# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.3477 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.114 0.009 0.001 0.014 0.010 0.014 0.107 0.005 0.001 0.036 0.688 2 A 0.020 0.003 0.001 0.013 0.010 0.021 0.104 0.001 0.001 0.026 0.802 3 R 0.004 0.004 0.001 0.012 0.010 0.018 0.131 0.001 0.001 0.018 0.801 4 Q 0.049 0.023 0.002 0.011 0.012 0.015 0.108 0.004 0.001 0.044 0.733 5 P 0.152 0.044 0.003 0.011 0.015 0.015 0.102 0.010 0.002 0.049 0.597 6 P 0.156 0.050 0.003 0.012 0.006 0.013 0.074 0.010 0.002 0.031 0.643 7 A 0.129 0.017 0.003 0.019 0.012 0.024 0.088 0.006 0.001 0.037 0.663 8 A 0.069 0.007 0.002 0.020 0.013 0.027 0.104 0.003 0.001 0.044 0.711 9 L 0.018 0.003 0.001 0.014 0.022 0.031 0.123 0.001 0.001 0.034 0.753 10 A 0.011 0.003 0.001 0.014 0.020 0.025 0.116 0.001 0.001 0.025 0.783 11 K 0.061 0.004 0.001 0.017 0.019 0.021 0.113 0.003 0.001 0.044 0.716 12 P 0.119 0.003 0.001 0.016 0.012 0.015 0.102 0.004 0.001 0.031 0.696 13 P 0.013 0.001 0.001 0.007 0.006 0.011 0.111 0.001 0.001 0.016 0.835 14 G 0.004 0.001 0.001 0.011 0.007 0.013 0.113 0.001 0.001 0.013 0.838 15 T 0.052 0.013 0.001 0.018 0.007 0.010 0.119 0.003 0.001 0.031 0.745 16 P 0.266 0.023 0.002 0.013 0.005 0.006 0.086 0.009 0.001 0.050 0.540 17 P 0.077 0.021 0.002 0.015 0.008 0.014 0.109 0.004 0.001 0.030 0.721 18 S 0.055 0.013 0.002 0.024 0.009 0.026 0.091 0.003 0.001 0.045 0.732 19 L 0.054 0.005 0.001 0.028 0.021 0.035 0.147 0.002 0.001 0.055 0.651 20 G 0.028 0.007 0.002 0.026 0.029 0.041 0.120 0.002 0.001 0.039 0.706 21 A 0.037 0.006 0.001 0.012 0.023 0.031 0.100 0.003 0.001 0.027 0.759 22 S 0.162 0.006 0.002 0.018 0.033 0.039 0.113 0.004 0.001 0.052 0.571 23 P 0.016 0.002 0.001 0.011 0.020 0.031 0.124 0.001 0.001 0.026 0.769 24 A 0.009 0.002 0.001 0.015 0.020 0.044 0.136 0.001 0.001 0.026 0.747 25 K 0.024 0.002 0.001 0.017 0.023 0.030 0.136 0.001 0.001 0.040 0.726 26 P 0.016 0.003 0.001 0.024 0.021 0.024 0.130 0.001 0.001 0.041 0.738 27 P 0.060 0.009 0.001 0.020 0.012 0.019 0.093 0.004 0.001 0.028 0.754 28 S 0.243 0.007 0.001 0.015 0.009 0.012 0.085 0.004 0.001 0.051 0.571 29 P 0.006 0.003 0.001 0.011 0.011 0.020 0.133 0.001 0.001 0.023 0.790 30 G 0.022 0.013 0.001 0.017 0.010 0.020 0.087 0.001 0.001 0.026 0.802 31 A 0.200 0.015 0.004 0.014 0.019 0.019 0.099 0.009 0.002 0.065 0.555 32 P 0.089 0.014 0.002 0.020 0.018 0.028 0.121 0.007 0.001 0.043 0.658 33 A 0.050 0.003 0.001 0.013 0.017 0.034 0.082 0.001 0.001 0.033 0.766 34 L 0.004 0.001 0.001 0.022 0.030 0.041 0.128 0.001 0.001 0.016 0.756 35 H 0.030 