# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.18245 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.032 0.035 0.022 0.030 0.040 0.134 0.034 0.674 2 D 0.200 0.089 0.020 0.034 0.050 0.072 0.076 0.460 3 L 0.381 0.035 0.010 0.015 0.018 0.063 0.065 0.414 4 A 0.037 0.008 0.018 0.018 0.023 0.110 0.024 0.762 5 H 0.035 0.007 0.011 0.012 0.029 0.081 0.018 0.807 6 L 0.248 0.007 0.009 0.015 0.016 0.084 0.056 0.565 7 P 0.032 0.004 0.010 0.029 0.032 0.116 0.018 0.758 8 P 0.014 0.003 0.007 0.015 0.035 0.089 0.018 0.819 9 L 0.012 0.003 0.023 0.053 0.049 0.141 0.025 0.695 10 P 0.062 0.010 0.033 0.035 0.051 0.109 0.054 0.647 11 P 0.212 0.015 0.012 0.023 0.030 0.073 0.068 0.568 12 P 0.191 0.016 0.014 0.013 0.017 0.077 0.043 0.629 13 E 0.070 0.008 0.011 0.017 0.028 0.079 0.030 0.757 14 G 0.042 0.004 0.009 0.027 0.037 0.073 0.023 0.785 15 E 0.150 0.006 0.007 0.067 0.050 0.070 0.057 0.594 16 A 0.031 0.001 0.007 0.038 0.051 0.070 0.017 0.785 17 R 0.035 0.001 0.005 0.036 0.040 0.055 0.016 0.811 18 K 0.026 0.001 0.008 0.067 0.081 0.067 0.019 0.730 19 P 0.015 0.001 0.010 0.029 0.042 0.068 0.012 0.824 20 A 0.009 0.001 0.020 0.132 0.117 0.052 0.013 0.656 21 K 0.033 0.001 0.016 0.023 0.030 0.059 0.024 0.813 22 P 0.057 0.002 0.030 0.067 0.051 0.090 0.018 0.685 23 P 0.007 0.001 0.037 0.046 0.175 0.054 0.009 0.671 24 V 0.011 0.001 0.019 0.071 0.034 0.087 0.017 0.761 25 S 0.017 0.008 0.064 0.119 0.150 0.103 0.039 0.500 26 P 0.057 0.018 0.014 0.021 0.037 0.099 0.059 0.695 27 K 0.030 0.009 0.046 0.180 0.107 0.084 0.084 0.461 28 P 0.027 0.014 0.049 0.057 0.116 0.075 0.063 0.598 29 V 0.074 0.007 0.039 0.084 0.096 0.104 0.064 0.533 30 L 0.011 0.004 0.064 0.168 0.229 0.057 0.024 0.443 31 T 0.056 0.010 0.017 0.055 0.080 0.072 0.067 0.643 32 Q 0.015 0.004 0.034 0.101 0.082 0.096 0.029 0.640 33 P 0.040 0.009 0.018 0.050 0.066 0.072 0.038 0.706 34 V 0.094 0.006 0.013 0.038 0.046 0.080 0.043 0.680 35 P 0.028 0.003 0.044 0.083 0.086 0.072 0.028 0.656 36 K 0.019 0.001 0.026 0.036 0.098 0.060 0.020 0.739 37 L 0.051 0.001 0.044 0.123 0.059 0.086 0.030 0.606 38 Q 0.011 0.001 0.041 0.042 0.093 0.068 0.015 0.729 39 G 0.044 0.002 0.014 0.042 0.052 0.080 0.031 0.734 40 S 0.023 0.003 0.029 0.094 0.106 0.087 0.028 0.628 41 P 0.021 0.003 0.015 0.063 0.069 0.072 0.028 0.727 42 T 0.036 0.004 0.022 0.076 0.096 0.081 0.043 0.641 43 P 0.098 0.006 0.012 0.055 0.045 0.081 0.043 0.661 44 T 0.046 0.003 0.011 0.037 0.076 0.065 0.021 0.740 45 S 0.133 0.003 0.006 0.022 0.025 0.063 0.039 0.708 46 K 0.017 0.002 0.016 0.051 0.080 0.083 0.012 0.738 47 K 0.018 0.003 0.013 0.026 0.038 0.074 0.020 0.808 48 V 0.014 0.003 0.035 0.124 0.100 0.103 0.020 0.600 49 P 0.028 0.007 0.052 0.050 0.069 0.089 0.037 0.668 50 