# TARGET T0116-1-500 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0116-1-500.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 73.7891 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.035 0.914 2 E 0.173 0.046 0.781 3 G 0.257 0.043 0.700 4 M 0.308 0.037 0.654 5 L 0.195 0.026 0.779 6 K 0.073 0.018 0.909 7 G 0.018 0.430 0.551 8 E 0.012 0.478 0.510 9 G 0.019 0.465 0.516 10 P 0.026 0.457 0.517 11 G 0.050 0.369 0.581 12 P 0.033 0.384 0.583 13 L 0.028 0.233 0.739 14 P 0.023 0.286 0.691 15 P 0.002 0.932 0.067 16 L 0.002 0.952 0.046 17 L 0.001 0.986 0.013 18 Q 0.001 0.988 0.011 19 Q 0.001 0.992 0.007 20 Y 0.002 0.990 0.009 21 V 0.002 0.986 0.012 22 E 0.001 0.977 0.021 23 L 0.003 0.947 0.050 24 R 0.004 0.862 0.135 25 D 0.009 0.674 0.317 26 Q 0.005 0.333 0.662 27 Y 0.008 0.009 0.983 28 P 0.043 0.010 0.947 29 D 0.170 0.002 0.828 30 Y 0.946 0.001 0.053 31 L 0.993 0.001 0.007 32 L 0.996 0.001 0.004 33 L 0.996 0.001 0.004 34 F 0.949 0.002 0.050 35 Q 0.795 0.004 0.202 36 V 0.235 0.018 0.747 37 G 0.044 0.002 0.955 38 D 0.396 0.007 0.597 39 F 0.652 0.012 0.336 40 Y 0.766 0.026 0.208 41 E 0.839 0.037 0.124 42 C 0.716 0.132 0.152 43 F 0.485 0.262 0.253 44 G 0.095 0.646 0.259 45 E 0.019 0.832 0.149 46 D 0.003 0.959 0.037 47 A 0.001 0.990 0.009 48 E 0.001 0.996 0.004 49 R 0.001 0.997 0.003 50 L 0.001 0.995 0.004 51 A 0.001 0.993 0.007 52 R 0.001 0.991 0.009 53 A 0.002 0.964 0.034 54 L 0.008 0.911 0.080 55 G 0.043 0.588 0.369 56 L 0.147 0.431 0.422 57 V 0.451 0.302 0.247 58 L 0.747 0.103 0.150 59 T 0.782 0.045 0.173 60 H 0.721 0.023 0.256 61 K 0.397 0.022 0.582 62 T 0.120 0.029 0.850 63 S 0.045 0.042 0.913 64 K 0.040 0.047 0.914 65 D 0.091 0.051 0.858 66 F 0.235 0.040 0.726 67 T 0.412 0.030 0.559 68 T 0.573 0.029 0.398 69 P 0.570 0.046 0.383 70 M 0.651 0.068 0.281 71 A 0.593 0.067 0.340 72 G 0.452 0.029 0.519 73 I 0.312 0.025 0.663 74 P 0.119 0.063 0.817 75 L 0.012 0.800 0.188 76 R 0.004 0.886 0.110 77 A 0.003 0.931 0.066 78 F 0.002 0.958 0.040 79 E 0.002 0.977 0.022 80 A 0.001 0.988 0.011 81 Y 0.001 0.992 0.008 82 A 0.001 0.994 0.006 83 E 0.001 0.997 0.003 84 R 0.001 0.997 0.003 85 L 0.001 0.996 0.004 86 L 0.001 0.994 0.006 87 K 0.001 0.988 0.012 88 M 0.001 0.939 0.060 89 G 0.004 0.021 0.975 90 F 0.099 0.005 0.896 91 R 0.647 0.002 0.351 92 L 0.947 0.001 0.052 93 A 0.976 0.001 0.024 94 V 0.975 0.001 0.024 95 A 0.917 0.003 0.080 96 D 0.760 0.005 0.235 97 Q 0.456 0.011 0.533 98 V 