# TARGET T0112 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0112.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 456.756 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.442 0.472 2 A 0.130 0.626 0.244 3 S 0.153 0.702 0.145 4 D 0.171 0.737 0.091 5 N 0.241 0.690 0.068 6 L 0.363 0.581 0.056 7 S 0.370 0.581 0.048 8 A 0.441 0.499 0.059 9 V 0.555 0.310 0.135 10 L 0.474 0.177 0.349 11 Y 0.189 0.068 0.744 12 K 0.028 0.019 0.952 13 Q 0.034 0.022 0.944 14 N 0.093 0.016 0.891 15 D 0.403 0.008 0.589 16 L 0.818 0.003 0.178 17 R 0.933 0.002 0.065 18 L 0.947 0.003 0.051 19 E 0.915 0.003 0.082 20 Q 0.803 0.006 0.191 21 R 0.576 0.010 0.414 22 P 0.395 0.018 0.587 23 I 0.222 0.022 0.756 24 P 0.201 0.025 0.774 25 E 0.196 0.020 0.784 26 P 0.141 0.020 0.839 27 K 0.045 0.008 0.946 28 E 0.021 0.017 0.962 29 D 0.036 0.016 0.948 30 E 0.435 0.017 0.548 31 V 0.903 0.003 0.095 32 L 0.982 0.001 0.018 33 L 0.993 0.001 0.007 34 Q 0.995 0.001 0.004 35 M 0.996 0.001 0.004 36 A 0.992 0.001 0.007 37 Y 0.970 0.003 0.027 38 V 0.878 0.010 0.112 39 G 0.729 0.010 0.261 40 I 0.472 0.008 0.520 41 C 0.169 0.003 0.828 42 G 0.099 0.339 0.562 43 S 0.077 0.484 0.439 44 D 0.124 0.559 0.318 45 V 0.303 0.446 0.251 46 H 0.389 0.447 0.164 47 Y 0.497 0.400 0.103 48 Y 0.493 0.344 0.163 49 E 0.494 0.246 0.260 50 H 0.135 0.224 0.641 51 G 0.039 0.033 0.928 52 R 0.140 0.040 0.819 53 I 0.163 0.042 0.795 54 A 0.087 0.045 0.868 55 D 0.070 0.053 0.877 56 F 0.059 0.074 0.867 57 I 0.060 0.072 0.868 58 V 0.083 0.066 0.851 59 K 0.088 0.051 0.861 60 D 0.060 0.040 0.901 61 P 0.082 0.047 0.871 62 M 0.208 0.095 0.697 63 V 0.323 0.104 0.573 64 I 0.251 0.079 0.671 65 G 0.130 0.075 0.795 66 H 0.222 0.133 0.645 67 E 0.351 0.171 0.479 68 A 0.419 0.170 0.411 69 S 0.632 0.083 0.285 70 G 0.791 0.032 0.177 71 T 0.849 0.040 0.111 72 V 0.916 0.040 0.045 73 V 0.903 0.032 0.065 74 K 0.851 0.021 0.128 75 V 0.641 0.023 0.336 76 G 0.202 0.009 0.789 77 K 0.070 0.018 0.912 78 N 0.055 0.026 0.919 79 V 0.161 0.022 0.818 80 K 0.283 0.026 0.691 81 H 0.484 0.028 0.488 82 L 0.536 0.018 0.446 83 K 0.404 0.021 0.575 84 K 0.243 0.059 0.698 85 G 0.194 0.031 0.775 86 D 0.565 0.013 0.422 87 R 0.805 0.007 0.188 88 V 0.921 0.007 0.072 89 A 0.915 0.007 0.078 90 V 0.770 0.009 0.221 91 E 0.541 0.010 0.448 92 P 0.404 0.019 0.577 93 G 0.267 0.043 0.690 94 V 0.131 0.087 0.782 95 P 0.101 0.099 0.800 96 C 0.059 0.105 0.836 97 R 0.060 0.095 0.845 98 R 0.097 0.095 0.809 99 C 0.042 0.025 0.934 100 Q 0.061 0.191 0.748 101 F 0.087 0.246 0.667 102 C 0.069 0.427 0.504 103 K 0.050 0.449 0.501 104 E 0.040 0.396 0.564 105 G 0.037 0.184 0.779 106 K 0.068 0.233 0.699 107 Y 0.120 0.240 0.640 108 N 0.189 0.166 0.645 109 L 0.249 0.114 0.636 110 C 0.120 0.065 0.815 111 P 0.038 0.059 0.904 112 D 0.031 0.047 0.923 113 L 0.138 0.040 0.822 114 T 0.339 0.031 0.630 115 F 0.508 0.032 0.460 116 C 0.500 