# TARGET T0103 # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-10-7-10-5-10-11-ehl2-seeded9-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 10 # 7 10 # 5 10 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0103.t2k.a2m.gz # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.4321 # # CHAIN 1 Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 A 0.234 0.073 0.693 2 A 0.289 0.078 0.632 3 G 0.346 0.064 0.591 4 T 0.381 0.081 0.538 5 A 0.345 0.064 0.592 6 K 0.171 0.038 0.791 7 G 0.076 0.043 0.881 8 H 0.057 0.046 0.896 9 N 0.050 0.031 0.919 10 P 0.055 0.085 0.860 11 T 0.111 0.094 0.794 12 E 0.129 0.106 0.765 13 F 0.066 0.083 0.852 14 P 0.081 0.069 0.850 15 T 0.125 0.076 0.800 16 I 0.177 0.089 0.733 17 Y 0.260 0.075 0.665 18 D 0.283 0.073 0.644 19 A 0.362 0.127 0.511 20 S 0.484 0.166 0.350 21 S 0.606 0.186 0.208 22 A 0.590 0.216 0.194 23 P 0.587 0.188 0.226 24 T 0.612 0.144 0.244 25 A 0.625 0.136 0.239 26 A 0.563 0.103 0.335 27 N 0.147 0.055 0.798 28 T 0.075 0.061 0.864 29 T 0.277 0.067 0.656 30 V 0.495 0.050 0.455 31 G 0.604 0.049 0.347 32 I 0.614 0.054 0.332 33 I 0.549 0.067 0.384 34 T 0.511 0.081 0.408 35 I 0.491 0.085 0.424 36 G 0.423 0.098 0.479 37 G 0.412 0.142 0.445 38 V 0.500 0.168 0.332 39 S 0.563 0.168 0.270 40 Q 0.495 0.214 0.291 41 T 0.363 0.254 0.383 42 L 0.244 0.422 0.333 43 Q 0.256 0.416 0.329 44 D 0.271 0.400 0.329 45 L 0.073 0.773 0.155 46 Q 0.048 0.809 0.142 47 Q 0.024 0.853 0.122 48 F 0.038 0.788 0.174 49 T 0.039 0.666 0.295 50 S 0.046 0.478 0.476 51 A 0.039 0.424 0.536 52 N 0.060 0.145 0.795 53 G 0.162 0.160 0.678 54 L 0.158 0.095 0.747 55 A 0.114 0.111 0.775 56 S 0.179 0.081 0.741 57 V 0.274 0.032 0.694 58 N 0.492 0.009 0.499 59 T 0.921 0.007 0.072 60 Q 0.949 0.009 0.042 61 T 0.951 0.014 0.036 62 I 0.953 0.012 0.036 63 Q 0.912 0.015 0.073 64 T 0.826 0.023 0.151 65 G 0.560 0.041 0.400 66 S 0.236 0.038 0.726 67 S 0.082 0.062 0.855 68 N 0.051 0.077 0.872 69 G 0.063 0.079 0.859 70 D 0.088 0.077 0.835 71 Y 0.075 0.078 0.847 72 S 0.075 0.103 0.822 73 D 0.110 0.194 0.696 74 D 0.174 0.226 0.600 75 Q 0.241 0.208 0.551 76 Q 0.188 0.167 0.645 77 G 0.127 0.164 0.709 78 Q 0.149 0.163 0.688 79 G 0.396 0.134 0.470 80 E 0.544 0.116 0.340 81 W 0.629 0.102 0.269 82 D 0.543 0.090 0.367 83 L 0.401 0.146 0.454 84 D 0.373 0.153 0.473 85 S 0.440 0.167 0.393 86 Q 0.533 0.157 0.309 87 S 0.539 0.192 0.270 88 I 0.480 0.219 0.302 89 V 0.412 0.243 0.345 90 G 0.379 0.191 0.430 91 S 0.313 0.178 0.509 92 A 0.153 0.158 0.689 93 G 0.081 0.270 0.649 94 G 0.082 0.331 0.587 95 A 0.159 0.386 0.455 96 V 0.270 0.376 0.354 97 Q 0.405 0.336 0.259 98 Q 0.491 0.304 0.205 99 L 0.533 0.290 0.177 100 L 0.560 0.260 0.180 101 F 0.452 0.264 0.284 102 Y 0.319 0.229 0.451 103 M 0.161 0.207 0.632 104 A 0.058 0.170 0.771 105 D 0.065 0.245 0.690 106 Q 0.141 0.274 0.585 107 S 0.164 0.299 0.537 108 A 0.179 0.285 0.536 109 S 0.127 0.297 0.576 110 G 0.062 0.432 0.506 111 N 0.036 0.583 0.381 112 T 0.015 0.846 0.139 113 G 0.012 0.910 0.078 114 L 0.014 0.936 0.049 115 T 0.014 0.949 0.037 116 Q 0.007 0.972 0.020 117 A 0.005 0.976 0.019 