# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.18245 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.386 0.151 0.164 0.165 0.051 0.026 0.025 0.006 0.018 0.007 0.001 2 D 0.282 0.080 0.200 0.154 0.067 0.060 0.094 0.016 0.027 0.018 0.001 3 L 0.601 0.084 0.117 0.144 0.015 0.012 0.010 0.003 0.011 0.002 0.002 4 A 0.557 0.078 0.123 0.169 0.014 0.016 0.028 0.003 0.010 0.002 0.001 5 H 0.174 0.118 0.140 0.416 0.031 0.034 0.054 0.009 0.017 0.003 0.004 6 L 0.013 0.218 0.583 0.008 0.016 0.011 0.016 0.001 0.127 0.005 0.001 7 P 0.028 0.005 0.899 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.014 0.002 0.039 8 P 0.236 0.006 0.552 0.092 0.004 0.032 0.001 0.001 0.003 0.001 0.073 9 L 0.030 0.326 0.471 0.029 0.020 0.021 0.005 0.002 0.095 0.001 0.001 10 P 0.017 0.007 0.905 0.003 0.002 0.020 0.001 0.001 0.013 0.001 0.031 11 P 0.049 0.010 0.854 0.007 0.006 0.016 0.001 0.001 0.045 0.002 0.011 12 P 0.236 0.012 0.620 0.042 0.005 0.033 0.001 0.001 0.005 0.001 0.044 13 E 0.228 0.209 0.246 0.225 0.038 0.014 0.019 0.007 0.011 0.002 0.001 14 G 0.131 0.061 0.151 0.079 0.210 0.023 0.048 0.158 0.010 0.127 0.001 15 E 0.199 0.150 0.354 0.171 0.053 0.032 0.010 0.002 0.026 0.003 0.002 16 A 0.318 0.203 0.276 0.115 0.027 0.028 0.011 0.002 0.013 0.002 0.004 17 R 0.194 0.274 0.306 0.120 0.035 0.032 0.013 0.003 0.016 0.002 0.006 18 K 0.015 0.210 0.540 0.005 0.025 0.010 0.004 0.001 0.189 0.002 0.001 19 P 0.116 0.003 0.762 0.008 0.002 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.092 20 A 0.199 0.190 0.329 0.180 0.015 0.061 0.009 0.003 0.011 0.001 0.003 21 K 0.012 0.312 0.433 0.008 0.023 0.009 0.005 0.001 0.195 0.002 0.001 22 P 0.026 0.006 0.907 0.002 0.004 0.014 0.001 0.001 0.020 0.001 0.018 23 P 0.050 0.032 0.765 0.039 0.008 0.063 0.001 0.001 0.007 0.001 0.035 24 V 0.061 0.662 0.148 0.075 0.029 0.008 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 25 S 0.015 0.116 0.418 0.019 0.212 0.052 0.034 0.002 0.104 0.028 0.001 26 P 0.645 0.012 0.166 0.103 0.016 0.012 0.001 0.001 0.004 0.002 0.039 27 K 0.405 0.212 0.230 0.037 0.039 0.018 0.005 0.003 0.048 0.003 0.001 28 P 0.399 0.018 0.515 0.018 0.004 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 29 V 0.416 0.198 0.198 0.103 0.032 0.026 0.006 0.003 0.016 0.001 0.001 30 L 0.435 0.202 0.225 0.063 0.032 0.022 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 31 T 0.320 0.222 0.112 0.250 0.033 0.022 0.017 0.002 0.017 0.002 0.001 32 Q 0.032 0.322 0.312 0.014 0.065 0.013 0.008 0.001 0.231 0.002 0.001 33 P 0.128 0.007 0.725 0.019 0.002 0.034 0.001 0.001 0.002 0.001 0.080 34 V 0.081 0.212 0.479 0.024 0.030 0.024 0.007 0.001 0.140 0.002 0.001 35 P 0.342 0.009 0.548 0.035 0.005 0.016 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 36 K 0.178 0.242 0.270 0.165 0.051 0.045 0.013 0.007 0.028 0.001 0.001 37 L 0.074 0.389 0.389 0.050 0.026 0.041 0.005 0.001 0.022 0.001 0.003 38 Q 0.055 0.391 0.349 0.077 0.053 0.032 0.016 0.001 0.021 0.002 0.003 39 G 0.030 0.141 0.229 0.052 0.227 0.046 0.038 0.103 0.020 