# TARGET T0117 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0117.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51.6156 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.081 0.823 2 A 0.105 0.080 0.815 3 E 0.122 0.078 0.799 4 A 0.208 0.149 0.643 5 A 0.297 0.208 0.495 6 S 0.384 0.219 0.397 7 C 0.366 0.198 0.436 8 A 0.307 0.188 0.505 9 R 0.226 0.153 0.621 10 K 0.095 0.093 0.813 11 G 0.057 0.084 0.860 12 T 0.050 0.091 0.860 13 K 0.067 0.087 0.847 14 Y 0.075 0.136 0.789 15 A 0.102 0.179 0.720 16 E 0.117 0.188 0.694 17 G 0.124 0.130 0.746 18 T 0.112 0.082 0.806 19 Q 0.109 0.032 0.859 20 P 0.300 0.006 0.694 21 F 0.650 0.002 0.348 22 T 0.950 0.001 0.049 23 V 0.992 0.001 0.007 24 L 0.989 0.001 0.010 25 I 0.954 0.001 0.045 26 E 0.721 0.003 0.276 27 G 0.295 0.014 0.691 28 N 0.178 0.072 0.750 29 I 0.097 0.223 0.680 30 G 0.111 0.306 0.584 31 S 0.100 0.415 0.485 32 G 0.057 0.528 0.415 33 K 0.025 0.755 0.220 34 T 0.013 0.916 0.071 35 T 0.007 0.967 0.026 36 Y 0.002 0.986 0.012 37 L 0.001 0.990 0.009 38 N 0.001 0.992 0.007 39 H 0.001 0.987 0.012 40 F 0.001 0.980 0.019 41 E 0.001 0.968 0.031 42 K 0.001 0.927 0.071 43 Y 0.003 0.796 0.201 44 K 0.009 0.152 0.839 45 N 0.026 0.095 0.879 46 D 0.050 0.016 0.934 47 I 0.465 0.013 0.521 48 C 0.806 0.010 0.184 49 L 0.855 0.015 0.130 50 L 0.771 0.022 0.207 51 T 0.608 0.031 0.361 52 E 0.416 0.060 0.524 53 P 0.283 0.118 0.599 54 V 0.259 0.172 0.569 55 E 0.244 0.211 0.546 56 K 0.258 0.222 0.521 57 W 0.301 0.258 0.440 58 R 0.353 0.254 0.393 59 N 0.285 0.280 0.436 60 V 0.184 0.270 0.546 61 N 0.050 0.242 0.708 62 G 0.021 0.289 0.691 63 V 0.041 0.429 0.530 64 N 0.089 0.575 0.336 65 L 0.124 0.633 0.242 66 L 0.117 0.682 0.201 67 E 0.074 0.778 0.148 68 L 0.070 0.763 0.168 69 M 0.108 0.698 0.194 70 Y 0.109 0.591 0.300 71 K 0.057 0.481 0.462 72 D 0.027 0.343 0.631 73 P 0.025 0.347 0.628 74 K 0.040 0.346 0.614 75 K 0.053 0.394 0.553 76 W 0.070 0.370 0.560 77 A 0.070 0.502 0.428 78 M 0.055 0.690 0.255 79 P 0.050 0.793 0.156 80 F 0.039 0.875 0.086 81 Q 0.035 0.908 0.057 82 S 0.030 0.929 0.041 83 Y 0.026 0.929 0.044 84 V 0.017 0.940 0.043 85 T 0.009 0.935 0.056 86 L 0.006 0.931 0.063 87 T 0.004 0.924 0.072 88 M 0.005 0.921 0.074 89 L 0.008 0.912 0.079 90 Q 0.017 0.863 0.119 91 S 0.029 0.773 0.198 92 H 0.037 0.626 0.337 93 T 0.051 0.369 0.580 94 A 0.040 0.183 0.777 95 P 0.054 0.107 0.838 96 T 0.059 0.071 0.870 97 N 0.038 0.041 0.921 98 K 0.034 0.016 0.950 99 K 0.153 0.008 0.840 100 L 0.580 0.005 0.415 101 K 0.909 0.004 0.088 102 I 0.958 0.004 0.038 103 M 0.903 0.005 0.092 104 E 0.750 0.007 0.243 105 R 0.509 0.025 0.466 106 S 0.494 0.050 0.456 107 I 0.468 0.108 0.424 108 F 0.250 0.147 0.602 109 S 0.105 0.212 0.683 110 A 0.100 0.309 0.591 111 R 0.197 0.397 0.406 112 Y 0.247 0.579 0.174 113 C 0.244 0.660 0.095 114 F 0.117 0.834 0.049 115 V 0.038 0.931 0.031 116 E 0.019 0.951 0.030 117 N 0.014 0.951 0.035 118 M 0.015 0.922 0.063 119 R 0.009 0.886 0.105 120 R 0.006 0.858 0.137 121 N 0.005 0.687 0.308 122 G 0.005 0.043 0.952 123 S 0.038 0.045 0.917 124 L 0.059 