# TARGET T0108 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0108.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.95511 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.139 0.107 0.754 2 G 0.163 0.064 0.774 3 A 0.148 0.062 0.790 4 S 0.111 0.044 0.845 5 G 0.071 0.570 0.359 6 Q 0.118 0.618 0.264 7 Y 0.284 0.543 0.173 8 V 0.480 0.393 0.127 9 R 0.493 0.432 0.075 10 A 0.593 0.356 0.052 11 R 0.632 0.277 0.092 12 I 0.657 0.196 0.146 13 K 0.288 0.203 0.509 14 G 0.148 0.017 0.835 15 A 0.571 0.012 0.417 16 Y 0.749 0.011 0.240 17 Y 0.775 0.015 0.210 18 A 0.636 0.019 0.345 19 T 0.482 0.026 0.492 20 P 0.485 0.030 0.485 21 V 0.567 0.028 0.404 22 D 0.603 0.025 0.372 23 P 0.470 0.031 0.499 24 V 0.220 0.032 0.748 25 T 0.111 0.092 0.797 26 N 0.053 0.122 0.825 27 Q 0.062 0.172 0.767 28 P 0.054 0.158 0.788 29 T 0.054 0.156 0.790 30 A 0.076 0.148 0.776 31 P 0.083 0.113 0.804 32 K 0.115 0.139 0.746 33 D 0.166 0.102 0.733 34 F 0.277 0.094 0.628 35 S 0.423 0.072 0.505 36 S 0.467 0.057 0.476 37 G 0.430 0.039 0.530 38 F 0.531 0.033 0.436 39 W 0.665 0.024 0.311 40 D 0.682 0.019 0.299 41 F 0.438 0.070 0.492 42 N 0.237 0.062 0.701 43 D 0.058 0.068 0.874 44 G 0.043 0.017 0.941 45 T 0.228 0.024 0.748 46 T 0.259 0.026 0.716 47 Q 0.242 0.037 0.720 48 G 0.211 0.026 0.763 49 F 0.266 0.027 0.707 50 G 0.343 0.023 0.634 51 V 0.239 0.031 0.730 52 N 0.084 0.020 0.897 53 P 0.057 0.049 0.894 54 D 0.082 0.037 0.881 55 S 0.126 0.031 0.843 56 P 0.092 0.050 0.858 57 I 0.258 0.039 0.703 58 T 0.430 0.039 0.531 59 A 0.634 0.037 0.329 60 I 0.838 0.026 0.136 61 N 0.855 0.021 0.124 62 V 0.823 0.060 0.117 63 E 0.607 0.109 0.284 64 N 0.346 0.204 0.450 65 A 0.101 0.453 0.446 66 N 0.026 0.568 0.407 67 N 0.017 0.575 0.408 68 A 0.011 0.616 0.373 69 L 0.012 0.794 0.193 70 K 0.010 0.831 0.159 71 I 0.007 0.894 0.099 72 S 0.007 0.841 0.152 73 N 0.010 0.411 0.579 74 L 0.012 0.332 0.657 75 N 0.039 0.302 0.659 76 S 0.035 0.419 0.547 77 K 0.041 0.381 0.577 78 G 0.059 0.222 0.719 79 S 0.031 0.054 0.915 80 N 0.055 0.086 0.859 81 D 0.083 0.099 0.817 82 L 0.117 0.062 0.820 83 S 0.085 0.018 0.897 84 E 0.065 0.099 0.836 85 G 0.070 0.068 0.862 86 N 0.119 0.056 0.825 87 F 0.172 0.046 0.782 88 W 0.464 0.027 0.509 89 A 0.700 0.017 0.283 90 N 0.797 0.019 0.184 91 V 0.915 0.011 0.074 92 R 0.909 0.009 0.081 93 I 0.823 0.014 0.163 94 S 0.540 0.020 0.440 95 A 0.225 0.107 0.668 96 D 0.106 0.190 0.704 97 I 0.145 0.197 0.658 98 W 0.244 0.187 0.569 99 G 0.317 0.141 0.542 100 Q 0.278 0.110 0.611 101 S 0.160 0.088 0.752 102 I 0.115 