0.112 0.002 40 S 0.041 0.219 0.572 0.015 0.052 0.019 0.004 0.001 0.070 0.005 0.002 41 P 0.257 0.028 0.561 0.057 0.011 0.030 0.003 0.001 0.005 0.003 0.045 42 T 0.038 0.336 0.364 0.011 0.053 0.015 0.004 0.001 0.175 0.003 0.001 43 P 0.083 0.009 0.790 0.014 0.004 0.029 0.001 0.001 0.003 0.001 0.067 44 T 0.232 0.221 0.320 0.124 0.036 0.030 0.010 0.006 0.017 0.002 0.003 45 S 0.116 0.217 0.388 0.100 0.083 0.036 0.015 0.004 0.029 0.007 0.002 46 K 0.302 0.168 0.315 0.092 0.055 0.026 0.011 0.001 0.019 0.003 0.008 47 K 0.144 0.226 0.366 0.134 0.022 0.074 0.013 0.002 0.013 0.001 0.006 48 V 0.013 0.332 0.440 0.005 0.015 0.014 0.003 0.001 0.176 0.001 0.002 49 P 0.082 0.004 0.745 0.016 0.002 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.110 50 L 0.014 0.335 0.328 0.008 0.018 0.011 0.003 0.001 0.281 0.001 0.001 51 P 0.072 0.003 0.754 0.024 0.003 0.011 0.001 0.001 0.002 0.003 0.127 52 G 0.028 0.084 0.278 0.022 0.137 0.019 0.023 0.130 0.117 0.162 0.001 53 P 0.161 0.011 0.716 0.042 0.007 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.050 54 G 0.030 0.018 0.113 0.071 0.074 0.029 0.030 0.418 0.004 0.212 0.001 55 S 0.052 0.132 0.631 0.024 0.056 0.025 0.007 0.002 0.056 0.013 0.002 56 P 0.556 0.015 0.339 0.045 0.008 0.012 0.001 0.001 0.004 0.002 0.018 57 E 0.338 0.175 0.242 0.098 0.062 0.044 0.010 0.003 0.025 0.002 0.001 58 V 0.370 0.134 0.355 0.053 0.025 0.036 0.003 0.001 0.017 0.001 0.005 59 K 0.402 0.245 0.225 0.057 0.020 0.029 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 60 R 0.377 0.243 0.211 0.077 0.039 0.025 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 61 A 0.488 0.155 0.086 0.113 0.061 0.023 0.023 0.004 0.039 0.007 0.001 62 H 0.111 0.064 0.171 0.529 0.017 0.012 0.079 0.002 0.011 0.003 0.001 63 G 0.013 0.014 0.046 0.033 0.039 0.011 0.151 0.547 0.003 0.142 0.001 64 T 0.012 0.302 0.608 0.010 0.019 0.014 0.004 0.001 0.026 0.003 0.001 65 P 0.029 0.012 0.871 0.005 0.003 0.017 0.002 0.001 0.028 0.005 0.029 66 P 0.112 0.008 0.797 0.011 0.007 0.011 0.001 0.001 0.035 0.002 0.017 67 P 0.100 0.016 0.702 0.058 0.007 0.050 0.001 0.001 0.005 0.001 0.060 68 V 0.040 0.673 0.161 0.080 0.015 0.013 0.002 0.003 0.011 0.001 0.002 69 S 0.007 0.197 0.553 0.008 0.062 0.030 0.007 0.001 0.130 0.003 0.001 70 P 0.243 0.016 0.360 0.077 0.018 0.028 0.001 0.001 0.008 0.002 0.246 71 K 0.033 0.384 0.406 0.030 0.037 0.028 0.005 0.002 0.070 0.003 0.002 72 P 0.020 0.008 0.896 0.004 0.002 0.021 0.001 0.001 0.009 0.001 0.038 73 P 0.106 0.008 0.791 0.016 0.004 0.015 0.002 0.001 0.033 0.003 0.023 74 P 0.068 0.004 0.841 0.015 0.003 0.021 0.001 0.001 0.016 0.002 0.028 75 P 0.131 0.017 0.767 0.028 0.004 0.021 0.001 0.001 0.013 0.001 0.017 76 P 0.375 0.068 0.431 0.074 0.011 0.016 0.002 0.001 0.005 0.001 0.016 77 T 0.115 0.205 0.184 0.341 0.071 0.034 0.017 0.010 0.019 0.003 0.002 78 A 0.041 0.200 0.441 0.018 0.111 0.019 0.016 0.002 0.140 0.009 0.001 79 P 0.164 0.023 0.637 0.050 0.007 0.042 0.002 0.001 0.004 0.001 0.070 80 K 0.020 0.373 0.409 0.008 0.031 0.011 0.002 