# TARGET T0120 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0120.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.01178 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.185 0.749 2 E 0.165 0.254 0.581 3 R 0.258 0.265 0.477 4 K 0.433 0.177 0.390 5 I 0.427 0.271 0.302 6 S 0.473 0.206 0.320 7 R 0.623 0.173 0.204 8 I 0.679 0.142 0.178 9 H 0.734 0.107 0.159 10 L 0.639 0.118 0.242 11 V 0.436 0.086 0.478 12 S 0.242 0.062 0.695 13 E 0.079 0.094 0.827 14 P 0.077 0.097 0.826 15 S 0.131 0.092 0.777 16 I 0.198 0.235 0.567 17 T 0.283 0.208 0.509 18 H 0.408 0.241 0.350 19 F 0.531 0.214 0.256 20 L 0.605 0.199 0.196 21 Q 0.568 0.230 0.202 22 V 0.572 0.215 0.213 23 S 0.459 0.266 0.275 24 W 0.086 0.845 0.069 25 E 0.051 0.893 0.056 26 K 0.028 0.912 0.060 27 T 0.031 0.877 0.093 28 L 0.023 0.867 0.110 29 E 0.021 0.773 0.206 30 S 0.021 0.646 0.333 31 G 0.080 0.061 0.859 32 F 0.472 0.033 0.496 33 V 0.872 0.020 0.108 34 I 0.946 0.009 0.045 35 T 0.943 0.007 0.050 36 L 0.840 0.006 0.154 37 T 0.386 0.016 0.597 38 D 0.090 0.018 0.892 39 G 0.050 0.045 0.905 40 H 0.186 0.057 0.757 41 S 0.352 0.065 0.583 42 A 0.484 0.061 0.455 43 W 0.511 0.066 0.423 44 T 0.439 0.080 0.481 45 G 0.390 0.025 0.586 46 T 0.625 0.016 0.359 47 V 0.679 0.015 0.306 48 S 0.304 0.019 0.678 49 E 0.053 0.576 0.371 50 S 0.036 0.535 0.429 51 E 0.049 0.572 0.379 52 I 0.063 0.464 0.473 53 S 0.047 0.426 0.527 54 Q 0.025 0.596 0.380 55 E 0.020 0.532 0.448 56 A 0.013 0.664 0.323 57 D 0.009 0.688 0.303 58 D 0.006 0.856 0.139 59 M 0.006 0.891 0.103 60 A 0.009 0.892 0.099 61 M 0.008 0.887 0.104 62 E 0.008 0.876 0.116 63 K 0.005 0.834 0.161 64 G 0.011 0.208 0.781 65 K 0.048 0.136 0.816 66 Y 0.092 0.365 0.543 67 V 0.049 0.737 0.213 68 G 0.023 0.881 0.096 69 E 0.020 0.924 0.056 70 L 0.012 0.951 0.037 71 R 0.012 0.956 0.032 72 K 0.008 0.959 0.033 73 A 0.010 0.938 0.052 74 L 0.010 0.911 0.079 75 L 0.012 0.814 0.174 76 S 0.013 0.573 0.414 77 G 0.022 0.095 0.883 78 A 0.047 0.047 0.907 79 G 0.034 0.019 0.947 80 P 0.052 0.187 0.761 81 A 0.136 0.102 0.762 82 D 0.359 0.072 0.568 83 V 0.686 0.044 0.271 84 Y 0.832 0.028 0.140 85 T 0.889 0.015 0.096 86 F 0.851 0.009 0.140 87 N 0.681 0.010 0.309 88 F 0.428 0.083 0.489 89 S 0.272 0.074 0.653 90 K 0.096 0.499 0.405 91 E 0.081 0.484 0.435 92 S 0.152 0.503 0.344 93 C 0.329 0.411 0.260 94 Y 0.433 0.429 0.139 95 F 0.458 0.471 0.071 96 F 0.450 0.440 0.111 97 F 0.434 0.365 0.202 98 E 0.153 0.470 0.378 99 K 0.088 0.344 0.567 100 N 0.069 0.313 0.618 101 L 0.047 0.496 0.456 102 K 0.056 0.534 0.410 103 D 0.084 0.527 0.388 104 V 0.167 0.397 0.436 105 S 0.360 0.236 0.405 106 F 0.477 0.224 0.300 107 R 0.504 0.159 0.337 108 L 0.414 0.152 0.434 109 G 0.176 0.072 0.752 110 S 0.197 0.047 0.756 111 