# TARGET T0116-1-300 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0116-1-300.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 66.4928 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.040 0.869 2 E 0.194 0.047 0.759 3 G 0.217 0.055 0.728 4 M 0.242 0.045 0.712 5 L 0.166 0.032 0.802 6 K 0.065 0.020 0.915 7 G 0.019 0.386 0.595 8 E 0.012 0.428 0.560 9 G 0.018 0.422 0.560 10 P 0.026 0.423 0.551 11 G 0.049 0.344 0.606 12 P 0.032 0.365 0.603 13 L 0.026 0.236 0.738 14 P 0.021 0.300 0.679 15 P 0.002 0.932 0.066 16 L 0.001 0.955 0.043 17 L 0.001 0.987 0.012 18 Q 0.001 0.990 0.009 19 Q 0.001 0.994 0.005 20 Y 0.001 0.992 0.007 21 V 0.001 0.989 0.010 22 E 0.001 0.982 0.017 23 L 0.002 0.954 0.043 24 R 0.003 0.871 0.126 25 D 0.008 0.670 0.322 26 Q 0.005 0.320 0.675 27 Y 0.008 0.008 0.984 28 P 0.036 0.009 0.954 29 D 0.145 0.002 0.854 30 Y 0.941 0.001 0.058 31 L 0.993 0.001 0.007 32 L 0.996 0.001 0.004 33 L 0.996 0.001 0.003 34 F 0.950 0.002 0.048 35 Q 0.793 0.004 0.203 36 V 0.240 0.018 0.742 37 G 0.045 0.002 0.953 38 D 0.384 0.008 0.608 39 F 0.629 0.015 0.356 40 Y 0.740 0.032 0.228 41 E 0.812 0.047 0.141 42 C 0.674 0.167 0.159 43 F 0.429 0.320 0.251 44 G 0.079 0.688 0.232 45 E 0.017 0.857 0.126 46 D 0.003 0.965 0.032 47 A 0.001 0.991 0.008 48 E 0.001 0.996 0.004 49 R 0.001 0.997 0.002 50 L 0.001 0.996 0.004 51 A 0.001 0.994 0.005 52 R 0.001 0.992 0.007 53 A 0.002 0.969 0.029 54 L 0.007 0.917 0.075 55 G 0.037 0.595 0.367 56 L 0.123 0.428 0.449 57 V 0.375 0.314 0.311 58 L 0.634 0.135 0.231 59 T 0.695 0.056 0.249 60 H 0.667 0.024 0.309 61 K 0.499 0.019 0.482 62 T 0.229 0.021 0.749 63 S 0.071 0.038 0.891 64 K 0.029 0.050 0.921 65 D 0.061 0.064 0.875 66 F 0.160 0.051 0.789 67 T 0.352 0.036 0.613 68 T 0.510 0.028 0.462 69 P 0.496 0.042 0.462 70 M 0.599 0.073 0.328 71 A 0.596 0.069 0.335 72 G 0.519 0.029 0.452 73 I 0.350 0.023 0.627 74 P 0.110 0.057 0.833 75 L 0.005 0.891 0.104 76 R 0.002 0.951 0.048 77 A 0.001 0.971 0.028 78 F 0.001 0.977 0.021 79 E 0.001 0.987 0.012 80 A 0.001 0.993 0.007 81 Y 0.001 0.994 0.005 82 A 0.001 0.995 0.005 83 E 0.001 0.997 0.003 84 R 0.001 0.996 0.004 85 L 0.001 0.995 0.005 86 L 0.001 0.993 0.007 87 K 0.001 0.984 0.015 88 M 0.001 0.928 0.072 89 G 0.004 0.021 0.976 90 F 0.086 0.005 0.909 91 R 0.615 0.002 0.383 92 L 0.945 0.001 0.055 93 A 0.978 0.001 0.021 94 V 0.977 0.001 0.022 95 A 0.913 0.002 0.085 96 D 0.751 0.004 0.245 97 Q 0.427 0.012 0.560 98 V 0.195 0.028 