# TARGET TR453 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR453.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 136.399 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.081 0.084 0.003 0.016 0.034 0.083 0.116 0.008 0.001 0.059 0.517 2 E 0.041 0.034 0.002 0.031 0.092 0.361 0.083 0.004 0.001 0.063 0.290 3 I 0.024 0.009 0.001 0.040 0.128 0.284 0.086 0.003 0.001 0.062 0.363 4 V 0.004 0.002 0.002 0.051 0.268 0.470 0.034 0.001 0.001 0.033 0.134 5 Q 0.023 0.004 0.003 0.027 0.151 0.267 0.054 0.001 0.003 0.062 0.405 6 R 0.395 0.003 0.001 0.024 0.029 0.047 0.068 0.005 0.001 0.085 0.342 7 E 0.186 0.002 0.001 0.009 0.011 0.022 0.080 0.003 0.001 0.044 0.640 8 D 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.081 0.001 0.001 0.006 0.895 9 G 0.003 0.003 0.001 0.022 0.227 0.220 0.085 0.001 0.001 0.024 0.414 10 S 0.002 0.001 0.001 0.029 0.290 0.477 0.028 0.001 0.001 0.027 0.144 11 W 0.001 0.001 0.001 0.031 0.399 0.414 0.017 0.001 0.001 0.013 0.124 12 L 0.003 0.002 0.001 0.044 0.355 0.424 0.018 0.001 0.001 0.026 0.127 13 V 0.008 0.003 0.001 0.043 0.376 0.389 0.022 0.002 0.001 0.030 0.126 14 D 0.020 0.008 0.002 0.040 0.217 0.320 0.050 0.002 0.001 0.084 0.258 15 G 0.012 0.008 0.001 0.060 0.203 0.353 0.051 0.001 0.001 0.030 0.282 16 M 0.009 0.014 0.001 0.045 0.189 0.254 0.061 0.001 0.001 0.018 0.410 17 V 0.003 0.033 0.001 0.056 0.415 0.171 0.040 0.001 0.001 0.010 0.270 18 S 0.043 0.828 0.001 0.006 0.018 0.017 0.009 0.007 0.001 0.016 0.054 19 L 0.067 0.825 0.001 0.002 0.005 0.006 0.012 0.010 0.001 0.028 0.042 20 D 0.015 0.845 0.004 0.003 0.009 0.006 0.011 0.003 0.001 0.021 0.082 21 R 0.074 0.791 0.003 0.004 0.004 0.010 0.010 0.005 0.001 0.014 0.087 22 F 0.072 0.730 0.024 0.005 0.007 0.006 0.020 0.023 0.006 0.045 0.062 23 R 0.190 0.126 0.081 0.011 0.017 0.015 0.052 0.014 0.057 0.148 0.290 24 E 0.444 0.067 0.003 0.009 0.006 0.015 0.060 0.007 0.001 0.025 0.364 25 F 0.027 0.018 0.005 0.019 0.005 0.014 0.088 0.006 0.002 0.032 0.783 26 F 0.136 0.005 0.007 0.029 0.019 0.026 0.153 0.002 0.001 0.034 0.589 27 E 0.010 0.002 0.001 0.008 0.005 0.014 0.062 0.001 0.001 0.022 0.875 28 L 0.020 0.001 0.001 0.019 0.021 0.014 0.116 0.001 0.001 0.015 0.792 29 E 0.027 0.001 0.001 0.083 0.021 0.056 0.110 0.001 0.001 0.071 0.629 30 A 0.002 0.001 0.001 0.012 0.006 0.012 0.104 0.001 0.001 0.019 0.843 31 P 0.017 0.003 0.001 0.092 0.013 0.022 0.125 0.002 0.001 0.038 0.687 32 L 0.166 0.007 0.001 0.011 0.014 0.014 0.113 0.006 0.001 0.088 0.581 33 P 0.024 0.003 0.001 0.014 0.005 0.011 0.116 0.002 0.001 0.046 0.775 34 G 0.059 0.004 0.001 0.009 0.011 0.022 0.106 0.002 0.001 0.054 0.732 35 E 0.300 0.004 0.001 0.011 0.016 0.014 0.098 0.003 0.001 0.074 0.480 36 A 0.136 0.004 0.001 0.006 0.005 0.007 0.092 0.002 0.001 0.039 0.708 37 G 0.010 0.004 0.001 0.004 0.003 0.009 0.098 0.001 0.001 0.017 0.853 38 G 0.014 0.014 0.001 0.012 0.051 0.051 0.150 0.001 0.001 0.079 0.628 39 N 0.014 0.060 0.001 0.022 0.146 0.151 0.105 0.002 0.001 0.085 0.414 40 I 0.024 0.144 0.001 0.014 0.076 0.067 0.081 0.004 0.001 0.057 0.531 41 H 0.011 0.386 0.002 0.022 0.102 0.134 0.046 0.002 0.001 0.098 0.197 42 T 0.006 0.797 0.001 0.007 0.022 0.033 0.014 0.001 0.001 0.070 0.050 43 L 0.004 