This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 5 NATAA D A 2 6 NATRO C A 3 7 NATAA R A 4 8 NATAA S A 5 9 NATAA R A 6 10 NATAA L A 7 11 NATAA M A 8 12 NATAA E A 9 13 NATAA V A 10 14 NATAA A A 11 15 NATAA T A 12 16 NATAA E A 13 17 NATAA L A 14 18 NATAA F A 15 19 NATAA A A 16 20 NATAA Q A 17 21 NATAA K A 18 22 NATAA G A 19 23 NATAA F A 20 24 NATAA Y A 21 25 NATAA G A 22 26 NATAA V A 23 27 NATAA S A 24 28 NATAA I A 25 29 NATAA R A 26 30 NATAA E A 27 31 NATAA L A 28 32 NATAA A A 29 33 NATAA Q A 30 34 NATAA A A 31 35 NATAA A A 32 36 NATAA G A 33 37 NATAA A A 34 38 NATAA S A 35 39 NATAA I A 36 40 NATAA S A 37 41 NATAA M A 38 42 NATAA I A 39 43 NATAA S A 40 44 NATAA Y A 41 45 NATAA H A 42 46 NATAA F A 43 47 NATAA G A 44 48 NATAA G A 45 49 NATAA K A 46 50 NATAA E A 47 51 NATAA G A 48 52 NATAA L A 49 53 NATAA Y A 50 54 NATAA A A 51 55 NATAA A A 52 56 NATAA V A 53 57 NATAA L A 54 58 NATAA Q A 55 59 NATAA E A 56 60 NATAA Q A 57 61 NATAA F A 58 62 NATAA A A 59 63 NATRO C A 60 64 NATAA F A 61 65 NATAA G A 62 66 NATAA Q A 63 67 NATAA L A 64 68 NATAA D A 65 69 NATAA D A 66 70 NATAA I A 67 71 NATAA R A 68 72 NATAA G A 69 73 NATAA Q A 70 74 NATAA A A 71 75 NATAA G A 72 76 NATAA D A 73 77 NATRO P A 74 78 NATAA L A 75 79 NATAA A A 76 80 NATAA V A 77 81 NATAA M A 78 82 NATAA T A 79 83 NATAA A A 80 84 NATAA Y A 81 85 NATAA L A 82 86 NATAA R A 83 87 NATAA W A 84 88 NATAA T A 85 89 NATAA I A 86 90 NATAA Q A 87 91 NATAA R A 88 92 NATAA H A 89 93 NATAA R A 90 94 NATAA N A 91 95 NATAA N A 92 96 NATRO P A 93 97 NATAA Q A 94 98 NATAA L A 95 99 NATAA L A 96 100 NATAA R A 97 101 NATAA F A 98 102 NATAA Y A 99 103 NATAA T A 100 104 NATAA S A 101 105 NATAA E A 102 106 NATAA L A 103 107 NATAA T A 104 108 NATAA N A 105 109 NATRO P A 106 110 NATAA T A 107 111 NATRO P A 108 112 NATRO C A 109 113 NATAA F A 110 114 NATAA A A 111 115 NATAA A A 112 116 NATAA I A 113 117 NATAA V A 114 118 NATAA S A 115 119 NATRO P A 116 120 NATAA A A 117 121 NATAA I A 118 122 NATAA A A 119 123 NATAA S A 120 124 NATAA V A 121 125 NATAA I A 122 126 NATAA R A 123 127 NATAA L A 124 128 NATAA L A 125 129 NATAA A A 126 130 NATAA E A 127 131 NATAA S A 128 132 NATAA I A 129 133 NATAA E A 130 134 NATAA A A 131 135 NATAA G A 132 136 NATAA M A 133 137 NATAA T A 134 138 NATAA R A 135 139 NATAA G A 136 140 NATAA L A 137 141 NATAA F A 138 142 NATAA R A 139 143 NATAA R A 140 144 NATAA D A 141 145 NATAA L A 142 146 NATAA H A 143 147 NATAA A A 144 148 NATAA V A 145 149 NATAA N A 146 150 NATAA S A 147 151 NATAA A A 148 152 NATAA L A 149 153 NATAA A A 150 154 NATAA L A 151 155 NATAA A A 152 156 NATAA G A 153 157 NATAA M A 154 158 NATAA V A 155 159 NATAA N A 156 160 NATAA Y A 157 161 NATAA F A 158 162 NATAA F A 159 163 NATAA L A 160 164 NATAA S A 161 165 NATAA T A 162 166 NATAA L A 163 167 NATAA A A 164 168 NATAA T A 165 169 NATAA E A 166 170 NATAA G A 167 171 NATAA L A 168 172 NATAA T A 169 173 NATAA S A 170 174 NATAA H A 171 175 NATAA S A 172 176 NATRO P A 173 177 NATAA D A 174 178 NATAA Q A 175 179 NATAA D A 176 180 NATAA E A 177 181 NATAA E A 178 182 NATAA L A 179 183 NATAA I A 180 184 NATAA R A 181 185 NATAA Q A 182 186 NATAA Y A 183 187 NATAA V A 184 188 NATAA A A 185 189 NATAA I A 186 190 NATAA F A 187 191 NATAA T A 188 192 NATAA R A 189 193 NATAA G A 190 194 NATAA I A 191 195 NATAA M A 192 196 NATAA A A 193 197 NATAA D A 194 198 NATRO C A 195 199 NATAA R A 196 200 NATAA S A 197 