# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.18245 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.040 0.184 0.084 0.060 0.092 0.062 0.073 0.208 0.089 0.081 0.027 2 D 0.100 0.128 0.085 0.032 0.144 0.018 0.028 0.146 0.083 0.172 0.064 3 L 0.069 0.069 0.024 0.007 0.105 0.011 0.026 0.268 0.291 0.093 0.035 4 A 0.051 0.100 0.038 0.016 0.105 0.029 0.120 0.264 0.172 0.075 0.029 5 H 0.110 0.106 0.071 0.019 0.140 0.019 0.080 0.108 0.072 0.211 0.064 6 L 0.099 0.284 0.158 0.020 0.212 0.019 0.021 0.032 0.034 0.076 0.044 7 P 0.044 0.400 0.212 0.033 0.124 0.021 0.031 0.042 0.048 0.026 0.020 8 P 0.064 0.111 0.076 0.037 0.100 0.032 0.075 0.078 0.135 0.220 0.070 9 L 0.064 0.312 0.226 0.020 0.188 0.012 0.016 0.016 0.023 0.088 0.035 10 P 0.035 0.374 0.316 0.037 0.101 0.016 0.020 0.014 0.022 0.040 0.025 11 P 0.021 0.393 0.425 0.020 0.072 0.005 0.009 0.013 0.020 0.014 0.008 12 P 0.030 0.201 0.118 0.021 0.077 0.020 0.042 0.176 0.244 0.051 0.019 13 E 0.029 0.100 0.059 0.041 0.054 0.039 0.081 0.180 0.193 0.194 0.032 14 G 0.036 0.115 0.090 0.097 0.071 0.046 0.036 0.069 0.090 0.294 0.057 15 E 0.060 0.265 0.191 0.030 0.188 0.013 0.017 0.053 0.062 0.087 0.034 16 A 0.114 0.140 0.053 0.011 0.236 0.015 0.043 0.102 0.135 0.104 0.048 17 R 0.120 0.250 0.106 0.020 0.236 0.023 0.032 0.031 0.042 0.094 0.047 18 K 0.038 0.466 0.244 0.021 0.142 0.013 0.013 0.013 0.019 0.015 0.016 19 P 0.096 0.236 0.106 0.013 0.220 0.013 0.042 0.075 0.102 0.057 0.040 20 A 0.100 0.170 0.078 0.016 0.173 0.018 0.029 0.022 0.045 0.264 0.085 21 K 0.014 0.549 0.333 0.014 0.064 0.003 0.003 0.002 0.003 0.007 0.006 22 P 0.027 0.327 0.196 0.033 0.078 0.025 0.049 0.069 0.148 0.030 0.018 23 P 0.080 0.121 0.099 0.016 0.163 0.011 0.027 0.097 0.161 0.187 0.037 24 V 0.039 0.225 0.091 0.023 0.106 0.030 0.037 0.048 0.076 0.286 0.038 25 S 0.021 0.489 0.329 0.009 0.114 0.001 0.003 0.011 0.008 0.007 0.008 26 P 0.012 0.019 0.009 0.004 0.016 0.009 0.031 0.422 0.436 0.030 0.011 27 K 0.035 0.239 0.095 0.015 0.114 0.016 0.023 0.272 0.102 0.074 0.014 28 P 0.244 0.077 0.004 0.001 0.256 0.002 0.011 0.248 0.108 0.027 0.022 29 V 0.062 0.064 0.012 0.006 0.114 0.019 0.040 0.464 0.106 0.080 0.033 30 L 0.131 0.096 0.018 0.008 0.228 0.015 0.036 0.263 0.090 0.075 0.041 31 T 0.134 0.061 0.031 0.017 0.161 0.019 0.064 0.139 0.080 0.207 0.087 32 Q 0.038 0.370 0.251 0.032 0.142 0.017 0.025 0.057 0.027 0.026 0.015 33 P 0.173 0.127 0.041 0.012 0.244 0.016 