# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.21594 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.027 0.007 0.040 0.022 0.033 0.078 0.004 0.788 2 D 0.014 0.009 0.020 0.020 0.032 0.063 0.003 0.840 3 L 0.045 0.012 0.025 0.018 0.045 0.060 0.004 0.790 4 A 0.073 0.021 0.028 0.026 0.040 0.416 0.014 0.383 5 H 0.338 0.021 0.012 0.009 0.022 0.270 0.041 0.287 6 L 0.512 0.053 0.023 0.017 0.030 0.048 0.013 0.303 7 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.992 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 L 0.149 0.003 0.023 0.059 0.161 0.051 0.011 0.544 10 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 11 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.989 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 13 E 0.034 0.001 0.007 0.014 0.031 0.103 0.002 0.809 14 G 0.452 0.003 0.009 0.009 0.011 0.047 0.006 0.462 15 E 0.216 0.013 0.018 0.023 0.028 0.124 0.004 0.573 16 A 0.042 0.007 0.009 0.014 0.026 0.057 0.004 0.841 17 R 0.128 0.040 0.036 0.058 0.121 0.154 0.021 0.443 18 K 0.116 0.018 0.023 0.072 0.058 0.073 0.010 0.631 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 20 A 0.033 0.004 0.031 0.073 0.245 0.103 0.010 0.501 21 K 0.185 0.007 0.041 0.083 0.096 0.054 0.011 0.523 22 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.991 23 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.992 24 V 0.086 0.002 0.045 0.068 0.136 0.097 0.005 0.562 25 S 0.066 0.003 0.033 0.079 0.083 0.064 0.005 0.667 26 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 27 K 0.039 0.001 0.053 0.054 0.081 0.603 0.003 0.167 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 29 V 0.022 0.013 0.139 0.108 0.238 0.167 0.005 0.308 30 L 0.169 0.023 0.118 0.113 0.129 0.101 0.010 0.337 31 T 0.122 0.035 0.061 0.091 0.297 0.047 0.025 0.321 32 Q 0.228 0.008 0.111 0.186 0.246 0.062 0.010 0.151 33 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 34 V 0.014 0.002 0.055 0.128 0.374 0.073 0.004 0.350 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 36 K 0.015 0.004 0.018 0.029 0.096 0.055 0.003 0.780 37 L 0.262 0.020 0.070 0.042 0.032 0.072 0.008 0.494 38 Q 0.086 0.021 0.050 0.029 0.034 0.113 0.018 0.649 39 G 0.182 0.026 0.078 0.039 0.048 0.061 0.040 0.527 40 S 0.122 0.006 0.070 0.027 0.034 0.102 0.007 0.631 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 42 T 0.026 0.003 0.053 0.088 0.216 0.176 0.004 0.433 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 44 T 0.024 0.003 0.027 0.050 0.154 0.261 0.002 0.477 45 S 0.267 0.008 0.027 0.029 0.036 0.137 0.006 0.491 46 K 0.189 0.029 0.053 0.051 0.081 0.136 0.013 0.450 47 K 0.124 0.017 0.027 0.021 0.041 0.245 0.017 0.507 48 V 0.205 0.019 0.150 0.113 0.097 0.096 0.020 0.299 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 50 L 0.018 0.003 0.091 0.121 0.300 0.085 0.006 0.376 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 52 G 0.027 0.003 0.027 0.050 0.121 0.152 0.004 0.615 53 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.988 54 G 0.043 0.006 0.018 0.026 0.045 0.099 0.015 0.748 55 S 0.352 0.002 0.014 0.015 0.020 0.108 0.006 0.483 56 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 57 E 0.019 0.002 0.022 0.087 0.173 0.325 0.004 0.368 58 V 0.057 0.002 0.014 0.012 0.025 0.027 0.001 0.861 59 K 0.025 0.027 0.072 0.235 0.295 0.070 0.002 0.274 60 R 0.031 0.035 0.043 0.109 0.160 0.085 0.004 0.532 61 A 0.064 0.079 0.117 0.123 0.214 0.047 0.010 0.346 62 H 0.057 0.063 0.059 0.130 0.126 0.084 0.018 0.463 63 G 0.156 0.024 0.036 0.041 0.063 0.068 0.070 0.541 64 T 0.169 0.021 0.117 0.049 0.080 0.096 0.028 0.440 65 P 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.001 0.985 66 P 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.007 0.001 