# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.21594 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.032 0.005 0.002 0.021 0.017 0.034 0.106 0.001 0.001 0.002 0.779 2 D 0.020 0.004 0.001 0.016 0.012 0.028 0.117 0.001 0.001 0.003 0.798 3 L 0.090 0.012 0.002 0.032 0.021 0.042 0.113 0.001 0.001 0.008 0.681 4 A 0.053 0.026 0.001 0.018 0.025 0.032 0.431 0.001 0.001 0.014 0.400 5 H 0.360 0.035 0.002 0.017 0.017 0.044 0.140 0.005 0.001 0.022 0.358 6 L 0.262 0.044 0.013 0.028 0.019 0.041 0.063 0.005 0.001 0.005 0.520 7 P 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.974 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.995 9 L 0.082 0.002 0.001 0.028 0.037 0.134 0.037 0.001 0.001 0.001 0.678 10 P 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.964 11 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.982 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.992 13 E 0.031 0.001 0.001 0.003 0.010 0.017 0.085 0.001 0.001 0.001 0.851 14 G 0.404 0.010 0.001 0.006 0.015 0.022 0.075 0.001 0.001 0.011 0.457 15 E 0.154 0.013 0.001 0.008 0.037 0.035 0.128 0.001 0.001 0.005 0.618 16 A 0.036 0.009 0.001 0.006 0.035 0.047 0.056 0.001 0.001 0.002 0.809 17 R 0.066 0.017 0.001 0.016 0.072 0.211 0.101 0.001 0.001 0.004 0.511 18 K 0.119 0.012 0.001 0.027 0.072 0.067 0.062 0.001 0.001 0.002 0.637 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.989 20 A 0.013 0.003 0.001 0.049 0.109 0.329 0.035 0.001 0.001 0.001 0.460 21 K 0.037 0.002 0.001 0.048 0.035 0.052 0.035 0.001 0.001 0.002 0.788 22 P 0.003 0.001 0.001 0.005 0.009 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.962 23 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.970 24 V 0.030 0.001 0.001 0.081 0.070 0.157 0.053 0.001 0.001 0.002 0.605 25 S 0.074 0.001 0.001 0.023 0.027 0.023 0.099 0.001 0.001 0.002 0.751 26 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.990 27 K 0.006 0.001 0.001 0.021 0.021 0.026 0.372 0.001 0.001 0.001 0.553 28 P 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.969 29 V 0.035 0.006 0.001 0.036 0.067 0.118 0.121 0.001 0.001 0.005 0.611 30 L 0.131 0.026 0.001 0.100 0.181 0.178 0.085 0.001 0.001 0.009 0.289 31 T 0.063 0.029 0.001 0.047 0.087 0.176 0.082 0.001 0.001 0.006 0.509 32 Q 0.217 0.036 0.003 0.110 0.117 0.123 0.065 0.001 0.001 0.006 0.322 33 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.974 34 V 0.019 0.007 0.003 0.100 0.144 0.366 0.046 0.001 0.001 0.002 0.313 35 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.981 36 K 0.032 0.004 0.001 0.033 0.027 0.057 0.059 0.001 0.001 0.002 0.784 37 L 0.215 0.039 0.002 0.078 0.045 0.054 0.064 0.001 0.001 0.005 0.497 38 Q 0.052 0.027 0.001 0.045 0.044 0.065 0.053 0.001 0.001 0.005 0.705 39 G 0.078 0.014 0.003 0.036 0.021 0.035 0.049 0.002 0.001 0.011 0.750 40 S 0.184 0.007 0.004 0.028 0.017 0.020 0.096 0.002 0.001 0.002 0.640 41 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.982 42 T 0.036 0.002 0.003 0.052 0.061 0.099 0.261 0.001 0.001 0.002 0.484 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.993 44 T 0.019 0.006 0.001 0.039 0.082 0.164 0.170 0.001 0.001 0.004 0.517 45 S 0.140 0.018 0.001 0.022 0.026 0.031 0.133 0.001 0.001 0.017 0.613 46 K 0.211 0.035 0.001 0.036 0.100 0.121 0.063 0.001 0.001 0.012 0.419 47 K 0.063 0.006 0.002 0.014 0.011 0.021 0.115 0.001 0.001 0.003 0.763 48 V 0.106 0.010 0.005 0.080 0.189 0.158 0.077 0.001 0.001 0.002 0.373 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.989 50 L 0.014 0.001 0.001 0.057 0.117 