0.043 0.898 125 E 0.026 0.028 0.946 126 Q 0.003 0.899 0.098 127 G 0.002 0.943 0.055 128 M 0.002 0.962 0.036 129 Y 0.005 0.958 0.038 130 N 0.006 0.966 0.029 131 T 0.004 0.969 0.026 132 L 0.003 0.969 0.029 133 E 0.002 0.970 0.028 134 E 0.002 0.964 0.035 135 W 0.004 0.934 0.062 136 Y 0.005 0.898 0.096 137 K 0.006 0.869 0.125 138 F 0.007 0.842 0.152 139 I 0.011 0.806 0.183 140 E 0.015 0.762 0.222 141 E 0.017 0.734 0.250 142 S 0.030 0.586 0.384 143 I 0.036 0.343 0.621 144 H 0.049 0.102 0.849 145 V 0.068 0.056 0.877 146 Q 0.051 0.024 0.926 147 A 0.051 0.012 0.937 148 D 0.100 0.002 0.898 149 L 0.731 0.001 0.268 150 I 0.981 0.001 0.019 151 I 0.998 0.001 0.002 152 Y 0.997 0.001 0.003 153 L 0.970 0.001 0.029 154 R 0.728 0.001 0.270 155 T 0.239 0.002 0.759 156 S 0.050 0.006 0.945 157 P 0.003 0.898 0.099 158 E 0.001 0.970 0.029 159 V 0.001 0.988 0.011 160 A 0.001 0.989 0.010 161 Y 0.001 0.994 0.005 162 E 0.002 0.993 0.005 163 R 0.001 0.995 0.004 164 I 0.002 0.992 0.006 165 R 0.001 0.986 0.012 166 Q 0.002 0.975 0.023 167 R 0.004 0.867 0.128 168 A 0.005 0.042 0.953 169 R 0.030 0.077 0.893 170 S 0.067 0.158 0.775 171 E 0.072 0.248 0.680 172 E 0.122 0.286 0.592 173 S 0.151 0.259 0.590 174 C 0.210 0.122 0.669 175 V 0.183 0.072 0.745 176 P 0.038 0.051 0.911 177 L 0.001 0.971 0.028 178 K 0.001 0.990 0.010 179 Y 0.001 0.994 0.005 180 L 0.001 0.993 0.006 181 Q 0.001 0.996 0.004 182 E 0.001 0.996 0.004 183 L 0.001 0.996 0.004 184 H 0.001 0.995 0.005 185 E 0.001 0.996 0.004 186 L 0.001 0.996 0.004 187 H 0.001 0.993 0.007 188 E 0.001 0.995 0.004 189 D 0.001 0.994 0.005 190 W 0.002 0.989 0.010 191 L 0.002 0.981 0.017 192 I 0.002 0.969 0.029 193 H 0.003 0.950 0.047 194 Q 0.022 0.859 0.120 195 R 0.040 0.834 0.125 196 R 0.043 0.822 0.135 197 P 0.068 0.699 0.233 198 Q 0.066 0.581 0.352 199 S 0.075 0.325 0.600 200 C 0.073 0.058 0.869 201 K 0.207 0.012 0.781 202 V 0.745 0.007 0.248 203 L 0.911 0.007 0.082 204 V 0.950 0.009 0.041 205 L 0.922 0.007 0.071 206 D 0.681 0.015 0.304 207 A 0.372 0.018 0.610 208 D 0.160 0.027 0.813 209 L 0.101 0.050 0.850 210 N 0.067 0.075 0.858 211 L 0.021 0.726 0.252 212 E 0.014 0.805 0.181 213 N 0.010 0.892 0.098 214 I 0.008 0.916 0.076 215 G 0.004 0.952 0.043 216 T 0.002 0.974 0.024 217 E 0.001 0.977 0.021 218 Y 0.001 0.987 0.012 219 Q 0.001 0.989 0.011 220 R 0.001 0.985 0.015 221 S 0.001 0.980 0.019 222 E 0.001 0.966 0.033 223 S 0.001 0.954 0.045 224 S 0.001 0.947 0.052 225 I 0.001 0.980 0.019 226 F 0.001 0.980 0.019 227 D 0.001 0.981 0.017 228 A 0.002 0.967 0.031 229 I 0.005 0.943 0.052 230 S 0.009 0.880 0.111 231 S 0.009 0.801 0.189 232 N 0.016 0.648 0.337 233 Q 0.024 0.459 0.517 234 Q 0.028 0.322 0.649 235 P 0.032 0.168 0.800 236 S 0.055 0.156 0.789 237 P 0.119 0.114 0.767 238 V 0.352 0.085 0.563 239 L 0.562 0.060 0.378 240 V 0.512 0.032 0.457 241 S 0.211 0.021 0.768 242 P 0.035 0.402 0.563 243 S 0.016 0.491 0.493 244 K 0.035 0.542 0.423 245 R 0.057 0.497 0.446 246 Q 0.114 0.450 0.436 247 R 0.113 0.398 0.488 248 V 0.106 0.296 0.597 249 A 0.091 0.153 0.757 250 R 0.027 0.034 0.939