# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.18245 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.413 0.121 0.055 0.108 0.089 0.059 0.066 0.042 0.024 0.014 0.008 2 D 0.309 0.188 0.071 0.140 0.085 0.060 0.064 0.038 0.024 0.015 0.007 3 L 0.047 0.058 0.030 0.091 0.097 0.124 0.173 0.124 0.123 0.085 0.048 4 A 0.175 0.115 0.065 0.137 0.121 0.096 0.109 0.078 0.051 0.034 0.017 5 H 0.118 0.148 0.128 0.240 0.133 0.086 0.068 0.039 0.022 0.013 0.005 6 L 0.033 0.043 0.026 0.068 0.076 0.126 0.165 0.134 0.140 0.121 0.067 7 P 0.119 0.084 0.035 0.107 0.106 0.102 0.137 0.113 0.097 0.065 0.037 8 P 0.298 0.234 0.088 0.178 0.083 0.042 0.035 0.021 0.011 0.007 0.003 9 L 0.059 0.035 0.020 0.054 0.068 0.103 0.151 0.127 0.155 0.134 0.095 10 P 0.373 0.244 0.040 0.134 0.084 0.040 0.038 0.025 0.013 0.007 0.004 11 P 0.129 0.121 0.035 0.113 0.106 0.111 0.129 0.095 0.073 0.054 0.035 12 P 0.229 0.185 0.040 0.111 0.100 0.077 0.092 0.067 0.047 0.032 0.021 13 E 0.566 0.237 0.028 0.086 0.036 0.018 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 14 G 0.423 0.125 0.030 0.091 0.071 0.057 0.070 0.050 0.039 0.027 0.018 15 E 0.358 0.296 0.041 0.160 0.075 0.028 0.020 0.011 0.006 0.003 0.002 16 A 0.077 0.041 0.021 0.072 0.085 0.089 0.139 0.144 0.144 0.107 0.082 17 R 0.067 0.135 0.101 0.188 0.153 0.113 0.100 0.066 0.038 0.026 0.015 18 K 0.063 0.205 0.142 0.237 0.141 0.091 0.061 0.031 0.017 0.009 0.004 19 P 0.428 0.145 0.049 0.115 0.076 0.045 0.053 0.040 0.025 0.016 0.009 20 A 0.350 0.126 0.035 0.092 0.056 0.046 0.079 0.065 0.068 0.055 0.028 21 K 0.102 0.137 0.074 0.210 0.145 0.104 0.083 0.059 0.043 0.030 0.014 22 P 0.076 0.121 0.074 0.131 0.110 0.155 0.129 0.084 0.062 0.039 0.019 23 P 0.094 0.087 0.047 0.134 0.148 0.105 0.149 0.130 0.057 0.028 0.022 24 V 0.086 0.051 0.035 0.050 0.046 0.057 0.118 0.116 0.167 0.164 0.111 25 S 0.084 0.128 0.084 0.228 0.162 0.087 0.091 0.052 0.045 0.025 0.014 26 P 0.180 0.116 0.064 0.116 0.081 0.069 0.095 0.081 0.091 0.070 0.037 27 K 0.042 0.059 0.038 0.116 0.111 0.123 0.157 0.130 0.105 0.072 0.047 28 P 0.033 0.046 0.037 0.096 0.112 0.113 0.161 0.174 0.107 0.075 0.045 29 V 0.009 0.010 0.018 0.037 0.063 0.053 0.105 0.209 0.176 0.175 0.146 30 L 0.016 0.018 0.033 0.060 0.080 0.070 0.151 0.169 0.174 0.143 0.087 31 T 0.031 0.031 0.061 0.105 0.111 0.111 0.157 0.101 0.130 0.097 0.065 32 Q 0.041 0.048 0.075 0.118 0.147 0.126 0.153 0.110 0.091 0.052 0.040 33 P 0.089 0.146 