# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.21594 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.831 0.107 0.048 0.012 0.002 0.001 0.001 2 D 0.748 0.159 0.073 0.015 0.004 0.001 0.001 3 L 0.480 0.241 0.167 0.082 0.024 0.005 0.001 4 A 0.654 0.205 0.103 0.030 0.007 0.002 0.001 5 H 0.559 0.288 0.102 0.038 0.011 0.002 0.001 6 L 0.266 0.174 0.199 0.238 0.103 0.019 0.001 7 P 0.677 0.197 0.092 0.027 0.006 0.001 0.001 8 P 0.649 0.252 0.077 0.017 0.004 0.001 0.001 9 L 0.235 0.202 0.215 0.223 0.106 0.018 0.001 10 P 0.441 0.311 0.159 0.068 0.018 0.003 0.001 11 P 0.527 0.247 0.126 0.078 0.019 0.002 0.001 12 P 0.740 0.174 0.064 0.018 0.004 0.001 0.001 13 E 0.758 0.174 0.056 0.010 0.002 0.001 0.001 14 G 0.568 0.242 0.112 0.060 0.015 0.002 0.001 15 E 0.634 0.246 0.083 0.028 0.007 0.001 0.001 16 A 0.318 0.283 0.201 0.124 0.062 0.013 0.001 17 R 0.253 0.225 0.237 0.176 0.089 0.019 0.001 18 K 0.318 0.358 0.141 0.131 0.042 0.010 0.001 19 P 0.263 0.232 0.208 0.154 0.107 0.034 0.003 20 A 0.129 0.125 0.182 0.227 0.208 0.115 0.015 21 K 0.137 0.170 0.222 0.234 0.151 0.073 0.014 22 P 0.200 0.252 0.200 0.173 0.104 0.058 0.012 23 P 0.161 0.181 0.201 0.176 0.145 0.109 0.028 24 V 0.106 0.116 0.147 0.197 0.196 0.179 0.058 25 S 0.102 0.158 0.178 0.204 0.176 0.132 0.048 26 P 0.100 0.137 0.149 0.182 0.177 0.174 0.081 27 K 0.062 0.076 0.115 0.189 0.233 0.224 0.100 28 P 0.080 0.136 0.157 0.191 0.181 0.181 0.075 29 V 0.068 0.092 0.144 0.192 0.222 0.205 0.077 30 L 0.042 0.046 0.054 0.112 0.234 0.359 0.152 31 T 0.083 0.136 0.193 0.231 0.190 0.131 0.036 32 Q 0.157 0.187 0.202 0.206 0.138 0.089 0.021 33 P 0.173 0.245 0.233 0.171 0.107 0.062 0.010 34 V 0.102 0.112 0.148 0.246 0.241 0.132 0.019 35 P 0.293 0.310 0.199 0.122 0.052 0.022 0.003 36 K 0.256 0.266 0.197 0.169 0.080 0.028 0.003 37 L 0.180 0.138 0.166 0.252 0.187 0.070 0.007 38 Q 0.542 0.247 0.135 0.053 0.015 0.007 0.001 39 G 0.413 0.218 0.158 0.115 0.069 0.024 0.003 40 S 0.407 0.239 0.161 0.110 0.053 0.026 0.004 41 P 0.404 0.232 0.161 0.107 0.061 0.031 0.004 42 T 0.353 0.224 0.178 0.133 0.071 0.035 0.005 43 P 0.246 0.221 0.190 0.156 0.117 0.062 0.008 44 T 0.194 0.170 0.177 0.200 0.154 0.089 0.016 45 S 0.286 0.254 0.184 0.148 0.081 0.039 0.009 46 K 0.250 0.263 0.184 0.164 0.088 0.041 0.010 47 K 0.141 0.180 0.216 0.234 0.145 0.070 0.014 48 V 0.069 0.077 0.114 0.226 0.270 0.207 0.036 49 P 0.166 0.228 0.230 0.182 0.118 0.063 