# TARGET T0113 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0113.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 659.662 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.08 0.10 0.82 2 A 0.12 0.09 0.80 3 A 0.09 0.09 0.82 4 A 0.10 0.10 0.80 5 V 0.15 0.12 0.73 6 R 0.29 0.10 0.62 7 S 0.25 0.08 0.67 8 V 0.08 0.10 0.82 9 K 0.03 0.06 0.91 10 G 0.03 0.02 0.95 11 L 0.33 0.00 0.67 12 V 0.82 0.00 0.18 13 A 0.96 0.00 0.04 14 V 0.99 0.00 0.01 15 I 0.97 0.00 0.03 16 T 0.86 0.00 0.14 17 G 0.43 0.01 0.56 18 G 0.05 0.07 0.88 19 A 0.02 0.27 0.71 20 S 0.01 0.59 0.40 21 G 0.01 0.78 0.21 22 L 0.01 0.92 0.07 23 G 0.00 0.96 0.04 24 L 0.00 0.99 0.01 25 S 0.00 0.99 0.01 26 T 0.00 1.00 0.00 27 A 0.00 1.00 0.00 28 K 0.00 1.00 0.00 29 R 0.00 0.99 0.01 30 L 0.00 0.99 0.01 31 V 0.00 0.99 0.01 32 G 0.00 0.97 0.03 33 Q 0.00 0.89 0.11 34 G 0.00 0.01 0.99 35 A 0.04 0.00 0.95 36 T 0.44 0.00 0.56 37 A 0.96 0.00 0.03 38 V 0.99 0.00 0.01 39 L 0.98 0.00 0.02 40 L 0.88 0.00 0.11 41 D 0.49 0.00 0.50 42 V 0.10 0.01 0.89 43 P 0.02 0.02 0.97 44 N 0.00 0.88 0.12 45 S 0.00 0.95 0.05 46 E 0.00 0.97 0.03 47 G 0.00 0.99 0.01 48 E 0.00 0.99 0.01 49 T 0.00 0.99 0.01 50 E 0.00 0.99 0.01 51 A 0.00 0.99 0.01 52 K 0.00 0.98 0.02 53 K 0.00 0.97 0.03 54 L 0.00 0.85 0.14 55 G 0.00 0.11 0.89 56 G 0.02 0.03 0.96 57 N 0.16 0.01 0.83 58 C 0.66 0.00 0.34 59 I 0.93 0.00 0.07 60 F 0.97 0.00 0.03 61 A 0.94 0.00 0.06 62 P 0.83 0.01 0.16 63 A 0.55 0.01 0.44 64 N 0.31 0.01 0.68 65 V 0.11 0.04 0.84 66 T 0.04 0.04 0.92 67 S 0.02 0.04 0.95 68 E 0.00 0.94 0.06 69 K 0.00 0.97 0.03 70 E 0.00 0.98 0.02 71 V 0.00 0.99 0.01 72 Q 0.00 0.99 0.01 73 A 0.00 1.00 0.00 74 A 0.00 1.00 0.00 75 L 0.00 1.00 0.00 76 T 0.00 1.00 0.00 77 L 0.00 0.99 0.01 78 A 0.00 0.99 0.01 79 K 0.00 0.98 0.02 80 E 0.00 0.97 0.03 81 K 0.00 0.93 0.07 82 F 0.01 0.67 0.33 83 G 0.00 0.05 0.95 84 R 0.04 0.03 0.93 85 I 0.18 0.03 0.79 86 D 0.32 0.02 0.66 87 V 0.94 0.02 0.04 88 A 0.97 0.01 0.01 89 V 0.95 0.01 0.03 90 N 0.78 0.03 0.19 91 C 0.31 0.07 0.62 92 A 0.32 0.14 0.54 93 G 0.37 0.21 0.42 94 I 0.36 0.14 0.50 95 A 0.27 0.10 0.63 96 V 0.12 0.06 0.82 97 A 0.03 0.02 0.95 98 I 0.02 0.20 0.78 99 K 0.03 0.25 0.72 100 T 0.05 0.29 0.65 101 Y 0.06 0.25 0.69 102 H 0.06 0.22 0.72 103 E 0.04 0.25 0.70 104 K 0.05 0.15 0.80 105 K 0.08 0.13 0.79 106 N 0.07 0.17 0.76 107 