# TARGET T0103 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0103.t2k_trimmed.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46.9461 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 A 0.185 0.095 0.720 2 A 0.204 0.109 0.688 3 G 0.266 0.108 0.626 4 T 0.317 0.140 0.543 5 A 0.309 0.112 0.579 6 K 0.192 0.061 0.747 7 G 0.093 0.052 0.855 8 H 0.077 0.063 0.860 9 N 0.070 0.046 0.884 10 P 0.070 0.088 0.842 11 T 0.110 0.103 0.787 12 E 0.126 0.111 0.763 13 F 0.071 0.093 0.836 14 P 0.089 0.079 0.832 15 T 0.132 0.087 0.781 16 I 0.183 0.096 0.721 17 Y 0.259 0.083 0.658 18 D 0.264 0.083 0.653 19 A 0.305 0.158 0.537 20 S 0.404 0.216 0.380 21 S 0.529 0.242 0.229 22 A 0.525 0.272 0.203 23 P 0.518 0.238 0.244 24 T 0.529 0.186 0.285 25 A 0.550 0.173 0.277 26 A 0.493 0.128 0.379 27 N 0.127 0.063 0.810 28 T 0.074 0.068 0.859 29 T 0.268 0.071 0.661 30 V 0.460 0.055 0.485 31 G 0.562 0.056 0.381 32 I 0.569 0.061 0.369 33 I 0.515 0.078 0.407 34 T 0.480 0.097 0.422 35 I 0.461 0.107 0.432 36 G 0.393 0.121 0.486 37 G 0.364 0.170 0.466 38 V 0.441 0.198 0.361 39 S 0.503 0.198 0.299 40 Q 0.440 0.243 0.317 41 T 0.329 0.277 0.394 42 L 0.218 0.455 0.327 43 Q 0.235 0.451 0.314 44 D 0.257 0.432 0.312 45 L 0.088 0.728 0.183 46 Q 0.061 0.765 0.174 47 Q 0.032 0.818 0.150 48 F 0.046 0.758 0.196 49 T 0.046 0.646 0.308 50 S 0.052 0.464 0.484 51 A 0.041 0.417 0.542 52 N 0.060 0.141 0.799 53 G 0.167 0.165 0.668 54 L 0.164 0.113 0.723 55 A 0.117 0.130 0.753 56 S 0.173 0.098 0.729 57 V 0.238 0.036 0.725 58 N 0.425 0.010 0.566 59 T 0.892 0.009 0.099 60 Q 0.929 0.011 0.060 61 T 0.934 0.017 0.049 62 I 0.939 0.014 0.047 63 Q 0.896 0.017 0.087 64 T 0.808 0.024 0.167 65 G 0.548 0.041 0.411 66 S 0.235 0.041 0.723 67 S 0.081 0.065 0.854 68 N 0.051 0.082 0.867 69 G 0.057 0.085 0.858 70 D 0.085 0.083 0.832 71 Y 0.072 0.079 0.849 72 S 0.067 0.115 0.818 73 D 0.092 0.224 0.684 74 D 0.148 0.272 0.580 75 Q 0.224 0.236 0.540 76 Q 0.180 0.192 0.628 77 G 0.113 0.182 0.705 78 Q 0.127 0.185 0.687 79 G 0.354 0.158 0.488 80 E 0.503 0.133 0.364 81 W 0.592 0.113 0.295 82 D 0.500 0.099 0.401 83 L 0.352 0.167 0.481 84 D 0.334 0.175 0.491 85 S 0.410 0.189 0.401 86 Q 0.507 0.178 0.316 87 S 0.521 0.207 0.272 88 I 0.457 0.239 0.305 89 V 0.390 0.266 0.344 90 G 0.357 0.216 0.427 91 S 0.298 0.204 0.498 92 A 0.156 0.188 0.657 93 G 0.085 0.282 0.633 94 G 0.087 0.345 0.568 95 A 0.160 0.392 0.449 96 V 0.257 0.387 0.356 97 Q 0.372 0.359 0.270 98 Q 0.453 0.330 0.218 99 L 0.502 0.308 0.190 100 L 0.531 0.281 0.189 101 F 0.440 0.278 0.282 102 Y 0.323 0.245 0.432 103 M 0.169 0.218 0.613 104 A 0.061 0.177 0.762 105 D 0.062 0.253 0.685 106 Q 0.129 0.292 0.579 107 S 0.154 0.322 0.524 108 A 0.171 0.316 0.514 109 S 0.125 0.335 0.540 110 G 0.061 0.473 0.467 111 N 0.035 0.615 0.350 112 T 0.015 0.844 0.140 113 G 0.012 0.908 0.080 114 L 0.014 0.933 0.053 115 T 0.014 0.946 0.040 116 Q 0.008 0.969 0.024 117 A 0.006 0.973 0.022 118 F 0.009 0.964 0.027 119 N 0.012 0.958 0.030 120 Q 0.014 0.949 0.038 121 A 0.022 0.916 0.063 122 V 0.055 