# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.21594 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.066 0.028 0.007 0.036 0.036 0.035 0.162 0.008 0.002 0.030 0.590 2 D 0.402 0.032 0.003 0.017 0.017 0.041 0.076 0.026 0.001 0.025 0.361 3 L 0.583 0.004 0.001 0.021 0.019 0.025 0.041 0.008 0.001 0.023 0.274 4 A 0.013 0.001 0.001 0.034 0.021 0.024 0.139 0.001 0.001 0.011 0.755 5 H 0.015 0.003 0.001 0.020 0.022 0.049 0.097 0.002 0.001 0.010 0.783 6 L 0.163 0.002 0.001 0.011 0.041 0.032 0.096 0.006 0.001 0.037 0.611 7 P 0.147 0.002 0.001 0.028 0.041 0.043 0.118 0.003 0.001 0.044 0.575 8 P 0.012 0.001 0.001 0.022 0.009 0.014 0.075 0.001 0.001 0.014 0.854 9 L 0.011 0.001 0.001 0.076 0.021 0.030 0.147 0.001 0.001 0.032 0.683 10 P 0.015 0.002 0.001 0.025 0.010 0.016 0.183 0.001 0.001 0.019 0.729 11 P 0.307 0.014 0.001 0.013 0.007 0.008 0.059 0.004 0.001 0.034 0.553 12 P 0.381 0.014 0.001 0.015 0.008 0.008 0.086 0.003 0.001 0.028 0.457 13 E 0.033 0.030 0.001 0.009 0.004 0.010 0.108 0.001 0.001 0.016 0.788 14 G 0.148 0.045 0.001 0.009 0.013 0.022 0.080 0.007 0.001 0.044 0.630 15 E 0.344 0.028 0.002 0.013 0.044 0.047 0.093 0.007 0.001 0.075 0.346 16 A 0.043 0.009 0.001 0.009 0.034 0.052 0.090 0.002 0.001 0.025 0.735 17 R 0.078 0.015 0.001 0.011 0.063 0.058 0.103 0.003 0.001 0.024 0.643 18 K 0.163 0.006 0.001 0.013 0.055 0.121 0.104 0.003 0.001 0.045 0.488 19 P 0.025 0.002 0.001 0.011 0.030 0.043 0.096 0.001 0.001 0.026 0.765 20 A 0.017 0.003 0.001 0.023 0.039 0.061 0.129 0.001 0.001 0.031 0.696 21 K 0.028 0.002 0.001 0.022 0.044 0.060 0.119 0.001 0.001 0.051 0.673 22 P 0.034 0.001 0.001 0.063 0.038 0.054 0.101 0.001 0.001 0.049 0.658 23 P 0.008 0.003 0.001 0.083 0.024 0.034 0.155 0.001 0.001 0.023 0.670 24 V 0.005 0.009 0.001 0.049 0.018 0.024 0.128 0.001 0.001 0.020 0.744 25 S 0.181 0.229 0.001 0.038 0.013 0.022 0.070 0.009 0.001 0.056 0.380 26 P 0.089 0.323 0.001 0.023 0.011 0.008 0.051 0.003 0.001 0.062 0.428 27 K 0.032 0.036 0.003 0.033 0.012 0.020 0.116 0.004 0.001 0.439 0.304 28 P 0.102 0.122 0.018 0.068 0.020 0.048 0.112 0.007 0.003 0.163 0.336 29 V 0.140 0.020 0.005 0.074 0.055 0.065 0.073 0.009 0.001 0.085 0.472 30 L 0.028 0.010 0.002 0.097 0.082 0.137 0.065 0.005 0.001 0.034 0.539 31 T 0.014 0.006 0.001 0.074 0.068 0.079 0.087 0.002 0.001 0.033 0.636 32 Q 0.022 0.005 0.002 0.071 0.081 0.086 0.218 0.003 0.001 0.039 0.471 33 P 0.040 0.009 0.001 0.030 0.019 0.023 