201 NATAA R A 198 202 NATAA L A 199 203 NATAA M A 200 204 NATAA E A 201 205 NATAA V A 202 206 NATAA A A 203 207 NATAA T A 204 208 NATAA E A 205 209 NATAA L A 206 210 NATAA F A 207 211 NATAA A A 208 212 NATAA Q A 209 213 NATAA K A 210 214 NATAA G A 211 215 NATAA F A 212 216 NATAA Y A 213 217 NATAA G A 214 218 NATAA V A 215 219 NATAA S A 216 220 NATAA I A 217 221 NATAA R A 218 222 NATAA E A 219 223 NATAA L A 220 224 NATAA A A 221 225 NATAA Q A 222 226 NATAA A A 223 227 NATAA A A 224 228 NATAA G A 225 229 NATAA A A 226 230 NATAA S A 227 231 NATAA I A 228 232 NATAA S A 229 233 NATAA M A 230 234 NATAA I A 231 235 NATAA S A 232 236 NATAA Y A 233 237 NATAA H A 234 238 NATAA F A 235 239 NATAA G A 236 240 NATAA G A 237 241 NATAA K A 238 242 NATAA E A 239 243 NATAA G A 240 244 NATAA L A 241 245 NATAA Y A 242 246 NATAA A A 243 247 NATAA A A 244 248 NATAA V A 245 249 NATAA L A 246 250 NATAA Q A 247 251 NATAA E A 248 252 NATAA Q A 249 253 NATAA F A 250 254 NATAA A A 251 255 NATRO C A 252 256 NATAA F A 253 257 NATAA G A 254 258 NATAA Q A 255 259 NATAA L A 256 260 NATAA D A 257 261 NATAA D A 258 262 NATAA I A 259 263 NATAA R A 260 264 NATAA G A 261 265 NATAA Q A 262 266 NATAA A A 263 267 NATAA G A 264 268 NATAA D A 265 269 NATRO P A 266 270 NATAA L A 267 271 NATAA A A 268 272 NATAA V A 269 273 NATAA M A 270 274 NATAA T A 271 275 NATAA A A 272 276 NATAA Y A 273 277 NATAA L A 274 278 NATAA R A 275 279 NATAA W A 276 280 NATAA T A 277 281 NATAA I A 278 282 NATAA Q A 279 283 NATAA R A 280 284 NATAA H A 281 285 NATAA R A 282 286 NATAA N A 283 287 NATAA N A 284 288 NATRO P A 285 289 NATAA Q A 286 290 NATAA L A 287 291 NATAA L A 288 292 NATAA R A 289 293 NATAA F A 290 294 NATAA Y A 291 295 NATAA T A 292 296 NATAA S A 293 297 NATAA E A 294 298 NATAA L A 295 299 NATAA T A 296 300 NATAA N A 297 301 NATRO P A 298 302 NATAA T A 299 303 NATRO P A 300 304 NATRO C A 301 305 NATAA F A 302 306 NATAA A A 303 307 NATAA A A 304 308 NATAA I A 305 309 NATAA V A 306 310 NATAA S A 307 311 NATRO P A 308 312 NATAA A A 309 313 NATAA I A 310 314 NATAA A A 311 315 NATAA S A 312 316 NATAA V A 313 317 NATAA I A 314 318 NATAA R A 315 319 NATAA L A 316 320 NATAA L A 317 321 NATAA A A 318 322 NATAA E A 319 323 NATAA S A 320 324 NATAA I A 321 325 NATAA E A 322 326 NATAA A A 323 327 NATAA G A 324 328 NATAA M A 325 329 NATAA T A 326 330 NATAA R A 327 331 NATAA G A 328 332 NATAA L A 329 333 NATAA F A 330 334 NATAA R A 331 335 NATAA R A 332 336 NATAA D A 333 337 NATAA L A 334 338 NATAA H A 335 339 NATAA A A 336 340 NATAA V A 337 341 NATAA N A 338 342 NATAA S A 339 343 NATAA A A 340 344 NATAA L A 341 345 NATAA A A 342 346 NATAA L A 343 347 NATAA A A 344 348 NATAA G A 345 349 NATAA M A 346 350 NATAA V A 347 351 NATAA N A 348 352 NATAA Y A 349 353 NATAA F A 350 354 NATAA F A 351 355 NATAA L A 352 356 NATAA S A 353 357 NATAA T A 354 358 NATAA L A 355 359 NATAA A A 356 360 NATAA T A 357 361 NATAA E A 358 362 NATAA G A 359 363 NATAA L A 360 364 NATAA T A 361 365 NATAA S A 362 366 NATAA H A 363 367 NATAA S A 364 368 NATRO P A 365 369 NATAA D A 366 370 NATAA Q A 367 371 NATAA D A 368 372 NATAA E A 369 373 NATAA E A 370 374 NATAA L A 371 375 NATAA I A 372 376 NATAA R A 373 377 NATAA Q A 374 378 NATAA Y A 375 379 NATAA V A 376 380 NATAA A A 377 381 NATAA I A 378 382 NATAA F A 379 383 NATAA T A 380 384 NATAA R A 381 385 NATAA G A 382 386 NATAA I A 383 387 NATAA M A 384 388 NATAA A