0.029 0.472 117 A 0.334 0.049 0.618 118 T 0.234 0.051 0.715 119 P 0.202 0.059 0.740 120 P 0.124 0.051 0.826 121 D 0.093 0.040 0.867 122 D 0.131 0.049 0.820 123 G 0.232 0.069 0.698 124 N 0.393 0.084 0.523 125 L 0.591 0.088 0.322 126 A 0.708 0.065 0.228 127 R 0.782 0.068 0.150 128 Y 0.854 0.056 0.090 129 Y 0.866 0.043 0.091 130 V 0.851 0.020 0.129 131 H 0.730 0.007 0.263 132 A 0.286 0.005 0.709 133 A 0.054 0.344 0.602 134 D 0.055 0.325 0.620 135 F 0.200 0.302 0.498 136 C 0.540 0.120 0.341 137 H 0.718 0.073 0.209 138 K 0.648 0.049 0.303 139 L 0.316 0.029 0.655 140 P 0.056 0.013 0.932 141 D 0.010 0.051 0.939 142 N 0.009 0.046 0.945 143 V 0.033 0.023 0.944 144 S 0.030 0.014 0.956 145 L 0.007 0.853 0.140 146 E 0.009 0.853 0.137 147 E 0.009 0.892 0.099 148 G 0.052 0.764 0.185 149 A 0.064 0.716 0.220 150 L 0.067 0.548 0.385 151 L 0.051 0.329 0.620 152 E 0.039 0.159 0.802 153 P 0.012 0.609 0.379 154 L 0.012 0.706 0.282 155 S 0.020 0.781 0.199 156 V 0.030 0.848 0.122 157 G 0.021 0.923 0.056 158 V 0.014 0.949 0.037 159 H 0.009 0.966 0.025 160 A 0.012 0.951 0.037 161 C 0.015 0.942 0.043 162 R 0.009 0.938 0.053 163 R 0.015 0.887 0.098 164 A 0.015 0.588 0.397 165 G 0.016 0.027 0.957 166 V 0.106 0.024 0.869 167 Q 0.071 0.012 0.917 168 L 0.029 0.019 0.952 169 G 0.036 0.005 0.959 170 T 0.321 0.003 0.675 171 T 0.746 0.001 0.253 172 V 0.957 0.001 0.043 173 L 0.990 0.001 0.010 174 V 0.983 0.001 0.016 175 I 0.890 0.002 0.107 176 G 0.503 0.007 0.490 177 A 0.099 0.028 0.873 178 G 0.030 0.095 0.875 179 P 0.003 0.900 0.098 180 I 0.001 0.967 0.032 181 G 0.001 0.993 0.007 182 L 0.001 0.996 0.004 183 V 0.001 0.998 0.002 184 S 0.001 0.999 0.001 185 V 0.001 0.999 0.001 186 L 0.001 0.998 0.001 187 A 0.001 0.996 0.003 188 A 0.001 0.995 0.005 189 K 0.001 0.991 0.009 190 A 0.001 0.973 0.027 191 Y 0.001 0.924 0.075 192 G 0.002 0.020 0.978 193 A 0.028 0.001 0.971 194 F 0.473 0.001 0.526 195 V 0.929 0.001 0.071 196 V 0.985 0.001 0.014 197 C 0.967 0.001 0.032 198 T 0.822 0.002 0.175 199 A 0.419 0.004 0.577 200 R 0.070 0.010 0.919 201 S 0.009 0.014 0.977 202 P 0.001 0.935 0.065 203 R 0.001 0.965 0.035 204 R 0.001 0.981 0.018 205 L 0.001 0.983 0.016 206 E 0.001 0.982 0.017 207 V 0.001 0.980 0.019 208 A 0.001 0.979 0.020 209 K 0.001 0.971 0.028 210 N 0.001 0.960 0.039 211 C 0.001 0.895 0.104 212 G 0.002 0.018 0.980 213 A 0.014 0.002 0.984 214 D 0.072 0.008 0.920 215 V 0.084 0.253 0.664 216 T 0.136 0.411 0.453 217 L 0.373 0.250 0.378 218 V 0.530 0.161 0.309 219 V 0.507 0.061 0.433 220 D 0.233 0.024 0.743 221 P 0.071 0.111 0.819 222 A 0.041 0.088 0.871 223 K 0.024 0.112 0.864 224 E 0.009 0.119 0.872 225 E 0.009 0.133 0.858 226 E 0.010 0.256 0.733 227 S 0.008 0.298 0.694 228 S 0.010 0.614 0.375 229 I 0.001 0.985 0.014 230 I 0.001 0.993 0.007 231 E 0.001 0.997 0.002 232 R 0.001 0.997 0.003 233 I 0.001 0.995 0.004 234 R 0.001 0.991 