0.014 50 L 0.118 0.129 0.135 0.199 0.202 0.172 0.044 51 P 0.227 0.217 0.188 0.176 0.113 0.064 0.014 52 G 0.268 0.208 0.174 0.167 0.105 0.066 0.011 53 P 0.405 0.228 0.164 0.106 0.060 0.030 0.006 54 G 0.338 0.270 0.168 0.120 0.067 0.032 0.005 55 S 0.367 0.252 0.182 0.117 0.060 0.020 0.003 56 P 0.391 0.258 0.139 0.139 0.053 0.018 0.002 57 E 0.416 0.273 0.191 0.078 0.031 0.010 0.001 58 V 0.155 0.147 0.193 0.239 0.194 0.067 0.004 59 K 0.256 0.278 0.217 0.165 0.065 0.017 0.002 60 R 0.299 0.384 0.168 0.106 0.034 0.009 0.001 61 A 0.174 0.137 0.183 0.254 0.190 0.060 0.003 62 H 0.394 0.305 0.166 0.098 0.028 0.008 0.001 63 G 0.440 0.341 0.126 0.063 0.023 0.006 0.001 64 T 0.219 0.173 0.203 0.215 0.139 0.047 0.004 65 P 0.332 0.284 0.168 0.135 0.053 0.024 0.003 66 P 0.380 0.250 0.178 0.111 0.058 0.019 0.003 67 P 0.243 0.223 0.221 0.163 0.100 0.043 0.006 68 V 0.132 0.131 0.180 0.211 0.193 0.136 0.017 69 S 0.189 0.200 0.195 0.206 0.138 0.065 0.008 70 P 0.303 0.296 0.187 0.121 0.063 0.027 0.004 71 K 0.229 0.186 0.202 0.210 0.124 0.044 0.004 72 P 0.398 0.253 0.160 0.120 0.052 0.015 0.001 73 P 0.601 0.233 0.095 0.052 0.014 0.004 0.001 74 P 0.663 0.181 0.105 0.033 0.014 0.004 0.001 75 P 0.444 0.272 0.152 0.089 0.030 0.011 0.001 76 P 0.340 0.234 0.202 0.137 0.065 0.021 0.002 77 T 0.332 0.295 0.193 0.106 0.049 0.022 0.003 78 A 0.108 0.124 0.174 0.241 0.215 0.120 0.018 79 P 0.112 0.151 0.204 0.206 0.187 0.115 0.026 80 K 0.090 0.130 0.178 0.228 0.194 0.141 0.040 81 P 0.108 0.147 0.183 0.202 0.187 0.130 0.042 82 V 0.079 0.105 0.139 0.192 0.218 0.200 0.067 83 K 0.109 0.142 0.172 0.194 0.182 0.144 0.057 84 A 0.106 0.139 0.148 0.191 0.182 0.171 0.063 85 V 0.127 0.148 0.162 0.201 0.174 0.137 0.050 86 A 0.182 0.179 0.160 0.167 0.142 0.121 0.049 87 G 0.175 0.173 0.172 0.179 0.140 0.113 0.048 88 L 0.151 0.115 0.120 0.166 0.188 0.182 0.078 89 P 0.230 0.204 0.158 0.166 0.117 0.087 0.038 90 S 0.292 0.195 0.149 0.139 0.110 0.079 0.035 91 G 0.242 0.176 0.144 0.162 0.131 0.104 0.041 92 S 0.244 0.175 0.144 0.152 0.136 0.106 0.043 93 A 0.248 0.194 0.149 0.165 0.125 0.089 0.030 94 G 0.309 0.222 0.161 0.132 0.091 0.060 0.024 95 P 0.258 0.196 0.144 0.158 0.123 0.088 0.033 96 S 0.247 0.198 0.166 0.168 0.119 0.076 0.026 97 P 0.215 0.194 0.168 0.169 0.133 0.092 0.028 98 A 0.135 0.132 0.161 0.204 0.188 0.139 0.040 99 P 0.154 0.142 0.167 0.185 0.180 0.133 0.039 100 S 0.156 0.186 0.187 0.214 0.146 0.092 0.019 