0.800 0.146 123 S 0.130 0.495 0.375 124 D 0.106 0.181 0.712 125 N 0.046 0.028 0.927 126 V 0.095 0.091 0.814 127 A 0.305 0.041 0.654 128 K 0.571 0.033 0.396 129 V 0.934 0.011 0.055 130 I 0.970 0.005 0.025 131 N 0.953 0.003 0.044 132 V 0.889 0.005 0.106 133 S 0.681 0.010 0.309 134 L 0.415 0.026 0.559 135 G 0.164 0.037 0.799 136 W 0.147 0.060 0.793 137 C 0.099 0.065 0.836 138 E 0.063 0.109 0.828 139 A 0.041 0.140 0.819 140 D 0.048 0.237 0.715 141 A 0.088 0.314 0.598 142 N 0.122 0.340 0.538 143 A 0.145 0.275 0.580 144 D 0.102 0.288 0.610 145 G 0.050 0.444 0.506 146 T 0.042 0.622 0.336 147 L 0.026 0.796 0.178 148 Q 0.021 0.846 0.132 149 A 0.017 0.872 0.111 150 E 0.008 0.913 0.079 151 D 0.004 0.939 0.057 152 R 0.002 0.958 0.040 153 I 0.001 0.968 0.031 154 F 0.001 0.967 0.032 155 A 0.001 0.978 0.022 156 T 0.001 0.972 0.027 157 A 0.001 0.976 0.023 158 A 0.001 0.971 0.028 159 A 0.002 0.944 0.054 160 Q 0.003 0.763 0.234 161 G 0.006 0.007 0.987 162 Q 0.278 0.004 0.718 163 T 0.885 0.002 0.112 164 F 0.985 0.002 0.013 165 S 0.991 0.003 0.006 166 V 0.974 0.002 0.024 167 S 0.856 0.005 0.138 168 S 0.589 0.009 0.401 169 G 0.269 0.023 0.708 170 D 0.124 0.041 0.835 171 E 0.056 0.062 0.882 172 G 0.033 0.045 0.922 173 V 0.063 0.073 0.864 174 Y 0.086 0.101 0.813 175 E 0.185 0.141 0.674 176 C 0.285 0.092 0.623 177 N 0.292 0.075 0.633 178 N 0.254 0.054 0.692 179 R 0.147 0.034 0.819 180 G 0.155 0.039 0.807 181 Y 0.183 0.040 0.777 182 P 0.227 0.039 0.734 183 D 0.120 0.039 0.840 184 G 0.064 0.059 0.877 185 S 0.044 0.060 0.897 186 T 0.070 0.063 0.867 187 Y 0.124 0.048 0.828 188 S 0.103 0.040 0.857 189 V 0.075 0.058 0.866 190 S 0.069 0.078 0.853 191 W 0.084 0.097 0.819 192 P 0.059 0.115 0.826 193 A 0.097 0.197 0.706 194 S 0.093 0.178 0.729 195 S 0.063 0.078 0.859 196 P 0.128 0.059 0.814 197 N 0.366 0.042 0.592 198 V 0.779 0.022 0.199 199 I 0.930 0.010 0.060 200 A 0.969 0.006 0.025 201 V 0.950 0.009 0.042 202 G 0.908 0.009 0.083 203 G 0.842 0.009 0.149 204 T 0.734 0.011 0.255 205 T 0.565 0.020 0.415 206 L 0.246 0.040 0.714 207 Y 0.147 0.051 0.802 208 T 0.185 0.057 0.758 209 T 0.245 0.060 0.695 210 S 0.273 0.095 0.632 211 A 0.264 0.086 0.650 212 G 0.290 0.113 0.597 213 A 0.400 0.139 0.462 214 Y 0.440 0.140 0.420 215 S 0.335 0.177 0.488 216 N 0.206 0.168 0.626 217 E 0.123 0.121 0.756 218 T 0.134 0.315 0.551 219 V 0.169 0.440 0.390 220 W 0.170 0.506 0.323 221 N 0.167 0.533 0.300 222 E 0.199 0.531 0.270 223 G 0.272 0.459 0.269 224 L 0.332 0.366 0.302 225 D 0.278 0.269 0.453 226 S 0.156 0.219 0.626 227 N 0.118 0.242 0.640 228 G 0.204 0.253 0.544 229 K 0.350 0.211 0.439 230 L 0.465 0.152 0.382 231 W 0.390 0.150 0.460 232 A 0.257 0.132 0.611 233 T 0.186 0.111 0.703 234 G 0.135 0.096 0.769 235 G 0.129 0.069 0.802 236 G 0.183 0.089 0.729 237 Y 0.264 0.111 0.625 238 S 0.307 0.137 0.556 239 V 0.325 0.148 0.527 240 Y 0.320 0.134 0.546 241 E 0.229 0.134 0.638 242 S 0.147 0.141 0.712 243 K 0.116 0.141 0.742 244 P 0.085 0.221 0.694 245 S 0.095 0.292 0.613 246 W 0.104 0.386 0.510 247 Q 0.087 0.480 