F 0.269 0.028 0.703 112 N 0.220 0.014 0.765 113 L 0.051 0.701 0.248 114 E 0.040 0.680 0.280 115 K 0.031 0.743 0.226 116 V 0.097 0.399 0.504 117 E 0.086 0.328 0.586 118 N 0.028 0.225 0.746 119 P 0.001 0.958 0.041 120 A 0.002 0.977 0.020 121 E 0.002 0.988 0.010 122 V 0.003 0.989 0.008 123 I 0.003 0.993 0.005 124 R 0.004 0.990 0.005 125 E 0.004 0.992 0.005 126 L 0.008 0.984 0.008 127 I 0.011 0.974 0.015 128 C 0.009 0.970 0.020 129 Y 0.015 0.946 0.039 130 C 0.020 0.882 0.098 131 L 0.006 0.876 0.119 132 D 0.009 0.670 0.320 133 T 0.018 0.659 0.324 134 I 0.026 0.695 0.279 135 A 0.017 0.766 0.217 136 E 0.014 0.789 0.197 137 N 0.014 0.690 0.296 138 Q 0.016 0.714 0.269 139 A 0.009 0.764 0.228 140 K 0.006 0.801 0.194 141 N 0.005 0.814 0.181 142 E 0.006 0.781 0.213 143 H 0.009 0.706 0.286 144 L 0.013 0.769 0.217 145 Q 0.011 0.822 0.167 146 K 0.007 0.888 0.105 147 E 0.005 0.901 0.093 148 N 0.007 0.850 0.143 149 E 0.006 0.915 0.079 150 R 0.012 0.858 0.130 151 L 0.018 0.847 0.136 152 L 0.032 0.744 0.223 153 R 0.059 0.538 0.404 154 D 0.030 0.443 0.527 155 W 0.004 0.907 0.089 156 N 0.008 0.865 0.127 157 D 0.009 0.852 0.139 158 V 0.033 0.547 0.420 159 Q 0.042 0.596 0.362 160 G 0.040 0.515 0.445 161 R 0.048 0.503 0.448 162 F 0.020 0.800 0.180 163 E 0.020 0.781 0.199 164 K 0.028 0.757 0.215 165 C 0.047 0.695 0.258 166 V 0.064 0.527 0.409 167 S 0.043 0.443 0.514 168 A 0.002 0.956 0.042 169 K 0.001 0.953 0.046 170 E 0.001 0.961 0.038 171 A 0.002 0.932 0.066 172 L 0.004 0.924 0.072 173 E 0.005 0.887 0.108 174 T 0.007 0.820 0.173 175 D 0.011 0.820 0.169 176 L 0.018 0.812 0.170 177 Y 0.038 0.761 0.201 178 K 0.116 0.661 0.223 179 R 0.379 0.355 0.266 180 F 0.714 0.155 0.131 181 I 0.842 0.095 0.063 182 L 0.913 0.057 0.030 183 V 0.905 0.055 0.040 184 L 0.810 0.031 0.159 185 N 0.388 0.032 0.579 186 E 0.098 0.140 0.762 187 K 0.045 0.249 0.705 188 K 0.110 0.398 0.493 189 T 0.159 0.442 0.399 190 K 0.170 0.563 0.267 191 I 0.154 0.618 0.228 192 R 0.088 0.763 0.149 193 S 0.061 0.781 0.158 194 L 0.028 0.796 0.176 195 H 0.014 0.780 0.206 196 N 0.003 0.922 0.075 197 K 0.002 0.923 0.075 198 L 0.003 0.915 0.082 199 L 0.003 0.918 0.079 200 N 0.003 0.915 0.083 201 A 0.002 0.943 0.056 202 A 0.002 0.941 0.057 203 Q 0.003 0.947 0.050 204 E 0.004 0.946 0.050 205 R 0.008 0.932 0.060 206 E 0.010 0.923 0.067 207 K 0.014 0.902 0.084 208 D 0.015 0.882 0.103 209 I 0.021 0.843 0.136 210 K 0.018 0.811 0.170 211 Q 0.030 0.747 0.223 212 E 0.019 0.667 0.315 213 G 0.022 0.210 0.768 214 E 0.093 0.298 0.609 215 T 0.144 0.424 0.432 216 A 0.299 0.421 0.280 217 I 0.435 0.338 0.227 218 C 0.361 0.381 0.258 219 S 0.264 0.377 0.359 220 E 0.251 0.309 0.441 221 M 0.318 0.225 0.456 222 T 0.291 0.199 0.510 223 A 0.263 0.101 0.635 