This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA A A 2 2 NATAA E A 3 3 NATAA L A 4 4 NATAA Q A 5 5 NATAA K A 6 6 NATAA A A 7 7 NATAA E A 8 8 NATAA Y A 9 9 NATAA A A 10 10 NATAA K A 11 11 NATAA Y A 12 12 NATAA E A 13 13 NATAA G A 14 14 NATAA G A 15 15 NATRO P A 16 16 NATAA L A 17 17 NATAA R A 18 18 NATAA R A 19 19 NATAA K A 20 20 NATAA A A 21 21 NATRO P A 22 22 NATAA Q A 23 23 NATAA S A 24 24 NATAA L A 25 25 NATAA E A 26 26 NATAA V A 27 27 NATAA M A 28 28 NATAA A A 29 29 NATAA I A 30 30 NATAA E A 31 31 NATAA S A 32 32 NATRO P A 33 33 NATRO P A 34 34 NATRO P A 35 35 NATRO P A 36 36 NATAA E A 37 37 NATRO P A 38 38 NATAA T A 39 39 NATRO P A 40 40 NATAA A A 41 41 NATAA D A 42 42 NATRO C A 43 43 NATAA Q A 44 44 NATAA S A 45 45 NATRO P A 46 46 NATAA K A 47 47 NATAA M A 48 48 NATAA T A 49 49 NATAA T A 50 50 NATAA F A 51 51 NATAA Q A 52 52 NATAA D A 53 53 NATAA S A 54 54 NATAA E A 55 55 NATAA L A 56 56 NATAA S A 57 57 NATAA D A 58 58 NATAA E A 59 59 NATAA L A 60 60 NATAA Q A 61 61 NATAA A A 62 62 NATAA A A 63 63 NATAA M A 64 64 NATAA T A 65 65 NATAA G A 66 66 NATRO P A 67 67 NATAA A A 68 68 NATAA E A 69 69 NATAA V A 70 70 NATAA G A 71 71 NATRO P A 72 72 NATAA T A 73 73 NATAA T A 74 74 NATAA E A 75 75 NATAA K A 76 76 NATRO P A 77 77 NATAA S A 78 78 NATAA S A 79 79 NATAA H A 80 80 NATAA L A 81 81 NATRO P A 82 82 NATRO P A 83 83 NATAA T A 84 84 NATRO P A 85 85 NATAA R A 86 86 NATAA A A 87 87 NATAA T A 88 88 NATAA T A 89 89 NATAA R A 90 90 NATAA Q A 91 91 NATAA D A 92 92 NATAA S A 93 93 NATAA S A 94 94 NATAA L A 95 95 NATAA G A 96 96 NATAA G A 97 97 NATAA R A 98 98 NATAA A A 99 99 NATAA R A 100 100 NATAA H A 101 101 NATAA M A 102 102 NATAA S A 103 103 NATAA S A 104 104 NATAA S A 105 105 NATAA Q A 106 106 NATAA E A 107 107 NATAA L A 108 108 NATAA L A 109 109 NATAA G A 110 110 NATAA D A 111 111 NATAA G A 112 112 NATRO P A 113 113 NATRO P A 114 114 NATAA G A 115 115 NATRO P A 116 116 NATAA S A 117 117 NATAA S A 118 118 NATRO P A 119 119 NATAA M A 120 120 NATAA S A 121 121 NATAA R A 122 122 NATAA S A 123 123 NATAA Q A 124 124 NATAA E A 125 125 NATAA Y A 126 126 NATAA L A 127 127 NATAA L A 128 128 NATAA D A 129 129 NATAA E A 130 130 NATAA G A 131 131 NATRO P A 132 132 NATAA A A 133 133 NATRO P A 134 134 NATAA G A 135 135 NATAA T A 136 136 NATRO P A 137 137 NATRO P A 138 138 NATAA R A 139 139 NATAA E A 140 140 NATAA A A 141 141 NATAA R A 142 142 NATRO P A 143 143 NATAA G A 144 144 NATAA R A 145 145 NATAA H A 146 146 NATAA G A 147 147 NATAA H A 148 148 NATAA S A 149 149 NATAA I A 150 150 NATAA K A 151 151 NATAA R A 152 152 NATAA A A 153 153 NATAA S A 154 154 NATAA V A 155 155 NATRO P A 156 156 NATRO P A 157 157 NATAA V A 158 158 NATRO P A 159 159 NATAA G A 160 160 NATAA K A 161 161 NATRO P A 162 162 NATAA R A 163 163 NATAA Q A 164 164 NATAA V A 165 165 NATAA L A 166 166 NATRO P A 167 167 NATRO P A 168 168 NATAA G A 169 169 NATAA T A 170 170 NATAA S A 171 171 NATAA H A 172 172 NATAA F A 173 173 NATAA T A 174 