0.242 0.025 0.733 99 E 0.162 0.031 0.807 100 P 0.042 0.017 0.940 101 A 0.010 0.621 0.369 102 E 0.011 0.674 0.315 103 E 0.011 0.724 0.265 104 A 0.019 0.506 0.475 105 E 0.019 0.391 0.590 106 G 0.025 0.164 0.812 107 L 0.085 0.245 0.670 108 V 0.157 0.416 0.427 109 R 0.185 0.547 0.267 110 R 0.265 0.598 0.138 111 E 0.495 0.422 0.083 112 V 0.601 0.348 0.051 113 T 0.583 0.355 0.062 114 Q 0.617 0.256 0.128 115 L 0.533 0.213 0.254 116 L 0.356 0.158 0.486 117 T 0.086 0.086 0.828 118 P 0.028 0.080 0.892 119 G 0.041 0.068 0.891 120 T 0.146 0.087 0.767 121 L 0.207 0.059 0.734 122 L 0.211 0.048 0.741 123 Q 0.108 0.304 0.587 124 E 0.044 0.365 0.591 125 S 0.050 0.385 0.566 126 L 0.081 0.244 0.676 127 L 0.063 0.135 0.802 128 P 0.042 0.087 0.871 129 R 0.027 0.048 0.925 130 E 0.059 0.025 0.915 131 A 0.103 0.008 0.889 132 N 0.422 0.003 0.575 133 Y 0.936 0.001 0.063 134 L 0.989 0.001 0.011 135 A 0.997 0.001 0.002 136 A 0.996 0.001 0.004 137 I 0.975 0.001 0.024 138 A 0.855 0.001 0.143 139 T 0.222 0.004 0.773 140 G 0.116 0.005 0.879 141 D 0.347 0.003 0.650 142 G 0.752 0.001 0.247 143 W 0.922 0.001 0.078 144 G 0.977 0.001 0.023 145 L 0.989 0.001 0.010 146 A 0.994 0.001 0.006 147 F 0.992 0.001 0.008 148 L 0.969 0.001 0.031 149 D 0.851 0.001 0.148 150 V 0.265 0.007 0.729 151 S 0.112 0.012 0.877 152 T 0.104 0.016 0.880 153 G 0.153 0.008 0.840 154 E 0.808 0.004 0.188 155 F 0.913 0.003 0.084 156 K 0.917 0.006 0.078 157 G 0.890 0.007 0.103 158 T 0.577 0.018 0.405 159 V 0.410 0.016 0.574 160 L 0.203 0.062 0.736 161 K 0.105 0.064 0.831 162 S 0.034 0.162 0.804 163 K 0.003 0.876 0.122 164 S 0.001 0.927 0.072 165 A 0.001 0.950 0.048 166 L 0.001 0.989 0.010 167 Y 0.001 0.991 0.008 168 D 0.001 0.992 0.008 169 E 0.001 0.988 0.011 170 L 0.002 0.978 0.020 171 F 0.003 0.961 0.036 172 R 0.007 0.855 0.137 173 H 0.027 0.176 0.797 174 R 0.025 0.012 0.963 175 P 0.106 0.208 0.685 176 A 0.328 0.213 0.459 177 E 0.707 0.119 0.174 178 V 0.895 0.046 0.059 179 L 0.819 0.035 0.146 180 L 0.486 0.024 0.490 181 A 0.086 0.046 0.868 182 P 0.017 0.168 0.815 183 E 0.015 0.272 0.712 184 L 0.019 0.369 0.611 185 L 0.026 0.349 0.625 186 E 0.024 0.588 0.388 187 N 0.021 0.647 0.332 188 G 0.029 0.709 0.262 189 A 0.049 0.779 0.172 190 F 0.094 0.773 0.133 191 L 0.141 0.733 0.126 192 D 0.147 0.737 0.116 193 E 0.175 0.676 0.149 194 F 0.191 0.622 0.187 195 R 0.274 0.462 0.264 196 K 0.230 0.359 0.411 197 R 0.128 0.237 0.635 198 F 0.095 0.165 0.740 