# TARGET T0118 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0118-act.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.48394 # Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.292 0.633 2 A 0.091 0.384 0.525 3 G 0.108 0.462 0.430 4 Y 0.137 0.530 0.334 5 G 0.163 0.542 0.295 6 A 0.160 0.567 0.272 7 K 0.140 0.568 0.292 8 G 0.134 0.552 0.314 9 I 0.155 0.549 0.296 10 R 0.177 0.522 0.301 11 K 0.174 0.510 0.316 12 V 0.156 0.541 0.303 13 G 0.135 0.569 0.296 14 A 0.142 0.528 0.330 15 F 0.145 0.512 0.342 16 R 0.115 0.452 0.433 17 S 0.076 0.447 0.477 18 G 0.056 0.455 0.489 19 L 0.050 0.632 0.319 20 E 0.054 0.667 0.279 21 D 0.049 0.700 0.251 22 K 0.054 0.691 0.255 23 V 0.064 0.681 0.255 24 S 0.054 0.672 0.273 25 K 0.049 0.640 0.311 26 Q 0.064 0.584 0.352 27 L 0.078 0.556 0.366 28 E 0.093 0.488 0.419 29 S 0.111 0.409 0.480 30 K 0.128 0.332 0.540 31 G 0.201 0.211 0.588 32 I 0.370 0.186 0.443 33 K 0.441 0.179 0.380 34 F 0.474 0.169 0.357 35 E 0.429 0.166 0.405 36 Y 0.396 0.220 0.385 37 E 0.414 0.218 0.368 38 E 0.456 0.196 0.348 39 W 0.441 0.178 0.380 40 K 0.424 0.160 0.416 41 V 0.366 0.179 0.456 42 P 0.351 0.173 0.476 43 Y 0.393 0.185 0.421 44 V 0.422 0.160 0.418 45 I 0.370 0.144 0.485 46 P 0.255 0.139 0.607 47 A 0.155 0.212 0.632 48 S 0.168 0.202 0.630 49 N 0.268 0.184 0.548 50 H 0.340 0.156 0.504 51 T 0.419 0.134 0.447 52 Y 0.410 0.100 0.490 53 T 0.315 0.084 0.601 54 P 0.239 0.100 0.661 55 D 0.221 0.109 0.670 56 F 0.373 0.122 0.505 57 L 0.456 0.099 0.445 58 L 0.372 0.092 0.537 59 P 0.149 0.110 0.741 60 N 0.105 0.131 0.764 61 G 0.279 0.125 0.596 62 I 0.537 0.118 0.345 63 F 0.690 0.107 0.203 64 V 0.705 0.129 0.167 65 E 0.584 0.173 0.242 66 T 0.502 0.189 0.309 67 K 0.342 0.202 0.456 68 G 0.244 0.159 0.597 69 L 0.285 0.191 0.524 70 W 0.275 0.180 0.544 71 E 0.204 0.210 0.586 72 S 0.157 0.250 0.593 73 D 0.112 0.253 0.635 74 D 0.079 0.248 0.673 75 R 0.040 0.542 0.418 76 K 0.046 0.589 0.365 77 K 0.061 0.627 0.312 78 H 0.087 0.612 0.301 79 L 0.131 0.617 0.252 80 L 0.161 0.593 0.247 81 I 0.180 0.570 0.249 82 R 0.200 0.510 0.290 83 E 0.179 0.443 0.378 84 Q 0.155 0.391 0.453 85 H 0.140 0.261 0.599 86 P 0.131 0.202 0.666 87 E 0.172 0.196 0.631 88 L 0.214 0.180 0.606 89 D 0.285 0.154 0.561 90 I 0.406 0.178 0.417 91 R 0.500 0.182 0.318 92 I 0.620 0.176 0.204 93 V 0.610 0.185 0.205 94 F 0.537 0.195 0.268 95 S 0.365 0.209 0.426 96 S 0.209 0.268 0.523 97 S 0.145 0.362 0.494 98 R 0.151 0.438 0.411 99 T 0.161 0.496 0.343 100 K 0.193 0.499 0.307 101 L 0.209 0.472 0.319 102 Y 0.186 0.442 0.371 103 K 0.130 0.393 0.477 104 G 0.086 0.299 0.615 105 S 0.096 0.226 0.678 106 P 0.100 0.277 0.623 107 T 0.127 0.310 0.563 108 S 0.142 0.337 0.521 109 Y 0.114 0.493 0.392 110 G 0.106 0.554 0.340 111 E 0.112 0.592 0.296 112 F 0.142 0.570 0.288 113 C 0.149 0.565 0.286 114 E 0.128 0.509 0.363 115 K 0.092 0.510 0.398 116 H 0.112 0.449 0.440 117 G 0.151 0.370 0.479 118 I 0.251 0.359 0.390 119 K 0.345 0.314 0.340 120 F 0.336 0.302 0.361 121 A 0.226 0.325 0.449 122 D 0.147 0.346 0.508 123 K 0.149 0.340 0.511 124 L 0.175 0.312 0.513 125 I 0.178 0.288 0.534 126 P 0.126 0.339 0.534 127 A 0.077 0.548 0.376 128 E 0.077 0.581 0.341 129 W 0.090 0.584 0.326 130 I 0.103 0.517 0.380 131 K 0.098 0.458 0.444 132 E 0.093 0.397 0.511 133 P 0.084 0.382 0.534 134 K 0.086 0.377 0.538 135 K 0.113 0.347 0.541 136 E 0.159 0.305 0.536 137 V 0.209 0.232 0.559 138 P 0.151 0.309 0.540 139 F 0.043 0.768 0.190 140 D 0.055 0.794 0.151 141 R 0.077 0.804 0.120 142 L 0.102 0.750 0.148 143 K 0.119 0.696 0.184 144 R 0.089 0.660 0.251 145 K 0.054 0.594 0.352 146 G 0.023 0.162 0.815 147 G 0.036 0.029 0.935 148 K 0.090 0.027 0.883 149 K 0.038 0.016 0.946