0.778 99 E 0.109 0.042 0.849 100 P 0.025 0.028 0.946 101 A 0.009 0.588 0.403 102 E 0.013 0.669 0.318 103 E 0.015 0.709 0.276 104 A 0.023 0.538 0.439 105 E 0.024 0.434 0.542 106 G 0.030 0.235 0.735 107 L 0.084 0.314 0.603 108 V 0.134 0.492 0.374 109 R 0.152 0.605 0.243 110 R 0.239 0.632 0.129 111 E 0.476 0.445 0.079 112 V 0.578 0.372 0.049 113 T 0.557 0.383 0.061 114 Q 0.612 0.262 0.126 115 L 0.570 0.191 0.239 116 L 0.380 0.144 0.476 117 T 0.088 0.088 0.824 118 P 0.027 0.073 0.899 119 G 0.051 0.056 0.893 120 T 0.184 0.071 0.745 121 L 0.222 0.062 0.716 122 L 0.209 0.047 0.743 123 Q 0.074 0.509 0.417 124 E 0.030 0.568 0.402 125 S 0.029 0.573 0.398 126 L 0.066 0.377 0.557 127 L 0.057 0.257 0.685 128 P 0.050 0.124 0.826 129 R 0.034 0.061 0.905 130 E 0.048 0.033 0.920 131 A 0.086 0.013 0.901 132 N 0.243 0.007 0.750 133 Y 0.867 0.001 0.132 134 L 0.981 0.001 0.018 135 A 0.995 0.001 0.005 136 A 0.996 0.001 0.003 137 I 0.982 0.001 0.018 138 A 0.901 0.001 0.098 139 T 0.371 0.007 0.622 140 G 0.113 0.004 0.883 141 D 0.415 0.002 0.583 142 G 0.711 0.001 0.288 143 W 0.914 0.001 0.085 144 G 0.976 0.001 0.023 145 L 0.985 0.001 0.015 146 A 0.990 0.001 0.010 147 F 0.984 0.001 0.016 148 L 0.944 0.001 0.056 149 D 0.789 0.001 0.210 150 V 0.200 0.011 0.789 151 S 0.078 0.019 0.902 152 T 0.089 0.023 0.887 153 G 0.125 0.010 0.865 154 E 0.789 0.006 0.205 155 F 0.913 0.004 0.083 156 K 0.915 0.007 0.077 157 G 0.901 0.009 0.089 158 T 0.654 0.023 0.323 159 V 0.526 0.021 0.453 160 L 0.325 0.031 0.643 161 K 0.175 0.020 0.805 162 S 0.049 0.057 0.894 163 K 0.003 0.869 0.128 164 S 0.002 0.916 0.083 165 A 0.002 0.934 0.065 166 L 0.001 0.991 0.009 167 Y 0.001 0.992 0.008 168 D 0.001 0.992 0.007 169 E 0.001 0.989 0.010 170 L 0.002 0.980 0.018 171 F 0.003 0.964 0.033 172 R 0.006 0.854 0.140 173 H 0.021 0.160 0.819 174 R 0.024 0.015 0.961 175 P 0.107 0.172 0.721 176 A 0.329 0.209 0.462 177 E 0.732 0.107 0.161 178 V 0.892 0.046 0.062 179 L 0.801 0.034 0.165 180 L 0.440 0.028 0.532 181 A 0.064 0.057 0.878 182 P 0.015 0.157 0.828 183 E 0.022 0.255 0.723 184 L 0.028 0.301 0.671 185 L 0.044 0.276 0.680 186 E 0.044 0.415 0.540 187 N 0.040 0.473 0.487 188 G 0.068 0.490 0.442 189 A 0.129 0.473 0.399 190 F 0.242 0.440 0.317 191 L 0.341 0.401 0.258 192 D 0.396 0.397 0.207 193 E 0.427 0.373 0.201 194 F 0.427 0.357 0.216 195 R 0.479 0.270 0.251 196 K 0.406 0.257 0.337 197 R 0.274 0.233 0.492 198 F 0.181 0.205 0.614 199 P 0.222 0.196 