 S 0.128 0.065 0.807 94 S 0.168 0.061 0.770 95 L 0.112 0.055 0.833 96 P 0.115 0.056 0.829 97 E 0.159 0.053 0.789 98 T 0.160 0.037 0.802 99 S 0.100 0.083 0.817 100 K 0.087 0.311 0.601 101 K 0.154 0.301 0.545 102 E 0.260 0.214 0.526 103 H 0.423 0.086 0.491 104 I 0.577 0.036 0.387 105 S 0.564 0.029 0.406 106 A 0.565 0.047 0.387 107 E 0.631 0.030 0.340 108 N 0.700 0.017 0.283 109 M 0.791 0.009 0.200 110 S 0.825 0.006 0.168 111 L 0.808 0.024 0.168 112 E 0.792 0.025 0.184 113 T 0.764 0.037 0.199 114 L 0.602 0.062 0.336 115 R 0.414 0.077 0.509 116 N 0.343 0.061 0.597 117 S 0.245 0.039 0.717 118 S 0.086 0.014 0.900 119 P 0.019 0.675 0.306 120 E 0.025 0.657 0.318 121 D 0.034 0.677 0.289 122 L 0.073 0.355 0.573 123 F 0.069 0.260 0.671 124 D 0.060 0.158 0.782 125 E 0.038 0.125 0.837 126 I 0.021 0.057 0.922