0.080 0.161 0.129 0.085 0.138 0.080 0.050 0.029 0.014 34 V 0.034 0.021 0.022 0.049 0.064 0.077 0.152 0.134 0.165 0.153 0.129 35 P 0.285 0.286 0.161 0.168 0.056 0.020 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 36 K 0.066 0.075 0.066 0.194 0.171 0.131 0.133 0.078 0.045 0.026 0.015 37 L 0.018 0.019 0.012 0.020 0.027 0.057 0.109 0.128 0.190 0.215 0.205 38 Q 0.118 0.243 0.110 0.263 0.143 0.053 0.034 0.018 0.010 0.005 0.003 39 G 0.236 0.061 0.048 0.076 0.069 0.073 0.112 0.102 0.090 0.081 0.051 40 S 0.183 0.194 0.053 0.201 0.120 0.079 0.073 0.042 0.030 0.017 0.009 41 P 0.116 0.073 0.026 0.083 0.084 0.100 0.143 0.125 0.115 0.080 0.054 42 T 0.130 0.099 0.046 0.128 0.131 0.111 0.113 0.091 0.068 0.044 0.039 43 P 0.154 0.153 0.050 0.130 0.115 0.082 0.113 0.079 0.060 0.039 0.026 44 T 0.189 0.100 0.032 0.108 0.092 0.081 0.111 0.081 0.088 0.070 0.047 45 S 0.316 0.228 0.051 0.164 0.086 0.050 0.040 0.024 0.020 0.014 0.007 46 K 0.134 0.121 0.050 0.166 0.125 0.103 0.105 0.077 0.059 0.041 0.019 47 K 0.065 0.107 0.045 0.147 0.126 0.140 0.122 0.087 0.073 0.058 0.030 48 V 0.017 0.021 0.015 0.048 0.058 0.121 0.156 0.159 0.177 0.150 0.078 49 P 0.076 0.082 0.048 0.140 0.113 0.121 0.136 0.098 0.088 0.063 0.034 50 L 0.007 0.007 0.007 0.019 0.028 0.038 0.083 0.131 0.214 0.225 0.242 51 P 0.140 0.121 0.059 0.168 0.144 0.086 0.089 0.070 0.057 0.040 0.025 52 G 0.131 0.071 0.034 0.119 0.108 0.103 0.142 0.104 0.088 0.060 0.040 53 P 0.148 0.092 0.028 0.114 0.113 0.100 0.115 0.102 0.079 0.062 0.046 54 G 0.149 0.099 0.024 0.085 0.084 0.088 0.133 0.107 0.103 0.078 0.050 55 S 0.155 0.173 0.037 0.143 0.121 0.107 0.101 0.063 0.047 0.032 0.021 56 P 0.348 0.131 0.033 0.109 0.092 0.067 0.080 0.057 0.040 0.026 0.016 57 E 0.459 0.234 0.031 0.131 0.062 0.030 0.027 0.014 0.008 0.004 0.002 58 V 0.015 0.012 0.007 0.027 0.037 0.047 0.075 0.100 0.195 0.210 0.273 59 K 0.085 0.087 0.052 0.172 0.195 0.122 0.119 0.082 0.043 0.029 0.014 60 R 0.036 0.091 0.097 0.251 0.167 0.137 0.101 0.052 0.036 0.021 0.010 61 A 0.008 0.009 0.008 0.014 0.020 0.039 0.073 0.085 0.184 0.240 0.321 62 H 0.082 0.105 0.043 0.191 0.177 0.110 0.112 0.077 0.054 0.032 0.018 63 G 0.302 0.171 0.080 0.162 0.092 0.057 0.053 0.034 0.024 0.015 0.009 64 T 0.076 0.055 0.024 0.076 0.082 0.094 0.134 0.114 0.130 0.111 0.103 65 P 0.143 0.122 0.029 0.129 0.112 0.104 0.118 0.092 0.072 0.051 0.028 66 P 0.068 0.061 0.033 0.094 0.092 0.131 0.139 0.114 0.121 0.086 