# TARGET T0111 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0111.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.5258 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 S 0.138 0.145 0.716 2 K 0.369 0.166 0.465 3 I 0.407 0.271 0.322 4 V 0.312 0.428 0.260 5 K 0.483 0.327 0.190 6 I 0.678 0.204 0.118 7 I 0.752 0.164 0.085 8 G 0.803 0.153 0.044 9 R 0.840 0.123 0.038 10 E 0.862 0.101 0.036 11 I 0.794 0.153 0.053 12 I 0.579 0.202 0.219 13 D 0.194 0.207 0.599 14 S 0.025 0.174 0.802 15 R 0.010 0.039 0.952 16 G 0.021 0.005 0.974 17 N 0.055 0.002 0.943 18 P 0.474 0.002 0.524 19 T 0.864 0.001 0.135 20 V 0.956 0.001 0.043 21 E 0.986 0.001 0.014 22 A 0.985 0.001 0.015 23 E 0.981 0.001 0.018 24 V 0.975 0.001 0.024 25 H 0.924 0.003 0.074 26 L 0.752 0.008 0.239 27 E 0.218 0.041 0.741 28 G 0.066 0.070 0.864 29 G 0.128 0.106 0.766 30 F 0.296 0.124 0.579 31 V 0.375 0.151 0.475 32 G 0.367 0.197 0.436 33 M 0.381 0.256 0.363 34 A 0.387 0.269 0.344 35 A 0.389 0.210 0.401 36 A 0.300 0.164 0.536 37 P 0.182 0.173 0.645 38 S 0.069 0.135 0.795 39 G 0.036 0.154 0.810 40 A 0.040 0.206 0.754 41 S 0.034 0.276 0.690 42 T 0.043 0.283 0.675 43 G 0.063 0.188 0.749 44 S 0.115 0.325 0.560 45 R 0.171 0.345 0.483 46 E 0.258 0.339 0.403 47 A 0.396 0.276 0.327 48 L 0.578 0.158 0.264 49 E 0.659 0.099 0.242 50 L 0.560 0.053 0.387 51 R 0.318 0.029 0.654 52 D 0.087 0.096 0.817 53 G 0.020 0.086 0.894 54 D 0.017 0.094 0.889 55 K 0.013 0.086 0.900 56 S 0.061 0.168 0.771 57 R 0.219 0.193 0.587 58 F 0.278 0.258 0.464 59 L 0.208 0.334 0.457 60 G 0.066 0.643 0.291 61 K 0.035 0.818 0.147 62 G 0.022 0.910 0.067 63 V 0.018 0.947 0.035 64 T 0.008 0.976 0.016 65 K 0.005 0.980 0.015 66 A 0.003 0.985 0.012 67 V 0.003 0.981 0.016 68 A 0.002 0.971 0.027 69 A 0.005 0.927 0.068 70 V 0.005 0.907 0.088 71 N 0.008 0.837 0.155 72 G 0.011 0.852 0.137 73 P 0.024 0.762 0.214 74 I 0.047 0.630 0.323 75 A 0.025 0.495 0.480 76 Q 0.010 0.599 0.391 77 A 0.012 0.532 0.456 78 L 0.034 0.549 0.416 79 I 0.033 0.454 0.513 80 G 0.026 0.038 0.936 81 K 0.086 0.030 0.884 82 D 0.098 0.031 0.871 83 A 0.053 0.274 0.673 84 K 0.049 0.264 0.686 85 D 0.042 0.249 0.709 86 Q 0.010 0.779 0.212 87 A 0.012 0.762 0.226 88 G 0.011 0.757 0.232 89 I 0.013 0.743 0.244 90 D 0.027 0.718 0.255 91 K 0.021 0.820 0.159 92 I 0.023 0.804 0.174 93 M 0.037 0.791 0.171 94 I 0.053 0.708 0.240 95 D 0.047 0.639 0.314 96 L 0.035 0.351 0.613 97 D 0.027 0.129 0.844 98 G 0.032 0.032 0.936 99 T 0.041 0.033 0.926 100 E 0.042 0.257 0.701 101 N 0.024 0.364 0.612 102 K 0.018 0.728 0.254 103 S 0.032 0.628 0.339 104 K 0.045 0.627 0.329 105 F 0.030 0.579 0.391 106 G 