0.150 0.003 0.001 0.024 0.701 34 V 0.120 0.010 0.002 0.047 0.034 0.036 0.104 0.005 0.001 0.050 0.590 35 P 0.069 0.009 0.002 0.040 0.026 0.038 0.167 0.004 0.001 0.040 0.605 36 K 0.132 0.006 0.001 0.044 0.013 0.035 0.056 0.004 0.001 0.047 0.661 37 L 0.068 0.002 0.001 0.066 0.024 0.028 0.134 0.002 0.001 0.048 0.626 38 Q 0.006 0.003 0.001 0.036 0.014 0.026 0.109 0.001 0.001 0.016 0.789 39 G 0.031 0.005 0.001 0.029 0.025 0.027 0.084 0.003 0.001 0.040 0.757 40 S 0.096 0.008 0.001 0.069 0.056 0.062 0.115 0.004 0.001 0.067 0.522 41 P 0.012 0.005 0.001 0.020 0.011 0.014 0.157 0.001 0.001 0.040 0.739 42 T 0.069 0.014 0.002 0.065 0.039 0.053 0.140 0.003 0.001 0.101 0.514 43 P 0.154 0.018 0.001 0.026 0.015 0.022 0.140 0.004 0.001 0.054 0.566 44 T 0.218 0.021 0.001 0.018 0.019 0.036 0.055 0.003 0.001 0.030 0.598 45 S 0.072 0.003 0.001 0.013 0.014 0.024 0.124 0.001 0.001 0.045 0.703 46 K 0.023 0.003 0.001 0.042 0.033 0.070 0.076 0.001 0.001 0.047 0.704 47 K 0.008 0.001 0.001 0.014 0.019 0.018 0.122 0.001 0.001 0.065 0.754 48 V 0.017 0.002 0.001 0.046 0.058 0.056 0.196 0.001 0.001 0.059 0.563 49 P 0.017 0.001 0.001 0.027 0.011 0.013 0.078 0.001 0.001 0.071 0.783 50 L 0.053 0.007 0.001 0.051 0.030 0.034 0.146 0.002 0.001 0.129 0.547 51 P 0.017 0.005 0.001 0.016 0.005 0.009 0.098 0.001 0.001 0.020 0.828 52 G 0.196 0.013 0.001 0.046 0.009 0.019 0.067 0.003 0.001 0.271 0.376 53 P 0.021 0.015 0.001 0.023 0.012 0.013 0.172 0.001 0.001 0.031 0.712 54 G 0.024 0.081 0.001 0.011 0.005 0.008 0.086 0.003 0.001 0.049 0.732 55 S 0.333 0.389 0.001 0.006 0.006 0.006 0.036 0.008 0.001 0.046 0.167 56 P 0.040 0.425 0.001 0.007 0.009 0.009 0.069 0.002 0.001 0.056 0.381 57 E 0.042 0.402 0.003 0.013 0.011 0.024 0.074 0.004 0.001 0.123 0.305 58 V 0.108 0.263 0.015 0.015 0.024 0.025 0.070 0.010 0.005 0.217 0.248 59 K 0.248 0.079 0.060 0.023 0.032 0.027 0.084 0.014 0.014 0.125 0.293 60 R 0.408 0.022 0.004 0.010 0.010 0.025 0.052 0.014 0.003 0.032 0.421 61 A 0.248 0.003 0.001 0.017 0.016 0.019 0.072 0.006 0.001 0.040 0.578 62 H 0.009 0.001 0.001 0.025 0.014 0.021 0.162 0.001 0.001 0.015 0.752 63 G 0.014 0.001 0.001 0.031 0.014 0.039 0.090 0.001 0.001 0.025 0.785 64 T 0.021 0.001 0.001 0.026 0.036 0.026 0.176 0.002 0.001 0.028 0.683 65 P 0.027 0.001 0.001 0.045 0.028 0.033 0.124 0.001 0.001 0.047 0.692 66 P 0.039 0.001 0.001 0.107 0.021 0.027 0.111 0.001 0.001 0.070 0.622 67 P 0.010 0.002 0.001 0.132 0.020 0.035 0.152 