# TARGET T0119 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0119.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 375.701 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.551 0.039 0.411 2 S 0.468 0.021 0.511 3 N 0.304 0.044 0.651 4 H 0.289 0.015 0.695 5 Q 0.642 0.007 0.351 6 V 0.852 0.003 0.146 7 A 0.950 0.002 0.048 8 L 0.978 0.002 0.020 9 Q 0.982 0.001 0.017 10 F 0.960 0.001 0.039 11 E 0.837 0.001 0.162 12 D 0.373 0.004 0.622 13 G 0.078 0.009 0.913 14 V 0.080 0.013 0.907 15 T 0.363 0.006 0.631 16 R 0.815 0.003 0.182 17 F 0.951 0.001 0.048 18 I 0.981 0.001 0.018 19 C 0.961 0.001 0.038 20 I 0.823 0.003 0.175 21 A 0.237 0.008 0.755 22 Q 0.018 0.047 0.935 23 G 0.018 0.151 0.831 24 E 0.144 0.335 0.521 25 T 0.185 0.440 0.376 26 L 0.016 0.958 0.026 27 S 0.009 0.970 0.021 28 D 0.003 0.984 0.013 29 A 0.004 0.974 0.022 30 A 0.002 0.979 0.019 31 Y 0.001 0.974 0.025 32 R 0.001 0.957 0.042 33 Q 0.001 0.874 0.125 34 Q 0.002 0.044 0.954 35 I 0.013 0.014 0.972 36 N 0.084 0.005 0.910 37 I 0.369 0.009 0.621 38 P 0.344 0.006 0.650 39 M 0.359 0.073 0.568 40 D 0.389 0.093 0.519 41 C 0.232 0.179 0.589 42 R 0.146 0.152 0.702 43 E 0.101 0.199 0.700 44 G 0.130 0.084 0.786 45 E 0.339 0.043 0.618 46 C 0.417 0.027 0.556 47 G 0.499 0.019 0.481 48 T 0.570 0.017 0.414 49 C 0.595 0.012 0.393 50 R 0.755 0.008 0.237 51 A 0.892 0.008 0.099 52 F 0.935 0.007 0.059 53 C 0.902 0.007 0.091 54 E 0.749 0.009 0.243 55 S 0.511 0.015 0.474 56 G 0.340 0.027 0.633 57 N 0.432 0.039 0.528 58 Y 0.453 0.069 0.478 59 D 0.316 0.081 0.603 60 M 0.159 0.129 0.713 61 P 0.075 0.114 0.812 62 E 0.054 0.168 0.778 63 D 0.068 0.316 0.616 64 N 0.090 0.430 0.480 65 Y 0.107 0.423 0.471 66 I 0.075 0.504 0.422 67 E 0.055 0.447 0.499 68 D 0.041 0.370 0.589 69 A 0.038 0.278 0.684 70 L 0.032 0.137 0.831 71 T 0.010 0.044 0.946 72 P 0.001 0.934 0.065 73 E 0.001 0.926 0.073 74 E 0.001 0.947 0.052 75 A 0.002 0.895 0.103 76 Q 0.006 0.857 0.138 77 Q 0.007 0.651 0.342 78 G 0.005 0.007 0.989 79 Y 0.180 0.005 0.815 80 V 0.742 0.007 0.252 81 L 0.940 0.005 0.055 82 A 0.970 0.004 0.026 83 C 0.942 0.003 0.055 84 Q 0.906 0.004 0.090 85 C 0.829 0.007 0.164 86 R 0.755 0.008 0.237 87 P 0.634 0.012 0.355 88 T 0.347 0.017 0.637 89 S 0.160 0.013 0.827 90 D 0.165 0.010 0.825 91 A 0.617 0.007 0.376 92 V 0.895 0.004 0.101 93 F 0.957 0.004 0.038 94 Q 0.940 0.006 0.054 95 I 0.797 0.010 0.194 96 Q 0.443 0.019 0.538 97 A 0.166 0.069 0.765 98 S 0.067 0.152 0.781 99 S 0.051 0.396 0.553 100 E 0.057 0.469 0.474 101 V 0.084 0.504 0.412 102 C 0.120 0.418 0.462 103 K 0.100 0.304 0.596 104 T 0.070 0.200 0.730 105 K 0.063 0.203 0.734 106 I 0.104 0.192 0.704 107 H 0.209 0.118 0.673 108 H 0.394 0.043 0.564 109 F 0.528 0.015 0.457 110 E 0.692 0.004 0.305 111 G 0.897 