L 0.031 0.005 0.045 0.081 0.091 0.113 0.042 0.592 51 P 0.035 0.007 0.062 0.027 0.038 0.086 0.031 0.712 52 G 0.176 0.015 0.033 0.023 0.024 0.094 0.095 0.540 53 P 0.017 0.007 0.030 0.016 0.024 0.141 0.022 0.743 54 G 0.054 0.030 0.021 0.017 0.025 0.097 0.045 0.711 55 S 0.228 0.094 0.010 0.020 0.026 0.088 0.117 0.417 56 P 0.029 0.066 0.010 0.018 0.024 0.113 0.023 0.717 57 E 0.056 0.134 0.022 0.064 0.114 0.077 0.066 0.468 58 V 0.091 0.057 0.032 0.055 0.084 0.086 0.094 0.501 59 K 0.100 0.021 0.049 0.142 0.110 0.073 0.073 0.433 60 R 0.087 0.006 0.037 0.060 0.121 0.066 0.046 0.577 61 A 0.090 0.002 0.023 0.038 0.046 0.082 0.035 0.685 62 H 0.017 0.001 0.036 0.091 0.137 0.088 0.017 0.612 63 G 0.007 0.001 0.016 0.035 0.057 0.062 0.014 0.808 64 T 0.012 0.001 0.025 0.181 0.109 0.076 0.024 0.571 65 P 0.071 0.003 0.021 0.041 0.058 0.073 0.041 0.694 66 P 0.032 0.001 0.020 0.132 0.127 0.062 0.018 0.606 67 P 0.009 0.001 0.021 0.064 0.172 0.044 0.012 0.678 68 V 0.034 0.001 0.012 0.114 0.066 0.068 0.017 0.687 69 S 0.026 0.001 0.026 0.089 0.143 0.060 0.021 0.633 70 P 0.024 0.001 0.005 0.032 0.045 0.051 0.012 0.831 71 K 0.018 0.001 0.009 0.101 0.102 0.052 0.013 0.704 72 P 0.028 0.001 0.007 0.027 0.037 0.057 0.014 0.830 73 P 0.016 0.001 0.008 0.074 0.084 0.054 0.015 0.750 74 P 0.023 0.001 0.007 0.035 0.041 0.048 0.020 0.824 75 P 0.127 0.003 0.007 0.041 0.029 0.075 0.024 0.694 76 P 0.011 0.001 0.014 0.047 0.102 0.055 0.009 0.761 77 T 0.061 0.004 0.008 0.047 0.049 0.067 0.027 0.739 78 A 0.023 0.003 0.017 0.102 0.126 0.075 0.020 0.634 79 P 0.018 0.006 0.007 0.035 0.040 0.077 0.020 0.797 80 K 0.021 0.011 0.014 0.065 0.074 0.092 0.017 0.707 81 P 0.142 0.069 0.013 0.029 0.034 0.068 0.066 0.580 82 V 0.141 0.043 0.014 0.028 0.036 0.083 0.044 0.612 83 K 0.054 0.019 0.034 0.035 0.036 0.081 0.046 0.696 84 A 0.144 0.017 0.026 0.019 0.034 0.085 0.039 0.637 85 V 0.217 0.008 0.016 0.017 0.017 0.083 0.058 0.583 86 A 0.011 0.004 0.018 0.016 0.021 0.123 0.019 0.789 87 G 0.023 0.011 0.031 0.015 0.033 0.106 0.042 0.739 88 L 0.089 0.011 0.051 0.042 0.030 0.138 0.077 0.563 89 P 0.072 0.012 0.084 0.044 0.053 0.116 0.058 0.560 90 S 0.050 0.006 0.051 0.020 0.046 0.111 0.042 0.674 91 G 0.025 0.003 0.095 0.036 0.048 0.133 0.030 0.631 92 S 0.083 0.007 0.074 0.028 0.046 0.113 0.075 0.574 93 A 0.093 0.005 0.031 0.017 0.020 0.116 0.041 0.677 94 G 0.041 0.005 0.045 0.029 0.045 0.119 0.033 0.682 95 P 0.048 0.004 0.023 0.022 0.035 0.123 0.029 0.715 96 S 0.043 0.004 0.034 0.050 0.073 0.120 0.034 0.641 97 P 0.068 0.007 0.021 0.044 0.057 0.105 0.046 0.652 98 A 0.028 0.006 0.024 0.055 0.081 0.115 0.033 0.657 99 P 0.026 0.006 0.024 0.034 0.044 0.107 0.029 0.730 100 S 0.126 0.009 0.027 0.044 0.051 0.089 0.047 0.607 