# TARGET T0106 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0106.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.5883 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 A 0.12 0.05 0.83 2 A 0.23 0.05 0.72 3 C 0.22 0.04 0.73 4 E 0.21 0.05 0.75 5 P 0.25 0.04 0.71 6 V 0.35 0.04 0.61 7 R 0.39 0.04 0.58 8 I 0.32 0.14 0.54 9 P 0.26 0.19 0.56 10 L 0.29 0.26 0.45 11 C 0.25 0.25 0.49 12 K 0.18 0.23 0.59 13 S 0.12 0.17 0.70 14 L 0.08 0.08 0.84 15 P 0.07 0.03 0.90 16 W 0.10 0.10 0.80 17 E 0.14 0.14 0.72 18 M 0.21 0.20 0.59 19 T 0.35 0.18 0.48 20 K 0.31 0.16 0.53 21 M 0.12 0.08 0.80 22 P 0.05 0.10 0.85 23 N 0.03 0.14 0.82 24 H 0.05 0.19 0.75 25 L 0.05 0.15 0.80 26 H 0.05 0.05 0.90 27 H 0.03 0.21 0.75 28 S 0.04 0.27 0.69 29 T 0.03 0.37 0.60 30 Q 0.00 0.98 0.02 31 A 0.00 0.99 0.01 32 N 0.00 0.99 0.01 33 A 0.00 0.99 0.01 34 I 0.00 0.99 0.00 35 L 0.00 1.00 0.00 36 A 0.00 0.99 0.00 37 M 0.00 0.99 0.01 38 E 0.00 0.98 0.01 39 Q 0.00 0.98 0.02 40 F 0.01 0.93 0.05 41 E 0.02 0.89 0.09 42 G 0.01 0.87 0.12 43 L 0.03 0.79 0.17 44 L 0.05 0.76 0.19 45 G 0.07 0.71 0.22 46 T 0.09 0.55 0.36 47 H 0.08 0.37 0.55 48 C 0.03 0.60 0.37 49 S 0.01 0.74 0.25 50 P 0.00 0.93 0.07 51 D 0.00 0.96 0.04 52 L 0.00 0.98 0.02 53 L 0.01 0.98 0.02 54 F 0.00 0.98 0.01 55 F 0.01 0.98 0.01 56 L 0.01 0.97 0.02 57 C 0.01 0.96 0.03 58 A 0.02 0.91 0.07 59 M 0.08 0.72 0.20 60 Y 0.13 0.37 0.50 61 A 0.07 0.06 0.87 62 P 0.05 0.18 0.77 63 I 0.09 0.10 0.81 64 C 0.19 0.13 0.69 65 T 0.14 0.08 0.78 66 I 0.08 0.09 0.83 67 D 0.04 0.13 0.83 68 F 0.04 0.15 0.81 69 Q 0.03 0.16 0.81 70 H 0.02 0.05 0.94 71 E 0.05 0.06 0.89 72 P 0.09 0.07 0.84 73 I 0.05 0.08 0.87 74 K 0.04 0.15 0.81 75 P 0.04 0.48 0.48 76 C 0.04 0.62 0.34 77 K 0.04 0.72 0.24 78 S 0.05 0.80 0.15 79 V 0.03 0.89 0.08 80 C 0.02 0.90 0.08 81 E 0.00 0.96 0.04 82 R 0.00 0.94 0.06 83 A 0.01 0.92 0.07 84 R 0.01 0.91 0.09 85 Q 0.00 0.91 0.09 86 G 0.00 0.86 0.14 87 C 0.00 0.72 0.27 88 E 0.01 0.67 0.32 89 P 0.02 0.71 0.27 90 I 0.01 0.87 0.12 91 L 0.01 0.93 0.07 92 I 0.00 0.92 0.08 93 K 0.00 0.90 0.10 94 Y 0.01 0.85 0.15 95 R 0.00 0.03 0.97 96 H 0.04 0.01 0.95 97 S 0.15 0.02 0.83 98 W 0.08 0.03 0.89 99 P 0.08 0.15 0.77 100 E 0.13 0.27 0.60 101 S 0.20 0.30 0.51 102 L 0.26 0.17 0.58 103 A 0.25 0.14 0.62 104 C 0.08 0.45 0.47 105 D 0.08 0.45 0.47 106 E 0.09 0.35 0.56 107 L 0.07 0.02 0.91 108 P 0.20 0.03 0.77 109 V 0.17 0.02 0.81 110 Y 0.06 0.03 0.91 111 D 0.02 0.03 0.95 112 R 0.01 0.03 0.96 113 G 0.03 0.04 0.94 114 V 0.29 0.04 0.68 115 C 0.56 0.04 0.40 116 I 0.68 0.04 0.28 117 S 0.56 0.04 0.40 118 P 0.37 0.07 0.57 119 E 0.22 0.09 0.70 120 A 0.17 0.15 0.69 121 I 0.13 0.28 0.60 122 V 0.12 0.27 0.61 123 T 0.09 0.25 0.67 124 A 0.07 0.18 0.76 125 D 0.08 0.16 0.77 126 G 0.06 0.10 0.83 127 A 0.04 0.07 0.89 128 D 0.03 0.04 0.94