0.002 0.102 112 T 0.966 0.001 0.033 113 L 0.979 0.001 0.020 114 A 0.963 0.002 0.035 115 R 0.886 0.003 0.111 116 V 0.776 0.008 0.216 117 E 0.732 0.015 0.253 118 N 0.678 0.018 0.304 119 L 0.403 0.029 0.568 120 S 0.171 0.015 0.814 121 D 0.079 0.028 0.893 122 S 0.252 0.014 0.735 123 T 0.799 0.005 0.197 124 I 0.910 0.002 0.089 125 T 0.988 0.001 0.011 126 F 0.995 0.001 0.005 127 D 0.990 0.001 0.009 128 I 0.958 0.001 0.041 129 Q 0.636 0.002 0.362 130 L 0.291 0.005 0.704 131 D 0.060 0.014 0.927 132 D 0.013 0.033 0.953 133 G 0.010 0.132 0.858 134 Q 0.038 0.193 0.769 135 P 0.122 0.229 0.649 136 D 0.215 0.163 0.622 137 I 0.186 0.122 0.692 138 H 0.147 0.023 0.830 139 F 0.268 0.010 0.722 140 L 0.183 0.006 0.811 141 A 0.144 0.078 0.778 142 G 0.228 0.047 0.725 143 Q 0.569 0.029 0.402 144 Y 0.887 0.008 0.105 145 V 0.959 0.004 0.037 146 N 0.970 0.003 0.027 147 V 0.961 0.003 0.036 148 T 0.858 0.004 0.138 149 L 0.543 0.006 0.451 150 P 0.131 0.011 0.858 151 G 0.045 0.015 0.940 152 T 0.108 0.058 0.834 153 T 0.253 0.059 0.688 154 E 0.442 0.055 0.503 155 T 0.501 0.032 0.467 156 R 0.450 0.026 0.525 157 S 0.544 0.025 0.431 158 Y 0.703 0.023 0.274 159 S 0.718 0.015 0.267 160 F 0.493 0.031 0.476 161 S 0.313 0.038 0.648 162 S 0.314 0.038 0.649 163 Q 0.230 0.018 0.752 164 P 0.119 0.024 0.857 165 G 0.066 0.018 0.916 166 N 0.046 0.019 0.935 167 R 0.102 0.007 0.891 168 L 0.665 0.003 0.333 169 T 0.949 0.001 0.051 170 G 0.990 0.001 0.010 171 F 0.997 0.001 0.003 172 V 0.998 0.001 0.002 173 V 0.996 0.001 0.003 174 R 0.987 0.001 0.013 175 N 0.932 0.001 0.067 176 V 0.476 0.006 0.518 177 P 0.099 0.023 0.878 178 Q 0.031 0.051 0.919 179 G 0.053 0.047 0.900 180 K 0.112 0.240 0.648 181 M 0.047 0.793 0.160 182 S 0.027 0.869 0.104 183 E 0.007 0.952 0.041 184 Y 0.008 0.936 0.056 185 L 0.011 0.936 0.053 186 S 0.013 0.891 0.096 187 V 0.019 0.786 0.195 188 Q 0.041 0.629 0.330 189 A 0.092 0.256 0.652 190 K 0.063 0.077 0.859 191 A 0.021 0.125 0.854 192 G 0.035 0.019 0.947 193 D 0.298 0.018 0.683 194 K 0.663 0.009 0.328 195 M 0.871 0.006 0.123 196 S 0.901 0.005 0.094 197 F 0.862 0.006 0.132 198 T 0.734 0.006 0.260 199 G 0.462 0.008 0.529 200 P 0.244 0.013 0.743 201 F 0.155 0.038 0.807 202 G 0.138 0.056 0.806 203 S 0.182 0.079 0.739 204 F 0.366 0.070 0.564 205 Y 0.473 0.060 0.467 206 L 0.396 0.041 0.563 207 R 0.215 0.034 0.750 208 D 0.083 0.034 0.884 209 V 0.031 0.044 0.924 210 K 0.045 0.018 0.938 211 R 0.150 0.009 0.841 212 P 0.382 0.001 0.617 213 V 0.916 0.001 0.083 214 L 0.985 0.001 0.015 215 M 0.993 0.001 0.006 216 L 0.973 0.002 0.026 217 A 0.780 0.003 0.217 218 G 0.312 0.007 0.681 219 G 0.117 0.036 0.848 220 T 0.105 0.189 0.705 221 G 0.051 0.457 0.491 222 I 0.028 0.699 0.273 223 A 0.007 0.894 0.098 224 P 0.002 0.965 0.033 225 F 