199 P 0.130 0.129 0.741 200 V 0.298 0.138 0.564 201 M 0.391 0.120 0.489 202 L 0.424 0.116 0.460 203 S 0.398 0.100 0.502 204 E 0.421 0.107 0.471 205 A 0.429 0.139 0.432 206 P 0.362 0.162 0.476 207 F 0.255 0.169 0.576 208 E 0.161 0.155 0.684 209 P 0.119 0.237 0.644 210 E 0.119 0.297 0.584 211 G 0.114 0.375 0.511 212 E 0.089 0.433 0.477 213 G 0.043 0.501 0.457 214 P 0.022 0.648 0.330 215 L 0.013 0.858 0.129 216 A 0.008 0.935 0.057 217 L 0.006 0.963 0.031 218 R 0.003 0.976 0.021 219 R 0.001 0.987 0.012 220 A 0.001 0.988 0.012 221 R 0.001 0.988 0.011 222 G 0.001 0.990 0.010 223 A 0.001 0.991 0.009 224 L 0.001 0.990 0.010 225 L 0.001 0.991 0.009 226 A 0.001 0.992 0.008 227 Y 0.001 0.987 0.012 228 A 0.001 0.981 0.019 229 Q 0.001 0.965 0.033 230 R 0.002 0.940 0.058 231 T 0.005 0.843 0.151 232 Q 0.011 0.631 0.358 233 G 0.014 0.457 0.529 234 G 0.018 0.255 0.727 235 A 0.028 0.178 0.794 236 L 0.030 0.136 0.834 237 S 0.036 0.054 0.910 238 L 0.089 0.089 0.822 239 Q 0.144 0.092 0.764 240 P 0.237 0.100 0.663 241 F 0.462 0.065 0.473 242 R 0.686 0.049 0.265 243 F 0.810 0.031 0.159 244 Y 0.740 0.021 0.239 245 D 0.517 0.023 0.460 246 P 0.207 0.071 0.721 247 G 0.225 0.033 0.741 248 A 0.518 0.024 0.458 249 F 0.659 0.014 0.327 250 M 0.861 0.010 0.128 251 R 0.897 0.008 0.095 252 L 0.798 0.012 0.190 253 P 0.352 0.019 0.629 254 E 0.013 0.826 0.161 255 A 0.003 0.902 0.096 256 T 0.003 0.958 0.038 257 L 0.007 0.958 0.035 258 R 0.012 0.960 0.029 259 A 0.013 0.949 0.038 260 L 0.018 0.895 0.087 261 E 0.047 0.790 0.164 262 V 0.070 0.727 0.203 263 F 0.137 0.430 0.433 264 E 0.127 0.277 0.597 265 P 0.047 0.244 0.709 266 L 0.049 0.175 0.776 267 R 0.019 0.101 0.880 268 G 0.013 0.023 0.964 269 Q 0.038 0.044 0.918 270 D 0.130 0.032 0.838 271 T 0.283 0.032 0.685 272 L 0.034 0.888 0.077 273 F 0.031 0.909 0.060 274 S 0.027 0.916 0.057 275 V 0.066 0.804 0.129 276 L 0.071 0.732 0.197 277 D 0.082 0.447 0.471 278 E 0.091 0.364 0.546 279 T 0.112 0.299 0.589 280 R 0.116 0.264 0.620 281 T 0.050 0.235 0.714 282 A 0.018 0.405 0.577 283 P 0.011 0.582 0.408 284 G 0.013 0.760 0.227 285 R 0.009 0.913 0.078 286 R 0.008 0.945 0.047 287 L 0.007 0.962 0.031 288 L 0.003 0.978 0.019 289 Q 0.003 0.977 0.020 290 S 0.003 0.967 0.030 291 W 0.011 0.918 0.071 292 L 0.019 0.831 0.150 293 R 0.016 0.699 0.284 294 H 0.016 0.317 0.666 295 P 0.027 0.148 0.826 296 L 0.025 0.076 0.898 297 L 0.026 0.037 0.937 298 D 0.011 0.023 0.966 299 R 0.001 