0.008 235 S 0.001 0.982 0.017 236 A 0.001 0.972 0.027 237 I 0.001 0.890 0.109 238 G 0.003 0.666 0.331 239 D 0.003 0.363 0.634 240 L 0.015 0.034 0.951 241 P 0.089 0.031 0.880 242 N 0.218 0.004 0.777 243 V 0.963 0.003 0.033 244 T 0.989 0.003 0.009 245 I 0.964 0.007 0.030 246 D 0.807 0.013 0.181 247 C 0.376 0.021 0.602 248 S 0.193 0.035 0.772 249 G 0.080 0.073 0.848 250 N 0.033 0.464 0.503 251 E 0.012 0.792 0.197 252 K 0.007 0.875 0.118 253 C 0.006 0.906 0.088 254 I 0.003 0.958 0.039 255 T 0.002 0.973 0.025 256 I 0.001 0.980 0.019 257 G 0.002 0.980 0.018 258 I 0.004 0.976 0.020 259 N 0.003 0.970 0.026 260 I 0.006 0.938 0.055 261 T 0.009 0.864 0.127 262 R 0.013 0.245 0.742 263 T 0.010 0.153 0.837 264 G 0.014 0.006 0.980 265 G 0.225 0.002 0.774 266 T 0.787 0.001 0.212 267 L 0.972 0.001 0.028 268 M 0.989 0.001 0.010 269 L 0.975 0.001 0.024 270 V 0.924 0.001 0.074 271 G 0.698 0.003 0.299 272 M 0.405 0.005 0.590 273 G 0.152 0.013 0.835 274 S 0.042 0.037 0.921 275 Q 0.038 0.049 0.913 276 M 0.072 0.068 0.860 277 V 0.090 0.069 0.841 278 T 0.130 0.055 0.814 279 V 0.180 0.051 0.769 280 P 0.136 0.053 0.811 281 L 0.037 0.743 0.219 282 V 0.041 0.786 0.173 283 N 0.049 0.827 0.124 284 A 0.128 0.692 0.179 285 C 0.220 0.598 0.182 286 A 0.251 0.445 0.304 287 R 0.151 0.267 0.582 288 E 0.275 0.140 0.584 289 I 0.564 0.052 0.384 290 D 0.737 0.024 0.239 291 I 0.857 0.018 0.125 292 K 0.829 0.018 0.153 293 S 0.737 0.035 0.228 294 V 0.582 0.045 0.373 295 F 0.328 0.082 0.590 296 R 0.113 0.092 0.795 297 Y 0.054 0.106 0.840 298 C 0.036 0.308 0.656 299 N 0.023 0.417 0.560 300 D 0.011 0.548 0.440 301 Y 0.001 0.974 0.026 302 P 0.001 0.987 0.012 303 I 0.001 0.992 0.007 304 A 0.001 0.991 0.009 305 L 0.001 0.990 0.009 306 E 0.001 0.986 0.013 307 M 0.001 0.981 0.018 308 V 0.001 0.960 0.039 309 A 0.001 0.933 0.066 310 S 0.001 0.859 0.140 311 G 0.002 0.026 0.972 312 R 0.055 0.026 0.920 313 C 0.268 0.021 0.711 314 N 0.197 0.013 0.790 315 V 0.106 0.248 0.647 316 K 0.091 0.177 0.733 317 Q 0.107 0.223 0.670 318 L 0.194 0.087 0.719 319 V 0.309 0.085 0.606 320 T 0.406 0.067 0.527 321 H 0.535 0.047 0.418 322 S 0.610 0.050 0.340 323 F 0.481 0.027 0.492 324 K 0.180 0.018 0.803 325 L 0.007 0.873 0.121 326 E 0.002 0.911 0.087 327 Q 0.001 0.951 0.047 328 T 0.001 0.977 0.022 329 V 0.001 0.991 0.009 330 D 0.001 0.995 0.004 331 A 0.001 0.997 0.003 332 F 0.001 0.997 0.003 333 E 0.001 0.995 0.004 334 A 0.001 0.991 0.008 335 A 0.001 0.981 0.018 336 R 0.001 0.951 0.048 337 K 0.002 0.866 0.132 338 K 0.004 0.167 0.829 339 A 0.014 0.079 0.907 340 D 0.030 0.068 0.903 341 N 0.127 0.028 0.844 342 T 0.352 0.011 0.637 343 I 0.741 0.002 0.257 344 K 0.927 0.001 0.072 345 V 0.982 0.001 0.017 346 M 0.993 0.001 0.006 347 I 0.975 0.001 0.024 348 S 0.860 0.002 0.138 349 C 0.440 0.003 0.556 350 R 0.154 0.009 0.837 351 Q 0.078 0.028 0.895 352 G 0.021 0.020 0.960