0.001 0.143 0.002 0.001 81 P 0.100 0.004 0.812 0.006 0.003 0.017 0.001 0.001 0.003 0.001 0.053 82 V 0.504 0.100 0.223 0.112 0.025 0.018 0.003 0.001 0.011 0.001 0.003 83 K 0.235 0.234 0.343 0.047 0.061 0.028 0.006 0.001 0.041 0.002 0.001 84 A 0.348 0.074 0.445 0.063 0.014 0.035 0.004 0.001 0.008 0.001 0.007 85 V 0.262 0.354 0.181 0.095 0.029 0.028 0.007 0.001 0.040 0.001 0.001 86 A 0.182 0.114 0.451 0.138 0.029 0.029 0.036 0.001 0.014 0.003 0.004 87 G 0.055 0.032 0.083 0.117 0.066 0.028 0.125 0.368 0.008 0.116 0.001 88 L 0.023 0.219 0.578 0.007 0.030 0.010 0.004 0.001 0.124 0.005 0.001 89 P 0.252 0.010 0.631 0.023 0.003 0.024 0.002 0.001 0.004 0.002 0.050 90 S 0.138 0.181 0.245 0.265 0.068 0.029 0.032 0.016 0.021 0.004 0.002 91 G 0.093 0.148 0.188 0.088 0.228 0.024 0.024 0.097 0.018 0.092 0.001 92 S 0.081 0.219 0.426 0.079 0.065 0.064 0.016 0.001 0.041 0.004 0.004 93 A 0.204 0.220 0.304 0.180 0.033 0.021 0.010 0.002 0.019 0.004 0.004 94 G 0.067 0.133 0.263 0.021 0.267 0.024 0.026 0.025 0.070 0.102 0.001 95 P 0.183 0.059 0.602 0.077 0.016 0.024 0.002 0.001 0.006 0.001 0.029 96 S 0.036 0.217 0.475 0.012 0.068 0.024 0.011 0.002 0.144 0.009 0.001 97 P 0.256 0.011 0.569 0.053 0.007 0.018 0.001 0.001 0.003 0.001 0.079 98 A 0.039 0.376 0.272 0.015 0.076 0.012 0.004 0.001 0.205 0.001 0.001 99 P 0.071 0.007 0.760 0.020 0.003 0.041 0.001 0.001 0.002 0.001 0.095 100 S 0.021 0.281 0.436 0.007 0.044 0.013 0.003 0.001 0.189 0.003 0.001 101 P 0.262 0.005 0.612 0.014 0.004 0.015 0.001 0.001 0.003 0.002 0.083 102 A 0.556 0.055 0.198 0.122 0.023 0.021 0.011 0.003 0.009 0.001 0.001 103 R 0.242 0.095 0.131 0.436 0.028 0.034 0.015 0.005 0.010 0.002 0.002 104 Q 0.029 0.162 0.611 0.016 0.029 0.018 0.015 0.001 0.113 0.004 0.001 105 P 0.058 0.010 0.856 0.004 0.003 0.016 0.001 0.001 0.023 0.003 0.028 106 P 0.342 0.003 0.571 0.030 0.002 0.022 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 107 A 0.630 0.054 0.167 0.113 0.010 0.011 0.003 0.003 0.006 0.001 0.002 108 A 0.346 0.144 0.222 0.174 0.039 0.031 0.016 0.004 0.020 0.003 0.001 109 L 0.290 0.149 0.285 0.192 0.022 0.026 0.013 0.001 0.021 0.001 0.003 110 A 0.199 0.270 0.239 0.181 0.027 0.041 0.018 0.002 0.015 0.002 0.006 111 K 0.017 0.366 0.470 0.009 0.032 0.019 0.008 0.001 0.073 0.003 0.001 112 P 0.014 0.016 0.895 0.002 0.002 0.022 0.001 0.001 0.022 0.001 0.025 113 P 0.256 0.005 0.669 0.030 0.002 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 114 G 0.119 0.069 0.137 0.234 0.077 0.044 0.041 0.246 0.007 0.025 0.002 115 T 0.019 0.306 0.538 0.016 0.038 0.014 0.005 0.001 0.058 0.004 0.001 116 P 0.023 0.018 0.891 0.002 0.002 0.027 0.001 0.001 0.022 0.001 0.013 117 P 0.333 0.014 0.537 0.046 0.007 0.027 0.001 0.001 0.006 0.002 0.026 118 S 0.299 0.199 0.175 0.172 0.067 0.030 0.012 0.013 0.026 0.005 0.003 119 L 0.123 0.190 0.295 0.264 0.049 0.019 0.029 0.003 0.023 0.003 0.001 120 G 0.064 0.071 0.168 0.069 0.170 0.033 0.095 0.168 0.014 0.146 0.002 121 A 0.152 0.266 0.299 0.175 0.044 0.027 0.008 0.005 0.013 