0.001 0.001 0.031 0.617 68 V 0.011 0.003 0.001 0.058 0.011 0.018 0.106 0.001 0.001 0.032 0.759 69 S 0.269 0.020 0.001 0.072 0.024 0.036 0.076 0.007 0.001 0.117 0.378 70 P 0.067 0.005 0.001 0.040 0.013 0.014 0.138 0.002 0.001 0.060 0.660 71 K 0.050 0.002 0.001 0.060 0.008 0.017 0.125 0.002 0.001 0.109 0.626 72 P 0.038 0.001 0.001 0.049 0.008 0.010 0.134 0.001 0.001 0.059 0.699 73 P 0.013 0.001 0.001 0.033 0.009 0.010 0.200 0.001 0.001 0.028 0.704 74 P 0.061 0.003 0.001 0.020 0.006 0.010 0.114 0.003 0.001 0.034 0.749 75 P 0.253 0.003 0.001 0.034 0.016 0.016 0.106 0.005 0.001 0.079 0.486 76 P 0.030 0.003 0.001 0.037 0.006 0.011 0.133 0.001 0.001 0.018 0.760 77 T 0.031 0.006 0.001 0.045 0.009 0.016 0.082 0.002 0.001 0.037 0.770 78 A 0.038 0.009 0.001 0.049 0.028 0.028 0.215 0.004 0.001 0.036 0.591 79 P 0.024 0.047 0.001 0.033 0.015 0.016 0.140 0.002 0.001 0.038 0.684 80 K 0.132 0.114 0.007 0.057 0.046 0.032 0.135 0.016 0.001 0.061 0.399 81 P 0.222 0.192 0.003 0.024 0.012 0.023 0.092 0.015 0.001 0.034 0.382 82 V 0.349 0.130 0.004 0.036 0.011 0.017 0.056 0.012 0.002 0.049 0.333 83 K 0.074 0.054 0.011 0.051 0.031 0.032 0.138 0.011 0.003 0.052 0.544 84 A 0.239 0.043 0.004 0.024 0.018 0.038 0.074 0.023 0.002 0.046 0.488 85 V 0.277 0.005 0.001 0.031 0.028 0.025 0.086 0.012 0.001 0.065 0.469 86 A 0.008 0.002 0.001 0.042 0.023 0.020 0.132 0.001 0.001 0.024 0.747 87 G 0.015 0.004 0.001 0.046 0.020 0.032 0.122 0.003 0.001 0.039 0.718 88 L 0.091 0.006 0.001 0.041 0.034 0.030 0.111 0.008 0.001 0.087 0.590 89 P 0.071 0.007 0.001 0.054 0.017 0.016 0.156 0.003 0.001 0.100 0.576 90 S 0.034 0.008 0.001 0.073 0.019 0.030 0.126 0.002 0.001 0.074 0.634 91 G 0.047 0.006 0.001 0.067 0.017 0.023 0.114 0.003 0.001 0.101 0.619 92 S 0.093 0.006 0.001 0.075 0.031 0.054 0.099 0.003 0.001 0.164 0.473 93 A 0.015 0.002 0.001 0.035 0.014 0.013 0.144 0.001 0.001 0.060 0.716 94 G 0.054 0.005 0.001 0.053 0.026 0.040 0.147 0.002 0.001 0.124 0.547 95 P 0.038 0.002 0.001 0.017 0.012 0.013 0.130 0.001 0.001 0.058 0.728 96 S 0.108 0.004 0.001 0.054 0.027 0.041 0.116 0.003 0.001 0.118 0.528 97 P 0.023 0.001 0.001 0.029 0.009 0.012 0.128 0.001 0.001 0.035 0.761 98 A 0.018 0.003 0.001 0.066 0.017 0.022 0.277 0.001 0.001 0.042 0.554 99 P 0.020 0.008 0.001 0.016 0.007 0.009 0.182 0.002 0.001 0.017 0.739 100 S 0.592 0.047 0.001 0.008 0.012 0.013 0.042 0.019 0.001 0.037 0.230 101 P 0.644 0.010 0.001 0.007 0.005 0.009 0.034 