# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.18245 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.780 0.167 0.036 0.013 0.004 0.001 0.001 2 D 0.752 0.193 0.038 0.013 0.003 0.001 0.001 3 L 0.323 0.201 0.251 0.168 0.047 0.009 0.001 4 A 0.562 0.261 0.114 0.047 0.014 0.002 0.001 5 H 0.579 0.307 0.072 0.029 0.011 0.002 0.001 6 L 0.291 0.236 0.208 0.169 0.075 0.020 0.001 7 P 0.346 0.215 0.190 0.151 0.078 0.018 0.001 8 P 0.582 0.289 0.089 0.028 0.009 0.002 0.001 9 L 0.306 0.185 0.220 0.190 0.081 0.018 0.001 10 P 0.530 0.319 0.094 0.038 0.015 0.004 0.001 11 P 0.359 0.249 0.187 0.138 0.052 0.015 0.001 12 P 0.559 0.226 0.116 0.064 0.029 0.006 0.001 13 E 0.648 0.243 0.073 0.027 0.007 0.002 0.001 14 G 0.530 0.201 0.143 0.088 0.031 0.007 0.001 15 E 0.554 0.278 0.109 0.043 0.013 0.004 0.001 16 A 0.362 0.233 0.159 0.141 0.074 0.028 0.003 17 R 0.233 0.201 0.197 0.190 0.122 0.051 0.005 18 K 0.348 0.277 0.171 0.112 0.060 0.029 0.003 19 P 0.270 0.234 0.182 0.152 0.098 0.053 0.011 20 A 0.118 0.113 0.144 0.201 0.219 0.165 0.041 21 K 0.127 0.136 0.170 0.192 0.189 0.147 0.039 22 P 0.226 0.180 0.158 0.157 0.138 0.108 0.034 23 P 0.258 0.199 0.154 0.150 0.118 0.090 0.030 24 V 0.165 0.130 0.134 0.178 0.172 0.159 0.061 25 S 0.255 0.211 0.144 0.132 0.131 0.094 0.033 26 P 0.187 0.210 0.154 0.155 0.136 0.111 0.047 27 K 0.083 0.075 0.104 0.165 0.234 0.241 0.099 28 P 0.135 0.154 0.156 0.178 0.177 0.152 0.049 29 V 0.091 0.095 0.138 0.183 0.202 0.203 0.087 30 L 0.057 0.073 0.096 0.167 0.238 0.279 0.088 31 T 0.151 0.185 0.201 0.204 0.157 0.085 0.017 32 Q 0.255 0.263 0.183 0.157 0.095 0.041 0.006 33 P 0.276 0.313 0.186 0.126 0.064 0.030 0.004 34 V 0.094 0.107 0.194 0.290 0.213 0.091 0.009 35 P 0.384 0.390 0.133 0.059 0.026 0.008 0.001 36 K 0.096 0.165 0.245 0.280 0.146 0.061 0.007 37 L 0.101 0.073 0.108 0.200 0.288 0.203 0.027 38 Q 0.290 0.322 0.208 0.118 0.044 0.016 0.002 39 G 0.346 0.241 0.147 0.138 0.086 0.037 0.005 40 S 0.304 0.264 0.177 0.134 0.082 0.035 0.003 41 P 0.271 0.215 0.179 0.169 0.110 0.051 0.006 42 T 0.367 0.248 0.174 0.117 0.065 0.026 0.003 43 P 0.406 0.230 0.162 0.116 0.059 0.023 0.003 44 T 0.507 0.231 0.121 0.079 0.043 0.016 0.002 45 S 0.540 0.266 0.102 0.053 0.027 0.010 0.002 46 K 0.319 0.245 0.171 0.141 0.084 0.035 0.006 47 K 0.195 0.230 0.201 0.179 0.118 0.064 0.012 48 V 0.090 0.099 0.131 0.199 0.240 0.197 0.044 49 P 0.114 0.150 0.166 0.193 0.184 0.149 0.044 50 