0.061 67 P 0.097 0.099 0.041 0.142 0.140 0.100 0.125 0.102 0.071 0.045 0.037 68 V 0.039 0.031 0.014 0.037 0.041 0.057 0.108 0.114 0.200 0.203 0.156 69 S 0.179 0.178 0.051 0.205 0.141 0.075 0.063 0.042 0.032 0.020 0.014 70 P 0.191 0.099 0.037 0.103 0.081 0.079 0.100 0.089 0.095 0.079 0.048 71 K 0.111 0.118 0.035 0.150 0.127 0.107 0.111 0.087 0.073 0.049 0.035 72 P 0.090 0.079 0.028 0.089 0.082 0.092 0.130 0.125 0.122 0.099 0.063 73 P 0.136 0.136 0.048 0.169 0.127 0.099 0.094 0.072 0.057 0.039 0.024 74 P 0.192 0.098 0.036 0.105 0.086 0.078 0.109 0.097 0.090 0.068 0.041 75 P 0.140 0.101 0.034 0.136 0.106 0.099 0.119 0.091 0.081 0.059 0.035 76 P 0.110 0.088 0.033 0.109 0.106 0.099 0.115 0.104 0.101 0.074 0.059 77 T 0.177 0.102 0.037 0.106 0.105 0.084 0.107 0.096 0.084 0.059 0.043 78 A 0.093 0.080 0.031 0.116 0.111 0.094 0.131 0.109 0.104 0.075 0.056 79 P 0.169 0.096 0.036 0.112 0.104 0.088 0.117 0.091 0.083 0.063 0.040 80 K 0.269 0.230 0.064 0.191 0.103 0.053 0.040 0.022 0.015 0.008 0.005 81 P 0.100 0.058 0.027 0.094 0.096 0.082 0.118 0.121 0.118 0.098 0.089 82 V 0.074 0.075 0.035 0.109 0.110 0.103 0.141 0.115 0.103 0.083 0.051 83 K 0.100 0.148 0.089 0.230 0.163 0.101 0.073 0.043 0.028 0.017 0.009 84 A 0.094 0.045 0.040 0.078 0.077 0.099 0.140 0.118 0.126 0.110 0.072 85 V 0.059 0.094 0.045 0.161 0.132 0.118 0.136 0.091 0.078 0.054 0.031 86 A 0.062 0.045 0.030 0.074 0.083 0.092 0.134 0.136 0.149 0.111 0.085 87 G 0.227 0.162 0.073 0.185 0.123 0.066 0.064 0.042 0.028 0.018 0.012 88 L 0.029 0.025 0.018 0.054 0.067 0.086 0.135 0.142 0.168 0.148 0.128 89 P 0.219 0.145 0.047 0.149 0.127 0.082 0.087 0.064 0.041 0.025 0.015 90 S 0.150 0.115 0.042 0.142 0.114 0.095 0.109 0.083 0.069 0.047 0.035 91 G 0.087 0.047 0.020 0.061 0.068 0.073 0.116 0.122 0.149 0.134 0.122 92 S 0.281 0.235 0.046 0.165 0.099 0.054 0.048 0.029 0.022 0.013 0.007 93 A 0.097 0.060 0.023 0.083 0.081 0.099 0.126 0.117 0.129 0.103 0.082 94 G 0.344 0.204 0.040 0.141 0.093 0.053 0.047 0.032 0.022 0.014 0.010 95 P 0.120 0.072 0.022 0.090 0.087 0.095 0.125 0.113 0.119 0.089 0.068 96 S 0.157 0.125 0.035 0.134 0.115 0.089 0.098 0.081 0.071 0.054 0.042 97 P 0.120 0.086 0.026 0.101 0.098 0.101 0.128 0.105 0.103 0.080 0.051 98 A 0.263 0.174 0.047 0.165 0.113 0.070 0.065 0.044 0.031 0.018 0.012 99 P 0.159 0.098 0.029 0.107 0.097 0.088 0.113 0.093 0.090 0.071 0.056 100 S 0.122 0.084 0.028 0.106 0.108 0.097 0.127 0.107 0.099 0.069 