0.001 0.987 0.011 226 L 0.001 0.996 0.004 227 S 0.001 0.997 0.003 228 M 0.001 0.997 0.003 229 L 0.001 0.993 0.007 230 Q 0.001 0.990 0.010 231 V 0.001 0.969 0.030 232 L 0.002 0.905 0.094 233 E 0.002 0.827 0.170 234 Q 0.006 0.511 0.483 235 K 0.009 0.140 0.851 236 G 0.020 0.055 0.926 237 S 0.051 0.050 0.899 238 E 0.092 0.039 0.869 239 H 0.191 0.019 0.791 240 P 0.534 0.007 0.458 241 V 0.902 0.002 0.097 242 R 0.975 0.001 0.024 243 L 0.991 0.001 0.009 244 V 0.989 0.001 0.010 245 F 0.959 0.001 0.040 246 G 0.803 0.003 0.194 247 V 0.480 0.006 0.513 248 T 0.244 0.012 0.744 249 Q 0.079 0.018 0.903 250 D 0.007 0.671 0.322 251 C 0.003 0.721 0.275 252 D 0.004 0.814 0.181 253 L 0.016 0.814 0.170 254 V 0.027 0.771 0.202 255 A 0.016 0.787 0.196 256 L 0.001 0.975 0.024 257 E 0.001 0.980 0.019 258 Q 0.001 0.983 0.017 259 L 0.001 0.972 0.027 260 D 0.001 0.971 0.028 261 A 0.001 0.956 0.044 262 L 0.002 0.938 0.060 263 Q 0.002 0.919 0.079 264 Q 0.002 0.887 0.111 265 K 0.002 0.793 0.205 266 L 0.005 0.045 0.950 267 P 0.036 0.035 0.929 268 W 0.154 0.011 0.835 269 F 0.612 0.004 0.384 270 E 0.905 0.001 0.094 271 Y 0.978 0.001 0.022 272 R 0.984 0.001 0.015 273 T 0.984 0.001 0.015 274 V 0.976 0.001 0.023 275 V 0.923 0.001 0.076 276 A 0.668 0.004 0.328 277 H 0.260 0.018 0.722 278 A 0.067 0.031 0.903 279 E 0.033 0.044 0.923 280 S 0.030 0.030 0.940 281 Q 0.088 0.039 0.874 282 H 0.077 0.039 0.884 283 E 0.082 0.033 0.885 284 R 0.147 0.043 0.810 285 K 0.269 0.063 0.667 286 G 0.487 0.112 0.402 287 Y 0.560 0.153 0.287 288 V 0.231 0.618 0.151 289 T 0.091 0.777 0.132 290 G 0.017 0.930 0.053 291 H 0.009 0.938 0.053 292 I 0.008 0.945 0.047 293 E 0.007 0.934 0.059 294 Y 0.008 0.887 0.106 295 D 0.009 0.812 0.179 296 W 0.011 0.665 0.324 297 L 0.013 0.389 0.598 298 N 0.010 0.097 0.893 299 G 0.020 0.055 0.924 300 G 0.031 0.036 0.933 301 E 0.086 0.019 0.895 302 V 0.374 0.008 0.618 303 D 0.814 0.003 0.183 304 V 0.976 0.002 0.023 305 Y 0.986 0.002 0.012 306 L 0.965 0.003 0.032 307 C 0.765 0.004 0.231 308 G 0.263 0.010 0.727 309 P 0.055 0.026 0.919 310 V 0.009 0.485 0.506 311 P 0.003 0.733 0.264 312 M 0.002 0.915 0.084 313 V 0.001 0.946 0.053 314 E 0.001 0.973 0.026 315 A 0.001 0.982 0.017 316 V 0.001 0.987 0.012 317 R 0.001 0.989 0.011 318 S 0.001 0.989 0.011 319 W 0.001 0.982 0.018 320 L 0.001 0.976 0.023 321 D 0.001 0.970 0.030 322 T 0.001 0.958 0.041 323 Q 0.001 0.893 0.106 324 G 0.004 0.041 0.955 325 I 0.031 0.030 0.940 326 Q 0.035 0.027 0.938 327 P 0.019 0.375 0.606 328 A 0.057 0.388 0.555 329 N 0.197 0.374 0.428 330 F 0.572 0.176 0.252 331 L 0.743 0.104 0.154 332 F 0.762 0.076 0.161 333 E 0.601 0.082 0.317 334 K 0.576 0.063 0.361 335 F 0.396 0.048 0.555 336 S 0.150 0.022 0.828 337 A 0.058 0.024 0.918 338 N 0.021 0.016 0.962