# Reading from S.solfataricus.fa.gz # The double-stranded genome contains 5984490 bases, and 5984486 3-mers. # probablility of G+C is 0.3579 # probability of ATG start codon is 0.01845 based on GC content, 0.01567 based on direct count # probability of stop codon is 0.06999 based on GC content, 0.07048 based on direct count # Expected number of 388 or longer orfs based on GC frequency is 7.0519e-08 # Expected number of 388 or longer orfs based on 3-mer frequency is 4.8708e-08 10 1 0.00002 1.00000 12 2 0.00004 0.99998 13 1 0.00002 0.99994 14 4 0.00008 0.99992 15 5 0.00010 0.99984 16 9 0.00018 0.99974 17 10 0.00020 0.99956 18 13 0.00026 0.99936 19 16 0.00032 0.99910 20 32 0.00064 0.99878 21 34 0.00068 0.99814 22 42 0.00084 0.99746 23 59 0.00118 0.99662 24 75 0.00150 0.99544 25 112 0.00224 0.99394 26 121 0.00242 0.99170 27 128 0.00256 0.98928 28 162 0.00324 0.98672 29 217 0.00434 0.98348 30 211 0.00422 0.97914 31 240 0.00480 0.97492 32 262 0.00524 0.97012 33 330 0.00660 0.96488 34 361 0.00722 0.95828 35 381 0.00762 0.95106 36 430 0.00860 0.94344 37 478 0.00956 0.93484 38 500 0.01000 0.92528 39 508 0.01016 0.91528 40 563 0.01126 0.90512 41 579 0.01158 0.89386 42 642 0.01284 0.88228 43 645 0.01290 0.86944 44 658 0.01316 0.85654 45 706 0.01412 0.84338 46 697 0.01394 0.82926 47 729 0.01458 0.81532 48 729 0.01458 0.80074 49 707 0.01414 0.78616 50 782 0.01564 0.77202 51 791 0.01582 0.75638 52 823 0.01646 0.74056 53 789 0.01578 0.72410 54 832 0.01664 0.70832 55 818 0.01636 0.69168 56 795 0.01590 0.67532 57 811 0.01622 0.65942 58 799 0.01598 0.64320 59 789 0.01578 0.62722 60 796 0.01592 0.61144 61 766 0.01532 0.59552 62 776 0.01552 0.58020 63 754 0.01508 0.56468 64 730 0.01460 0.54960 65 725 0.01450 0.53500 66 721 0.01442 0.52050 67 734 0.01468 0.50608 68 645 0.01290 0.49140 69 678 0.01356 0.47850 70 656 0.01312 0.46494 71 682 0.01364 0.45182 72 666 0.01332 0.43818 73 628 0.01256 0.42486 74 610 0.01220 0.41230 75 607 0.01214 0.40010 76 584 0.01168 0.38796 77 562 0.01124 0.37628 78 536 0.01072 0.36504 79 503 0.01006 0.35432 80 521 0.01042 0.34426 81 515 0.01030 0.33384 82 531 0.01062 0.32354 83 489 0.00978 0.31292 84 494 0.00988 0.30314 85 421 0.00842 0.29326 86 463 0.00926 0.28484 87 428 0.00856 0.27558 88 435 0.00870 0.26702 89 390 0.00780 0.25832 90 428 0.00856 0.25052 91 387 0.00774 0.24196 92 361 0.00722 0.23422 93 388 0.00776 0.22700 94 402 0.00804 0.21924 95 356 0.00712 0.21120 96 334 0.00668 0.20408 97 341 0.00682 0.19740 98 316 0.00632 0.19058 99 317 0.00634 0.18426 100 279 0.00558 0.17792 101 293 0.00586 0.17234 102 272 0.00544 0.16648 103 278 0.00556 0.16104 104 272 0.00544 0.15548 105 262 0.00524 0.15004 106 205 0.00410 0.14480 107 223 0.00446 0.14070 108 198 0.00396 0.13624 109 205 0.00410 0.13228 110 205 0.00410 0.12818 111 202 0.00404 0.12408 112 184 0.00368 0.12004 113 168 0.00336 0.11636 114 212 0.00424 0.11300 115 197 0.00394 0.10876 116 172 0.00344 0.10482 117 178 0.00356 0.10138 118 173 0.00346 0.09782 119 162 0.00324 0.09436 120 151 0.00302 0.09112 121 148 0.00296 0.08810 122 148 0.00296 0.08514 123 144 0.00288 0.08218 124 118 0.00236 0.07930 125 136 0.00272 0.07694 126 137 0.00274 0.07422 127 131 0.00262 0.07148 128 116 0.00232 0.06886 129 108 0.00216 0.06654 130 124 0.00248 0.06438 131 106 0.00212 0.06190 132 107 0.00214 0.05978 133 109 0.00218 0.05764 