# TARGET T0107 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0107.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 V 0.529 0.163 0.307 2 A 0.569 0.148 0.283 3 T 0.612 0.124 0.264 4 A 0.626 0.120 0.254 5 K 0.557 0.092 0.351 6 Y 0.319 0.088 0.593 7 G 0.175 0.028 0.798 8 T 0.307 0.027 0.666 9 P 0.360 0.043 0.596 10 V 0.447 0.073 0.480 11 I 0.476 0.083 0.441 12 D 0.342 0.096 0.562 13 G 0.254 0.141 0.605 14 E 0.217 0.213 0.569 15 I 0.147 0.414 0.439 16 D 0.056 0.677 0.267 17 E 0.028 0.731 0.240 18 I 0.030 0.723 0.247 19 W 0.030 0.728 0.242 20 N 0.036 0.661 0.303 21 T 0.031 0.550 0.419 22 T 0.049 0.157 0.794 23 E 0.134 0.115 0.751 24 E 0.273 0.088 0.639 25 I 0.502 0.057 0.441 26 E 0.639 0.024 0.337 27 R 0.655 0.039 0.306 28 K 0.646 0.037 0.318 29 A 0.772 0.031 0.197 30 V 0.792 0.030 0.179 31 A 0.765 0.026 0.209 32 M 0.719 0.015 0.267 33 G 0.554 0.013 0.433 34 S 0.402 0.019 0.579 35 L 0.145 0.059 0.796 36 D 0.074 0.040 0.885 37 K 0.115 0.034 0.851 38 N 0.153 0.008 0.839 39 A 0.653 0.003 0.345 40 T 0.902 0.001 0.097 41 A 0.970 0.001 0.029 42 K 0.992 0.001 0.008 43 V 0.993 0.001 0.006 44 R 0.994 0.001 0.006 45 V 0.992 0.001 0.007 46 L 0.982 0.002 0.016 47 W 0.929 0.005 0.067 48 D 0.595 0.023 0.383 49 E 0.087 0.030 0.882 50 N 0.089 0.009 0.902 51 Y 0.576 0.002 0.421 52 L 0.951 0.001 0.049 53 Y 0.996 0.001 0.004 54 V 0.999 0.001 0.001 55 L 0.999 0.001 0.001 56 A 0.998 0.001 0.002 57 I 0.984 0.001 0.015 58 V 0.936 0.001 0.063 59 K 0.719 0.002 0.279 60 D 0.337 0.009 0.654 61 P 0.111 0.023 0.866 62 V 0.090 0.030 0.880 63 L 0.091 0.059 0.850 64 N 0.037 0.082 0.882 65 K 0.018 0.335 0.648 66 D 0.018 0.193 0.789 67 N 0.031 0.120 0.849 68 S 0.043 0.103 0.854 69 N 0.048 0.100 0.852 70 P 0.060 0.098 0.841 71 W 0.048 0.149 0.803 72 E 0.057 0.158 0.785 73 Q 0.072 0.124 0.805 74 D 0.210 0.084 0.706 75 S 0.548 0.015 0.437 76 V 0.924 0.002 0.074 77 E 0.981 0.001 0.018 78 I 0.996 0.001 0.003 79 F 0.997 0.001 0.002 80 I 0.983 0.001 0.017 81 D 0.664 0.002 0.333 82 E 0.041 0.013 0.946 83 N 0.008 0.019 0.973 84 N 0.024 0.048 0.929 85 H 0.025 0.043 0.932 86 K 0.094 0.050 0.856 87 T 0.052 0.028 0.920 88 G 0.024 0.056 0.921 89 Y 0.049 0.082 0.870 90 Y 0.074 0.122 0.804 91 E 0.103 0.069 0.829 92 D 0.133 0.110 0.757 93 D 0.077 0.174 0.749 94 D 0.072 0.186 0.742 95 A 0.256 0.112 0.631 96 Q 0.590 0.056 0.354 97 F 0.843 0.022 0.134 98 R 0.869 0.019 0.111 99 V 0.805 0.015 0.180 100 N 0.659 0.011 0.330 101 Y 0.313 0.022 0.666 102 M 0.138 0.022 0.841 103 N 0.247 0.017 0.736 104 E 0.582 0.018 0.400 105 Q 0.788 0.016 0.196 106 T 0.720 0.021 0.259 107 F 0.530 0.032 0.438 108 G 0.263 0.043 0.694 109 T 0.165 0.078 0.757 110 G 0.188 0.098 0.713 111 G 0.195 0.147 0.657 112 S 0.155 0.223 0.622 113 P 0.133 0.275 0.592 114 A 0.180 0.267 0.552 115 R 0.249 0.273 0.478 116 F 0.386 0.222 0.392 117 K 0.542 0.178 0.280 118 T 0.656 0.146 0.198 119 A 0.731 0.105 0.164 120 V 0.828 0.062 0.110 121 K 0.783 0.059 0.158 122 L 0.681 0.061 0.258 123 I 0.369 0.071 0.560 124 E 0.125 0.050 0.824 125 G 0.054 0.026 0.921 126 G 0.183 0.002 0.816 127 Y 0.902 0.001 0.097 128 I 0.984 0.001 0.016 129 V 0.994 0.001 0.006 130 E 0.990 0.001 0.010 131 A 0.975 0.001 0.024 132 A 0.942 0.002 0.056 133 I 0.788 0.002 0.210 134 K 0.690 0.002 0.308 135 W 0.441 0.009 0.551 136 K 0.283 0.023 0.695 137 T 0.315 0.047 0.638 138 I 0.486 0.035 0.479 139 K 0.617 0.028 0.355 140 P 0.562 0.057 0.381 141 T 0.324 0.066 0.611 142 P 0.115 0.081 0.804 143 N 0.086 0.023 0.892 144 T 0.476 0.011 0.513 145 V 0.798 0.005 0.197 146 I 0.926 0.002 0.072 147 G 0.928 0.001 0.071 148 F 0.871 0.002 0.127 149 N 0.914 0.001 0.085 150 I 0.939 0.001 0.060 151 Q 0.955 0.001 0.045 152 V 0.968 0.001 0.031 153 N 0.925 0.001 0.073 154 D 0.657 0.007 0.336 155 A 0.073 0.016 0.911 156 N 0.017 0.027 0.956 157 E 0.054 0.028 0.918 158 K 0.073 0.028 0.899 159 G 0.257 0.013 0.729 160 Q 0.593 0.006 0.400 161 R 0.752 0.008 0.241 162 V 0.874 0.006 0.120 163 G 0.909 0.005 0.086 164 I 0.949 0.004 0.048 165 I 0.912 0.004 0.083 166 S 0.864 0.006 0.130 167 W 0.743 0.009 0.247 168 S 0.559 0.015 0.426 169 D 0.351 0.038 0.610 170 P 0.083 0.040 0.877 171 T 0.049 0.046 0.905 172 N 0.052 0.037 0.911 173 N 0.106 0.055 0.840 174 S 0.222 0.083 0.695 175 W 0.315 0.083 0.602 176 R 0.280 0.090 0.630 177 D 0.185 0.058 0.757 178 P 0.201 0.108 0.690 179 S 0.244 0.108 0.649 180 K 0.329 0.095 0.576 181 F 0.483 0.054 0.463 182 G 0.574 0.028 0.398 183 N 0.777 0.025 0.198 184 L 0.913 0.017 0.070 185 R 0.901 0.019 0.080 186 L 0.897 0.014 0.090 187 I 0.601 0.012 0.387 188 K 0.113 0.004 0.884