0.006 0.005 122 S 0.018 0.231 0.421 0.012 0.089 0.016 0.011 0.002 0.169 0.031 0.001 123 P 0.239 0.009 0.642 0.022 0.006 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.066 124 A 0.159 0.165 0.334 0.194 0.033 0.085 0.009 0.003 0.009 0.001 0.008 125 K 0.015 0.413 0.442 0.009 0.019 0.015 0.003 0.001 0.080 0.001 0.001 126 P 0.010 0.011 0.918 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.014 0.001 0.018 127 P 0.219 0.010 0.627 0.046 0.005 0.034 0.001 0.001 0.006 0.002 0.051 128 S 0.042 0.249 0.373 0.028 0.035 0.024 0.007 0.002 0.230 0.009 0.001 129 P 0.241 0.007 0.616 0.043 0.005 0.005 0.003 0.001 0.003 0.002 0.075 130 G 0.024 0.004 0.033 0.045 0.031 0.011 0.024 0.712 0.001 0.115 0.001 131 A 0.027 0.173 0.661 0.013 0.033 0.010 0.003 0.001 0.071 0.006 0.001 132 P 0.198 0.015 0.698 0.025 0.004 0.020 0.001 0.001 0.004 0.002 0.033 133 A 0.132 0.183 0.344 0.149 0.060 0.070 0.015 0.015 0.023 0.006 0.003 134 L 0.192 0.265 0.322 0.122 0.045 0.019 0.009 0.001 0.017 0.002 0.004 135 H 0.072 0.162 0.245 0.229 0.085 0.091 0.064 0.016 0.025 0.008 0.005 136 V 0.008 0.434 0.388 0.006 0.026 0.007 0.003 0.001 0.124 0.002 0.001 137 P 0.050 0.006 0.855 0.006 0.002 0.021 0.001 0.001 0.003 0.001 0.056 138 A 0.186 0.159 0.416 0.128 0.025 0.051 0.006 0.002 0.014 0.001 0.012 139 K 0.014 0.324 0.506 0.007 0.028 0.013 0.003 0.001 0.101 0.003 0.001 140 P 0.010 0.004 0.933 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.008 0.001 0.016 141 P 0.344 0.020 0.541 0.035 0.007 0.028 0.001 0.001 0.006 0.001 0.016 142 R 0.368 0.226 0.195 0.104 0.046 0.033 0.007 0.004 0.014 0.002 0.001 143 A 0.428 0.168 0.176 0.105 0.061 0.027 0.014 0.002 0.016 0.002 0.001 144 A 0.512 0.168 0.123 0.090 0.052 0.023 0.010 0.002 0.017 0.002 0.001 145 A 0.495 0.213 0.098 0.110 0.039 0.015 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 146 A 0.393 0.217 0.108 0.151 0.073 0.013 0.022 0.003 0.017 0.002 0.001 147 A 0.235 0.211 0.197 0.118 0.134 0.031 0.033 0.006 0.030 0.005 0.001 148 A 0.179 0.371 0.320 0.044 0.029 0.028 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 149 A 0.161 0.270 0.415 0.036 0.026 0.062 0.006 0.001 0.021 0.001 0.002 150 A 0.222 0.312 0.286 0.061 0.049 0.037 0.005 0.001 0.025 0.001 0.002 151 A 0.225 0.388 0.219 0.059 0.054 0.023 0.009 0.001 0.021 0.001 0.001 152 A 0.180 0.332 0.172 0.171 0.063 0.037 0.018 0.003 0.019 0.002 0.003 153 A 0.026 0.278 0.366 0.012 0.094 0.013 0.014 0.003 0.182 0.011 0.001 154 P 0.032 0.011 0.896 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.018 0.001 0.022 155 P 0.215 0.011 0.635 0.054 0.005 0.030 0.001 0.001 0.003 0.001 0.045 156 A 0.046 0.300 0.395 0.026 0.064 0.016 0.005 0.003 0.140 0.005 0.001 157 P 0.098 0.012 0.824 0.008 0.008 0.014 0.001 0.001 0.013 0.003 0.019 158 P 0.439 0.018 0.415 0.057 0.006 0.031 0.002 0.001 0.008 0.001 0.022 159 E 0.204 0.102 0.252 0.340 0.029 0.016 0.030 0.012 0.009 0.004 0.002 160 G 0.064 0.041 0.128 0.081 0.128 0.023 0.149 0.243 0.009 0.132 0.001 161 A 0.152 0.209 0.447 0.101 0.035 