0.025 0.324 0.651 107 A 0.019 0.617 0.364 108 N 0.014 0.821 0.165 109 A 0.023 0.927 0.050 110 I 0.025 0.950 0.025 111 L 0.013 0.975 0.012 112 A 0.006 0.982 0.011 113 V 0.003 0.989 0.009 114 S 0.002 0.991 0.007 115 L 0.001 0.996 0.004 116 A 0.001 0.994 0.004 117 N 0.001 0.995 0.004 118 A 0.001 0.994 0.005 119 K 0.001 0.990 0.009 120 A 0.002 0.986 0.013 121 A 0.002 0.975 0.022 122 A 0.004 0.962 0.034 123 A 0.002 0.939 0.059 124 A 0.003 0.904 0.093 125 K 0.002 0.846 0.152 126 G 0.002 0.037 0.961 127 M 0.020 0.047 0.933 128 P 0.049 0.461 0.491 129 L 0.005 0.968 0.027 130 Y 0.003 0.990 0.008 131 E 0.002 0.988 0.010 132 H 0.003 0.983 0.014 133 I 0.006 0.963 0.032 134 A 0.007 0.917 0.076 135 E 0.005 0.864 0.132 136 L 0.015 0.694 0.291 137 N 0.023 0.491 0.486 138 G 0.029 0.185 0.786 139 T 0.030 0.119 0.852 140 P 0.041 0.114 0.845 141 G 0.087 0.116 0.798 142 K 0.267 0.089 0.644 143 Y 0.476 0.054 0.470 144 S 0.488 0.038 0.474 145 M 0.477 0.027 0.496 146 P 0.410 0.025 0.565 147 V 0.470 0.025 0.505 148 P 0.501 0.038 0.461 149 M 0.475 0.122 0.403 150 M 0.486 0.159 0.355 151 N 0.415 0.192 0.393 152 I 0.450 0.162 0.387 153 I 0.401 0.153 0.447 154 N 0.241 0.126 0.632 155 G 0.090 0.182 0.728 156 G 0.103 0.214 0.683 157 E 0.107 0.255 0.638 158 H 0.104 0.272 0.624 159 A 0.088 0.232 0.680 160 D 0.061 0.187 0.752 161 N 0.052 0.214 0.734 162 N 0.081 0.179 0.740 163 V 0.107 0.169 0.723 164 D 0.219 0.128 0.653 165 I 0.381 0.106 0.513 166 Q 0.668 0.057 0.275 167 E 0.867 0.030 0.103 168 F 0.889 0.024 0.088 169 M 0.905 0.016 0.079 170 I 0.820 0.017 0.163 171 Q 0.604 0.012 0.384 172 P 0.336 0.015 0.649 173 V 0.070 0.040 0.891 174 G 0.028 0.053 0.919 175 A 0.015 0.351 0.634 176 K 0.022 0.379 0.599 177 T 0.025 0.481 0.494 178 V 0.002 0.971 0.027 179 K 0.002 0.981 0.017 180 E 0.001 0.989 0.010 181 A 0.001 0.984 0.015 182 I 0.002 0.985 0.013 183 R 0.001 0.988 0.011 184 M 0.001 0.992 0.008 185 G 0.001 0.991 0.009 186 S 0.001 0.994 0.006 187 E 0.001 0.995 0.005 188 V 0.001 0.995 0.005 189 F 0.001 0.993 0.006 190 H 0.001 0.995 0.005 191 H 0.001 0.994 0.005 192 L 0.001 0.992 0.007 193 A 0.001 0.992 0.008 194 K 0.001 0.990 0.010 195 V 0.001 0.978 0.021 196 L 0.003 0.960 0.037 197 K 0.005 0.931 0.063 198 A 0.006 0.888 0.106 199 K 0.017 0.732 0.251 200 G 0.025 0.411 0.563 201 M 0.032 0.112 0.856 202 N 0.094 0.116 0.790 203 T 0.203 0.081 0.716 204 A 0.213 0.078 0.709 205 V 0.219 0.091 0.690 206 G 0.219 0.080 0.701 207 D 0.139 0.089 0.771 208 E 0.079 0.087 0.835 209 G 0.055 0.079 0.866 210 G 0.105 0.051 0.844 211 Y 0.159 0.056 0.786 212 A 0.109 0.074 0.817 213 P 0.060 0.084 0.857 214 N 0.051 0.119 0.830 