# TARGET T0118 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0118.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.1277 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.223 0.688 2 A 0.057 0.198 0.746 3 G 0.047 0.222 0.731 4 Y 0.088 0.318 0.595 5 G 0.120 0.352 0.528 6 A 0.153 0.394 0.452 7 K 0.133 0.394 0.473 8 G 0.114 0.399 0.487 9 I 0.196 0.350 0.455 10 R 0.280 0.353 0.367 11 K 0.253 0.417 0.330 12 V 0.188 0.469 0.343 13 G 0.190 0.475 0.336 14 A 0.267 0.433 0.300 15 F 0.237 0.492 0.271 16 R 0.147 0.504 0.349 17 S 0.051 0.523 0.427 18 G 0.024 0.413 0.564 19 L 0.027 0.576 0.397 20 E 0.028 0.640 0.332 21 D 0.019 0.773 0.209 22 K 0.015 0.811 0.174 23 V 0.014 0.879 0.107 24 S 0.014 0.881 0.105 25 K 0.015 0.885 0.100 26 Q 0.019 0.866 0.116 27 L 0.020 0.873 0.107 28 E 0.021 0.834 0.145 29 S 0.034 0.752 0.214 30 K 0.034 0.521 0.445 31 G 0.048 0.033 0.918 32 I 0.397 0.023 0.580 33 K 0.745 0.014 0.240 34 F 0.819 0.016 0.165 35 E 0.734 0.021 0.245 36 Y 0.565 0.068 0.367 37 E 0.475 0.080 0.444 38 E 0.534 0.066 0.400 39 W 0.477 0.044 0.479 40 K 0.439 0.028 0.532 41 V 0.324 0.041 0.635 42 P 0.310 0.038 0.652 43 Y 0.815 0.038 0.147 44 V 0.892 0.025 0.083 45 I 0.838 0.015 0.147 46 P 0.510 0.019 0.471 47 A 0.068 0.094 0.838 48 S 0.026 0.107 0.867 49 N 0.057 0.087 0.856 50 H 0.179 0.063 0.758 51 T 0.469 0.048 0.484 52 Y 0.468 0.032 0.500 53 T 0.223 0.025 0.751 54 P 0.110 0.055 0.835 55 D 0.143 0.051 0.807 56 F 0.631 0.040 0.329 57 L 0.770 0.015 0.215 58 L 0.543 0.015 0.442 59 P 0.112 0.015 0.873 60 N 0.064 0.017 0.920 61 G 0.485 0.010 0.505 62 I 0.854 0.008 0.139 63 F 0.942 0.008 0.051 64 V 0.934 0.007 0.059 65 E 0.815 0.011 0.173 66 T 0.604 0.023 0.373 67 K 0.324 0.037 0.639 68 G 0.244 0.036 0.720 69 L 0.333 0.034 0.633 70 W 0.221 0.026 0.753 71 E 0.101 0.291 0.608 72 S 0.068 0.332 0.600 73 D 0.046 0.438 0.517 74 D 0.041 0.391 0.569 75 R 0.033 0.650 0.317 76 K 0.053 0.604 0.344 77 K 0.071 0.624 0.305 78 H 0.187 0.461 0.351 79 L 0.387 0.373 0.241 80 L 0.365 0.445 0.190 81 I 0.417 0.372 0.211 82 R 0.281 0.365 0.355 83 E 0.175 0.337 0.488 84 Q 0.060 0.267 0.672 85 H 0.021 0.027 0.952 86 P 0.080 0.087 0.834 87 E 0.202 0.144 0.653 88 L 0.228 0.159 0.613 89 D 0.392 0.057 0.551 90 I 0.726 0.024 0.250 91 R 0.874 0.018 0.108 92 I 0.958 0.016 0.026 93 V 0.962 0.016 0.022 94 F 0.925 0.013 0.062 95 S 0.640 0.022 0.338 96 S 0.272 0.032 0.696 97 S 0.069 0.058 0.873 98 R 0.025 0.639 0.335 99 T 0.033 0.726 0.241 100 K 0.063 0.740 0.196 101 L 0.152 0.591 0.257 102 Y 0.198 0.430 0.371 103 K 0.119 0.313 0.568 104 G 0.053 0.152 0.795 105 S 0.043 0.039 0.917 106 P 0.066 0.078 0.857 107 T 0.097 0.139 0.764 108 S 0.119 0.222 0.659 109 Y 0.120 0.394 0.485 110 G 0.114 0.463 0.423 111 E 0.147 0.575 0.278 112 F 0.150 0.639 0.211 113 C 0.099 0.776 0.125 114 E 0.060 0.726 0.214 115 K 0.027 0.757 0.216 116 H 0.026 0.729 0.245 117 G 0.045 0.455 0.500 118 I 0.122 0.480 0.398 119 K 0.259 0.400 0.341 120 F 0.155 0.581 0.264 121 A 0.109 0.616 0.275 122 D 0.074 0.638 0.288 123 K 0.129 0.525 0.346 124 L 0.167 0.416 0.417 125 I 0.176 0.305 0.519 126 P 0.127 0.325 0.548 127 A 0.076 0.576 0.348 128 E 0.111 0.598 0.291 129 W 0.122 0.566 0.313 130 I 0.204 0.350 0.446 131 K 0.249 0.216 0.534 132 E 0.200 0.115 0.685 133 P 0.131 0.172 0.697 134 K 0.154 0.147 0.700 135 K 0.271 0.127 0.602 136 E 0.267 0.085 0.648 137 V 0.189 0.035 0.776 138 P 0.124 0.047 0.830 139 F 0.048 0.572 0.380 140 D 0.051 0.665 0.284 141 R 0.077 0.696 0.226 142 L 0.115 0.627 0.257 143 K 0.163 0.574 0.264 144 R 0.127 0.515 0.358 145 K 0.082 0.446 0.472 146 G 0.035 0.197 0.767 147 G 0.036 0.042 0.922 148 K 0.084 0.034 0.882 149 K 0.037 0.018 0.945