0.896 0.001 0.003 0.011 0.012 0.011 0.001 0.001 0.038 0.021 44 A 0.002 0.921 0.001 0.006 0.008 0.023 0.005 0.001 0.001 0.021 0.013 45 G 0.003 0.917 0.001 0.006 0.009 0.031 0.004 0.001 0.001 0.020 0.011 46 V 0.009 0.829 0.002 0.019 0.031 0.044 0.009 0.001 0.001 0.034 0.021 47 M 0.032 0.783 0.004 0.033 0.011 0.037 0.016 0.004 0.002 0.037 0.040 48 L 0.045 0.153 0.234 0.059 0.039 0.048 0.041 0.010 0.151 0.124 0.095 49 Y 0.495 0.027 0.019 0.012 0.014 0.020 0.051 0.008 0.011 0.044 0.299 50 Q 0.304 0.010 0.002 0.016 0.006 0.013 0.063 0.007 0.001 0.031 0.548 51 L 0.032 0.002 0.001 0.015 0.003 0.006 0.084 0.001 0.001 0.015 0.841 52 G 0.007 0.002 0.001 0.019 0.005 0.022 0.094 0.001 0.001 0.025 0.825 53 R 0.011 0.001 0.001 0.008 0.045 0.024 0.068 0.001 0.001 0.029 0.813 54 V 0.038 0.002 0.001 0.060 0.080 0.051 0.114 0.001 0.001 0.071 0.581 55 P 0.034 0.004 0.001 0.034 0.016 0.033 0.105 0.002 0.001 0.043 0.727 56 S 0.202 0.006 0.001 0.040 0.012 0.027 0.134 0.004 0.001 0.055 0.518 57 V 0.016 0.006 0.001 0.044 0.028 0.090 0.144 0.003 0.001 0.039 0.630 58 T 0.011 0.008 0.001 0.024 0.025 0.069 0.109 0.002 0.001 0.050 0.703 59 D 0.003 0.005 0.001 0.066 0.288 0.423 0.039 0.001 0.001 0.043 0.132 60 R 0.007 0.004 0.001 0.043 0.185 0.246 0.043 0.001 0.001 0.057 0.413 61 F 0.001 0.001 0.003 0.048 0.473 0.346 0.014 0.001 0.002 0.021 0.090 62 E 0.057 0.002 0.001 0.051 0.189 0.282 0.040 0.002 0.001 0.059 0.316 63 W 0.561 0.001 0.001 0.020 0.045 0.058 0.041 0.004 0.001 0.063 0.207 64 N 0.004 0.001 0.001 0.023 0.036 0.097 0.098 0.001 0.001 0.011 0.729 65 G 0.003 0.001 0.001 0.015 0.026 0.127 0.094 0.001 0.001 0.019 0.715 66 F 0.001 0.001 0.001 0.018 0.643 0.214 0.023 0.001 0.001 0.017 0.082 67 S 0.001 0.001 0.001 0.094 0.223 0.492 0.016 0.001 0.001 0.036 0.136 68 F 0.001 0.001 0.001 0.034 0.457 0.360 0.011 0.001 0.001 0.027 0.108 69 E 0.002 0.001 0.001 0.097 0.337 0.478 0.009 0.001 0.001 0.023 0.052 70 V 0.010 0.003 0.001 0.070 0.349 0.337 0.019 0.001 0.001 0.049 0.162 71 V 0.003 0.002 0.001 0.103 0.390 0.371 0.015 0.001 0.001 0.023 0.091 72 D 0.024 0.008 0.002 0.042 0.190 0.291 0.056 0.002 0.001 0.070 0.314 73 M 0.060 0.008 0.004 0.026 0.113 0.076 0.096 0.006 0.002 0.086 0.523 74 D 0.239 0.016 0.002 0.010 0.040 0.047 0.080 0.009 0.001 0.032 0.525 75 R 0.034 0.010 0.001 0.010 0.022 0.091 0.107 0.002 0.001 0.023 0.701 76 T 0.011 0.005 0.003 0.021 0.136 0.236 0.090 0.001 0.001 0.021 0.475 77 R 0.005 0.003 0.001 0.025 0.219 0.470 0.035 0.001 0.001 0.021 0.220 78 V 0.008 0.002 0.002 0.032 0.170 0.224 0.066 0.001 0.001 0.062 0.433 79 D 0.001 0.001 0.001 0.053 0.352 0.442 0.019 0.001 0.001 0.029 0.102 80 K 0.002 0.001 0.001 0.074 0.151 0.474 0.019 0.001 0.001 0.072 0.206 81 I 0.001 0.001 0.001 0.059 0.526 0.345 0.005 0.001 0.001 0.019 0.046 82 L 0.001 0.001 0.001 0.077 0.472 0.319 0.007 0.001 0.001 0.037 0.085 83 V 0.002 0.001 0.001 0.096 0.494 0.261 0.013 0.001 0.001 0.024 0.109 84 Q 0.046 0.001 0.001 0.104 0.178 0.192 0.057 0.002 0.001 0.080 0.338 85 R 0.042 0.002 0.001 0.033 0.025 0.045 0.109 0.002 0.001 0.040 0.703 86 H 0.033 0.002 0.001 0.013 0.009 0.013 0.105 0.002 0.001 0.027 0.796 87 H 0.026 0.004 0.001 0.012 0.015 0.015 0.128 0.001 0.001 0.026 0.773