0.051 101 P 0.269 0.206 0.049 0.169 0.108 0.061 0.058 0.035 0.024 0.014 0.008 102 A 0.074 0.039 0.021 0.062 0.068 0.073 0.117 0.122 0.160 0.138 0.127 103 R 0.179 0.178 0.065 0.194 0.138 0.075 0.071 0.045 0.029 0.017 0.010 104 Q 0.054 0.065 0.042 0.119 0.119 0.120 0.141 0.118 0.102 0.073 0.047 105 P 0.120 0.125 0.056 0.137 0.125 0.100 0.110 0.090 0.066 0.044 0.027 106 P 0.173 0.106 0.051 0.149 0.112 0.090 0.121 0.082 0.060 0.037 0.018 107 A 0.127 0.064 0.054 0.113 0.101 0.101 0.126 0.101 0.096 0.072 0.046 108 A 0.107 0.134 0.081 0.192 0.147 0.101 0.097 0.061 0.042 0.024 0.013 109 L 0.049 0.042 0.034 0.091 0.098 0.086 0.140 0.146 0.137 0.101 0.076 110 A 0.048 0.044 0.039 0.087 0.100 0.108 0.165 0.133 0.119 0.095 0.063 111 K 0.130 0.196 0.155 0.245 0.127 0.056 0.040 0.024 0.014 0.008 0.004 112 P 0.152 0.096 0.043 0.110 0.103 0.115 0.131 0.092 0.072 0.053 0.033 113 P 0.219 0.116 0.032 0.092 0.075 0.068 0.102 0.087 0.090 0.068 0.050 114 G 0.332 0.176 0.046 0.125 0.090 0.063 0.065 0.042 0.030 0.019 0.011 115 T 0.243 0.147 0.056 0.139 0.101 0.082 0.080 0.055 0.046 0.031 0.019 116 P 0.262 0.205 0.040 0.135 0.095 0.070 0.075 0.049 0.035 0.021 0.013 117 P 0.131 0.069 0.025 0.101 0.102 0.091 0.125 0.123 0.102 0.072 0.059 118 S 0.237 0.208 0.063 0.162 0.106 0.067 0.061 0.042 0.027 0.019 0.010 119 L 0.074 0.075 0.028 0.120 0.120 0.131 0.142 0.110 0.095 0.066 0.039 120 G 0.340 0.127 0.037 0.110 0.085 0.062 0.081 0.063 0.046 0.031 0.018 121 A 0.128 0.105 0.041 0.144 0.118 0.108 0.120 0.084 0.072 0.050 0.031 122 S 0.094 0.106 0.041 0.106 0.102 0.097 0.115 0.101 0.104 0.079 0.055 123 P 0.252 0.146 0.039 0.161 0.121 0.072 0.074 0.055 0.039 0.025 0.015 124 A 0.159 0.079 0.035 0.095 0.081 0.086 0.119 0.104 0.104 0.084 0.054 125 K 0.140 0.217 0.063 0.233 0.145 0.073 0.055 0.034 0.021 0.012 0.007 126 P 0.077 0.046 0.019 0.067 0.078 0.094 0.126 0.135 0.143 0.122 0.094 127 P 0.200 0.122 0.041 0.133 0.112 0.091 0.107 0.077 0.056 0.038 0.023 128 S 0.121 0.162 0.048 0.141 0.106 0.100 0.107 0.071 0.066 0.050 0.028 129 P 0.276 0.130 0.030 0.110 0.099 0.078 0.087 0.067 0.057 0.040 0.027 130 G 0.577 0.199 0.024 0.081 0.039 0.023 0.023 0.014 0.010 0.007 0.003 131 A 0.106 0.075 0.020 0.095 0.092 0.101 0.121 0.107 0.114 0.093 0.076 132 P 0.317 0.235 0.037 0.152 0.104 0.053 0.043 0.030 0.015 0.009 0.005 133 A 0.128 0.098 0.029 0.115 0.101 0.105 0.113 0.097 0.091 0.072 0.050 134 L 0.072 0.061 0.025 0.095 