174 NATRO P A 175 175 NATRO P A 176 176 NATAA Q A 177 177 NATAA T A 178 178 NATRO P A 179 179 NATAA T A 180 180 NATAA K A 181 181 NATAA T A 182 182 NATAA R A 183 183 NATRO P A 184 184 NATAA G A 185 185 NATAA S A 186 186 NATRO P A 187 187 NATAA Q A 188 188 NATAA A A 189 189 NATAA L A 190 190 NATAA G A 191 191 NATAA G A 192 192 NATRO P A 193 193 NATAA H A 194 194 NATAA G A 195 195 NATRO P A 196 196 NATAA A A 197 197 NATRO P A 198 198 NATAA A A 199 199 NATAA T A 200 200 NATAA A A 201 201 NATAA K A 202 202 NATAA V A 203 203 NATAA K A 204 204 NATRO P A 205 205 NATAA T A 206 206 NATRO P A 207 207 NATAA Q A 208 208 NATAA L A 209 209 NATAA L A 210 210 NATRO P A 211 211 NATRO P A 212 212 NATAA T A 213 213 NATAA E A 214 214 NATAA R A 215 215 NATRO P A 216 216 NATAA M A 217 217 NATAA S A 218 218 NATRO P A 219 219 NATAA R A 220 220 NATAA S A 221 221 NATAA L A 222 222 NATRO P A 223 223 NATAA Q A 224 224 NATAA S A 225 225 NATRO P A 226 226 NATAA T A 227 227 NATAA H A 228 228 NATAA R A 229 229 NATAA G A 230 230 NATAA F A 231 231 NATAA A A 232 232 NATAA Y A 233 233 NATAA V A 234 234 NATAA L A 235 235 NATRO P A 236 236 NATAA Q A 237 237 NATRO P A 238 238 NATAA V A 239 239 NATAA E A 240 240 NATAA G A 241 241 NATAA E A 242 242 NATAA V A 243 243 NATAA G A 244 244 NATRO P A 245 245 NATAA A A 246 246 NATAA A A 247 247 NATRO P A 248 248 NATAA G A 249 249 NATRO P A 250 250 NATAA A A 251 251 NATRO P A 252 252 NATRO P A 253 253 NATRO P A 254 254 NATAA V A 255 255 NATRO P A 256 256 NATAA T A 257 257 NATAA A A 258 258 NATAA V A 259 259 NATRO P A 260 260 NATAA T A 261 261 NATAA L A 262 262 NATRO C A 263 263 NATAA L A 264 264 NATRO P A 265 265 NATRO P A 266 266 NATAA E A 267 267 NATAA A A 268 268 NATAA D A 269 269 NATAA A A 270 270 NATAA E A 271 271 NATRO P A 272 272 NATAA G A 273 273 NATAA R A 274 274 NATRO P A 275 275 NATAA K A 276 276 NATAA K A 277 277 NATAA R A 278 278 NATAA A A 279 279 NATAA H A 280 280 NATAA S A 281 281 NATAA L A 282 282 NATAA N A 283 283 NATAA R A 284 284 NATAA Y A 285 285 NATAA A A 286 286 NATAA A A 287 287 NATAA S A 288 288 NATAA D A 289 289 NATAA S A 290 290 NATAA E A 291 291 NATRO P A 292 292 NATAA E A 293 293 NATAA R A 294 294 NATAA D A 295 295 NATAA E A 296 296 NATAA L A 297 297 NATAA L A 298 298 NATAA V A 299 299 NATRO P A 300 300 NATAA A A 301 301 NATAA A A 302 302 NATAA A A 303 303 NATAA G A 304 304 NATRO P A 305 305 NATAA Y A 306 306 NATAA A A 307 307 NATAA T A 308 308 NATAA V A 309 309 NATAA Q A 310 310 NATAA R A 311 311 NATAA R A 312 312 NATAA V A 313 313 NATAA G A 314 314 NATAA R A 315 315 NATAA S A 316 316 NATAA H A 317 317 NATAA S A 318 318 NATAA V A 319 319 NATAA R A 320 320 NATAA A A 321 321 NATRO P A 322 322 NATAA A A 323 323 NATAA G A 324 324 NATAA A A 325 325 NATAA D A 326 326 NATAA K A 327 327 NATAA N A 328 328 NATAA V A 329 329 NATAA N A 330 330 NATAA R A 331 331 NATAA S A 332 332 NATAA Q A 333 333 NATAA S A 334 334 NATAA F A 335 335 NATAA A A 336 336 NATAA V A 337 337 NATAA R A 