0.007 0.001 0.022 0.015 0.021 0.088 0.002 0.001 0.029 0.784 36 V 0.181 0.007 0.001 0.016 0.018 0.015 0.108 0.007 0.001 0.057 0.589 37 P 0.020 0.005 0.001 0.011 0.006 0.008 0.131 0.001 0.001 0.032 0.783 38 A 0.005 0.007 0.001 0.014 0.007 0.014 0.109 0.001 0.001 0.024 0.820 39 K 0.040 0.054 0.002 0.020 0.004 0.007 0.102 0.005 0.001 0.049 0.716 40 P 0.144 0.197 0.004 0.011 0.004 0.004 0.079 0.029 0.003 0.050 0.474 41 P 0.214 0.283 0.005 0.006 0.002 0.004 0.047 0.026 0.003 0.040 0.369 42 R 0.174 0.239 0.007 0.010 0.002 0.006 0.054 0.018 0.003 0.053 0.434 43 A 0.114 0.234 0.008 0.011 0.003 0.007 0.070 0.015 0.003 0.054 0.480 44 A 0.117 0.236 0.007 0.011 0.004 0.008 0.078 0.022 0.005 0.064 0.448 45 A 0.126 0.222 0.009 0.007 0.004 0.008 0.080 0.023 0.006 0.059 0.456 46 A 0.098 0.207 0.011 0.009 0.009 0.015 0.087 0.016 0.006 0.074 0.468 47 A 0.111 0.186 0.011 0.010 0.008 0.014 0.076 0.017 0.007 0.049 0.511 48 A 0.241 0.139 0.013 0.014 0.012 0.018 0.076 0.027 0.009 0.051 0.400 49 A 0.206 0.043 0.013 0.012 0.011 0.020 0.082 0.021 0.010 0.055 0.527 50 A 0.147 0.012 0.005 0.016 0.020 0.029 0.100 0.005 0.003 0.048 0.615 51 A 0.023 0.003 0.002 0.014 0.016 0.021 0.109 0.001 0.001 0.029 0.780 52 A 0.014 0.003 0.001 0.020 0.019 0.025 0.131 0.002 0.001 0.025 0.760 53 A 0.077 0.004 0.001 0.015 0.013 0.016 0.114 0.003 0.001 0.037 0.719 54 P 0.020 0.001 0.001 0.010 0.012 0.017 0.144 0.001 0.001 0.018 0.775 55 P 0.006 0.001 0.001 0.017 0.008 0.016 0.118 0.001 0.001 0.016 0.817 56 A 0.080 0.006 0.002 0.035 0.010 0.015 0.107 0.004 0.001 0.038 0.701 57 P 0.414 0.011 0.001 0.016 0.004 0.005 0.081 0.007 0.001 0.025 0.434 58 P 0.186 0.007 0.001 0.014 0.004 0.007 0.083 0.003 0.001 0.027 0.666 59 E 0.029 0.004 0.001 0.032 0.006 0.014 0.122 0.001 0.001 0.025 0.765 60 G 0.016 0.004 0.001 0.047 0.011 0.024 0.144 0.001 0.001 0.032 0.720 61 A 0.017 0.005 0.001 0.021 0.028 0.033 0.159 0.002 0.001 0.030 0.705 62 S 0.210 0.025 0.001 0.019 0.015 0.020 0.100 0.007 0.001 0.083 0.519 63 P 0.058 0.054 0.001 0.014 0.013 0.014 0.132 0.004 0.001 0.053 0.657 64 G 0.035 0.185 0.003 0.012 0.010 0.020 0.092 0.005 0.001 0.040 0.598 65 D 0.127 0.357 0.003 0.012 0.016 0.029 0.061 0.009 0.001 0.055 0.331 66 S 0.109 0.446 0.005 0.015 0.011 0.021 0.049 0.014 0.002 0.055 0.274 67 A 0.054 0.395 0.005 0.013 0.030 0.069 0.057 0.013 0.002 0.046 0.318 68 R 0.126 0.257 0.004 0.013 0.020 0.047 0.059 0.005 0.002 0.108 0.359 69 Q 0.032 0.214 0.003 0.014 0.064 0.074 0.085 0.002 0.001 0.062 0.448 70 K 0.036 0.217 0.010 0.020 0.026 0.060 0.071 