0.433 248 S 0.097 0.505 0.398 249 V 0.103 0.513 0.383 250 V 0.115 0.482 0.403 251 S 0.130 0.451 0.419 252 G 0.168 0.405 0.427 253 T 0.196 0.398 0.407 254 P 0.230 0.349 0.421 255 G 0.249 0.270 0.481 256 R 0.232 0.189 0.579 257 R 0.296 0.122 0.582 258 L 0.305 0.097 0.598 259 L 0.259 0.048 0.693 260 P 0.352 0.036 0.612 261 D 0.538 0.033 0.429 262 I 0.730 0.024 0.247 263 S 0.812 0.016 0.172 264 F 0.834 0.012 0.154 265 D 0.670 0.014 0.316 266 A 0.302 0.014 0.684 267 A 0.067 0.019 0.914 268 Q 0.061 0.031 0.908 269 G 0.215 0.033 0.752 270 T 0.453 0.021 0.527 271 G 0.814 0.014 0.171 272 A 0.893 0.013 0.094 273 L 0.908 0.019 0.074 274 I 0.840 0.018 0.142 275 Y 0.724 0.017 0.259 276 N 0.481 0.018 0.501 277 Y 0.156 0.017 0.827 278 G 0.098 0.025 0.877 279 Q 0.186 0.038 0.776 280 L 0.383 0.042 0.575 281 Q 0.450 0.039 0.511 282 Q 0.557 0.036 0.407 283 I 0.455 0.038 0.507 284 G 0.284 0.026 0.690 285 G 0.255 0.129 0.616 286 T 0.328 0.173 0.499 287 S 0.275 0.291 0.434 288 L 0.130 0.474 0.396 289 A 0.064 0.573 0.363 290 S 0.026 0.676 0.298 291 P 0.007 0.846 0.148 292 I 0.003 0.919 0.078 293 F 0.002 0.976 0.023 294 V 0.001 0.990 0.009 295 G 0.001 0.996 0.004 296 L 0.001 0.998 0.002 297 W 0.001 0.999 0.001 298 A 0.001 0.999 0.001 299 R 0.001 0.997 0.003 300 L 0.001 0.991 0.008 301 Q 0.001 0.981 0.018 302 S 0.003 0.917 0.080 303 A 0.004 0.798 0.198 304 N 0.004 0.542 0.454 305 S 0.003 0.133 0.864 306 N 0.003 0.095 0.902 307 S 0.016 0.129 0.855 308 L 0.032 0.173 0.796 309 G 0.029 0.038 0.933 310 F 0.051 0.044 0.904 311 P 0.020 0.062 0.918 312 A 0.001 0.906 0.093 313 A 0.001 0.971 0.028 314 S 0.001 0.985 0.014 315 F 0.001 0.988 0.011 316 Y 0.001 0.991 0.007 317 S 0.001 0.990 0.008 318 A 0.001 0.986 0.013 319 I 0.002 0.974 0.025 320 S 0.002 0.944 0.054 321 S 0.005 0.845 0.149 322 T 0.016 0.556 0.428 323 P 0.023 0.516 0.461 324 S 0.070 0.449 0.481 325 L 0.153 0.377 0.470 326 V 0.242 0.264 0.494 327 H 0.220 0.181 0.598 328 D 0.149 0.077 0.774 329 V 0.263 0.076 0.661 330 K 0.329 0.058 0.613 331 S 0.287 0.060 0.653 332 G 0.186 0.068 0.747 333 N 0.133 0.078 0.789 334 N 0.118 0.106 0.776 335 G 0.245 0.140 0.616 336 Y 0.445 0.119 0.436 337 G 0.412 0.133 0.456 338 G 0.264 0.143 0.594 339 Y 0.140 0.152 0.708 340 G 0.133 0.078 0.788 341 Y 0.279 0.080 0.642 342 N 0.291 0.107 0.602 343 A 0.214 0.130 0.656 344 G 0.205 0.128 0.667 345 T 0.193 0.144 0.663 346 G 0.159 0.064 0.777 347 W 0.195 0.046 0.759 348 D 0.145 0.040 0.815 349 Y 0.119 0.128 0.754 350 P 0.203 0.123 0.674 351 T 0.251 0.107 0.642 352 G 0.208 0.056 0.736 353 W 0.282 0.060 0.658 354 G 0.370 0.061 0.569 355 S 0.441 0.056 0.503 356 L 0.498 0.023 0.479 357 D 0.248 0.028 0.724 358 I 0.006 0.935 0.059 359 A 0.002 0.961 0.036 360 K 0.001 0.982 0.017 361 L 0.011 0.957 0.031 362 S 0.022 0.961 0.017 363 A 0.028 0.960 0.012 364 Y 0.028 0.963 0.009 365 I 0.057 0.920 0.023 366 R 0.105 0.811 0.084 367 S 0.048 0.744 0.208 368 N 0.042 0.131 0.827 369 G 0.049 0.086 0.866 370 F 0.050 0.082 0.867 371 G 0.033 0.040 0.927 372 H 0.012 0.043 0.945