0.060 0.097 0.079 0.095 0.057 34 V 0.203 0.181 0.055 0.010 0.318 0.011 0.022 0.046 0.058 0.048 0.047 35 P 0.106 0.197 0.059 0.022 0.290 0.040 0.078 0.080 0.062 0.027 0.040 36 K 0.239 0.106 0.035 0.008 0.338 0.009 0.023 0.047 0.033 0.086 0.076 37 L 0.155 0.197 0.056 0.014 0.316 0.017 0.028 0.045 0.036 0.065 0.071 38 Q 0.133 0.115 0.069 0.075 0.183 0.055 0.060 0.049 0.039 0.124 0.097 39 G 0.068 0.166 0.180 0.147 0.123 0.053 0.031 0.032 0.034 0.124 0.042 40 S 0.067 0.243 0.241 0.037 0.210 0.014 0.029 0.039 0.049 0.048 0.024 41 P 0.102 0.114 0.064 0.023 0.144 0.022 0.051 0.075 0.154 0.194 0.058 42 T 0.025 0.434 0.296 0.035 0.102 0.015 0.019 0.017 0.020 0.024 0.013 43 P 0.095 0.190 0.107 0.021 0.174 0.016 0.040 0.125 0.128 0.068 0.037 44 T 0.068 0.135 0.071 0.022 0.135 0.023 0.041 0.128 0.170 0.168 0.038 45 S 0.097 0.216 0.100 0.020 0.246 0.018 0.026 0.076 0.082 0.081 0.037 46 K 0.076 0.125 0.058 0.017 0.155 0.020 0.054 0.164 0.190 0.093 0.049 47 K 0.132 0.108 0.070 0.019 0.200 0.023 0.053 0.055 0.067 0.198 0.075 48 V 0.063 0.371 0.222 0.021 0.177 0.013 0.017 0.019 0.021 0.041 0.036 49 P 0.087 0.240 0.198 0.048 0.157 0.026 0.035 0.029 0.033 0.079 0.066 50 L 0.054 0.364 0.256 0.033 0.150 0.013 0.019 0.022 0.027 0.036 0.026 51 P 0.059 0.152 0.130 0.082 0.082 0.046 0.064 0.065 0.100 0.164 0.057 52 G 0.020 0.143 0.253 0.217 0.049 0.062 0.050 0.048 0.071 0.068 0.019 53 P 0.044 0.076 0.078 0.091 0.074 0.052 0.117 0.117 0.152 0.168 0.032 54 G 0.047 0.099 0.148 0.075 0.091 0.026 0.025 0.032 0.071 0.337 0.051 55 S 0.057 0.293 0.195 0.024 0.183 0.010 0.020 0.062 0.087 0.042 0.029 56 P 0.035 0.089 0.060 0.030 0.064 0.035 0.077 0.281 0.231 0.072 0.025 57 E 0.068 0.244 0.127 0.020 0.162 0.013 0.025 0.140 0.082 0.091 0.029 58 V 0.216 0.063 0.010 0.002 0.227 0.005 0.017 0.227 0.131 0.061 0.041 59 K 0.065 0.119 0.039 0.021 0.165 0.039 0.063 0.319 0.090 0.051 0.029 60 R 0.199 0.086 0.052 0.012 0.226 0.012 0.038 0.166 0.054 0.087 0.067 61 A 0.096 0.125 0.074 0.027 0.158 0.037 0.041 0.173 0.091 0.108 0.069 62 H 0.046 0.307 0.111 0.077 0.107 0.063 0.121 0.054 0.034 0.045 0.034 63 G 0.063 0.045 0.058 0.110 0.053 0.029 0.018 0.017 0.023 0.416 0.168 64 T 0.045 0.354 0.303 0.056 0.129 0.018 0.021 0.009 0.013 0.031 0.021 65 P 0.044 0.284 0.286 0.110 0.082 0.031 0.036 0.020 0.039 0.043 0.026 66 P 0.033 0.272 0.218 0.070 0.094 0.034 0.062 0.045 0.098 0.056 0.018 67 P 0.133 0.119 0.076 0.019 0.249 0.014 