# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.3477 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.016 0.750 0.002 0.031 0.008 0.001 0.001 0.014 0.084 0.049 0.006 0.037 2 A 0.001 0.017 0.585 0.004 0.071 0.017 0.001 0.001 0.011 0.169 0.091 0.018 0.014 3 R 0.001 0.017 0.501 0.002 0.079 0.017 0.001 0.001 0.010 0.207 0.140 0.007 0.018 4 Q 0.001 0.012 0.689 0.001 0.018 0.006 0.001 0.001 0.006 0.205 0.049 0.007 0.006 5 P 0.001 0.011 0.758 0.001 0.019 0.010 0.001 0.001 0.006 0.134 0.049 0.005 0.007 6 P 0.001 0.020 0.536 0.003 0.082 0.043 0.001 0.001 0.010 0.140 0.140 0.008 0.016 7 A 0.001 0.030 0.394 0.004 0.180 0.076 0.001 0.001 0.013 0.150 0.113 0.018 0.020 8 A 0.001 0.021 0.444 0.004 0.160 0.069 0.001 0.001 0.018 0.138 0.100 0.020 0.023 9 L 0.001 0.025 0.453 0.002 0.129 0.060 0.002 0.002 0.027 0.111 0.150 0.015 0.022 10 A 0.002 0.037 0.473 0.004 0.056 0.025 0.002 0.001 0.018 0.165 0.187 0.014 0.015 11 K 0.001 0.017 0.622 0.002 0.019 0.008 0.001 0.001 0.006 0.209 0.101 0.007 0.007 12 P 0.001 0.011 0.606 0.001 0.033 0.007 0.001 0.001 0.004 0.221 0.108 0.003 0.005 13 P 0.001 0.013 0.464 0.001 0.043 0.008 0.001 0.001 0.004 0.224 0.237 0.003 0.003 14 G 0.001 0.020 0.463 0.001 0.028 0.005 0.001 0.001 0.004 0.335 0.134 0.004 0.005 15 T 0.001 0.016 0.669 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.003 0.257 0.031 0.005 0.004 16 P 0.001 0.015 0.735 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.004 0.167 0.046 0.003 0.004 17 P 0.001 0.021 0.410 0.003 0.114 0.029 0.001 0.001 0.008 0.210 0.192 0.005 0.008 18 S 0.001 0.025 0.407 0.003 0.141 0.034 0.001 0.001 0.008 0.195 0.162 0.013 0.010 19 L 0.001 0.027 0.464 0.003 0.130 0.033 0.001 0.001 0.012 0.193 0.103 0.011 0.022 20 G 0.001 0.031 0.504 0.003 0.073 0.029 0.001 0.001 0.016 0.149 0.156 0.024 0.013 21 A 0.002 0.043 0.434 0.003 0.064 0.025 0.001 0.001 0.011 0.213 0.159 0.011 0.033 22 S 0.001 0.015 0.621 0.003 0.021 0.008 0.001 0.001 0.005 0.238 0.045 0.034 0.008 23 P 0.001 0.018 0.513 0.002 0.092 0.018 0.001 0.001 0.008 0.143 0.167 0.007 0.030 24 A 0.001 0.024 0.420 0.004 0.070 0.012 0.001 0.001 0.007 0.204 0.230 0.014 0.012 25 K 0.001 0.022 0.640 0.002 0.025 0.003 0.001 0.001 0.006 0.218 0.059 0.012 0.012 26 P 0.001 0.021 0.735 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.007 0.151 0.048 0.007 0.012 27 P 0.001 0.030 0.651 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.005 0.187 0.089 0.006 0.009 28 S 0.001 0.011 0.668 0.001 0.029 0.004 0.001 0.001 0.003 0.200 0.070 0.007 0.007 29 P 0.001 0.013 0.350 0.002 0.068 0.013 0.001 0.001 0.004 0.202 0.332 0.007 