134 85 0.00170 0.05546 135 96 0.00192 0.05376 136 87 0.00174 0.05184 137 100 0.00200 0.05010 138 76 0.00152 0.04810 139 88 0.00176 0.04658 140 89 0.00178 0.04482 141 66 0.00132 0.04304 142 85 0.00170 0.04172 143 77 0.00154 0.04002 144 64 0.00128 0.03848 145 74 0.00148 0.03720 146 57 0.00114 0.03572 147 60 0.00120 0.03458 148 48 0.00096 0.03338 149 50 0.00100 0.03242 150 55 0.00110 0.03142 151 48 0.00096 0.03032 152 57 0.00114 0.02936 153 50 0.00100 0.02822 154 50 0.00100 0.02722 155 59 0.00118 0.02622 156 43 0.00086 0.02504 157 31 0.00062 0.02418 158 57 0.00114 0.02356 159 37 0.00074 0.02242 160 43 0.00086 0.02168 161 37 0.00074 0.02082 162 27 0.00054 0.02008 163 34 0.00068 0.01954 164 27 0.00054 0.01886 165 36 0.00072 0.01832 166 28 0.00056 0.01760 167 29 0.00058 0.01704 168 37 0.00074 0.01646 169 26 0.00052 0.01572 170 26 0.00052 0.01520 171 24 0.00048 0.01468 172 24 0.00048 0.01420 173 30 0.00060 0.01372 174 28 0.00056 0.01312 175 15 0.00030 0.01256 176 18 0.00036 0.01226 177 17 0.00034 0.01190 178 15 0.00030 0.01156 179 23 0.00046 0.01126 180 21 0.00042 0.01080 181 17 0.00034 0.01038 182 22 0.00044 0.01004 183 17 0.00034 0.00960 184 15 0.00030 0.00926 185 22 0.00044 0.00896 186 19 0.00038 0.00852 187 14 0.00028 0.00814 188 19 0.00038 0.00786 189 13 0.00026 0.00748 190 8 0.00016 0.00722 191 14 0.00028 0.00706 192 12 0.00024 0.00678 193 11 0.00022 0.00654 194 9 0.00018 0.00632 195 8 0.00016 0.00614 196 13 0.00026 0.00598 197 3 0.00006 0.00572 198 17 0.00034 0.00566 199 10 0.00020 0.00532 200 3 0.00006 0.00512 201 7 0.00014 0.00506 202 11 0.00022 0.00492 203 11 0.00022 0.00470 204 7 0.00014 0.00448 205 10 0.00020 0.00434 206 5 0.00010 0.00414 207 5 0.00010 0.00404 208 10 0.00020 0.00394 209 7 0.00014 0.00374 210 10 0.00020 0.00360 211 5 0.00010 0.00340 212 7 0.00014 0.00330 213 8 0.00016 0.00316 214 5 0.00010 0.00300 215 2 0.00004 0.00290 216 4 0.00008 0.00286 217 3 0.00006 0.00278 218 4 0.00008 0.00272 219 8 0.00016 0.00264 220 6 0.00012 0.00248 221 2 0.00004 0.00236 222 3 0.00006 0.00232 223 6 0.00012 0.00226 224 1 0.00002 0.00214 225 3 0.00006 0.00212 226 3 0.00006 0.00206 227 4 0.00008 0.00200 229 1 0.00002 0.00192 230 1 0.00002 0.00190 231 2 0.00004 0.00188 232 3 0.00006 0.00184 233 4 0.00008 0.00178 234 3 0.00006 0.00170 235 5 0.00010 0.00164 237 5 0.00010 0.00154 238 1 0.00002 0.00144 239 1 0.00002 0.00142 240 1 0.00002 0.00140 241 4 0.00008 0.00138 242 1 0.00002 0.00130 244 1 0.00002 0.00128 246 4 0.00008 0.00126 247 4 0.00008 0.00118 248 2 0.00004 0.00110 249 1 0.00002 0.00106 250 1 0.00002 0.00104 251 2 0.00004 0.00102 253 1 0.00002 0.00098 254 1 0.00002 0.00096 255 2 0.00004 0.00094 256 3 0.00006 0.00090 257 5 0.00010 0.00084 259 1 0.00002 0.00074 261 1 0.00002 0.00072 263 2 0.00004 0.00070 264 3 0.00006 0.00066 266 1 0.00002 0.00060 267 1 0.00002 0.00058 269 1 0.00002 0.00056 271 1 0.00002 0.00054 272 1 0.00002 0.00052 273 2 0.00004 0.00050 274 1 0.00002 0.00046 277 2 0.00004 0.00044 278 2 0.00004 0.00040 279 2 0.00004 0.00036 281 1 0.00002 0.00032 283 1 0.00002 0.00030 287 2 0.00004 0.00028 288 1 0.00002 0.00024 292 1 0.00002 0.00022 296 1 0.00002 0.00020 301 1 0.00002 0.00018 306 1 0.00002 0.00016 307 1 0.00002 0.00014 311 1 0.00002 0.00012 316 1 0.00002 0.00010 329 1 0.00002 0.00008 350 1 0.00002 0.00006 352 1 0.00002 0.00004 369 1 0.00002 0.00002