118 F 0.008 0.968 0.024 119 N 0.010 0.966 0.024 120 Q 0.011 0.960 0.030 121 A 0.017 0.934 0.050 122 V 0.045 0.835 0.120 123 S 0.119 0.554 0.327 124 D 0.105 0.209 0.686 125 N 0.043 0.025 0.932 126 V 0.097 0.084 0.819 127 A 0.318 0.037 0.645 128 K 0.584 0.031 0.385 129 V 0.944 0.010 0.046 130 I 0.974 0.004 0.022 131 N 0.956 0.002 0.042 132 V 0.894 0.005 0.101 133 S 0.683 0.009 0.308 134 L 0.410 0.025 0.564 135 G 0.166 0.038 0.796 136 W 0.153 0.058 0.789 137 C 0.105 0.061 0.833 138 E 0.068 0.101 0.831 139 A 0.043 0.128 0.829 140 D 0.049 0.216 0.735 141 A 0.087 0.301 0.613 142 N 0.121 0.329 0.550 143 A 0.147 0.269 0.583 144 D 0.104 0.284 0.612 145 G 0.046 0.469 0.485 146 T 0.036 0.655 0.309 147 L 0.020 0.827 0.153 148 Q 0.016 0.871 0.112 149 A 0.013 0.894 0.093 150 E 0.006 0.928 0.066 151 D 0.003 0.949 0.048 152 R 0.002 0.964 0.034 153 I 0.001 0.972 0.027 154 F 0.001 0.970 0.029 155 A 0.001 0.980 0.019 156 T 0.001 0.974 0.025 157 A 0.001 0.978 0.022 158 A 0.001 0.973 0.026 159 A 0.002 0.949 0.049 160 Q 0.003 0.762 0.235 161 G 0.006 0.007 0.987 162 Q 0.257 0.003 0.740 163 T 0.891 0.002 0.107 164 F 0.986 0.002 0.013 165 S 0.992 0.003 0.006 166 V 0.975 0.002 0.022 167 S 0.854 0.005 0.141 168 S 0.589 0.009 0.402 169 G 0.269 0.022 0.710 170 D 0.132 0.042 0.826 171 E 0.058 0.062 0.880 172 G 0.033 0.043 0.924 173 V 0.063 0.068 0.869 174 Y 0.084 0.093 0.823 175 E 0.183 0.130 0.687 176 C 0.292 0.084 0.625 177 N 0.301 0.068 0.631 178 N 0.260 0.049 0.691 179 R 0.152 0.032 0.817 180 G 0.150 0.035 0.814 181 Y 0.169 0.035 0.796 182 P 0.210 0.032 0.757 183 D 0.107 0.031 0.862 184 G 0.063 0.052 0.885 185 S 0.047 0.056 0.897 186 T 0.073 0.062 0.865 187 Y 0.130 0.047 0.824 188 S 0.112 0.041 0.847 189 V 0.081 0.058 0.862 190 S 0.073 0.080 0.848 191 W 0.092 0.103 0.804 192 P 0.062 0.100 0.838 193 A 0.100 0.171 0.728 194 S 0.084 0.148 0.768 195 S 0.053 0.047 0.900 196 P 0.119 0.032 0.849 197 N 0.400 0.022 0.578 198 V 0.823 0.012 0.165 199 I 0.946 0.006 0.049 200 A 0.977 0.003 0.020 201 V 0.958 0.005 0.038 202 G 0.916 0.005 0.079 203 G 0.852 0.006 0.142 204 T 0.749 0.008 0.243 205 T 0.581 0.017 0.401 206 L 0.233 0.037 0.729 207 Y 0.133 0.046 0.821 208 T 0.185 0.049 0.767 209 T 0.269 0.051 0.679 210 S 0.313 0.078 0.609 211 A 0.308 0.070 0.622 212 G 0.330 0.091 0.579 213 A 0.438 0.113 0.449 214 Y 0.471 0.117 0.412 215 S 0.356 0.157 0.487 216 N 0.219 0.149 0.632 217 E 0.135 0.116 0.749 218 T 0.141 0.322 0.537 219 V 0.169 0.455 0.375 220 W 0.164 0.528 0.308 221 N 0.159 0.560 0.281 222 E 0.194 0.550 0.256 223 G 0.270 0.470 0.259 224 L 0.332 0.374 0.295 225 D 0.282 0.269 0.449 226 S 0.155 0.219 0.627 227 N 0.112 0.240 0.648 228 G 0.191 0.253 0.556 229 K 0.335 0.212 0.453 230 L 0.455 0.152 0.394 231 W 0.381 0.148 0.471 232 A 0.251 0.128 0.622 233 T 0.184 0.109 0.708 234 G 0.138 0.096 0.765 235 G 0.133 0.067 0.800 236 G 0.188 0.086 0.726 237 Y 0.268 0.106 0.626 238 S 0.312 0.129 0.559 239 V 0.327 0.140 0.533 240 Y 0.321 0.124 0.554 241 E 0.220 0.120 0.661 242 S 0.137 0.128 0.735 243 K 0.106 0.127 0.768 244 P 0.075 0.193 0.732 245 S 0.085 