215 L 0.043 0.141 0.816 216 G 0.031 0.131 0.838 217 S 0.017 0.185 0.797 218 N 0.007 0.565 0.428 219 A 0.004 0.854 0.142 220 E 0.002 0.929 0.069 221 A 0.002 0.964 0.034 222 L 0.001 0.986 0.013 223 A 0.001 0.990 0.009 224 V 0.001 0.993 0.007 225 I 0.001 0.995 0.005 226 A 0.001 0.994 0.006 227 E 0.001 0.993 0.007 228 A 0.001 0.980 0.020 229 V 0.001 0.975 0.024 230 K 0.001 0.964 0.035 231 A 0.002 0.937 0.062 232 A 0.004 0.805 0.191 233 G 0.006 0.017 0.976 234 Y 0.084 0.017 0.899 235 E 0.110 0.020 0.870 236 L 0.026 0.061 0.914 237 G 0.046 0.042 0.912 238 K 0.247 0.028 0.725 239 D 0.678 0.012 0.311 240 I 0.923 0.005 0.072 241 T 0.954 0.004 0.042 242 L 0.965 0.010 0.025 243 A 0.952 0.017 0.032 244 M 0.893 0.023 0.083 245 D 0.689 0.050 0.261 246 C 0.467 0.182 0.350 247 A 0.227 0.403 0.370 248 A 0.148 0.641 0.211 249 S 0.107 0.699 0.194 250 E 0.127 0.648 0.225 251 F 0.107 0.605 0.287 252 Y 0.101 0.551 0.348 253 K 0.084 0.440 0.476 254 D 0.039 0.366 0.595 255 G 0.037 0.174 0.789 256 K 0.131 0.188 0.681 257 Y 0.291 0.175 0.534 258 V 0.460 0.127 0.412 259 L 0.499 0.101 0.399 260 A 0.438 0.102 0.459 261 G 0.348 0.110 0.542 262 E 0.266 0.094 0.640 263 G 0.171 0.130 0.699 264 N 0.129 0.093 0.778 265 K 0.267 0.087 0.646 266 A 0.326 0.076 0.598 267 F 0.270 0.056 0.675 268 T 0.083 0.044 0.873 269 S 0.004 0.906 0.090 270 E 0.002 0.953 0.045 271 E 0.001 0.972 0.027 272 F 0.002 0.970 0.029 273 T 0.001 0.980 0.019 274 H 0.001 0.982 0.017 275 F 0.001 0.985 0.014 276 L 0.001 0.976 0.022 277 E 0.001 0.981 0.018 278 E 0.001 0.972 0.027 279 L 0.002 0.952 0.046 280 T 0.004 0.922 0.074 281 K 0.005 0.838 0.157 282 Q 0.007 0.690 0.303 283 Y 0.019 0.073 0.908 284 P 0.057 0.007 0.936 285 I 0.769 0.017 0.214 286 V 0.912 0.012 0.076 287 S 0.876 0.022 0.102 288 I 0.731 0.030 0.239 289 E 0.305 0.024 0.671 290 D 0.072 0.015 0.912 291 G 0.023 0.069 0.909 292 L 0.013 0.052 0.935 293 D 0.007 0.029 0.965 294 E 0.001 0.874 0.125 295 S 0.001 0.899 0.101 296 D 0.001 0.922 0.077 297 W 0.001 0.967 0.033 298 D 0.001 0.972 0.026 299 G 0.001 0.976 0.023 300 F 0.001 0.973 0.025 301 A 0.002 0.975 0.023 302 Y 0.003 0.965 0.032 303 Q 0.006 0.929 0.065 304 T 0.016 0.835 0.149 305 K 0.016 0.776 0.207 306 V 0.026 0.630 0.344 307 L 0.066 0.340 0.594 308 G 0.054 0.058 0.888 309 D 0.148 0.038 0.814 310 K 0.419 0.014 0.567 311 I 0.805 0.008 0.187 312 Q 0.943 0.006 0.052 313 L 0.954 0.003 0.043 314 V 0.903 0.003 0.094 315 G 0.525 0.009 0.465 316 D 0.301 0.017 0.682 317 D 0.471 0.033 0.496 318 L 0.542 0.037 0.421 319 F 0.543 0.034 0.422 320 V 0.429 0.021 0.550 321 T 0.155 0.017 0.828 322 N 0.048 0.040 0.911 323 T 0.002 