101 P 0.193 0.219 0.209 0.168 0.125 0.072 0.013 102 A 0.118 0.129 0.163 0.234 0.205 0.132 0.019 103 R 0.239 0.272 0.215 0.161 0.077 0.031 0.005 104 Q 0.247 0.258 0.186 0.173 0.093 0.037 0.005 105 P 0.303 0.246 0.182 0.147 0.077 0.038 0.007 106 P 0.251 0.250 0.210 0.165 0.079 0.038 0.007 107 A 0.170 0.224 0.228 0.206 0.115 0.048 0.008 108 A 0.095 0.155 0.200 0.237 0.191 0.105 0.016 109 L 0.062 0.069 0.102 0.171 0.249 0.290 0.057 110 A 0.123 0.157 0.184 0.219 0.183 0.111 0.023 111 K 0.202 0.265 0.212 0.181 0.090 0.040 0.008 112 P 0.205 0.198 0.183 0.187 0.146 0.071 0.012 113 P 0.274 0.252 0.174 0.168 0.084 0.041 0.007 114 G 0.421 0.289 0.155 0.085 0.035 0.013 0.002 115 T 0.245 0.221 0.186 0.190 0.113 0.040 0.004 116 P 0.319 0.251 0.182 0.144 0.072 0.029 0.003 117 P 0.348 0.238 0.171 0.146 0.070 0.026 0.003 118 S 0.430 0.265 0.166 0.087 0.037 0.014 0.002 119 L 0.209 0.190 0.189 0.208 0.139 0.059 0.007 120 G 0.303 0.244 0.191 0.150 0.076 0.032 0.004 121 A 0.317 0.256 0.192 0.138 0.067 0.027 0.003 122 S 0.252 0.194 0.188 0.179 0.126 0.054 0.006 123 P 0.282 0.239 0.194 0.155 0.085 0.040 0.006 124 A 0.338 0.269 0.173 0.129 0.063 0.025 0.003 125 K 0.318 0.266 0.186 0.138 0.063 0.025 0.003 126 P 0.248 0.192 0.177 0.188 0.130 0.058 0.007 127 P 0.292 0.237 0.192 0.158 0.082 0.035 0.005 128 S 0.334 0.218 0.176 0.147 0.086 0.034 0.005 129 P 0.407 0.243 0.155 0.114 0.055 0.022 0.004 130 G 0.430 0.267 0.152 0.091 0.040 0.018 0.003 131 A 0.353 0.185 0.165 0.152 0.097 0.042 0.006 132 P 0.419 0.232 0.147 0.114 0.058 0.026 0.004 133 A 0.403 0.235 0.165 0.101 0.061 0.030 0.005 134 L 0.269 0.193 0.177 0.166 0.120 0.062 0.014 135 H 0.272 0.251 0.197 0.143 0.075 0.048 0.014 136 V 0.123 0.145 0.162 0.220 0.204 0.123 0.024 137 P 0.111 0.150 0.214 0.201 0.174 0.117 0.034 138 A 0.036 0.038 0.071 0.121 0.225 0.360 0.149 139 K 0.061 0.091 0.153 0.207 0.216 0.189 0.083 140 P 0.077 0.132 0.158 0.196 0.182 0.171 0.085 141 P 0.079 0.100 0.126 0.163 0.197 0.207 0.128 142 R 0.059 0.077 0.095 0.155 0.196 0.249 0.169 143 A 0.076 0.123 0.138 0.183 0.184 0.186 0.111 144 A 0.088 0.114 0.121 0.158 0.176 0.206 0.137 145 A 0.065 0.070 0.071 0.115 0.172 0.264 0.242 146 A 0.060 0.064 0.069 0.112 0.162 0.260 0.273 147 A 0.062 0.060 0.079 0.114 0.160 0.257 0.268 148 A 0.055 0.056 0.069 0.112 0.165 0.280 0.264 149 A 0.059 0.072 0.099 0.143 0.200 0.242 0.184 150 A 0.053 0.054 0.074 0.118 0.202 0.311 0.187 