0.981 67 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.990 68 V 0.105 0.003 0.047 0.075 0.149 0.085 0.005 0.532 69 S 0.087 0.005 0.073 0.137 0.135 0.046 0.005 0.512 70 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 71 K 0.036 0.001 0.023 0.028 0.062 0.732 0.003 0.115 72 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 73 P 0.004 0.001 0.009 0.013 0.029 0.045 0.001 0.897 74 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 75 P 0.005 0.001 0.002 0.004 0.006 0.008 0.001 0.973 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 77 T 0.074 0.001 0.019 0.038 0.086 0.085 0.005 0.691 78 A 0.401 0.002 0.053 0.061 0.070 0.052 0.006 0.355 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 80 K 0.042 0.002 0.105 0.191 0.218 0.126 0.003 0.314 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 82 V 0.009 0.003 0.079 0.109 0.409 0.093 0.002 0.296 83 K 0.105 0.019 0.068 0.097 0.085 0.080 0.004 0.541 84 A 0.056 0.044 0.081 0.060 0.148 0.074 0.008 0.531 85 V 0.113 0.096 0.119 0.097 0.148 0.108 0.008 0.310 86 A 0.060 0.106 0.095 0.085 0.094 0.066 0.023 0.472 87 G 0.128 0.047 0.044 0.028 0.060 0.058 0.060 0.574 88 L 0.316 0.030 0.143 0.057 0.061 0.056 0.028 0.309 89 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 90 S 0.010 0.006 0.028 0.030 0.078 0.065 0.004 0.779 91 G 0.153 0.012 0.066 0.033 0.032 0.077 0.014 0.612 92 S 0.132 0.009 0.031 0.020 0.035 0.282 0.011 0.481 93 A 0.142 0.014 0.053 0.024 0.036 0.091 0.012 0.629 94 G 0.063 0.008 0.019 0.017 0.032 0.507 0.006 0.348 95 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 96 S 0.039 0.009 0.034 0.052 0.101 0.336 0.006 0.421 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 98 A 0.062 0.004 0.080 0.082 0.185 0.236 0.006 0.346 99 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 100 S 0.031 0.004 0.092 0.079 0.152 0.147 0.003 0.492 101 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 102 A 0.025 0.002 0.021 0.020 0.083 0.276 0.003 0.570 103 R 0.378 0.005 0.008 0.006 0.012 0.245 0.015 0.330 104 Q 0.554 0.040 0.022 0.015 0.024 0.052 0.015 0.278 105 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 106 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 107 A 0.026 0.004 0.013 0.035 0.107 0.077 0.004 0.733 108 A 0.404 0.010 0.015 0.016 0.022 0.038 0.010 0.485 109 L 0.411 0.041 0.075 0.074 0.079 0.049 0.008 0.263 110 A 0.171 0.037 0.080 0.047 0.074 0.049 0.010 0.533 111 K 0.103 0.028 0.176 0.089 0.132 0.060 0.018 0.394 112 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.990 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.994 114 G 0.059 0.004 0.019 0.023 0.049 0.135 0.014 0.698 115 T 0.442 0.005 0.028 0.016 0.024 0.065 0.015 0.404 116 P 0.006 0.001 0.003 0.004 0.003 0.012 0.001 0.970 117 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 118 S 0.028 0.004 0.021 0.022 0.043 0.211 0.005 0.667 119 L 0.311 0.010 0.018 0.016 0.031 0.117 0.008 0.489 120 G 0.090 0.028 0.027 0.031 0.045 0.084 0.005 0.689 121 A 0.136 0.021 0.029 0.022 0.048 0.145 0.014 0.585 122 S 0.131 0.024 0.025 0.040 0.044 0.132 0.010 0.594 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 124 A 0.019 0.004 0.008 0.015 0.053 0.636 0.008 0.257 125 K 0.572 0.010 0.014 0.012 0.017 0.105 0.023 0.247 126 P 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.985 127 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 128 S 0.050 0.003 0.026 0.046 0.111 0.207 0.004 0.552 129 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 130 G 0.045 0.003 0.008 0.014 0.044 0.559 0.007 0.319 131 A 0.775 0.002 0.006 0.005 0.007 0.082 0.005 0.116 132 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 133 A 0.010 0.003 0.010 0.030 0.070 0.132 0.003 0.743 134 L 0.216 0.009 