0.937 0.061 324 K 0.002 0.968 0.030 325 I 0.002 0.975 0.023 326 L 0.002 0.984 0.014 327 K 0.002 0.983 0.015 328 E 0.002 0.981 0.017 329 G 0.004 0.952 0.044 330 I 0.008 0.901 0.091 331 E 0.010 0.762 0.229 332 K 0.014 0.728 0.258 333 G 0.020 0.432 0.549 334 I 0.069 0.184 0.747 335 A 0.138 0.092 0.770 336 N 0.428 0.030 0.542 337 S 0.937 0.015 0.048 338 I 0.974 0.008 0.019 339 L 0.986 0.003 0.011 340 I 0.968 0.003 0.029 341 K 0.831 0.003 0.166 342 F 0.593 0.051 0.356 343 N 0.287 0.184 0.529 344 Q 0.237 0.358 0.405 345 I 0.159 0.500 0.340 346 G 0.097 0.626 0.277 347 S 0.046 0.726 0.228 348 L 0.007 0.944 0.049 349 T 0.002 0.972 0.026 350 E 0.001 0.985 0.014 351 T 0.001 0.984 0.016 352 L 0.001 0.992 0.008 353 A 0.001 0.993 0.007 354 A 0.001 0.994 0.006 355 I 0.001 0.992 0.008 356 K 0.001 0.991 0.009 357 M 0.001 0.987 0.012 358 A 0.001 0.979 0.021 359 K 0.001 0.957 0.042 360 D 0.002 0.909 0.089 361 A 0.004 0.641 0.356 362 G 0.010 0.016 0.975 363 Y 0.220 0.010 0.769 364 T 0.724 0.009 0.267 365 A 0.919 0.006 0.075 366 V 0.966 0.005 0.030 367 I 0.927 0.007 0.066 368 S 0.844 0.010 0.146 369 H 0.512 0.021 0.467 370 R 0.144 0.041 0.815 371 S 0.036 0.068 0.896 372 G 0.017 0.013 0.969 373 E 0.099 0.013 0.888 374 T 0.133 0.012 0.855 375 E 0.048 0.464 0.488 376 D 0.045 0.516 0.439 377 A 0.052 0.767 0.181 378 T 0.098 0.734 0.168 379 I 0.119 0.770 0.111 380 A 0.105 0.780 0.116 381 D 0.118 0.749 0.133 382 L 0.195 0.678 0.127 383 A 0.123 0.806 0.071 384 V 0.153 0.775 0.072 385 G 0.192 0.681 0.127 386 T 0.192 0.489 0.319 387 A 0.079 0.454 0.467 388 A 0.019 0.648 0.333 389 G 0.047 0.466 0.487 390 Q 0.148 0.492 0.360 391 I 0.127 0.558 0.316 392 K 0.107 0.578 0.315 393 T 0.062 0.470 0.468 394 G 0.028 0.033 0.940 395 S 0.230 0.061 0.708 396 M 0.248 0.086 0.666 397 S 0.096 0.102 0.802 398 R 0.042 0.255 0.704 399 S 0.008 0.747 0.245 400 D 0.003 0.911 0.086 401 R 0.004 0.943 0.054 402 V 0.005 0.963 0.032 403 A 0.002 0.979 0.019 404 K 0.001 0.982 0.017 405 Y 0.001 0.976 0.023 406 N 0.001 0.977 0.022 407 Q 0.001 0.984 0.015 408 L 0.001 0.989 0.011 409 I 0.001 0.993 0.007 410 R 0.001 0.993 0.006 411 I 0.001 0.995 0.004 412 E 0.001 0.996 0.003 413 E 0.001 0.993 0.006 414 A 0.001 0.985 0.015 415 L 0.002 0.941 0.057 416 G 0.007 0.386 0.607 417 E 0.035 0.341 0.624 418 K 0.172 0.210 0.618 419 A 0.292 0.214 0.494 420 P 0.448 0.185 0.367 421 Y 0.527 0.138 0.336 422 N 0.322 0.128 0.550 423 G 0.179 0.078 0.743 424 R 0.196 0.143 0.662 425 K 0.221 0.136 0.643 426 E 0.187 0.145 0.668 427 I 0.160 0.099 0.741 428 K 0.094 0.092 0.813 429 G 0.067 0.076 0.858 430 Q 0.044 0.056 0.900 431 A 0.019 0.032 0.950