101 P 0.411 0.010 0.007 0.010 0.014 0.051 0.052 0.446 102 A 0.055 0.003 0.006 0.010 0.014 0.097 0.013 0.801 103 R 0.008 0.005 0.009 0.017 0.032 0.095 0.010 0.823 104 Q 0.019 0.021 0.010 0.023 0.028 0.111 0.020 0.767 105 P 0.235 0.144 0.012 0.029 0.021 0.077 0.083 0.398 106 P 0.315 0.136 0.010 0.013 0.017 0.062 0.049 0.397 107 A 0.195 0.032 0.018 0.015 0.024 0.086 0.038 0.593 108 A 0.163 0.016 0.015 0.019 0.037 0.085 0.043 0.622 109 L 0.044 0.005 0.011 0.020 0.026 0.113 0.035 0.748 110 A 0.011 0.003 0.013 0.024 0.030 0.116 0.017 0.787 111 K 0.045 0.004 0.012 0.020 0.027 0.094 0.025 0.773 112 P 0.386 0.008 0.007 0.013 0.015 0.060 0.072 0.439 113 P 0.040 0.002 0.009 0.011 0.018 0.113 0.014 0.793 114 G 0.007 0.002 0.016 0.021 0.038 0.089 0.015 0.812 115 T 0.044 0.008 0.022 0.029 0.041 0.108 0.056 0.691 116 P 0.285 0.014 0.014 0.027 0.020 0.084 0.082 0.473 117 P 0.078 0.006 0.015 0.032 0.042 0.080 0.024 0.723 118 S 0.070 0.004 0.012 0.021 0.044 0.076 0.038 0.734 119 L 0.073 0.003 0.013 0.033 0.038 0.108 0.037 0.695 120 G 0.030 0.003 0.016 0.069 0.077 0.091 0.024 0.690 121 A 0.018 0.002 0.009 0.044 0.059 0.066 0.017 0.785 122 S 0.151 0.006 0.014 0.069 0.062 0.091 0.051 0.557 123 P 0.028 0.002 0.016 0.055 0.110 0.092 0.019 0.678 124 A 0.012 0.001 0.011 0.065 0.094 0.064 0.015 0.737 125 K 0.037 0.003 0.022 0.081 0.081 0.091 0.034 0.651 126 P 0.038 0.002 0.023 0.053 0.066 0.107 0.036 0.675 127 P 0.020 0.001 0.014 0.033 0.061 0.061 0.012 0.798 128 S 0.318 0.005 0.008 0.023 0.018 0.057 0.080 0.491 129 P 0.013 0.002 0.008 0.015 0.025 0.099 0.011 0.828 130 G 0.025 0.005 0.010 0.022 0.036 0.068 0.029 0.804 131 A 0.113 0.006 0.016 0.079 0.049 0.101 0.059 0.578 132 P 0.049 0.005 0.023 0.071 0.076 0.084 0.030 0.664 133 A 0.066 0.002 0.011 0.033 0.059 0.078 0.034 0.717 134 L 0.018 0.002 0.035 0.080 0.084 0.095 0.018 0.668 135 H 0.050 0.004 0.017 0.028 0.049 0.074 0.030 0.749 136 V 0.069 0.003 0.017 0.051 0.035 0.108 0.018 0.700 137 P 0.022 0.004 0.042 0.034 0.073 0.112 0.017 0.695 138 A 0.010 0.005 0.020 0.040 0.059 0.110 0.018 0.737 139 K 0.021 0.046 0.034 0.045 0.046 0.116 0.022 0.671 140 P 0.168 0.273 0.021 0.019 0.020 0.084 0.065 0.349 141 P 0.112 0.368 0.021 0.013 0.022 0.075 0.055 0.333 142 R 0.127 0.381 0.021 0.017 0.026 0.065 0.060 0.304 143 A 0.135 0.313 0.040 0.017 0.029 0.079 0.093 0.294 144 A 0.224 0.213 0.030 0.023 0.039 0.079 0.068 0.324 145 A 0.151 0.095 0.031 0.028 0.046 0.094 0.085 0.470 146 A 0.058 0.066 0.054 0.035 0.062 0.147 0.065 0.512 147 A 0.046 0.070 0.055 0.027 0.055 0.109 0.058 0.579 148 A 0.054 0.062 0.085 0.057 0.059 0.119 0.053 0.510 149 A 0.065 0.033 0.148 0.033 0.070 0.096 0.069 0.486 150 A 0.125 0.017 0.098 0.034 0.047 0.106 0.064 0.510 