0.107 0.112 0.152 0.130 0.108 0.080 0.059 135 H 0.197 0.175 0.053 0.192 0.133 0.085 0.071 0.041 0.027 0.017 0.009 136 V 0.039 0.025 0.016 0.040 0.049 0.092 0.130 0.122 0.193 0.164 0.130 137 P 0.180 0.186 0.044 0.191 0.134 0.070 0.077 0.049 0.034 0.020 0.014 138 A 0.034 0.024 0.015 0.036 0.041 0.050 0.090 0.111 0.196 0.199 0.206 139 K 0.178 0.227 0.076 0.207 0.138 0.068 0.044 0.027 0.018 0.010 0.007 140 P 0.089 0.060 0.032 0.115 0.114 0.101 0.137 0.128 0.103 0.069 0.052 141 P 0.069 0.058 0.033 0.098 0.110 0.089 0.128 0.138 0.109 0.086 0.081 142 R 0.030 0.041 0.034 0.104 0.118 0.114 0.173 0.142 0.119 0.081 0.044 143 A 0.056 0.055 0.061 0.134 0.121 0.108 0.135 0.108 0.100 0.073 0.048 144 A 0.029 0.031 0.038 0.089 0.103 0.098 0.173 0.147 0.136 0.091 0.065 145 A 0.022 0.026 0.032 0.079 0.090 0.086 0.145 0.140 0.157 0.123 0.100 146 A 0.005 0.007 0.014 0.026 0.044 0.048 0.099 0.141 0.203 0.190 0.221 147 A 0.012 0.017 0.029 0.064 0.090 0.081 0.122 0.131 0.170 0.150 0.135 148 A 0.008 0.009 0.018 0.037 0.060 0.067 0.138 0.161 0.196 0.163 0.143 149 A 0.019 0.033 0.043 0.115 0.131 0.114 0.151 0.122 0.121 0.085 0.065 150 A 0.007 0.007 0.011 0.023 0.034 0.049 0.100 0.123 0.208 0.202 0.234 151 A 0.033 0.045 0.043 0.118 0.135 0.123 0.151 0.112 0.107 0.075 0.057 152 A 0.019 0.022 0.025 0.053 0.062 0.082 0.133 0.124 0.184 0.159 0.137 153 A 0.036 0.036 0.026 0.071 0.082 0.099 0.134 0.115 0.151 0.127 0.123 154 P 0.097 0.080 0.042 0.128 0.122 0.108 0.142 0.102 0.085 0.057 0.038 155 P 0.102 0.063 0.035 0.099 0.098 0.103 0.128 0.104 0.112 0.085 0.072 156 A 0.052 0.048 0.022 0.071 0.080 0.085 0.128 0.123 0.148 0.118 0.126 157 P 0.116 0.101 0.038 0.116 0.114 0.092 0.129 0.097 0.085 0.062 0.049 158 P 0.319 0.173 0.051 0.140 0.098 0.063 0.063 0.038 0.027 0.017 0.011 159 E 0.469 0.195 0.037 0.120 0.063 0.034 0.033 0.020 0.014 0.009 0.005 160 G 0.218 0.110 0.027 0.108 0.091 0.079 0.107 0.086 0.075 0.058 0.040 161 A 0.169 0.124 0.048 0.143 0.125 0.104 0.105 0.075 0.051 0.035 0.020 162 S 0.145 0.168 0.072 0.161 0.124 0.108 0.092 0.056 0.037 0.024 0.013 163 P 0.096 0.138 0.041 0.118 0.112 0.098 0.130 0.102 0.079 0.052 0.034 164 G 0.188 0.083 0.035 0.096 0.101 0.100 0.148 0.095 0.076 0.050 0.028 165 D 0.367 0.144 0.107 0.170 0.088 0.049 0.039 0.019 0.010 0.005 0.002 166 S 0.107 0.131 0.075 0.189 0.161 0.113 0.116 0.056 0.030 0.014 0.008 167 A 0.013 0.016 0.017 0.031 0.050 0.054 0.144 0.161 0.206 0.169 