0.253 0.030 0.001 0.001 0.001 0.526 51 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.983 52 G 0.030 0.001 0.001 0.026 0.038 0.070 0.065 0.001 0.001 0.001 0.770 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.995 54 G 0.027 0.001 0.001 0.026 0.048 0.086 0.068 0.001 0.001 0.007 0.737 55 S 0.707 0.002 0.001 0.008 0.015 0.025 0.037 0.001 0.001 0.002 0.204 56 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.983 57 E 0.022 0.002 0.001 0.014 0.042 0.053 0.338 0.001 0.001 0.004 0.523 58 V 0.053 0.006 0.001 0.007 0.010 0.022 0.088 0.001 0.001 0.002 0.811 59 K 0.071 0.053 0.001 0.035 0.169 0.226 0.087 0.001 0.001 0.006 0.351 60 R 0.034 0.062 0.001 0.024 0.095 0.084 0.061 0.002 0.001 0.002 0.635 61 A 0.055 0.105 0.002 0.040 0.253 0.235 0.028 0.002 0.001 0.002 0.280 62 H 0.070 0.095 0.001 0.033 0.149 0.195 0.057 0.003 0.001 0.006 0.392 63 G 0.136 0.024 0.003 0.023 0.051 0.115 0.038 0.006 0.001 0.014 0.591 64 T 0.190 0.010 0.022 0.038 0.050 0.063 0.106 0.003 0.001 0.003 0.516 65 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.983 66 P 0.003 0.001 0.001 0.011 0.028 0.038 0.041 0.001 0.001 0.001 0.880 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.987 68 V 0.113 0.002 0.001 0.054 0.077 0.202 0.028 0.001 0.001 0.002 0.522 69 S 0.053 0.002 0.001 0.015 0.033 0.028 0.109 0.001 0.001 0.001 0.759 70 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.991 71 K 0.004 0.001 0.001 0.010 0.010 0.012 0.210 0.001 0.001 0.001 0.753 72 P 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.965 73 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.969 74 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.984 75 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.986 76 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.980 77 T 0.052 0.002 0.001 0.023 0.032 0.058 0.045 0.001 0.001 0.003 0.785 78 A 0.369 0.007 0.001 0.037 0.055 0.065 0.044 0.001 0.001 0.004 0.418 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.974 80 K 0.031 0.003 0.001 0.025 0.070 0.099 0.129 0.001 0.001 0.002 0.641 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.989 82 V 0.038 0.011 0.001 0.039 0.081 0.212 0.077 0.001 0.001 0.002 0.538 83 K 0.073 0.059 0.001 0.076 0.059 0.047 0.101 0.001 0.001 0.008 0.576 84 A 0.071 0.055 0.001 0.045 0.047 0.071 0.045 0.001 0.001 0.002 0.662 85 V 0.144 0.174 0.002 0.146 0.076 0.094 0.066 0.002 0.001 0.006 0.288 86 A 0.079 0.094 0.002 0.076 0.055 0.068 0.076 0.005 0.001 0.006 0.538 87 G 0.111 0.053 0.013 0.067 0.024 0.056 0.058 0.013 0.001 0.008 0.596 88 L 0.306 0.027 0.021 0.133 0.046 0.071 0.069 0.004 0.001 0.005 0.318 89 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.968 90 S 0.024 0.005 0.002 0.051 0.064 0.136 0.081 0.001 0.001 0.002 0.635 91 G 0.144 0.012 0.002 0.069 0.025 0.049 0.079 0.002 0.001 0.008 0.610 92 S 0.103 0.018 0.005 0.055 0.054 0.061 0.193 0.002 0.001 0.012 0.496 93 A 0.083 0.010 0.002 0.042 0.023 0.045 0.057 0.001 0.001 0.017 0.719 94 G 0.045 0.005 0.004 0.044 0.032 0.036 0.256 0.001 0.001 0.005 0.573 95 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.979 96 S 0.045 0.004 0.002 0.065 0.107 0.162 0.124 0.001 0.001 0.003 0.487 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.993 98 A 0.051 0.002 0.002 0.064 0.072 0.108 0.074 0.001 0.001 0.002 0.625 99 P 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.971 100 S 0.028 0.001 0.001 0.029 0.052 0.110 0.146 0.001 0.001 0.001 0.633 101 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.996 102 A 0.016 0.005 