L 0.071 0.069 0.084 0.141 0.241 0.296 0.097 51 P 0.145 0.196 0.174 0.174 0.157 0.120 0.035 52 G 0.110 0.133 0.149 0.198 0.215 0.161 0.034 53 P 0.238 0.235 0.194 0.167 0.100 0.056 0.011 54 G 0.253 0.216 0.185 0.179 0.105 0.055 0.008 55 S 0.455 0.261 0.143 0.083 0.041 0.016 0.002 56 P 0.437 0.261 0.154 0.097 0.037 0.013 0.002 57 E 0.394 0.314 0.145 0.085 0.044 0.016 0.002 58 V 0.133 0.142 0.191 0.259 0.185 0.082 0.008 59 K 0.210 0.259 0.247 0.171 0.081 0.030 0.002 60 R 0.215 0.297 0.239 0.156 0.066 0.026 0.003 61 A 0.097 0.081 0.117 0.233 0.267 0.178 0.027 62 H 0.235 0.268 0.208 0.163 0.084 0.038 0.004 63 G 0.365 0.319 0.162 0.094 0.036 0.020 0.004 64 T 0.120 0.126 0.159 0.224 0.216 0.127 0.028 65 P 0.103 0.140 0.137 0.174 0.224 0.183 0.038 66 P 0.104 0.131 0.162 0.182 0.184 0.177 0.059 67 P 0.148 0.155 0.156 0.179 0.164 0.145 0.053 68 V 0.107 0.107 0.133 0.170 0.199 0.204 0.081 69 S 0.179 0.182 0.148 0.154 0.161 0.129 0.047 70 P 0.214 0.235 0.159 0.143 0.125 0.091 0.034 71 K 0.107 0.084 0.111 0.181 0.213 0.214 0.089 72 P 0.230 0.199 0.144 0.141 0.133 0.113 0.038 73 P 0.205 0.179 0.168 0.170 0.130 0.108 0.040 74 P 0.209 0.182 0.137 0.159 0.151 0.122 0.039 75 P 0.221 0.187 0.151 0.148 0.143 0.113 0.036 76 P 0.204 0.143 0.147 0.181 0.158 0.124 0.043 77 T 0.286 0.228 0.158 0.135 0.096 0.072 0.024 78 A 0.171 0.132 0.146 0.188 0.179 0.140 0.045 79 P 0.335 0.270 0.152 0.110 0.077 0.045 0.012 80 K 0.227 0.206 0.174 0.170 0.124 0.079 0.020 81 P 0.207 0.174 0.150 0.169 0.157 0.111 0.033 82 V 0.154 0.159 0.182 0.198 0.172 0.110 0.025 83 K 0.202 0.223 0.213 0.181 0.103 0.062 0.017 84 A 0.159 0.159 0.157 0.188 0.184 0.125 0.028 85 V 0.143 0.178 0.177 0.207 0.161 0.109 0.025 86 A 0.147 0.135 0.147 0.181 0.192 0.159 0.040 87 G 0.179 0.219 0.180 0.186 0.129 0.086 0.022 88 L 0.123 0.117 0.143 0.191 0.216 0.169 0.040 89 P 0.189 0.218 0.201 0.189 0.122 0.068 0.013 90 S 0.271 0.250 0.171 0.144 0.095 0.056 0.011 91 G 0.159 0.128 0.162 0.215 0.197 0.116 0.024 92 S 0.335 0.286 0.172 0.113 0.058 0.031 0.006 93 A 0.273 0.199 0.170 0.167 0.113 0.065 0.013 94 G 0.301 0.231 0.181 0.149 0.083 0.045 0.009 95 P 0.250 0.200 0.162 0.161 0.125 0.085 0.018 96 S 0.224 0.174 0.155 0.174 0.153 0.100 0.022 97 P 0.281 0.229 0.166 0.141 0.105 0.064 0.013 98 A 0.269 0.224 0.166 0.149 0.112 0.067 0.013 99 P 0.246 0.212 0.181 0.165 0.117 0.066 0.013 100 S 0.234 0.186 0.177 0.179 0.139 0.074 0.012 101 P 0.356 