0.278 0.636 246 W 0.097 0.379 0.524 247 Q 0.082 0.482 0.436 248 S 0.093 0.506 0.401 249 V 0.100 0.512 0.389 250 V 0.109 0.479 0.412 251 S 0.123 0.449 0.428 252 G 0.163 0.402 0.435 253 T 0.193 0.396 0.411 254 P 0.229 0.346 0.425 255 G 0.247 0.264 0.489 256 R 0.224 0.177 0.600 257 R 0.282 0.113 0.605 258 L 0.296 0.086 0.618 259 L 0.253 0.038 0.709 260 P 0.356 0.027 0.617 261 D 0.564 0.025 0.411 262 I 0.753 0.018 0.229 263 S 0.837 0.012 0.151 264 F 0.863 0.009 0.128 265 D 0.711 0.010 0.278 266 A 0.329 0.011 0.660 267 A 0.071 0.016 0.913 268 Q 0.064 0.027 0.910 269 G 0.226 0.028 0.746 270 T 0.465 0.019 0.516 271 G 0.825 0.014 0.162 272 A 0.894 0.012 0.094 273 L 0.898 0.018 0.084 274 I 0.806 0.018 0.176 275 Y 0.656 0.018 0.326 276 N 0.412 0.020 0.569 277 Y 0.141 0.018 0.841 278 G 0.110 0.027 0.863 279 Q 0.209 0.038 0.753 280 L 0.391 0.042 0.567 281 Q 0.441 0.041 0.517 282 Q 0.559 0.038 0.403 283 I 0.468 0.041 0.491 284 G 0.296 0.026 0.678 285 G 0.258 0.139 0.604 286 T 0.315 0.190 0.495 287 S 0.250 0.325 0.425 288 L 0.117 0.498 0.386 289 A 0.058 0.591 0.351 290 S 0.023 0.688 0.288 291 P 0.006 0.859 0.136 292 I 0.003 0.927 0.070 293 F 0.002 0.979 0.019 294 V 0.001 0.991 0.008 295 G 0.001 0.996 0.003 296 L 0.001 0.998 0.002 297 W 0.001 0.999 0.001 298 A 0.001 0.999 0.001 299 R 0.001 0.997 0.003 300 L 0.001 0.992 0.008 301 Q 0.001 0.979 0.020 302 S 0.003 0.911 0.086 303 A 0.003 0.785 0.211 304 N 0.004 0.509 0.487 305 S 0.003 0.146 0.852 306 N 0.002 0.088 0.910 307 S 0.015 0.121 0.864 308 L 0.031 0.162 0.807 309 G 0.027 0.030 0.943 310 F 0.053 0.037 0.910 311 P 0.019 0.052 0.929 312 A 0.001 0.925 0.074 313 A 0.001 0.977 0.023 314 S 0.001 0.988 0.011 315 F 0.001 0.990 0.009 316 Y 0.001 0.993 0.006 317 S 0.001 0.993 0.007 318 A 0.001 0.989 0.010 319 I 0.001 0.980 0.019 320 S 0.002 0.957 0.042 321 S 0.004 0.878 0.118 322 T 0.013 0.636 0.351 323 P 0.020 0.548 0.431 324 S 0.062 0.473 0.465 325 L 0.133 0.403 0.464 326 V 0.221 0.283 0.496 327 H 0.204 0.191 0.605 328 D 0.138 0.075 0.787 329 V 0.261 0.070 0.669 330 K 0.333 0.053 0.615 331 S 0.289 0.057 0.653 332 G 0.185 0.067 0.748 333 N 0.127 0.077 0.795 334 N 0.106 0.107 0.788 335 G 0.226 0.144 0.630 336 Y 0.436 0.123 0.441 337 G 0.413 0.136 0.452 338 G 0.280 0.141 0.579 339 Y 0.156 0.150 0.694 340 G 0.144 0.071 0.785 341 Y 0.297 0.073 0.631 342 N 0.308 0.106 0.587 343 A 0.214 0.131 0.655 344 G 0.204 0.127 0.669 345 T 0.186 0.134 0.680 346 G 0.138 0.051 0.811 347 W 0.186 0.041 0.773 348 D 0.145 0.040 0.815 349 Y 0.133 0.123 0.744 350 P 0.242 0.118 0.640 351 T 0.283 0.106 0.611 352 G 0.216 0.061 0.722 353 W 0.288 0.061 0.651 354 G 0.384 0.066 0.550 355 S 0.457 0.061 0.481 356 L 0.508 0.027 0.465 357 D 0.239 0.036 0.724 358 I 0.005 0.946 0.049 359 A 0.002 0.969 0.029 360 K 0.001 0.986 0.013 361 L 0.009 0.969 0.022 362 S 0.016 0.971 0.012 363 A 0.020 0.970 0.010 364 Y 0.022 0.971 0.007 365 I 0.052 0.927 0.020 366 R 0.097 0.829 0.074 367 S 0.046 0.754 0.200 368 N 0.040 0.104 0.857 369 G 0.051 0.063 0.886 370 F 0.050 0.062 0.889 371 G 0.027 0.030 0.943 372 H 0.009 0.046 0.944