0.029 0.050 0.096 0.162 0.052 68 V 0.067 0.284 0.166 0.037 0.177 0.029 0.029 0.024 0.048 0.097 0.044 69 S 0.088 0.289 0.238 0.016 0.263 0.007 0.012 0.014 0.022 0.022 0.029 70 P 0.069 0.110 0.066 0.023 0.111 0.031 0.062 0.086 0.237 0.144 0.061 71 K 0.037 0.399 0.269 0.026 0.157 0.011 0.018 0.012 0.017 0.035 0.018 72 P 0.113 0.181 0.086 0.032 0.150 0.029 0.047 0.041 0.080 0.153 0.089 73 P 0.028 0.178 0.312 0.179 0.065 0.045 0.035 0.018 0.030 0.083 0.029 74 P 0.036 0.214 0.270 0.136 0.083 0.048 0.044 0.021 0.046 0.081 0.022 75 P 0.031 0.310 0.375 0.031 0.117 0.008 0.012 0.018 0.048 0.037 0.015 76 P 0.066 0.107 0.044 0.011 0.136 0.016 0.057 0.097 0.314 0.109 0.042 77 T 0.057 0.232 0.157 0.044 0.138 0.032 0.041 0.034 0.060 0.155 0.051 78 A 0.061 0.281 0.226 0.044 0.166 0.020 0.031 0.035 0.043 0.058 0.036 79 P 0.075 0.119 0.126 0.057 0.111 0.034 0.050 0.062 0.105 0.203 0.059 80 K 0.018 0.409 0.352 0.038 0.086 0.012 0.013 0.019 0.022 0.023 0.009 81 P 0.104 0.214 0.069 0.009 0.222 0.009 0.033 0.120 0.137 0.050 0.030 82 V 0.062 0.114 0.052 0.015 0.124 0.021 0.037 0.186 0.214 0.131 0.045 83 K 0.079 0.181 0.068 0.019 0.197 0.026 0.045 0.152 0.103 0.088 0.042 84 A 0.116 0.131 0.076 0.013 0.185 0.012 0.040 0.157 0.111 0.104 0.055 85 V 0.100 0.122 0.071 0.025 0.164 0.031 0.052 0.148 0.112 0.115 0.059 86 A 0.049 0.349 0.124 0.046 0.123 0.046 0.079 0.070 0.041 0.047 0.026 87 G 0.063 0.064 0.074 0.107 0.067 0.041 0.037 0.039 0.046 0.323 0.138 88 L 0.095 0.337 0.194 0.020 0.235 0.009 0.011 0.019 0.021 0.033 0.025 89 P 0.073 0.209 0.107 0.042 0.157 0.039 0.067 0.093 0.109 0.055 0.048 90 S 0.130 0.130 0.089 0.034 0.195 0.023 0.046 0.058 0.064 0.152 0.079 91 G 0.086 0.237 0.142 0.044 0.187 0.031 0.031 0.038 0.039 0.108 0.057 92 S 0.094 0.256 0.215 0.039 0.198 0.013 0.020 0.039 0.036 0.047 0.041 93 A 0.057 0.084 0.050 0.055 0.079 0.065 0.099 0.135 0.195 0.134 0.047 94 G 0.051 0.144 0.193 0.110 0.120 0.040 0.048 0.063 0.059 0.136 0.037 95 P 0.105 0.106 0.070 0.035 0.145 0.031 0.044 0.051 0.092 0.254 0.067 96 S 0.028 0.360 0.361 0.032 0.112 0.009 0.013 0.019 0.029 0.023 0.014 97 P 0.056 0.084 0.046 0.028 0.085 0.042 0.095 0.130 0.249 0.142 0.044 98 A 0.045 0.318 0.281 0.025 0.167 0.010 0.017 0.032 0.033 0.054 0.019 99 P 0.091 0.153 0.077 0.024 0.146 0.029 0.058 0.097 0.111 0.159 0.055 100 S 0.023 0.392 0.381 0.026 0.086 0.008 0.009 0.018 0.021 0.024 0.011 101 P 0.035 0.129 0.070 0.016 0.079 0.017 