0.009 0.001 0.018 0.264 102 A 0.074 0.007 0.001 0.034 0.010 0.017 0.087 0.003 0.001 0.033 0.734 103 R 0.010 0.007 0.001 0.026 0.016 0.021 0.175 0.002 0.001 0.013 0.728 104 Q 0.034 0.064 0.004 0.016 0.030 0.022 0.190 0.010 0.001 0.022 0.607 105 P 0.469 0.122 0.004 0.011 0.024 0.018 0.082 0.031 0.001 0.028 0.209 106 P 0.410 0.119 0.003 0.012 0.016 0.018 0.062 0.012 0.001 0.025 0.322 107 A 0.237 0.044 0.005 0.035 0.013 0.030 0.093 0.013 0.002 0.051 0.476 108 A 0.109 0.011 0.003 0.052 0.026 0.050 0.072 0.013 0.001 0.051 0.612 109 L 0.052 0.002 0.001 0.078 0.032 0.034 0.098 0.004 0.001 0.069 0.628 110 A 0.004 0.001 0.001 0.042 0.035 0.021 0.156 0.001 0.001 0.016 0.723 111 K 0.019 0.003 0.001 0.030 0.021 0.019 0.131 0.004 0.001 0.024 0.748 112 P 0.516 0.004 0.001 0.028 0.012 0.017 0.062 0.011 0.001 0.062 0.288 113 P 0.039 0.003 0.001 0.081 0.013 0.015 0.126 0.001 0.001 0.020 0.702 114 G 0.011 0.002 0.001 0.114 0.008 0.024 0.132 0.001 0.001 0.026 0.683 115 T 0.034 0.007 0.001 0.039 0.014 0.017 0.167 0.003 0.001 0.028 0.690 116 P 0.226 0.005 0.001 0.034 0.016 0.019 0.131 0.005 0.001 0.066 0.497 117 P 0.149 0.007 0.001 0.025 0.012 0.012 0.120 0.003 0.001 0.045 0.626 118 S 0.109 0.005 0.001 0.022 0.011 0.017 0.065 0.003 0.001 0.027 0.739 119 L 0.041 0.002 0.001 0.027 0.008 0.011 0.116 0.001 0.001 0.056 0.737 120 G 0.011 0.005 0.001 0.039 0.020 0.030 0.191 0.001 0.001 0.032 0.671 121 A 0.020 0.013 0.001 0.012 0.017 0.014 0.151 0.002 0.001 0.036 0.734 122 S 0.461 0.016 0.001 0.021 0.032 0.040 0.041 0.007 0.001 0.143 0.240 123 P 0.049 0.005 0.001 0.030 0.014 0.020 0.123 0.001 0.001 0.090 0.668 124 A 0.015 0.004 0.001 0.052 0.018 0.036 0.118 0.001 0.001 0.083 0.672 125 K 0.038 0.002 0.001 0.027 0.017 0.017 0.093 0.001 0.001 0.107 0.699 126 P 0.049 0.003 0.001 0.041 0.029 0.029 0.184 0.002 0.001 0.110 0.552 127 P 0.011 0.003 0.001 0.010 0.006 0.007 0.130 0.001 0.001 0.014 0.818 128 S 0.409 0.008 0.001 0.032 0.013 0.021 0.063 0.007 0.001 0.141 0.306 129 P 0.034 0.005 0.001 0.029 0.008 0.011 0.208 0.001 0.001 0.024 0.680 130 G 0.017 0.013 0.001 0.033 0.007 0.015 0.130 0.001 0.001 0.037 0.746 131 A 0.274 0.023 0.003 0.018 0.024 0.022 0.125 0.014 0.001 0.057 0.440 132 P 0.477 0.013 0.001 0.010 0.011 0.016 0.091 0.005 0.001 0.043 0.332 133 A 0.097 0.004 0.001 0.019 0.010 0.015 0.101 0.002 0.001 0.038 0.714 134 L 0.025 0.005 0.001 0.029 0.028 0.035 0.161 0.002 0.001 0.018 0.697 135 H 0.050 