0.920 0.080 300 G 0.001 0.930 0.070 301 P 0.001 0.957 0.042 302 L 0.001 0.968 0.031 303 E 0.001 0.979 0.020 304 A 0.001 0.983 0.016 305 R 0.001 0.991 0.009 306 L 0.001 0.994 0.006 307 D 0.001 0.997 0.003 308 R 0.001 0.998 0.002 309 V 0.001 0.997 0.003 310 E 0.001 0.998 0.002 311 G 0.001 0.996 0.004 312 F 0.001 0.990 0.009 313 V 0.001 0.969 0.030 314 R 0.001 0.923 0.075 315 E 0.001 0.828 0.171 316 G 0.001 0.916 0.083 317 A 0.001 0.943 0.056 318 L 0.001 0.975 0.024 319 R 0.002 0.975 0.024 320 E 0.001 0.984 0.015 321 G 0.001 0.985 0.014 322 V 0.001 0.979 0.020 323 R 0.001 0.973 0.026 324 R 0.001 0.958 0.041 325 L 0.003 0.928 0.069 326 L 0.003 0.893 0.104 327 Y 0.004 0.797 0.198 328 R 0.004 0.671 0.325 329 L 0.006 0.115 0.879 330 A 0.015 0.110 0.875 331 D 0.012 0.144 0.844 332 L 0.001 0.961 0.038 333 E 0.001 0.977 0.022 334 R 0.001 0.989 0.011 335 L 0.001 0.988 0.011 336 A 0.001 0.989 0.010 337 T 0.002 0.988 0.010 338 R 0.002 0.983 0.015 339 L 0.003 0.972 0.025 340 E 0.005 0.929 0.066 341 L 0.006 0.814 0.180 342 G 0.010 0.482 0.508 343 R 0.047 0.199 0.755 344 A 0.063 0.090 0.847 345 S 0.044 0.055 0.901 346 P 0.003 0.935 0.063 347 K 0.001 0.979 0.020 348 D 0.001 0.992 0.008 349 L 0.001 0.992 0.007 350 G 0.001 0.996 0.003 351 A 0.001 0.997 0.003 352 L 0.001 0.996 0.004 353 R 0.001 0.996 0.004 354 R 0.001 0.995 0.005 355 S 0.001 0.991 0.009 356 L 0.001 0.984 0.016 357 Q 0.001 0.975 0.025 358 I 0.001 0.974 0.025 359 L 0.001 0.981 0.018 360 P 0.001 0.986 0.014 361 E 0.001 0.989 0.011 362 L 0.001 0.986 0.014 363 R 0.001 0.986 0.014 364 A 0.001 0.982 0.018 365 L 0.001 0.967 0.032 366 L 0.002 0.926 0.072 367 G 0.003 0.875 0.122 368 E 0.003 0.801 0.196 369 E 0.006 0.622 0.371 370 V 0.008 0.486 0.506 371 G 0.009 0.220 0.770 372 L 0.008 0.163 0.828 373 P 0.010 0.167 0.823 374 D 0.010 0.276 0.715 375 L 0.003 0.856 0.141 376 S 0.003 0.911 0.086 377 P 0.002 0.950 0.048 378 L 0.001 0.988 0.011 379 K 0.001 0.992 0.008 380 E 0.001 0.992 0.007 381 E 0.001 0.992 0.007 382 L 0.002 0.986 0.012 383 E 0.003 0.979 0.017 384 A 0.003 0.972 0.024 385 A 0.015 0.933 0.052 386 L 0.028 0.869 0.103 387 V 0.022 0.738 0.240 388 E 0.011 0.664 0.324 389 D 0.011 0.416 0.573 390 P 0.016 0.229 0.755 391 P 0.051 0.374 0.575 392 L 0.158 0.331 0.510 393 K 0.148 0.348 0.503 394 V 0.109 0.309 0.582 395 S 0.037 0.207 0.756 396 E 0.041 0.070 0.889 397 G 0.318 0.050 0.632 398 G 0.616 0.036 0.348 399 L 0.781 0.028 0.191 400 I 