0.020 0.028 0.055 0.095 0.015 0.563 135 H 0.188 0.019 0.017 0.045 0.102 0.084 0.020 0.526 136 V 0.175 0.009 0.035 0.086 0.074 0.066 0.006 0.550 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 138 A 0.016 0.001 0.021 0.039 0.152 0.056 0.005 0.711 139 K 0.137 0.007 0.070 0.096 0.104 0.049 0.010 0.528 140 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 141 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 142 R 0.030 0.002 0.030 0.031 0.090 0.174 0.002 0.640 143 A 0.127 0.015 0.015 0.017 0.026 0.104 0.004 0.692 144 A 0.117 0.170 0.029 0.038 0.069 0.102 0.005 0.469 145 A 0.193 0.342 0.027 0.025 0.047 0.106 0.007 0.253 146 A 0.171 0.509 0.026 0.035 0.051 0.069 0.016 0.122 147 A 0.149 0.596 0.019 0.040 0.045 0.022 0.024 0.106 148 A 0.156 0.549 0.046 0.060 0.067 0.017 0.029 0.077 149 A 0.118 0.393 0.056 0.091 0.107 0.035 0.036 0.163 150 A 0.094 0.255 0.085 0.085 0.117 0.033 0.028 0.304 151 A 0.069 0.230 0.097 0.123 0.111 0.059 0.027 0.284 152 A 0.096 0.084 0.069 0.038 0.068 0.080 0.050 0.516 153 A 0.151 0.081 0.073 0.034 0.052 0.055 0.037 0.518 154 P 0.011 0.004 0.011 0.010 0.007 0.017 0.003 0.936 155 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 156 A 0.062 0.005 0.053 0.053 0.124 0.071 0.012 0.620 157 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 159 E 0.062 0.002 0.027 0.027 0.048 0.128 0.003 0.702 160 G 0.484 0.003 0.019 0.009 0.011 0.040 0.009 0.425 161 A 0.284 0.012 0.067 0.024 0.036 0.064 0.007 0.507 162 S 0.084 0.011 0.035 0.036 0.050 0.182 0.004 0.599 163 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 164 G 0.010 0.007 0.008 0.010 0.041 0.399 0.003 0.522 165 D 0.277 0.015 0.005 0.004 0.007 0.178 0.009 0.505 166 S 0.078 0.186 0.007 0.010 0.012 0.146 0.004 0.557 167 A 0.096 0.335 0.011 0.014 0.042 0.138 0.006 0.358 168 R 0.067 0.591 0.011 0.013 0.027 0.102 0.006 0.182 169 Q 0.032 0.850 0.004 0.011 0.012 0.025 0.005 0.062 170 K 0.021 0.902 0.004 0.005 0.006 0.005 0.004 0.054 171 L 0.018 0.904 0.007 0.007 0.013 0.006 0.005 0.040 172 E 0.021 0.836 0.013 0.010 0.014 0.020 0.009 0.077 173 E 0.042 0.823 0.011 0.005 0.007 0.018 0.010 0.083 174 T 0.029 0.895 0.010 0.003 0.003 0.008 0.007 0.045 175 S 0.035 0.727 0.015 0.005 0.006 0.018 0.014 0.181 176 A 0.046 0.538 0.019 0.005 0.008 0.118 0.012 0.255 177 C 0.067 0.516 0.006 0.002 0.005 0.242 0.010 0.152 178 L 0.028 0.891 0.002 0.001 0.002 0.026 0.003 0.048 179 A 0.006 0.948 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.036 180 A 0.013 0.922 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.048 181 A 0.018 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.017 182 L 0.017 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 183 Q 0.011 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 184 A 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 185 V 0.011 0.942 0.003 0.001 0.002 0.003 0.004 0.034 186 E 0.004 0.967 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.020 187 E 0.003 0.977 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 188 K 0.016 0.945 0.003 0.001 0.001 0.003 0.007 0.025 189 I 0.013 0.949 0.006 0.003 0.003 0.002 0.003 0.020 190 R 0.020 0.849 0.014 0.010 0.012 0.013 0.009 0.072 191 Q 0.063 0.695 0.018 0.011 0.016 0.022 0.021 0.154 192 E 0.059 0.707 0.020 0.009 0.009 0.024 0.015 0.157 193 D 0.038 0.544 0.015 0.014 0.011 0.028 0.026 0.324 194 A 0.212 0.196 0.034 0.017 0.022 0.039 0.051 0.428 195 Q 0.198 0.095 0.046 0.017 0.032 0.247 0.052 0.315 196 G 0.288 0.049 0.016 0.018 0.027 0.108 0.018 0.475 197 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 198 R 0.014 0.008 0.011 0.016 0.035 0.145 0.004 0.767 199 D 0.128 0.008 0.011 0.007 0.011 0.052 0.008 0.775 200 S 0.117 0.029 0.016 0.022 0.043 0.086 0.006 0.681