0.006 0.001 0.013 0.018 0.030 0.091 0.005 0.001 0.020 0.767 136 V 0.196 0.008 0.001 0.021 0.050 0.041 0.094 0.008 0.001 0.034 0.546 137 P 0.036 0.004 0.001 0.029 0.028 0.034 0.117 0.002 0.001 0.029 0.721 138 A 0.011 0.008 0.001 0.036 0.019 0.023 0.127 0.001 0.001 0.018 0.756 139 K 0.034 0.044 0.002 0.039 0.023 0.024 0.128 0.006 0.001 0.026 0.675 140 P 0.167 0.113 0.003 0.028 0.020 0.026 0.098 0.019 0.001 0.066 0.458 141 P 0.167 0.218 0.004 0.023 0.014 0.014 0.082 0.013 0.001 0.045 0.419 142 R 0.135 0.335 0.006 0.030 0.009 0.012 0.060 0.013 0.002 0.049 0.349 143 A 0.090 0.318 0.010 0.026 0.010 0.014 0.078 0.019 0.004 0.060 0.370 144 A 0.100 0.402 0.010 0.024 0.013 0.020 0.061 0.020 0.004 0.070 0.277 145 A 0.070 0.380 0.015 0.031 0.028 0.017 0.057 0.019 0.004 0.087 0.291 146 A 0.067 0.316 0.015 0.046 0.033 0.036 0.084 0.021 0.005 0.094 0.284 147 A 0.090 0.222 0.016 0.055 0.026 0.037 0.088 0.017 0.007 0.102 0.339 148 A 0.069 0.107 0.025 0.082 0.052 0.042 0.091 0.019 0.008 0.088 0.417 149 A 0.155 0.069 0.014 0.053 0.033 0.046 0.102 0.029 0.007 0.086 0.408 150 A 0.241 0.017 0.005 0.052 0.024 0.030 0.078 0.016 0.003 0.071 0.462 151 A 0.042 0.004 0.002 0.053 0.019 0.021 0.109 0.004 0.001 0.043 0.704 152 A 0.022 0.004 0.001 0.039 0.014 0.023 0.104 0.003 0.001 0.029 0.759 153 A 0.055 0.002 0.001 0.029 0.020 0.024 0.115 0.006 0.001 0.051 0.697 154 P 0.071 0.002 0.001 0.057 0.020 0.024 0.116 0.002 0.001 0.052 0.656 155 P 0.011 0.001 0.001 0.046 0.009 0.010 0.170 0.001 0.001 0.028 0.725 156 A 0.013 0.002 0.001 0.043 0.011 0.015 0.168 0.001 0.001 0.026 0.719 157 P 0.226 0.007 0.001 0.025 0.008 0.012 0.109 0.006 0.001 0.070 0.537 158 P 0.336 0.007 0.001 0.024 0.009 0.012 0.072 0.005 0.001 0.055 0.478 159 E 0.033 0.002 0.001 0.035 0.007 0.010 0.117 0.001 0.001 0.057 0.739 160 G 0.016 0.006 0.001 0.053 0.014 0.028 0.175 0.001 0.001 0.063 0.643 161 A 0.024 0.010 0.001 0.020 0.014 0.013 0.146 0.003 0.001 0.045 0.724 162 S 0.247 0.055 0.001 0.019 0.023 0.019 0.070 0.007 0.001 0.152 0.406 163 P 0.067 0.128 0.001 0.010 0.011 0.009 0.091 0.003 0.001 0.047 0.633 164 G 0.035 0.517 0.001 0.009 0.007 0.010 0.054 0.003 0.001 0.054 0.310 165 D 0.065 0.575 0.002 0.007 0.014 0.020 0.037 0.006 0.001 0.098 0.174 166 S 0.042 0.721 0.003 0.004 0.012 0.012 0.027 0.004 0.001 0.078 0.096 167 A 0.048 0.732 0.005 0.004 0.015 0.019 0.021 0.006 0.002 0.043 0.104 168 R 0.055 0.708 0.004 0.005 0.018 0.022 0.017 0.005 