0.140 168 R 0.035 0.029 0.120 0.189 0.207 0.160 0.150 0.064 0.026 0.015 0.005 169 Q 0.013 0.053 0.538 0.192 0.083 0.060 0.037 0.014 0.006 0.003 0.001 170 K 0.005 0.022 0.071 0.108 0.128 0.139 0.224 0.150 0.085 0.048 0.020 171 L 0.007 0.004 0.013 0.013 0.022 0.056 0.177 0.174 0.217 0.216 0.100 172 E 0.036 0.094 0.590 0.198 0.057 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 173 E 0.013 0.014 0.089 0.059 0.122 0.111 0.235 0.202 0.076 0.049 0.030 174 T 0.030 0.050 0.062 0.055 0.064 0.081 0.175 0.148 0.155 0.123 0.057 175 S 0.154 0.129 0.205 0.177 0.110 0.078 0.085 0.033 0.018 0.007 0.003 176 A 0.195 0.085 0.299 0.191 0.106 0.052 0.042 0.019 0.007 0.003 0.002 177 C 0.041 0.059 0.103 0.104 0.114 0.105 0.203 0.130 0.076 0.042 0.023 178 L 0.012 0.018 0.046 0.060 0.095 0.125 0.243 0.179 0.117 0.072 0.034 179 A 0.049 0.050 0.360 0.173 0.122 0.089 0.088 0.038 0.018 0.010 0.004 180 A 0.024 0.041 0.346 0.180 0.126 0.100 0.108 0.043 0.019 0.009 0.003 181 A 0.021 0.029 0.112 0.102 0.116 0.111 0.222 0.141 0.082 0.045 0.019 182 L 0.019 0.019 0.114 0.067 0.083 0.120 0.243 0.137 0.103 0.068 0.026 183 Q 0.019 0.041 0.530 0.171 0.105 0.059 0.045 0.017 0.008 0.003 0.002 184 A 0.038 0.052 0.312 0.133 0.128 0.092 0.133 0.066 0.026 0.014 0.006 185 V 0.021 0.052 0.149 0.096 0.102 0.113 0.232 0.123 0.068 0.036 0.011 186 E 0.090 0.058 0.309 0.165 0.117 0.091 0.101 0.041 0.017 0.008 0.002 187 E 0.072 0.062 0.589 0.139 0.060 0.036 0.028 0.010 0.003 0.001 0.001 188 K 0.025 0.056 0.256 0.178 0.161 0.105 0.130 0.059 0.019 0.007 0.003 189 I 0.015 0.006 0.029 0.016 0.028 0.046 0.181 0.196 0.196 0.200 0.088 190 R 0.011 0.086 0.595 0.188 0.069 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 191 Q 0.036 0.089 0.487 0.175 0.096 0.050 0.038 0.018 0.006 0.003 0.001 192 E 0.321 0.185 0.143 0.119 0.070 0.053 0.057 0.033 0.012 0.006 0.002 193 D 0.369 0.172 0.096 0.115 0.071 0.049 0.061 0.038 0.018 0.008 0.004 194 A 0.350 0.106 0.116 0.113 0.085 0.058 0.076 0.049 0.024 0.015 0.008 195 Q 0.138 0.195 0.145 0.160 0.109 0.087 0.088 0.039 0.023 0.012 0.005 196 G 0.279 0.155 0.079 0.115 0.095 0.067 0.090 0.060 0.034 0.017 0.009 197 P 0.376 0.187 0.074 0.130 0.075 0.045 0.049 0.031 0.017 0.010 0.005 198 R 0.145 0.143 0.068 0.151 0.117 0.100 0.118 0.075 0.045 0.026 0.013 199 D 0.361 0.300 0.075 0.126 0.062 0.029 0.023 0.013 0.006 0.003 0.002 200 S 0.437 0.149 0.046 0.106 0.079 0.051 0.058 0.037 0.020 0.010 0.006