0.001 0.018 0.031 0.066 0.204 0.001 0.001 0.004 0.656 103 R 0.398 0.017 0.001 0.006 0.006 0.011 0.235 0.001 0.001 0.020 0.306 104 Q 0.345 0.047 0.005 0.010 0.013 0.023 0.048 0.002 0.001 0.005 0.502 105 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.984 106 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.990 107 A 0.050 0.037 0.001 0.018 0.088 0.170 0.093 0.001 0.001 0.006 0.538 108 A 0.334 0.159 0.001 0.012 0.024 0.023 0.044 0.001 0.001 0.004 0.398 109 L 0.257 0.319 0.001 0.021 0.054 0.079 0.033 0.004 0.001 0.003 0.228 110 A 0.219 0.125 0.003 0.020 0.030 0.065 0.040 0.012 0.001 0.005 0.481 111 K 0.132 0.044 0.013 0.023 0.044 0.059 0.060 0.007 0.001 0.003 0.614 112 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.974 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.990 114 G 0.044 0.004 0.001 0.029 0.028 0.071 0.075 0.001 0.001 0.021 0.725 115 T 0.700 0.002 0.003 0.007 0.005 0.011 0.038 0.001 0.001 0.002 0.232 116 P 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.972 117 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.957 118 S 0.074 0.006 0.001 0.020 0.027 0.055 0.117 0.001 0.001 0.009 0.690 119 L 0.321 0.023 0.001 0.019 0.023 0.028 0.063 0.001 0.001 0.005 0.517 120 G 0.085 0.035 0.001 0.018 0.071 0.095 0.089 0.003 0.001 0.011 0.593 121 A 0.196 0.027 0.005 0.020 0.036 0.069 0.115 0.002 0.001 0.006 0.524 122 S 0.127 0.022 0.003 0.021 0.060 0.065 0.198 0.002 0.001 0.004 0.497 123 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.986 124 A 0.012 0.005 0.005 0.020 0.018 0.045 0.325 0.001 0.001 0.005 0.565 125 K 0.213 0.007 0.001 0.022 0.024 0.028 0.145 0.001 0.001 0.010 0.550 126 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.981 127 P 0.008 0.001 0.001 0.008 0.005 0.015 0.029 0.001 0.001 0.001 0.934 128 S 0.067 0.003 0.001 0.029 0.019 0.023 0.209 0.001 0.001 0.001 0.648 129 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.996 130 G 0.023 0.005 0.003 0.045 0.022 0.045 0.197 0.001 0.001 0.012 0.648 131 A 0.747 0.002 0.001 0.011 0.009 0.018 0.064 0.001 0.001 0.003 0.145 132 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.989 133 A 0.015 0.003 0.001 0.018 0.039 0.071 0.127 0.001 0.001 0.002 0.724 134 L 0.160 0.020 0.001 0.022 0.037 0.055 0.133 0.001 0.001 0.008 0.564 135 H 0.195 0.015 0.001 0.015 0.040 0.076 0.053 0.001 0.001 0.011 0.593 136 V 0.080 0.012 0.005 0.039 0.075 0.066 0.069 0.001 0.001 0.002 0.653 137 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.987 138 A 0.013 0.003 0.001 0.038 0.070 0.202 0.046 0.001 0.001 0.001 0.625 139 K 0.041 0.004 0.001 0.094 0.033 0.045 0.074 0.001 0.001 0.003 0.705 140 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.980 141 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.976 142 R 0.013 0.003 0.001 0.026 0.015 0.031 0.131 0.001 0.001 0.003 0.778 143 A 0.060 0.019 0.001 0.012 0.011 0.014 0.126 0.001 0.001 0.005 0.752 144 A 0.128 0.164 0.001 0.021 0.022 0.034 0.104 0.001 0.001 0.007 0.519 145 A 0.107 0.414 0.002 0.012 0.037 0.036 0.094 0.001 0.001 0.005 0.290 146 A 0.085 0.542 0.002 0.008 0.040 0.059 0.048 0.003 0.001 0.003 0.209 147 A 0.124 0.579 0.007 0.009 0.019 0.029 0.021 0.007 0.001 0.002 0.204 148 A 0.063 0.633 0.009 0.010 0.052 0.044 0.028 0.007 0.001 0.002 0.153 149 A 0.061 0.562 0.009 0.014 0.054 0.070 0.027 0.011 0.001 0.001 0.189 150 A 0.080 0.491 0.007 0.026 0.080 0.103 0.018 0.011 0.001 0.001 0.183 151 A 0.084 0.301 0.008 0.029 0.100 0.106 0.051 0.016 0.001 0.003 0.301 152 A 0.144 0.165 0.016 0.026 0.040 