0.008 30 G 0.001 0.027 0.311 0.002 0.048 0.012 0.001 0.001 0.006 0.303 0.270 0.007 0.012 31 A 0.001 0.021 0.654 0.002 0.021 0.006 0.001 0.001 0.005 0.222 0.024 0.034 0.010 32 P 0.001 0.024 0.617 0.003 0.047 0.019 0.001 0.001 0.011 0.122 0.110 0.010 0.035 33 A 0.003 0.030 0.412 0.010 0.083 0.033 0.002 0.001 0.016 0.175 0.182 0.025 0.028 34 L 0.004 0.029 0.518 0.006 0.068 0.023 0.002 0.001 0.020 0.154 0.070 0.068 0.038 35 H 0.004 0.045 0.590 0.004 0.035 0.017 0.003 0.001 0.026 0.122 0.058 0.016 0.080 36 V 0.002 0.027 0.669 0.004 0.021 0.010 0.001 0.001 0.012 0.150 0.034 0.050 0.020 37 P 0.001 0.012 0.635 0.002 0.052 0.017 0.001 0.001 0.010 0.096 0.139 0.008 0.028 38 A 0.001 0.020 0.440 0.003 0.050 0.017 0.001 0.001 0.007 0.207 0.233 0.010 0.012 39 K 0.001 0.016 0.650 0.001 0.019 0.008 0.001 0.001 0.004 0.224 0.059 0.010 0.008 40 P 0.001 0.015 0.714 0.001 0.019 0.015 0.001 0.001 0.004 0.165 0.052 0.005 0.010 41 P 0.001 0.021 0.593 0.002 0.050 0.052 0.001 0.001 0.005 0.150 0.109 0.007 0.009 42 R 0.001 0.012 0.275 0.003 0.205 0.179 0.001 0.001 0.004 0.131 0.164 0.011 0.014 43 A 0.001 0.014 0.206 0.003 0.246 0.235 0.001 0.001 0.006 0.089 0.172 0.011 0.016 44 A 0.002 0.019 0.257 0.003 0.155 0.273 0.001 0.001 0.010 0.116 0.125 0.018 0.019 45 A 0.003 0.017 0.342 0.004 0.076 0.278 0.001 0.001 0.012 0.110 0.116 0.018 0.022 46 A 0.004 0.018 0.325 0.004 0.072 0.286 0.001 0.001 0.010 0.093 0.137 0.023 0.026 47 A 0.005 0.019 0.261 0.005 0.084 0.298 0.001 0.001 0.011 0.085 0.175 0.016 0.040 48 A 0.005 0.019 0.303 0.007 0.094 0.238 0.001 0.001 0.012 0.094 0.152 0.044 0.030 49 A 0.004 0.018 0.279 0.006 0.121 0.216 0.001 0.001 0.013 0.094 0.183 0.014 0.049 50 A 0.004 0.016 0.320 0.010 0.094 0.145 0.001 0.001 0.012 0.155 0.179 0.039 0.023 51 A 0.005 0.019 0.340 0.005 0.143 0.090 0.002 0.001 0.016 0.123 0.179 0.022 0.054 52 A 0.004 0.027 0.442 0.006 0.062 0.028 0.002 0.001 0.013 0.182 0.176 0.029 0.028 53 A 0.002 0.016 0.605 0.005 0.019 0.006 0.001 0.001 0.009 0.229 0.074 0.013 0.020 54 P 0.001 0.013 0.681 0.001 0.020 0.005 0.001 0.001 0.010 0.185 0.055 0.014 0.015 55 P 0.001 0.041 0.654 0.001 0.018 0.005 0.001 0.001 0.013 0.176 0.060 0.008 0.022 56 A 0.001 0.029 0.725 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.007 0.184 0.022 0.013 0.009 57 P 0.001 0.016 0.755 0.001 0.029 0.004 0.001 0.001 0.006 0.105 0.069 0.003 0.011 58 P 0.001 0.013 0.286 0.003 0.125 0.015 0.001 0.001 0.005 0.200 0.343 0.004 0.004 59 E 0.001 0.012 0.222 0.002 0.102 0.012 0.001 0.001 0.005 0.269 0.365 0.005 0.004 60 G 0.001 0.023 0.418 0.001 0.050 0.012 0.001 0.001 0.007 0.314 0.156 