151 A 0.095 0.140 0.164 0.199 0.176 0.156 0.070 152 A 0.092 0.117 0.139 0.189 0.212 0.184 0.068 153 A 0.141 0.173 0.180 0.206 0.159 0.109 0.032 154 P 0.205 0.223 0.183 0.179 0.118 0.075 0.016 155 P 0.205 0.229 0.200 0.179 0.115 0.061 0.010 156 A 0.166 0.148 0.166 0.213 0.184 0.105 0.018 157 P 0.310 0.268 0.182 0.142 0.065 0.028 0.006 158 P 0.386 0.233 0.157 0.131 0.065 0.024 0.004 159 E 0.598 0.236 0.098 0.045 0.015 0.007 0.001 160 G 0.370 0.212 0.162 0.127 0.087 0.036 0.006 161 A 0.373 0.232 0.157 0.133 0.069 0.031 0.005 162 S 0.401 0.232 0.154 0.117 0.065 0.027 0.004 163 P 0.416 0.245 0.149 0.102 0.057 0.025 0.005 164 G 0.326 0.236 0.175 0.136 0.085 0.036 0.006 165 D 0.371 0.296 0.142 0.119 0.052 0.017 0.003 166 S 0.229 0.277 0.206 0.165 0.088 0.032 0.003 167 A 0.055 0.061 0.122 0.217 0.331 0.200 0.015 168 R 0.104 0.209 0.272 0.247 0.119 0.043 0.005 169 Q 0.154 0.315 0.214 0.193 0.092 0.029 0.003 170 K 0.094 0.216 0.246 0.260 0.129 0.050 0.005 171 L 0.034 0.044 0.085 0.243 0.356 0.218 0.020 172 E 0.204 0.342 0.271 0.130 0.038 0.013 0.002 173 E 0.125 0.162 0.181 0.247 0.194 0.082 0.009 174 T 0.182 0.196 0.192 0.217 0.133 0.070 0.009 175 S 0.430 0.243 0.177 0.094 0.036 0.018 0.003 176 A 0.434 0.254 0.160 0.092 0.041 0.016 0.002 177 C 0.369 0.194 0.173 0.131 0.086 0.042 0.006 178 L 0.443 0.170 0.132 0.129 0.081 0.038 0.006 179 A 0.672 0.161 0.098 0.043 0.018 0.007 0.001 180 A 0.652 0.175 0.099 0.045 0.020 0.007 0.001 181 A 0.563 0.194 0.129 0.061 0.035 0.016 0.002 182 L 0.421 0.178 0.151 0.124 0.083 0.040 0.003 183 Q 0.478 0.254 0.145 0.074 0.035 0.014 0.001 184 A 0.383 0.233 0.182 0.122 0.059 0.020 0.001 185 V 0.356 0.231 0.181 0.131 0.078 0.021 0.001 186 E 0.545 0.273 0.104 0.063 0.012 0.003 0.001 187 E 0.525 0.261 0.129 0.061 0.020 0.004 0.001 188 K 0.297 0.314 0.245 0.105 0.033 0.006 0.001 189 I 0.079 0.081 0.162 0.375 0.262 0.040 0.001 190 R 0.629 0.247 0.098 0.021 0.003 0.001 0.001 191 Q 0.761 0.163 0.062 0.011 0.002 0.001 0.001 192 E 0.656 0.204 0.102 0.030 0.006 0.001 0.001 193 D 0.661 0.231 0.085 0.019 0.004 0.001 0.001 194 A 0.577 0.242 0.126 0.043 0.011 0.001 0.001 195 Q 0.663 0.247 0.065 0.021 0.004 0.001 0.001 196 G 0.568 0.275 0.101 0.043 0.012 0.001 0.001 197 P 0.667 0.203 0.092 0.031 0.007 0.001 0.001 198 R 0.717 0.195 0.062 0.021 0.004 0.001 0.001 199 D 0.754 0.182 0.048 0.013 0.003 0.001 0.001 200 S 0.600 0.236 0.108 0.042 0.012 0.001 0.001