0.032 0.194 0.349 0.056 0.023 102 A 0.029 0.089 0.039 0.010 0.066 0.014 0.063 0.228 0.320 0.120 0.023 103 R 0.049 0.089 0.058 0.025 0.087 0.027 0.067 0.086 0.089 0.354 0.069 104 Q 0.059 0.371 0.241 0.022 0.169 0.009 0.010 0.018 0.014 0.058 0.030 105 P 0.036 0.409 0.253 0.030 0.117 0.015 0.018 0.042 0.039 0.025 0.017 106 P 0.064 0.226 0.133 0.017 0.144 0.013 0.032 0.142 0.141 0.063 0.026 107 A 0.043 0.116 0.041 0.011 0.086 0.019 0.051 0.203 0.295 0.105 0.031 108 A 0.064 0.199 0.079 0.015 0.152 0.017 0.046 0.150 0.139 0.099 0.038 109 L 0.070 0.110 0.048 0.014 0.128 0.019 0.064 0.184 0.179 0.127 0.056 110 A 0.088 0.145 0.100 0.027 0.165 0.027 0.058 0.063 0.048 0.211 0.069 111 K 0.062 0.354 0.306 0.026 0.142 0.010 0.009 0.010 0.010 0.043 0.028 112 P 0.031 0.354 0.317 0.040 0.089 0.016 0.018 0.043 0.053 0.021 0.018 113 P 0.034 0.123 0.054 0.027 0.067 0.030 0.110 0.181 0.264 0.084 0.026 114 G 0.047 0.062 0.058 0.053 0.066 0.029 0.043 0.053 0.065 0.444 0.080 115 T 0.050 0.305 0.258 0.057 0.134 0.023 0.023 0.023 0.023 0.071 0.032 116 P 0.063 0.261 0.248 0.051 0.161 0.018 0.022 0.048 0.060 0.043 0.027 117 P 0.061 0.132 0.082 0.022 0.125 0.023 0.057 0.165 0.229 0.076 0.027 118 S 0.068 0.102 0.071 0.032 0.114 0.030 0.058 0.129 0.137 0.201 0.058 119 L 0.062 0.250 0.125 0.051 0.132 0.041 0.054 0.080 0.071 0.089 0.045 120 G 0.067 0.108 0.126 0.088 0.105 0.038 0.049 0.088 0.078 0.179 0.076 121 A 0.087 0.138 0.100 0.046 0.137 0.030 0.038 0.052 0.077 0.238 0.057 122 S 0.033 0.420 0.288 0.029 0.132 0.010 0.011 0.018 0.024 0.021 0.013 123 P 0.068 0.107 0.050 0.016 0.125 0.020 0.069 0.168 0.274 0.066 0.037 124 A 0.097 0.105 0.063 0.018 0.150 0.019 0.049 0.062 0.094 0.280 0.062 125 K 0.050 0.390 0.248 0.027 0.155 0.017 0.015 0.014 0.015 0.042 0.029 126 P 0.071 0.297 0.243 0.023 0.198 0.011 0.022 0.037 0.037 0.031 0.031 127 P 0.079 0.171 0.133 0.029 0.126 0.023 0.039 0.062 0.110 0.178 0.050 128 S 0.023 0.372 0.380 0.037 0.086 0.013 0.011 0.022 0.023 0.021 0.013 129 P 0.025 0.109 0.046 0.039 0.046 0.044 0.168 0.216 0.229 0.058 0.022 130 G 0.035 0.033 0.052 0.090 0.042 0.029 0.021 0.029 0.048 0.547 0.074 131 A 0.045 0.359 0.253 0.036 0.156 0.016 0.014 0.028 0.032 0.040 0.020 132 P 0.066 0.153 0.110 0.041 0.124 0.028 0.064 0.122 0.163 0.081 0.046 133 A 0.116 0.141 0.080 0.028 0.209 0.024 0.036 0.075 0.103 0.139 0.048 134 L 0.077 0.239 0.103 0.032 0.197 0.037 0.050 0.075 0.062 0.085 0.043 135 H 