224 D 0.168 0.056 0.776 225 R 0.092 0.069 0.839 226 D 0.039 0.044 0.917 227 P 0.047 0.053 0.901 228 V 0.191 0.062 0.747 229 Y 0.293 0.064 0.643 230 D 0.143 0.064 0.793 231 E 0.056 0.201 0.743 232 S 0.035 0.215 0.750 233 T 0.042 0.224 0.734 234 D 0.042 0.180 0.778 235 E 0.030 0.368 0.602 236 E 0.021 0.351 0.628 237 S 0.025 0.224 0.751 238 E 0.042 0.206 0.751 239 N 0.040 0.164 0.796 240 Q 0.026 0.518 0.456 241 T 0.038 0.451 0.511 242 D 0.034 0.454 0.512 243 L 0.023 0.465 0.511 244 S 0.050 0.372 0.578 245 G 0.098 0.336 0.566 246 L 0.209 0.239 0.552 247 A 0.275 0.242 0.483 248 S 0.326 0.309 0.365 249 A 0.411 0.296 0.293 250 A 0.537 0.203 0.260 251 V 0.572 0.135 0.293 252 S 0.363 0.087 0.550 253 K 0.127 0.259 0.613 254 D 0.041 0.203 0.756 255 D 0.030 0.235 0.735 256 S 0.124 0.240 0.636 257 I 0.231 0.308 0.461 258 I 0.190 0.319 0.491 259 S 0.142 0.335 0.523 260 S 0.122 0.238 0.641 261 L 0.118 0.070 0.812 262 D 0.080 0.025 0.895 263 V 0.085 0.386 0.529 264 T 0.094 0.323 0.583 265 D 0.065 0.427 0.508 266 I 0.065 0.264 0.671 267 A 0.031 0.274 0.695 268 P 0.012 0.426 0.562 269 S 0.008 0.524 0.468 270 R 0.005 0.742 0.253 271 K 0.006 0.800 0.194 272 R 0.011 0.849 0.140 273 R 0.015 0.896 0.090 274 Q 0.015 0.903 0.082 275 R 0.018 0.897 0.085 276 M 0.022 0.870 0.107 277 Q 0.028 0.815 0.157 278 R 0.027 0.698 0.275 279 N 0.029 0.559 0.412 280 L 0.015 0.453 0.532 281 G 0.009 0.036 0.955 282 T 0.064 0.052 0.884 283 E 0.044 0.085 0.871 284 P 0.024 0.180 0.796 285 K 0.033 0.284 0.684 286 M 0.035 0.316 0.650 287 A 0.026 0.262 0.713 288 P 0.018 0.400 0.581 289 Q 0.014 0.518 0.468 290 E 0.011 0.604 0.385 291 N 0.014 0.554 0.432 292 Q 0.028 0.601 0.371 293 L 0.045 0.605 0.351 294 Q 0.065 0.626 0.309 295 E 0.068 0.603 0.330 296 K 0.055 0.587 0.359 297 E 0.030 0.518 0.453 298 N 0.027 0.286 0.687 299 S 0.035 0.169 0.796 300 R 0.033 0.027 0.940 301 P 0.044 0.040 0.915 302 D 0.033 0.069 0.898 303 S 0.038 0.185 0.777 304 S 0.038 0.175 0.786 305 L 0.037 0.114 0.849 306 P 0.044 0.102 0.854 307 E 0.073 0.211 0.716 308 T 0.113 0.160 0.727 309 S 0.130 0.128 0.741 310 K 0.074 0.409 0.517 311 K 0.098 0.412 0.490 312 E 0.184 0.356 0.459 313 H 0.325 0.149 0.526 314 I 0.482 0.054 0.464 315 S 0.293 0.039 0.668 316 A 0.074 0.501 0.425 317 E 0.102 0.414 0.485 318 N 0.131 0.362 0.507 319 M 0.229 0.105 0.667 320 S 0.209 0.078 0.713 321 L 0.014 0.898 0.087 322 E 0.009 0.908 0.084 323 T 0.015 0.891 0.094 324 L 0.040 0.706 0.254 325 R 0.032 0.512 0.456 326 N 0.025 0.346 0.629 327 S 0.017 0.141 0.842 328 S 0.007 0.026 0.968 329 P 0.001 0.873 0.126 330 E 0.002 0.890 0.108 331 D 0.002 0.913 0.085 332 L 0.012 0.831 0.158 333 F 0.017 0.790 0.193 334 D 0.024 0.685 0.291 335 E 0.017 0.559 0.423 336 I 0.014 0.133 0.853