0.290 0.595 103 N 0.153 0.274 0.573 104 I 0.396 0.235 0.369 105 Y 0.594 0.112 0.293 106 G 0.730 0.065 0.206 107 D 0.728 0.041 0.231 108 T 0.677 0.039 0.284 109 K 0.804 0.026 0.170 110 L 0.852 0.018 0.129 111 T 0.867 0.012 0.121 112 M 0.782 0.013 0.205 113 D 0.454 0.010 0.536 114 V 0.506 0.040 0.454 115 I 0.559 0.046 0.395 116 A 0.562 0.047 0.391 117 P 0.292 0.042 0.665 118 T 0.109 0.025 0.866 119 P 0.127 0.090 0.783 120 V 0.330 0.079 0.591 121 N 0.708 0.045 0.247 122 V 0.891 0.024 0.086 123 S 0.946 0.015 0.039 124 I 0.960 0.013 0.027 125 A 0.923 0.020 0.058 126 A 0.884 0.023 0.093 127 I 0.683 0.049 0.268 128 P 0.422 0.054 0.524 129 Q 0.139 0.057 0.804 130 S 0.047 0.026 0.927 131 S 0.030 0.037 0.933 132 T 0.021 0.042 0.936 133 H 0.017 0.069 0.914 134 G 0.046 0.066 0.888 135 W 0.230 0.062 0.708 136 G 0.394 0.027 0.579 137 N 0.334 0.017 0.649 138 P 0.238 0.041 0.721 139 T 0.185 0.034 0.781 140 R 0.297 0.038 0.664 141 A 0.547 0.030 0.424 142 R 0.753 0.014 0.232 143 I 0.831 0.009 0.160 144 V 0.808 0.003 0.189 145 W 0.504 0.003 0.493 146 T 0.107 0.451 0.443 147 N 0.048 0.507 0.446 148 N 0.101 0.481 0.418 149 F 0.345 0.147 0.508 150 V 0.564 0.085 0.350 151 A 0.558 0.065 0.377 152 Q 0.192 0.084 0.724 153 T 0.048 0.040 0.913 154 D 0.025 0.017 0.959 155 G 0.184 0.008 0.808 156 T 0.727 0.002 0.271 157 Y 0.940 0.001 0.059 158 K 0.984 0.001 0.016 159 A 0.991 0.001 0.009 160 T 0.994 0.001 0.006 161 L 0.992 0.001 0.008 162 T 0.980 0.001 0.020 163 I 0.873 0.001 0.126 164 S 0.555 0.006 0.439 165 T 0.132 0.043 0.824 166 N 0.046 0.068 0.886 167 D 0.048 0.118 0.834 168 S 0.017 0.070 0.914 169 P 0.032 0.127 0.841 170 N 0.055 0.104 0.841 171 F 0.053 0.252 0.696 172 N 0.084 0.233 0.683 173 T 0.072 0.318 0.610 174 I 0.083 0.415 0.502 175 A 0.173 0.383 0.444 176 T 0.211 0.321 0.468 177 D 0.202 0.203 0.595 178 A 0.102 0.124 0.774 179 A 0.040 0.132 0.828 180 D 0.042 0.092 0.866 181 S 0.292 0.086 0.621 182 V 0.474 0.066 0.460 183 V 0.535 0.039 0.426 184 T 0.508 0.028 0.464 185 N 0.676 0.014 0.310 186 M 0.947 0.004 0.050 187 I 0.980 0.002 0.018 188 L 0.992 0.002 0.007 189 F 0.985 0.002 0.014 190 V 0.885 0.003 0.113 191 G 0.488 0.004 0.508 192 S 0.074 0.019 0.907 193 N 0.042 0.022 0.935 194 S 0.040 0.017 0.943 195 D 0.052 0.004 0.944 196 N 0.767 0.005 0.228 197 I 0.972 0.002 0.027 198 S 0.983 0.001 0.016 199 L 0.946 0.001 0.053 200 D 0.617 0.003 0.380 201 N 0.493 0.008 0.499 202 I 0.674 0.013 0.312 203 K 0.798 0.016 0.186 204 F 0.821 0.013 0.166 205 T 0.489 0.014 0.497 206 K 0.132 0.013 0.855