0.274 0.171 0.110 0.058 0.027 0.004 102 A 0.283 0.182 0.174 0.180 0.118 0.055 0.008 103 R 0.428 0.273 0.148 0.087 0.044 0.017 0.002 104 Q 0.394 0.263 0.158 0.112 0.049 0.021 0.003 105 P 0.265 0.214 0.190 0.168 0.109 0.048 0.006 106 P 0.242 0.237 0.190 0.169 0.104 0.052 0.007 107 A 0.195 0.183 0.192 0.197 0.151 0.073 0.010 108 A 0.188 0.247 0.224 0.182 0.106 0.047 0.005 109 L 0.117 0.133 0.159 0.215 0.221 0.137 0.018 110 A 0.152 0.185 0.211 0.216 0.160 0.069 0.007 111 K 0.276 0.291 0.210 0.136 0.061 0.023 0.002 112 P 0.268 0.207 0.180 0.179 0.115 0.046 0.005 113 P 0.347 0.239 0.166 0.134 0.080 0.031 0.003 114 G 0.410 0.254 0.164 0.105 0.046 0.019 0.002 115 T 0.405 0.261 0.157 0.107 0.049 0.019 0.002 116 P 0.307 0.224 0.176 0.151 0.095 0.042 0.005 117 P 0.342 0.214 0.164 0.140 0.091 0.042 0.006 118 S 0.438 0.256 0.140 0.090 0.049 0.023 0.004 119 L 0.283 0.196 0.186 0.168 0.102 0.054 0.010 120 G 0.311 0.233 0.161 0.136 0.093 0.055 0.011 121 A 0.236 0.192 0.163 0.167 0.131 0.090 0.022 122 S 0.238 0.178 0.151 0.158 0.144 0.104 0.027 123 P 0.247 0.210 0.170 0.159 0.115 0.079 0.021 124 A 0.242 0.189 0.159 0.161 0.137 0.089 0.023 125 K 0.187 0.215 0.193 0.179 0.132 0.078 0.016 126 P 0.153 0.147 0.152 0.179 0.193 0.145 0.031 127 P 0.171 0.184 0.179 0.196 0.163 0.092 0.015 128 S 0.288 0.232 0.177 0.150 0.096 0.049 0.007 129 P 0.357 0.227 0.180 0.138 0.069 0.027 0.003 130 G 0.487 0.277 0.128 0.071 0.026 0.010 0.001 131 A 0.337 0.194 0.186 0.158 0.089 0.032 0.003 132 P 0.536 0.279 0.100 0.052 0.023 0.008 0.001 133 A 0.421 0.280 0.135 0.091 0.049 0.022 0.003 134 L 0.191 0.188 0.223 0.215 0.122 0.053 0.008 135 H 0.241 0.290 0.212 0.142 0.074 0.034 0.006 136 V 0.059 0.072 0.108 0.182 0.274 0.241 0.065 137 P 0.051 0.095 0.116 0.180 0.218 0.252 0.088 138 A 0.030 0.040 0.062 0.116 0.187 0.362 0.203 139 K 0.049 0.088 0.125 0.170 0.191 0.236 0.141 140 P 0.037 0.053 0.069 0.116 0.209 0.295 0.221 141 P 0.028 0.039 0.050 0.095 0.176 0.315 0.297 142 R 0.043 0.071 0.092 0.142 0.192 0.263 0.197 143 A 0.053 0.082 0.110 0.160 0.181 0.228 0.186 144 A 0.043 0.064 0.082 0.129 0.181 0.282 0.220 145 A 0.028 0.034 0.044 0.082 0.159 0.311 0.342 146 A 0.025 0.032 0.038 0.075 0.129 0.295 0.405 147 A 0.025 0.031 0.042 0.084 0.134 0.279 0.405 148 A 0.017 0.023 0.030 0.061 0.134 0.319 0.417 149 A 0.029 0.054 0.071 0.118 0.168 0.261 0.298 150 A 0.014 0.020 0.028 0.062 0.143 0.354 0.378 151 A 0.034 0.062 