151 A 0.042 0.007 0.174 0.040 0.065 0.114 0.045 0.512 152 A 0.026 0.005 0.063 0.016 0.034 0.121 0.028 0.707 153 A 0.131 0.011 0.047 0.028 0.038 0.120 0.060 0.564 154 P 0.048 0.007 0.031 0.029 0.041 0.132 0.042 0.669 155 P 0.013 0.004 0.023 0.023 0.041 0.144 0.023 0.728 156 A 0.037 0.006 0.042 0.042 0.058 0.111 0.054 0.651 157 P 0.377 0.011 0.012 0.011 0.014 0.079 0.082 0.414 158 P 0.273 0.006 0.008 0.008 0.011 0.076 0.031 0.587 159 E 0.036 0.003 0.011 0.007 0.014 0.094 0.025 0.810 160 G 0.023 0.005 0.018 0.015 0.028 0.166 0.021 0.725 161 A 0.024 0.009 0.023 0.027 0.028 0.114 0.019 0.756 162 S 0.265 0.109 0.013 0.020 0.014 0.084 0.204 0.292 163 P 0.054 0.286 0.011 0.008 0.015 0.115 0.044 0.467 164 G 0.056 0.506 0.013 0.011 0.013 0.064 0.067 0.270 165 D 0.060 0.636 0.010 0.015 0.023 0.036 0.106 0.114 166 S 0.037 0.706 0.008 0.011 0.018 0.028 0.075 0.117 167 A 0.061 0.641 0.017 0.016 0.030 0.031 0.094 0.111 168 R 0.062 0.631 0.022 0.012 0.020 0.034 0.065 0.152 169 Q 0.036 0.713 0.008 0.012 0.023 0.020 0.021 0.165 170 K 0.090 0.262 0.057 0.019 0.030 0.060 0.184 0.298 171 L 0.184 0.142 0.044 0.014 0.014 0.068 0.270 0.264 172 E 0.094 0.232 0.022 0.009 0.011 0.082 0.058 0.492 173 E 0.017 0.310 0.014 0.003 0.006 0.069 0.026 0.555 174 T 0.030 0.680 0.010 0.002 0.004 0.033 0.044 0.197 175 S 0.039 0.874 0.002 0.001 0.001 0.011 0.024 0.046 176 A 0.021 0.878 0.005 0.001 0.002 0.013 0.026 0.055 177 C 0.009 0.954 0.002 0.001 0.001 0.005 0.011 0.018 178 L 0.022 0.941 0.003 0.001 0.001 0.004 0.015 0.015 179 A 0.035 0.867 0.006 0.001 0.001 0.007 0.048 0.034 180 A 0.035 0.869 0.003 0.001 0.001 0.009 0.029 0.053 181 A 0.029 0.857 0.004 0.001 0.001 0.010 0.041 0.058 182 L 0.014 0.895 0.002 0.001 0.001 0.009 0.027 0.052 183 Q 0.008 0.910 0.002 0.001 0.001 0.006 0.019 0.054 184 A 0.018 0.831 0.008 0.001 0.002 0.009 0.060 0.071 185 V 0.059 0.833 0.005 0.001 0.002 0.008 0.042 0.050 186 E 0.046 0.688 0.005 0.001 0.002 0.018 0.045 0.194 187 E 0.010 0.701 0.011 0.002 0.003 0.026 0.027 0.220 188 K 0.033 0.561 0.046 0.007 0.012 0.037 0.086 0.218 189 I 0.152 0.204 0.080 0.017 0.013 0.060 0.153 0.322 190 R 0.192 0.187 0.034 0.009 0.014 0.054 0.040 0.470 191 Q 0.113 0.053 0.027 0.005 0.008 0.080 0.039 0.674 192 E 0.106 0.029 0.041 0.007 0.011 0.105 0.052 0.649 193 D 0.183 0.017 0.013 0.010 0.014 0.087 0.047 0.629 194 A 0.036 0.008 0.017 0.016 0.025 0.113 0.030 0.755 195 Q 0.030 0.007 0.021 0.016 0.031 0.135 0.029 0.730 196 G 0.043 0.005 0.043 0.048 0.069 0.121 0.054 0.618 197 P 0.053 0.003 0.032 0.032 0.054 0.113 0.043 0.669 198 R 0.124 0.003 0.018 0.021 0.028 0.115 0.044 0.647 199 D 0.059 0.004 0.017 0.009 0.017 0.118 0.043 0.734 200 S 0.045 0.006 0.019 0.010 0.019 0.130 0.049 0.722