0.135 0.121 0.106 0.049 0.163 0.027 0.033 0.038 0.048 0.184 0.096 136 V 0.034 0.394 0.241 0.042 0.121 0.024 0.021 0.028 0.044 0.034 0.017 137 P 0.092 0.217 0.113 0.018 0.254 0.015 0.037 0.058 0.086 0.071 0.037 138 A 0.115 0.167 0.078 0.012 0.221 0.013 0.027 0.035 0.072 0.188 0.071 139 K 0.024 0.484 0.313 0.021 0.096 0.010 0.011 0.005 0.006 0.018 0.013 140 P 0.021 0.512 0.324 0.011 0.080 0.003 0.006 0.013 0.014 0.007 0.007 141 P 0.041 0.175 0.067 0.008 0.101 0.009 0.027 0.226 0.286 0.045 0.016 142 R 0.032 0.095 0.034 0.010 0.071 0.017 0.034 0.334 0.248 0.100 0.024 143 A 0.054 0.076 0.029 0.010 0.084 0.015 0.037 0.347 0.178 0.131 0.037 144 A 0.050 0.074 0.028 0.010 0.084 0.015 0.042 0.364 0.176 0.121 0.036 145 A 0.083 0.067 0.025 0.013 0.115 0.019 0.052 0.310 0.145 0.123 0.047 146 A 0.085 0.150 0.050 0.021 0.163 0.029 0.060 0.221 0.090 0.084 0.046 147 A 0.194 0.113 0.036 0.015 0.238 0.017 0.042 0.147 0.047 0.087 0.065 148 A 0.145 0.234 0.055 0.011 0.340 0.015 0.026 0.086 0.032 0.027 0.028 149 A 0.280 0.101 0.016 0.004 0.402 0.008 0.019 0.071 0.026 0.032 0.042 150 A 0.199 0.126 0.028 0.011 0.298 0.018 0.032 0.108 0.064 0.045 0.070 151 A 0.129 0.117 0.045 0.035 0.214 0.049 0.103 0.103 0.054 0.073 0.078 152 A 0.142 0.108 0.072 0.038 0.188 0.027 0.042 0.052 0.039 0.198 0.094 153 A 0.089 0.233 0.176 0.057 0.194 0.029 0.027 0.028 0.033 0.086 0.048 154 P 0.043 0.304 0.233 0.061 0.114 0.034 0.049 0.044 0.057 0.039 0.023 155 P 0.076 0.155 0.135 0.038 0.142 0.023 0.054 0.062 0.087 0.166 0.062 156 A 0.055 0.371 0.240 0.025 0.151 0.014 0.020 0.014 0.020 0.062 0.028 157 P 0.024 0.368 0.468 0.018 0.071 0.005 0.007 0.009 0.009 0.008 0.011 158 P 0.027 0.131 0.122 0.051 0.045 0.045 0.064 0.202 0.246 0.044 0.023 159 E 0.017 0.163 0.086 0.087 0.039 0.072 0.126 0.120 0.131 0.136 0.023 160 G 0.034 0.073 0.075 0.084 0.055 0.026 0.022 0.051 0.073 0.398 0.110 161 A 0.079 0.165 0.122 0.042 0.142 0.027 0.034 0.044 0.057 0.202 0.085 162 S 0.036 0.342 0.349 0.049 0.107 0.015 0.015 0.028 0.019 0.022 0.018 163 P 0.046 0.101 0.066 0.055 0.063 0.064 0.116 0.176 0.168 0.107 0.038 164 G 0.033 0.197 0.237 0.078 0.071 0.023 0.017 0.122 0.075 0.116 0.030 165 D 0.019 0.088 0.049 0.018 0.041 0.020 0.036 0.405 0.225 0.078 0.021 166 S 0.030 0.110 0.045 0.007 0.062 0.006 0.017 0.463 0.135 0.100 0.026 167 A 0.032 0.019 0.003 0.001 0.033 0.003 0.019 0.561 0.283 0.032 0.014 168 R 0.021 0.021 0.005 0.003 0.032 0.007 0.027 