0.089 0.147 0.195 0.265 0.210 152 A 0.036 0.057 0.073 0.128 0.198 0.307 0.201 153 A 0.058 0.088 0.103 0.158 0.218 0.253 0.122 154 P 0.092 0.125 0.143 0.185 0.210 0.192 0.053 155 P 0.139 0.185 0.179 0.178 0.164 0.127 0.029 156 A 0.116 0.140 0.162 0.243 0.206 0.117 0.017 157 P 0.221 0.228 0.216 0.179 0.111 0.042 0.003 158 P 0.480 0.278 0.135 0.073 0.026 0.007 0.001 159 E 0.699 0.220 0.052 0.020 0.007 0.002 0.001 160 G 0.393 0.224 0.178 0.141 0.049 0.014 0.001 161 A 0.471 0.281 0.145 0.071 0.024 0.007 0.001 162 S 0.333 0.282 0.196 0.124 0.047 0.016 0.001 163 P 0.245 0.212 0.197 0.182 0.114 0.046 0.004 164 G 0.208 0.181 0.205 0.205 0.137 0.059 0.005 165 D 0.442 0.317 0.146 0.062 0.024 0.007 0.001 166 S 0.284 0.305 0.205 0.129 0.056 0.018 0.003 167 A 0.070 0.086 0.126 0.220 0.292 0.183 0.023 168 R 0.099 0.218 0.271 0.245 0.120 0.045 0.003 169 Q 0.290 0.333 0.171 0.118 0.063 0.023 0.002 170 K 0.080 0.160 0.242 0.283 0.163 0.065 0.006 171 L 0.053 0.060 0.111 0.222 0.331 0.205 0.019 172 E 0.307 0.403 0.168 0.076 0.034 0.011 0.001 173 E 0.153 0.191 0.209 0.230 0.149 0.061 0.007 174 T 0.128 0.131 0.157 0.211 0.224 0.134 0.016 175 S 0.333 0.286 0.206 0.114 0.045 0.014 0.001 176 A 0.382 0.302 0.185 0.093 0.028 0.009 0.001 177 C 0.221 0.188 0.209 0.201 0.126 0.049 0.006 178 L 0.130 0.126 0.167 0.236 0.212 0.117 0.012 179 A 0.341 0.300 0.196 0.100 0.046 0.016 0.001 180 A 0.309 0.278 0.194 0.142 0.056 0.019 0.002 181 A 0.210 0.211 0.206 0.191 0.126 0.053 0.004 182 L 0.141 0.131 0.204 0.256 0.196 0.068 0.004 183 Q 0.491 0.358 0.100 0.033 0.015 0.003 0.001 184 A 0.287 0.257 0.203 0.167 0.067 0.017 0.001 185 V 0.229 0.216 0.219 0.187 0.117 0.030 0.001 186 E 0.455 0.321 0.129 0.065 0.026 0.005 0.001 187 E 0.545 0.324 0.081 0.033 0.014 0.002 0.001 188 K 0.161 0.303 0.298 0.179 0.051 0.008 0.001 189 I 0.079 0.089 0.240 0.323 0.225 0.043 0.001 190 R 0.467 0.364 0.120 0.037 0.011 0.001 0.001 191 Q 0.664 0.257 0.056 0.018 0.004 0.001 0.001 192 E 0.649 0.245 0.072 0.028 0.006 0.001 0.001 193 D 0.701 0.225 0.054 0.016 0.003 0.001 0.001 194 A 0.587 0.209 0.126 0.061 0.015 0.002 0.001 195 Q 0.679 0.237 0.063 0.016 0.004 0.001 0.001 196 G 0.490 0.250 0.145 0.085 0.026 0.004 0.001 197 P 0.636 0.233 0.086 0.032 0.011 0.002 0.001 198 R 0.660 0.200 0.089 0.039 0.010 0.002 0.001 199 D 0.836 0.128 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 200 S 0.763 0.165 0.046 0.020 0.005 0.001 0.001