0.073 0.038 0.023 0.001 0.004 0.472 153 A 0.140 0.058 0.018 0.045 0.035 0.074 0.042 0.011 0.001 0.005 0.573 154 P 0.012 0.001 0.002 0.007 0.004 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.947 155 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.990 156 A 0.068 0.002 0.001 0.074 0.042 0.121 0.080 0.001 0.001 0.002 0.609 157 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.980 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.987 159 E 0.015 0.002 0.001 0.016 0.015 0.018 0.094 0.001 0.001 0.001 0.837 160 G 0.265 0.009 0.001 0.020 0.028 0.045 0.049 0.001 0.001 0.008 0.574 161 A 0.306 0.019 0.003 0.027 0.025 0.049 0.064 0.001 0.001 0.006 0.499 162 S 0.111 0.009 0.002 0.023 0.028 0.028 0.238 0.001 0.001 0.003 0.557 163 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.994 164 G 0.016 0.008 0.001 0.022 0.020 0.073 0.260 0.001 0.001 0.004 0.597 165 D 0.289 0.031 0.001 0.010 0.006 0.010 0.153 0.001 0.001 0.018 0.482 166 S 0.038 0.113 0.002 0.008 0.011 0.016 0.187 0.001 0.001 0.005 0.618 167 A 0.054 0.411 0.003 0.016 0.012 0.030 0.110 0.001 0.001 0.003 0.360 168 R 0.037 0.747 0.001 0.006 0.013 0.017 0.050 0.001 0.001 0.002 0.126 169 Q 0.070 0.818 0.001 0.001 0.004 0.005 0.030 0.003 0.001 0.001 0.067 170 K 0.075 0.851 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.001 0.001 0.049 171 L 0.041 0.839 0.017 0.003 0.004 0.007 0.003 0.009 0.001 0.001 0.076 172 E 0.024 0.712 0.015 0.004 0.014 0.008 0.023 0.012 0.001 0.001 0.188 173 E 0.095 0.557 0.006 0.003 0.004 0.005 0.033 0.033 0.001 0.001 0.263 174 T 0.139 0.713 0.009 0.003 0.001 0.005 0.013 0.021 0.001 0.001 0.097 175 S 0.064 0.492 0.016 0.011 0.003 0.006 0.016 0.009 0.001 0.005 0.378 176 A 0.020 0.409 0.071 0.007 0.002 0.002 0.079 0.003 0.001 0.003 0.404 177 C 0.045 0.493 0.006 0.004 0.001 0.002 0.212 0.002 0.001 0.003 0.232 178 L 0.025 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.060 179 A 0.006 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 180 A 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.028 181 A 0.012 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 182 L 0.015 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 183 Q 0.016 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.022 184 A 0.024 0.901 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.053 185 V 0.017 0.935 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.030 186 E 0.010 0.953 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.027 187 E 0.020 0.921 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.044 188 K 0.113 0.802 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 0.055 189 I 0.060 0.826 0.029 0.002 0.001 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.062 190 R 0.033 0.710 0.036 0.011 0.014 0.009 0.026 0.011 0.001 0.001 0.150 191 Q 0.057 0.610 0.008 0.009 0.012 0.011 0.026 0.021 0.001 0.001 0.245 192 E 0.104 0.429 0.004 0.008 0.006 0.012 0.024 0.029 0.001 0.001 0.385 193 D 0.196 0.263 0.011 0.015 0.015 0.023 0.068 0.026 0.001 0.005 0.378 194 A 0.384 0.178 0.038 0.020 0.013 0.017 0.050 0.016 0.001 0.008 0.275 195 Q 0.199 0.138 0.055 0.030 0.011 0.018 0.172 0.017 0.001 0.012 0.350 196 G 0.288 0.068 0.030 0.041 0.020 0.024 0.081 0.015 0.001 0.012 0.421 197 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.980 198 R 0.015 0.003 0.002 0.017 0.017 0.037 0.139 0.002 0.001 0.001 0.765 199 D 0.130 0.008 0.002 0.019 0.013 0.025 0.080 0.001 0.001 0.004 0.718 200 S 0.118 0.022 0.003 0.034 0.038 0.067 0.120 0.001 0.001 0.006 0.591