0.582 200 V 0.343 0.212 0.445 201 M 0.420 0.194 0.386 202 L 0.439 0.180 0.381 203 S 0.424 0.147 0.429 204 E 0.402 0.131 0.467 205 A 0.355 0.167 0.478 206 P 0.265 0.207 0.528 207 F 0.184 0.225 0.591 208 E 0.139 0.211 0.651 209 P 0.124 0.293 0.583 210 E 0.117 0.357 0.526 211 G 0.105 0.407 0.488 212 E 0.076 0.445 0.479 213 G 0.031 0.433 0.536 214 P 0.019 0.606 0.375 215 L 0.012 0.846 0.142 216 A 0.007 0.930 0.063 217 L 0.005 0.962 0.033 218 R 0.003 0.976 0.021 219 R 0.001 0.987 0.012 220 A 0.001 0.988 0.011 221 R 0.001 0.989 0.010 222 G 0.001 0.991 0.009 223 A 0.001 0.992 0.007 224 L 0.001 0.992 0.008 225 L 0.001 0.993 0.007 226 A 0.001 0.994 0.006 227 Y 0.001 0.990 0.010 228 A 0.001 0.985 0.015 229 Q 0.001 0.974 0.025 230 R 0.001 0.958 0.042 231 T 0.003 0.893 0.104 232 Q 0.006 0.703 0.291 233 G 0.007 0.485 0.508 234 G 0.011 0.374 0.615 235 A 0.021 0.335 0.645 236 L 0.043 0.305 0.652 237 S 0.071 0.196 0.733 238 L 0.075 0.092 0.832 239 Q 0.110 0.098 0.792 240 P 0.170 0.155 0.676 241 F 0.258 0.138 0.603 242 R 0.388 0.105 0.507 243 F 0.489 0.085 0.426 244 Y 0.506 0.061 0.433 245 D 0.404 0.050 0.545 246 P 0.223 0.135 0.642 247 G 0.307 0.055 0.638 248 A 0.540 0.041 0.419 249 F 0.684 0.023 0.293 250 M 0.852 0.016 0.131 251 R 0.888 0.012 0.100 252 L 0.806 0.014 0.180 253 P 0.395 0.020 0.585 254 E 0.017 0.839 0.144 255 A 0.004 0.901 0.095 256 T 0.004 0.953 0.043 257 L 0.010 0.946 0.045 258 R 0.017 0.943 0.040 259 A 0.022 0.903 0.075 260 L 0.029 0.826 0.145 261 E 0.064 0.714 0.222 262 V 0.095 0.638 0.267 263 F 0.177 0.361 0.462 264 E 0.146 0.245 0.609 265 P 0.057 0.209 0.734 266 L 0.055 0.153 0.792 267 R 0.020 0.085 0.895 268 G 0.013 0.025 0.962 269 Q 0.039 0.051 0.910 270 D 0.145 0.040 0.815 271 T 0.280 0.038 0.681 272 L 0.027 0.904 0.069 273 F 0.025 0.919 0.056 274 S 0.022 0.921 0.057 275 V 0.057 0.808 0.134 276 L 0.066 0.714 0.220 277 D 0.077 0.420 0.504 278 E 0.093 0.335 0.571 279 T 0.116 0.270 0.615 280 R 0.115 0.219 0.666 281 T 0.055 0.190 0.755 282 A 0.022 0.334 0.644 283 P 0.013 0.474 0.513 284 G 0.013 0.683 0.304 285 R 0.007 0.909 0.084 286 R 0.007 0.944 0.050 287 L 0.006 0.961 0.033 288 L 0.003 0.977 0.020 289 Q 0.003 0.973 0.024 290 S 0.004 0.963 0.033 291 W 0.013 0.912 0.075 292 L 0.016 0.843 0.141 293 R 0.014 0.774 0.213 294 H 0.028 0.324 0.648 295 P 0.068 0.204 0.728 296 L 0.109 0.136 0.755 297 L 0.080 0.088 0.832 298 D 0.045 0.073 0.883 299 R 0.013 0.067 0.921 300 G 0.003 0.017 0.980