338 338 NATRO P A 339 339 NATAA R A 340 340 NATAA K A 341 341 NATAA K A 342 342 NATAA G A 343 343 NATRO P A 344 344 NATRO P A 345 345 NATRO P A 346 346 NATRO P A 347 347 NATRO P A 348 348 NATRO P A 349 349 NATAA K A 350 350 NATAA R A 351 351 NATAA S A 352 352 NATAA S A 353 353 NATAA S A 354 354 NATAA A A 355 355 NATAA L A 356 356 NATAA A A 357 357 NATAA S A 358 358 NATAA A A 359 359 NATAA N A 360 360 NATAA L A 361 361 NATAA A A 362 362 NATAA D A 363 363 NATAA E A 364 364 NATRO P A 365 365 NATAA V A 366 366 NATRO P A 367 367 NATAA D A 368 368 NATAA A A 369 369 NATAA E A 370 370 NATRO P A 371 371 NATAA E A 372 372 NATAA D A 373 373 NATAA G A 374 374 NATAA L A 375 375 NATAA L A 376 376 NATAA G A 377 377 NATAA V A 378 378 NATAA R A 379 379 NATAA A A 380 380 NATAA Q A 381 381 NATRO C A 382 382 NATAA R A 383 383 NATAA R A 384 384 NATAA A A 385 385 NATAA S A 386 386 NATAA D A 387 387 NATAA L A 388 388 NATAA A A 389 389 NATAA G A 390 390 NATAA S A 391 391 NATAA V A 392 392 NATAA D A 393 393 NATAA T A 394 394 NATAA G A 395 395 NATAA S A 396 396 NATAA A A 397 397 NATAA G A 398 398 NATAA S A 399 399 NATAA V A 400 400 NATAA K A 401 401 NATAA S A 402 402 NATAA I A 403 403 NATAA A A 404 404 NATAA A A 405 405 NATAA M A 406 406 NATAA L A 407 407 NATAA E A 408 408 NATAA L A 409 409 NATAA S A 410 410 NATAA S A 411 411 NATAA I A 412 412 NATAA G A 413 413 NATAA G A 414 414 NATAA G A 415 415 NATAA G A 416 416 NATAA R A 417 417 NATAA A A 418 418 NATAA A A 419 419 NATAA R A 420 420 NATAA R A 421 421 NATRO P A 422 422 NATRO P A 423 423 NATAA E A 424 424 NATAA G A 425 425 NATAA H A 426 426 NATRO P A 427 427 NATAA T A 428 428 NATRO P A 429 429 NATAA R A 430 430 NATRO P A 431 431 NATAA A A 432 432 NATAA S A 433 433 NATRO P A 434 434 NATAA E A 435 435 NATRO P A 436 436 NATAA G A 437 437 NATAA R A 438 438 NATAA V A 439 439 NATAA A A 440 440 NATAA T A 441 441 NATAA V A 442 442 NATAA L A 443 443 NATAA A A 444 444 NATAA S A 445 445 NATAA V A 446 446 NATAA K A 447 447 NATAA H A 448 448 NATAA K A 449 449 NATAA E A 450 450 NATAA A A 451 451 NATAA I A 452 452 NATAA G A 453 453 NATRO P A 454 454 NATAA G A 455 455 NATAA G A 456 456 NATAA E A 457 457 NATAA V A 458 458 NATAA V A 459 459 NATAA N A 460 460 NATAA R A 461 461 NATAA R A 462 462 NATAA R A 463 463 NATAA T A 464 464 NATAA L A 465 465 NATAA S A 466 466 NATAA G A 467 467 NATRO P A 468 468 NATAA V A 469 469 NATAA T A 470 470 NATAA G A 471 471 NATAA L A 472 472 NATAA L A 473 473 NATAA A A 474 474 NATAA T A 475 475 NATAA A A 476 476 NATAA R A 477 477 NATAA R A 478 478 NATAA G A 479 479 NATRO P A 480 480 NATAA G A 481 481 NATAA E A 482 482 NATAA S A 483 483 NATAA A A 484 484 NATAA D A 485 485 NATRO P A 486 486 NATAA G A 487 487 NATRO P A 488 488 NATAA F A 489 489 NATAA V A 490 490 NATAA E A 491 491 NATAA D A 492 492 NATAA G A 493 493 NATAA T A 494 494 NATAA G A 495 495 NATAA R A 496 496 NATAA Q A 497 497 NATAA R A 498 498 NATRO P A 499 499 NATAA R A 500 500 NATAA G A 501 501 NATRO P A 