Q 0.09 0.16 0.75 108 V 0.09 0.15 0.76 109 H 0.08 0.05 0.87 110 T 0.03 0.02 0.94 111 L 0.00 0.93 0.07 112 E 0.00 0.93 0.07 113 D 0.00 0.94 0.06 114 F 0.00 0.96 0.04 115 Q 0.01 0.96 0.03 116 R 0.01 0.96 0.03 117 V 0.01 0.94 0.04 118 I 0.02 0.92 0.06 119 N 0.04 0.84 0.12 120 V 0.07 0.70 0.23 121 N 0.10 0.41 0.50 122 L 0.05 0.70 0.25 123 I 0.02 0.88 0.10 124 G 0.01 0.96 0.03 125 T 0.01 0.98 0.01 126 F 0.00 0.99 0.01 127 N 0.00 0.99 0.00 128 V 0.00 1.00 0.00 129 I 0.00 0.99 0.01 130 R 0.00 0.99 0.01 131 L 0.00 0.98 0.02 132 V 0.00 0.95 0.05 133 A 0.00 0.87 0.13 134 G 0.00 0.77 0.22 135 V 0.00 0.66 0.33 136 M 0.01 0.52 0.47 137 G 0.02 0.30 0.69 138 Q 0.01 0.06 0.93 139 N 0.01 0.65 0.34 140 E 0.03 0.62 0.35 141 P 0.08 0.58 0.34 142 D 0.18 0.30 0.52 143 Q 0.11 0.19 0.71 144 G 0.04 0.09 0.88 145 G 0.04 0.03 0.93 146 Q 0.04 0.01 0.95 147 R 0.09 0.00 0.91 148 G 0.53 0.00 0.46 149 V 0.87 0.00 0.13 150 I 0.98 0.00 0.02 151 I 0.99 0.00 0.01 152 N 0.97 0.00 0.03 153 T 0.92 0.00 0.08 154 A 0.71 0.01 0.28 155 S 0.54 0.04 0.42 156 V 0.41 0.12 0.47 157 A 0.36 0.20 0.44 158 A 0.39 0.20 0.41 159 F 0.33 0.17 0.50 160 E 0.27 0.13 0.60 161 G 0.15 0.10 0.75 162 Q 0.08 0.10 0.83 163 V 0.04 0.15 0.81 164 G 0.03 0.26 0.71 165 Q 0.05 0.43 0.51 166 A 0.06 0.59 0.35 167 A 0.04 0.78 0.18 168 Y 0.03 0.86 0.11 169 S 0.01 0.93 0.06 170 A 0.00 0.96 0.04 171 S 0.00 0.97 0.03 172 K 0.00 0.99 0.01 173 G 0.00 0.99 0.01 174 G 0.00 0.99 0.01 175 I 0.00 0.99 0.01 176 V 0.00 0.99 0.01 177 G 0.00 0.99 0.01 178 M 0.00 0.99 0.01 179 T 0.00 0.98 0.02 180 L 0.00 0.99 0.01 181 P 0.00 0.98 0.02 182 I 0.00 0.97 0.03 183 A 0.00 0.97 0.03 184 R 0.00 0.95 0.05 185 D 0.00 0.92 0.08 186 L 0.00 0.87 0.13 187 A 0.01 0.53 0.46 188 P 0.01 0.47 0.51 189 I 0.02 0.24 0.74 190 G 0.03 0.01 0.96 191 I 0.52 0.00 0.48 192 R 0.92 0.00 0.08 193 V 0.97 0.00 0.02 194 V 0.97 0.00 0.03 195 T 0.96 0.00 0.04 196 I 0.86 0.00 0.14 197 A 0.50 0.00 0.49 198 P 0.20 0.02 0.77 199 G 0.16 0.05 0.79 200 L 0.23 0.12 0.65 201 F 0.22 0.12 0.66 202 A 0.17 0.12 0.71 203 T 0.07 0.14 0.79 204 P 0.05 0.22 0.73 205 L 0.05 0.33 0.62 206 L 0.06 0.35 0.59 207 T 0.05 0.33 0.62 208 T 0.05 0.28 0.67 209 L 0.03 0.26 0.71 210 P 0.01 0.18 0.81 211 D 0.01 0.68 0.31 212 K 0.01 0.77 0.23 213 V 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0.84 261 P 0.02 0.01 0.97