0.009 0.008 61 A 0.001 0.059 0.519 0.001 0.020 0.010 0.001 0.001 0.006 0.282 0.084 0.008 0.010 62 S 0.001 0.025 0.697 0.001 0.013 0.007 0.001 0.001 0.003 0.179 0.061 0.008 0.005 63 P 0.001 0.014 0.495 0.001 0.042 0.042 0.001 0.001 0.003 0.174 0.216 0.003 0.008 64 G 0.001 0.010 0.387 0.002 0.049 0.121 0.001 0.001 0.002 0.238 0.181 0.005 0.004 65 D 0.001 0.010 0.230 0.002 0.103 0.402 0.001 0.001 0.002 0.156 0.075 0.008 0.009 66 S 0.001 0.005 0.080 0.001 0.086 0.737 0.001 0.001 0.002 0.025 0.047 0.006 0.009 67 A 0.001 0.004 0.031 0.002 0.086 0.807 0.001 0.001 0.002 0.010 0.042 0.005 0.011 68 R 0.002 0.003 0.029 0.002 0.088 0.814 0.001 0.001 0.003 0.010 0.029 0.012 0.009 69 Q 0.002 0.002 0.025 0.001 0.049 0.857 0.001 0.001 0.004 0.010 0.032 0.006 0.013 70 K 0.003 0.004 0.085 0.002 0.024 0.787 0.001 0.001 0.005 0.017 0.044 0.019 0.008 71 L 0.001 0.002 0.039 0.001 0.030 0.867 0.001 0.001 0.002 0.009 0.038 0.002 0.011 72 E 0.001 0.002 0.037 0.001 0.042 0.793 0.001 0.001 0.001 0.018 0.096 0.006 0.002 73 E 0.001 0.004 0.081 0.001 0.037 0.670 0.001 0.001 0.002 0.035 0.163 0.001 0.006 74 T 0.001 0.002 0.190 0.001 0.009 0.660 0.001 0.001 0.003 0.089 0.043 0.003 0.002 75 S 0.001 0.001 0.056 0.001 0.008 0.893 0.001 0.001 0.001 0.022 0.017 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 77 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 83 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 85 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 86 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 87 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 88 K 0.001 0.001 0.017 0.001 0.013 0.924 0.001 0.001 0.002 0.006 0.036 0.001 0.001 89 I 0.001 0.002 0.077 0.001 0.009 0.854 0.001 0.001 0.003 0.016 0.038 0.001 0.002 90 R 0.001 0.003 0.196 0.001 0.021 0.683 0.001 0.001 0.003 0.039 0.048 0.003 0.003 91 Q 0.001 0.002 0.035 0.001 0.085 0.800 0.001 0.001 0.002 0.012 0.059 0.001 0.003 92 E 0.001 0.003 0.073 0.001 0.060 0.716 0.001 0.001 0.007 0.029 0.106 0.002 0.002 93 D 0.001 0.009 0.198 0.001 0.127 0.472 0.001 0.001 0.013 0.068 0.097 0.005 0.009 94 A 0.001 0.005 0.109 0.001 0.127 0.368 0.001 0.001 0.007 0.034 0.342 0.002 0.004 95 Q 0.001 0.015 0.137 0.001 0.054 0.111 0.001 0.001 0.003 0.095 0.578 0.002 0.004 96 G 0.001 0.009 0.473 0.001 0.019 0.040 0.001 0.001 0.001 0.288 0.162 0.004 0.003 97 P 0.001 0.006 0.357 0.001 0.018 0.076 0.001 0.001 0.001 0.224 0.312 0.002 0.003 98 R 0.001 0.009 0.333 0.001 0.021 0.084 0.001 0.001 0.001 0.237 0.307 0.002 0.004 99 D 0.001 0.007 0.395 0.003 0.042 0.182 0.001 0.001 0.002 0.227 0.122 0.011 0.007 100 