502 502 NATAA S A 503 503 NATAA K A 504 504 NATAA G A 505 505 NATAA E A 506 506 NATAA A A 507 507 NATAA G A 508 508 NATAA V A 509 509 NATAA E A 510 510 NATAA G A 511 511 NATRO P A 512 512 NATRO P A 513 513 NATAA L A 514 514 NATAA A A 515 515 NATAA K A 516 516 NATAA V A 517 517 NATAA E A 518 518 NATAA A A 519 519 NATAA S A 520 520 NATAA A A 521 521 NATAA T A 522 522 NATAA L A 523 523 NATAA K A 524 524 NATAA R A 525 525 NATAA R A 526 526 NATAA I A 527 527 NATAA R A 528 528 NATAA A A 529 529 NATAA K A 530 530 NATAA Q A 531 531 NATAA N A 532 532 NATAA Q A 533 533 NATAA Q A 534 534 NATAA E A 535 535 NATAA N A 536 536 NATAA V A 537 537 NATAA K A 538 538 NATAA F A 539 539 NATAA I A 540 540 NATAA L A 541 541 NATAA T A 542 542 NATAA E A 543 543 NATAA S A 544 544 NATAA D A 545 545 NATAA T A 546 546 NATAA V A 547 547 NATAA K A 548 548 NATAA R A 549 549 NATAA R A 550 550 NATRO P A 551 551 NATAA K A 552 552 NATAA A A 553 553 NATAA K A 554 554 NATAA E A 555 555 NATAA R A 556 556 NATAA E A 557 557 NATAA A A 558 558 NATAA G A 559 559 NATRO P A 560 560 NATAA E A 561 561 NATRO P A 562 562 NATRO P A 563 563 NATRO P A 564 564 NATRO P A 565 565 NATAA L A 566 566 NATAA S A 567 567 NATAA V A 568 568 NATAA Y A 569 569 NATAA H A 570 570 NATAA N A 571 571 NATAA G A 572 572 NATAA T A 573 573 NATAA G A 574 574 NATAA T A 575 575 NATAA V A 576 576 NATAA R A 577 577 NATAA R A 578 578 NATAA R A 579 579 NATRO P A 580 580 NATAA A A 581 581 NATAA S A 582 582 NATAA E A 583 583 NATAA Q A 584 584 NATAA A A 585 585 NATAA G A 586 586 NATRO P A 587 587 NATRO P A 588 588 NATAA E A 589 589 NATAA L A 590 590 NATRO P A 591 591 NATRO P A 592 592 NATRO P A 593 593 NATRO P A 594 594 NATRO P A 595 595 NATRO P A 596 596 NATAA A A 597 597 NATAA E A 598 598 NATRO P A 599 599 NATRO P A 600 600 NATRO P A 601 601 NATAA T A 602 602 NATAA D A 603 603 NATAA L A 604 604 NATAA A A 605 605 NATAA H A 606 606 NATAA L A 607 607 NATRO P A 608 608 NATRO P A 609 609 NATAA L A 610 610 NATRO P A 611 611 NATRO P A 612 612 NATRO P A 613 613 NATAA E A 614 614 NATAA G A 615 615 NATAA E A 616 616 NATAA A A 617 617 NATAA R A 618 618 NATAA K A 619 619 NATRO P A 620 620 NATAA A A 621 621 NATAA K A 622 622 NATRO P A 623 623 NATRO P A 624 624 NATAA V A 625 625 NATAA S A 626 626 NATRO P A 627 627 NATAA K A 628 628 NATRO P A 629 629 NATAA V A 630 630 NATAA L A 631 631 NATAA T A 632 632 NATAA Q A 633 633 NATRO P A 634 634 NATAA V A 635 635 NATRO P A 636 636 NATAA K A 637 637 NATAA L A 638 638 NATAA Q A 639 639 NATAA G A 640 640 NATAA S A 641 641 NATRO P A 642 642 NATAA T A 643 643 NATRO P A 644 644 NATAA T A 645 645 NATAA S A 646 646 NATAA K A 647 647 NATAA K A 648 648 NATAA V A 649 649 NATRO P A 650 650 NATAA L A 651 651 NATRO P A 652 652 NATAA G A 653 653 NATRO P A 654 654 NATAA G A 655 655 NATAA S A 656 656 NATRO P A 657 657 NATAA E A 658 658 NATAA V A 659 659 NATAA K A 660 660 NATAA R A 661 661 NATAA A A 662 662 NATAA H A 663 663 NATAA G A 664 664 NATAA T A 665 665 NATRO P