0.693 0.033 0.274 401 R 0.343 0.052 0.604 402 E 0.084 0.086 0.830 403 G 0.032 0.080 0.888 404 Y 0.043 0.071 0.886 405 D 0.013 0.061 0.925 406 P 0.001 0.915 0.084 407 D 0.001 0.946 0.053 408 L 0.001 0.986 0.014 409 D 0.001 0.987 0.013 410 A 0.001 0.990 0.010 411 L 0.001 0.986 0.014 412 R 0.001 0.983 0.017 413 A 0.001 0.971 0.028 414 A 0.001 0.968 0.031 415 H 0.001 0.949 0.051 416 R 0.001 0.949 0.050 417 E 0.001 0.957 0.042 418 G 0.001 0.974 0.025 419 V 0.001 0.982 0.018 420 A 0.001 0.987 0.012 421 Y 0.001 0.986 0.013 422 F 0.001 0.988 0.011 423 L 0.001 0.987 0.013 424 E 0.001 0.989 0.011 425 L 0.001 0.984 0.016 426 E 0.001 0.984 0.016 427 E 0.001 0.988 0.012 428 R 0.001 0.981 0.019 429 E 0.001 0.965 0.034 430 R 0.001 0.956 0.043 431 E 0.001 0.926 0.073 432 R 0.002 0.880 0.118 433 T 0.004 0.655 0.341 434 G 0.002 0.022 0.976 435 I 0.012 0.010 0.978 436 P 0.163 0.015 0.823 437 T 0.548 0.014 0.438 438 L 0.856 0.008 0.136 439 K 0.924 0.005 0.071 440 V 0.942 0.007 0.051 441 G 0.901 0.006 0.092 442 Y 0.844 0.007 0.149 443 N 0.600 0.016 0.384 444 A 0.401 0.019 0.581 445 V 0.395 0.016 0.589 446 F 0.554 0.007 0.439 447 G 0.806 0.002 0.193 448 Y 0.963 0.001 0.037 449 Y 0.992 0.001 0.008 450 L 0.995 0.001 0.005 451 E 0.987 0.001 0.013 452 V 0.880 0.001 0.119 453 T 0.372 0.002 0.627 454 R 0.051 0.258 0.691 455 P 0.019 0.425 0.556 456 Y 0.019 0.708 0.273 457 Y 0.034 0.544 0.421 458 E 0.074 0.497 0.429 459 R 0.095 0.353 0.553 460 V 0.087 0.128 0.784 461 P 0.080 0.070 0.850 462 K 0.059 0.197 0.744 463 E 0.125 0.159 0.715 464 Y 0.440 0.114 0.447 465 R 0.665 0.067 0.268 466 P 0.765 0.051 0.184 467 V 0.793 0.041 0.166 468 Q 0.769 0.034 0.196 469 T 0.687 0.036 0.277 470 L 0.440 0.062 0.498 471 K 0.219 0.076 0.705 472 D 0.188 0.078 0.734 473 R 0.312 0.085 0.604 474 Q 0.542 0.070 0.388 475 R 0.646 0.061 0.293 476 Y 0.458 0.089 0.453 477 T 0.172 0.105 0.723 478 L 0.032 0.352 0.617 479 P 0.002 0.947 0.051 480 E 0.002 0.965 0.033 481 M 0.002 0.976 0.021 482 K 0.003 0.975 0.022 483 E 0.002 0.977 0.022 484 K 0.001 0.970 0.030 485 E 0.001 0.972 0.028 486 R 0.001 0.973 0.027 487 E 0.001 0.969 0.031 488 V 0.001 0.955 0.044 489 Y 0.001 0.961 0.038 490 R 0.001 0.967 0.032 491 L 0.001 0.983 0.017 492 E 0.001 0.988 0.012 493 A 0.001 0.991 0.009 494 L 0.001 0.984 0.016 495 I 0.002 0.971 0.027 496 R 0.004 0.949 0.047 497 R 0.003 0.925 0.072 498 R 0.009 0.782 0.210 499 E 0.011 0.419 0.570 500 E 0.003 0.028 0.969