0.029 0.006 0.002 0.014 0.003 0.002 162 S 0.047 0.257 0.472 0.011 0.030 0.026 0.004 0.001 0.146 0.006 0.001 163 P 0.204 0.011 0.691 0.031 0.006 0.017 0.002 0.001 0.003 0.001 0.034 164 G 0.232 0.036 0.127 0.036 0.109 0.022 0.026 0.295 0.008 0.108 0.001 165 D 0.768 0.028 0.136 0.039 0.012 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 166 S 0.742 0.054 0.058 0.087 0.027 0.013 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 167 A 0.874 0.039 0.032 0.034 0.009 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 168 R 0.875 0.043 0.023 0.041 0.008 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 169 Q 0.801 0.054 0.049 0.057 0.019 0.005 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 170 K 0.591 0.110 0.150 0.075 0.020 0.018 0.007 0.001 0.027 0.001 0.001 171 L 0.685 0.054 0.164 0.052 0.011 0.020 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 172 E 0.785 0.067 0.060 0.050 0.014 0.010 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 173 E 0.651 0.052 0.098 0.133 0.021 0.023 0.011 0.001 0.009 0.001 0.001 174 T 0.424 0.109 0.146 0.191 0.033 0.055 0.013 0.002 0.026 0.001 0.001 175 S 0.760 0.038 0.085 0.047 0.014 0.032 0.013 0.001 0.007 0.001 0.001 176 A 0.932 0.007 0.011 0.033 0.004 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 177 C 0.902 0.008 0.009 0.069 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 178 L 0.940 0.013 0.009 0.027 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 179 A 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 A 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 A 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 Q 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 A 0.973 0.002 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 V 0.952 0.007 0.005 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 186 E 0.963 0.005 0.006 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 E 0.928 0.016 0.012 0.036 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 188 K 0.719 0.062 0.088 0.091 0.009 0.016 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 189 I 0.488 0.146 0.216 0.067 0.016 0.030 0.006 0.001 0.030 0.001 0.001 190 R 0.459 0.175 0.220 0.063 0.018 0.033 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 191 Q 0.451 0.116 0.217 0.096 0.038 0.043 0.012 0.001 0.024 0.002 0.001 192 E 0.536 0.087 0.115 0.194 0.020 0.018 0.013 0.002 0.012 0.002 0.001 193 D 0.204 0.067 0.143 0.264 0.061 0.052 0.132 0.020 0.031 0.025 0.001 194 A 0.505 0.081 0.162 0.149 0.023 0.022 0.030 0.005 0.013 0.006 0.005 195 Q 0.162 0.091 0.179 0.471 0.013 0.017 0.047 0.005 0.010 0.003 0.001 196 G 0.017 0.057 0.240 0.007 0.131 0.009 0.055 0.097 0.090 0.297 0.001 197 P 0.134 0.014 0.774 0.022 0.005 0.018 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 198 R 0.057 0.332 0.457 0.034 0.029 0.039 0.004 0.002 0.044 0.001 0.001 199 D 0.225 0.078 0.555 0.052 0.025 0.034 0.004 0.001 0.014 0.002 0.011 200 S 0.216 0.168 0.249 0.142 0.106 0.047 0.022 0.005 0.039 0.004 0.002