0.722 0.121 0.031 0.009 169 Q 0.030 0.061 0.009 0.002 0.064 0.005 0.016 0.728 0.052 0.027 0.006 170 K 0.051 0.070 0.012 0.002 0.078 0.005 0.028 0.550 0.103 0.079 0.023 171 L 0.064 0.033 0.005 0.001 0.058 0.003 0.014 0.524 0.222 0.051 0.024 172 E 0.006 0.013 0.006 0.005 0.012 0.012 0.062 0.692 0.163 0.023 0.007 173 E 0.043 0.034 0.015 0.002 0.051 0.004 0.061 0.566 0.082 0.128 0.014 174 T 0.027 0.326 0.077 0.005 0.091 0.008 0.016 0.310 0.072 0.051 0.018 175 S 0.022 0.033 0.015 0.005 0.029 0.006 0.010 0.691 0.142 0.028 0.018 176 A 0.003 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.887 0.078 0.012 0.002 177 C 0.003 0.012 0.002 0.001 0.005 0.001 0.009 0.891 0.045 0.029 0.002 178 L 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.871 0.091 0.019 0.002 179 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.886 0.101 0.004 0.001 180 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.891 0.092 0.006 0.001 181 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.851 0.111 0.022 0.001 182 L 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.844 0.115 0.020 0.002 183 Q 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.851 0.112 0.012 0.001 184 A 0.004 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.842 0.092 0.033 0.002 185 V 0.010 0.017 0.003 0.001 0.014 0.001 0.021 0.713 0.185 0.028 0.007 186 E 0.023 0.010 0.002 0.001 0.021 0.004 0.049 0.698 0.151 0.034 0.008 187 E 0.030 0.084 0.013 0.001 0.070 0.004 0.026 0.629 0.102 0.035 0.006 188 K 0.082 0.062 0.010 0.001 0.137 0.004 0.053 0.477 0.091 0.062 0.021 189 I 0.144 0.101 0.018 0.003 0.223 0.006 0.023 0.284 0.086 0.072 0.040 190 R 0.103 0.122 0.045 0.014 0.174 0.019 0.060 0.278 0.074 0.063 0.048 191 Q 0.124 0.083 0.053 0.014 0.152 0.016 0.041 0.291 0.075 0.110 0.041 192 E 0.040 0.201 0.077 0.040 0.097 0.045 0.096 0.189 0.109 0.080 0.026 193 D 0.082 0.086 0.082 0.054 0.102 0.024 0.029 0.117 0.101 0.230 0.093 194 A 0.090 0.102 0.044 0.016 0.141 0.018 0.052 0.189 0.160 0.133 0.056 195 Q 0.084 0.147 0.080 0.053 0.126 0.048 0.104 0.080 0.066 0.150 0.063 196 G 0.058 0.196 0.194 0.120 0.107 0.049 0.036 0.039 0.032 0.120 0.049 197 P 0.122 0.210 0.152 0.033 0.252 0.017 0.022 0.037 0.038 0.080 0.039 198 R 0.098 0.269 0.151 0.023 0.246 0.014 0.023 0.053 0.055 0.042 0.027 199 D 0.094 0.180 0.099 0.031 0.184 0.031 0.052 0.098 0.100 0.086 0.046 200 S 0.079 0.219 0.129 0.029 0.165 0.020 0.031 0.103 0.101 0.084 0.040