S 0.002 0.007 0.115 0.003 0.074 0.573 0.001 0.001 0.004 0.047 0.144 0.007 0.024 101 A 0.005 0.013 0.042 0.005 0.084 0.725 0.001 0.001 0.005 0.015 0.068 0.013 0.024 102 A 0.011 0.008 0.053 0.007 0.098 0.687 0.001 0.001 0.011 0.012 0.039 0.039 0.032 103 E 0.014 0.005 0.049 0.003 0.065 0.695 0.001 0.001 0.012 0.012 0.071 0.014 0.057 104 K 0.020 0.013 0.102 0.015 0.040 0.559 0.003 0.002 0.008 0.047 0.115 0.053 0.023 105 S 0.023 0.012 0.216 0.006 0.059 0.345 0.003 0.001 0.008 0.080 0.167 0.027 0.053 106 T 0.008 0.008 0.254 0.007 0.055 0.258 0.002 0.002 0.010 0.122 0.229 0.018 0.026 107 G 0.004 0.010 0.323 0.011 0.047 0.152 0.002 0.003 0.011 0.216 0.194 0.014 0.013 108 S 0.005 0.012 0.390 0.007 0.085 0.154 0.005 0.009 0.030 0.155 0.112 0.015 0.021 109 I 0.007 0.018 0.190 0.008 0.183 0.212 0.016 0.042 0.088 0.071 0.121 0.013 0.030 110 L 0.012 0.029 0.143 0.017 0.186 0.172 0.021 0.091 0.143 0.055 0.096 0.016 0.019 111 D 0.005 0.029 0.230 0.010 0.137 0.147 0.015 0.101 0.120 0.084 0.097 0.011 0.013 112 D 0.001 0.017 0.357 0.004 0.103 0.102 0.007 0.046 0.119 0.110 0.122 0.003 0.009 113 I 0.001 0.022 0.327 0.003 0.143 0.088 0.003 0.024 0.055 0.148 0.179 0.004 0.003 114 G 0.001 0.020 0.367 0.001 0.097 0.064 0.001 0.004 0.019 0.195 0.230 0.001 0.002 115 S 0.001 0.018 0.330 0.001 0.142 0.042 0.001 0.003 0.008 0.302 0.152 0.001 0.001 116 M 0.001 0.017 0.210 0.001 0.253 0.093 0.001 0.005 0.007 0.206 0.207 0.001 0.001 117 F 0.001 0.011 0.168 0.001 0.220 0.204 0.001 0.006 0.005 0.300 0.086 0.001 0.001 118 D 0.001 0.016 0.177 0.001 0.309 0.203 0.001 0.003 0.004 0.216 0.069 0.001 0.001 119 D 0.001 0.009 0.152 0.001 0.263 0.281 0.001 0.001 0.003 0.078 0.211 0.001 0.001 120 L 0.001 0.002 0.066 0.001 0.202 0.530 0.001 0.001 0.001 0.094 0.104 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.031 0.001 0.216 0.647 0.001 0.001 0.001 0.053 0.051 0.001 0.001 122 D 0.001 0.001 0.018 0.001 0.149 0.731 0.001 0.001 0.001 0.040 0.060 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.016 0.001 0.072 0.834 0.001 0.001 0.001 0.022 0.052 0.001 0.001 124 L 0.001 0.002 0.029 0.001 0.104 0.793 0.001 0.001 0.003 0.018 0.049 0.001 0.001 125 D 0.001 0.002 0.029 0.001 0.220 0.651 0.001 0.001 0.002 0.010 0.084 0.001 0.001 126 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.179 0.501 0.001 0.001 0.002 0.017 0.280 0.001 0.001 127 M 0.001 0.005 0.125 0.001 0.088 0.325 0.001 0.001 0.006 0.108 0.339 0.002 0.001 128 L 0.001 0.015 0.293 0.001 0.070 0.228 0.001 0.001 0.005 0.281 0.103 0.001 0.003 129 E 0.001 0.010 0.583 0.001 0.037 0.087 0.001 0.001 0.004 0.211 0.064 0.002 0.001