A 666 666 NATRO P A 667 667 NATRO P A 668 668 NATAA V A 669 669 NATAA S A 670 670 NATRO P A 671 671 NATAA K A 672 672 NATRO P A 673 673 NATRO P A 674 674 NATRO P A 675 675 NATRO P A 676 676 NATRO P A 677 677 NATAA T A 678 678 NATAA A A 679 679 NATRO P A 680 680 NATAA K A 681 681 NATRO P A 682 682 NATAA V A 683 683 NATAA K A 684 684 NATAA A A 685 685 NATAA V A 686 686 NATAA A A 687 687 NATAA G A 688 688 NATAA L A 689 689 NATRO P A 690 690 NATAA S A 691 691 NATAA G A 692 692 NATAA S A 693 693 NATAA A A 694 694 NATAA G A 695 695 NATRO P A 696 696 NATAA S A 697 697 NATRO P A 698 698 NATAA A A 699 699 NATRO P A 700 700 NATAA S A 701 701 NATRO P A 702 702 NATAA A A 703 703 NATAA R A 704 704 NATAA Q A 705 705 NATRO P A 706 706 NATRO P A 707 707 NATAA A A 708 708 NATAA A A 709 709 NATAA L A 710 710 NATAA A A 711 711 NATAA K A 712 712 NATRO P A 713 713 NATRO P A 714 714 NATAA G A 715 715 NATAA T A 716 716 NATRO P A 717 717 NATRO P A 718 718 NATAA S A 719 719 NATAA L A 720 720 NATAA G A 721 721 NATAA A A 722 722 NATAA S A 723 723 NATRO P A 724 724 NATAA A A 725 725 NATAA K A 726 726 NATRO P A 727 727 NATRO P A 728 728 NATAA S A 729 729 NATRO P A 730 730 NATAA G A 731 731 NATAA A A 732 732 NATRO P A 733 733 NATAA A A 734 734 NATAA L A 735 735 NATAA H A 736 736 NATAA V A 737 737 NATRO P A 738 738 NATAA A A 739 739 NATAA K A 740 740 NATRO P A 741 741 NATRO P A 742 742 NATAA R A 743 743 NATAA A A 744 744 NATAA A A 745 745 NATAA A A 746 746 NATAA A A 747 747 NATAA A A 748 748 NATAA A A 749 749 NATAA A A 750 750 NATAA A A 751 751 NATAA A A 752 752 NATAA A A 753 753 NATAA A A 754 754 NATRO P A 755 755 NATRO P A 756 756 NATAA A A 757 757 NATRO P A 758 758 NATRO P A 759 759 NATAA E A 760 760 NATAA G A 761 761 NATAA A A 762 762 NATAA S A 763 763 NATRO P A 764 764 NATAA G A 765 765 NATAA D A 766 766 NATAA S A 767 767 NATAA A A 768 768 NATAA R A 769 769 NATAA Q A 770 770 NATAA K A 771 771 NATAA L A 772 772 NATAA E A 773 773 NATAA E A 774 774 NATAA T A 775 775 NATAA S A 776 776 NATAA A A 777 777 NATRO C A 778 778 NATAA L A 779 779 NATAA A A 780 780 NATAA A A 781 781 NATAA A A 782 782 NATAA L A 783 783 NATAA Q A 784 784 NATAA A A 785 785 NATAA V A 786 786 NATAA E A 787 787 NATAA E A 788 788 NATAA K A 789 789 NATAA I A 790 790 NATAA R A 791 791 NATAA Q A 792 792 NATAA E A 793 793 NATAA D A 794 794 NATAA A A 795 795 NATAA Q A 796 796 NATAA G A 797 797 NATRO P A 798 798 NATAA R A 799 799 NATAA D A 800 800 NATAA S A 801 801 NATAA A A 802 802 NATAA A A 803 803 NATAA E A 804 804 NATAA K A 805 805 NATAA S A 806 806 NATAA T A 807 807 NATAA G A 808 808 NATAA S A 809 809 NATAA I A 810 810 NATAA L A 811 811 NATAA D A 812 812 NATAA D A 813 813 NATAA I A 814 814 NATAA G A 815 815 NATAA S A 816 816 NATAA M A 817 817 NATAA F A 818 818 NATAA D A 819 819 NATAA D A 820 820 NATAA L A 821 821 NATAA A A 822 822 NATAA D A 823 823 NATAA Q A 824 824 NATAA L A 825 825 NATAA D A 826 826 NATAA A A 827 827 NATAA M A 828 828 NATAA L A 829 829 NATAA E