0.002 0.038 0.127 169 Q 0.043 0.505 0.004 0.007 0.026 0.034 0.030 0.005 0.002 0.082 0.261 170 K 0.036 0.123 0.005 0.009 0.033 0.038 0.065 0.008 0.003 0.414 0.266 171 L 0.067 0.123 0.013 0.020 0.033 0.033 0.079 0.007 0.007 0.342 0.277 172 E 0.065 0.161 0.006 0.024 0.022 0.020 0.081 0.005 0.003 0.081 0.533 173 E 0.026 0.238 0.004 0.014 0.010 0.012 0.059 0.006 0.002 0.050 0.579 174 T 0.069 0.509 0.003 0.006 0.006 0.008 0.046 0.011 0.003 0.065 0.274 175 S 0.042 0.853 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.019 0.065 176 A 0.026 0.829 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.033 0.089 177 C 0.013 0.893 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.027 0.050 178 L 0.024 0.907 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.020 0.032 179 A 0.033 0.870 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.004 0.029 0.047 180 A 0.017 0.933 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.012 0.028 181 A 0.019 0.893 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.027 0.046 182 L 0.015 0.921 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.023 0.027 183 Q 0.017 0.888 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.034 0.043 184 A 0.023 0.763 0.016 0.002 0.001 0.001 0.014 0.005 0.008 0.079 0.088 185 V 0.051 0.823 0.011 0.002 0.001 0.001 0.010 0.006 0.007 0.031 0.058 186 E 0.077 0.607 0.010 0.004 0.002 0.002 0.021 0.008 0.007 0.062 0.201 187 E 0.038 0.482 0.010 0.009 0.004 0.005 0.043 0.007 0.007 0.084 0.310 188 K 0.041 0.472 0.010 0.013 0.005 0.007 0.049 0.008 0.006 0.094 0.296 189 I 0.070 0.310 0.019 0.021 0.009 0.010 0.072 0.016 0.009 0.110 0.355 190 R 0.095 0.293 0.011 0.023 0.008 0.012 0.060 0.012 0.008 0.063 0.414 191 Q 0.144 0.147 0.008 0.021 0.010 0.015 0.066 0.015 0.006 0.077 0.492 192 E 0.126 0.076 0.009 0.020 0.012 0.013 0.078 0.015 0.006 0.072 0.574 193 D 0.277 0.038 0.005 0.020 0.008 0.015 0.083 0.011 0.004 0.074 0.465 194 A 0.064 0.011 0.002 0.014 0.009 0.014 0.091 0.004 0.001 0.028 0.763 195 Q 0.027 0.010 0.001 0.012 0.009 0.011 0.097 0.002 0.001 0.024 0.806 196 G 0.116 0.010 0.001 0.014 0.018 0.033 0.106 0.006 0.001 0.072 0.623 197 P 0.065 0.005 0.001 0.012 0.015 0.018 0.120 0.002 0.001 0.044 0.718 198 R 0.047 0.005 0.001 0.020 0.017 0.027 0.101 0.002 0.001 0.032 0.748 199 D 0.025 0.006 0.001 0.016 0.020 0.029 0.119 0.001 0.001 0.025 0.758 200 S 0.028 0.014 0.001 0.022 0.034 0.053 0.135 0.001 0.001 0.042 0.671