; SAM: prettyalign v2.1.1 (Apr 24, 1998) compiled 04/27/98_12:32:27. ; SAM: Sequence Alignment and Modeling Software System ; (c) 1992-1998 Regents of the University of California, Santa Cruz ; http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html ; ; ------ Citations (HMMs, SAM) ------ ; A. Krogh et al., Hidden Markov models in computational biology: ; Applications to protein modeling, JMB 235:1501-1531, Feb 1994. ; R. Hughey, A. 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