0.009 0.002 0.227 0.322 71 L 0.158 0.189 0.013 0.021 0.022 0.026 0.086 0.021 0.007 0.186 0.272 72 E 0.093 0.370 0.003 0.017 0.022 0.022 0.055 0.006 0.001 0.066 0.346 73 E 0.015 0.498 0.003 0.009 0.007 0.014 0.034 0.005 0.001 0.049 0.366 74 T 0.009 0.884 0.002 0.003 0.003 0.005 0.012 0.003 0.001 0.023 0.057 75 S 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.015 76 A 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 77 C 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.008 78 L 0.022 0.955 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.007 79 A 0.042 0.885 0.005 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.002 0.029 0.021 80 A 0.026 0.872 0.004 0.001 0.001 0.003 0.007 0.006 0.002 0.022 0.055 81 A 0.020 0.878 0.006 0.001 0.002 0.003 0.006 0.005 0.001 0.032 0.045 82 L 0.012 0.877 0.007 0.001 0.004 0.004 0.006 0.003 0.001 0.028 0.059 83 Q 0.026 0.836 0.004 0.002 0.004 0.006 0.011 0.006 0.001 0.037 0.067 84 A 0.057 0.596 0.027 0.004 0.008 0.012 0.022 0.020 0.009 0.073 0.171 85 V 0.103 0.580 0.013 0.015 0.018 0.016 0.023 0.008 0.002 0.046 0.176 86 E 0.074 0.428 0.006 0.005 0.006 0.010 0.026 0.005 0.001 0.043 0.395 87 E 0.073 0.310 0.003 0.029 0.010 0.016 0.074 0.007 0.001 0.066 0.412 88 K 0.072 0.215 0.012 0.018 0.008 0.018 0.072 0.015 0.006 0.100 0.465 89 I 0.050 0.100 0.007 0.019 0.032 0.037 0.120 0.006 0.002 0.106 0.521 90 R 0.111 0.222 0.005 0.017 0.011 0.018 0.047 0.009 0.003 0.054 0.506 91 Q 0.228 0.192 0.011 0.016 0.011 0.013 0.056 0.021 0.005 0.058 0.388 92 E 0.197 0.081 0.022 0.020 0.007 0.016 0.075 0.044 0.016 0.059 0.461 93 D 0.449 0.015 0.005 0.015 0.009 0.012 0.056 0.008 0.003 0.045 0.386 94 A 0.026 0.005 0.002 0.019 0.008 0.009 0.099 0.001 0.001 0.024 0.807 95 Q 0.010 0.008 0.001 0.011 0.006 0.009 0.132 0.002 0.001 0.023 0.798 96 G 0.183 0.022 0.003 0.013 0.004 0.006 0.136 0.011 0.002 0.118 0.502 97 P 0.079 0.048 0.002 0.013 0.005 0.004 0.148 0.007 0.001 0.051 0.642 98 R 0.031 0.189 0.002 0.011 0.004 0.008 0.087 0.006 0.001 0.036 0.624 99 D 0.067 0.485 0.003 0.009 0.003 0.008 0.053 0.012 0.002 0.079 0.279 100 S 0.071 0.737 0.001 0.005 0.002 0.005 0.024 0.006 0.001 0.033 0.114 101 A 0.072 0.449 0.004 0.007 0.006 0.017 0.045 0.011 0.002 0.156 0.230 102 A 0.027 0.053 0.010 0.016 0.008 0.024 0.067 0.004 0.003 0.657 0.131 103 E 0.068 0.118 0.021 0.045 0.020 0.029 0.087 0.006 0.004 0.365 0.237 104 K 0.076 0.158 0.011 0.053 0.031 0.032 0.110 0.011 0.001 0.162 0.354 105 S 0.073 0.095 0.009 0.037 0.010 0.031 0.133 0.015 0.004 0.187 0.404 106 T 0.056 0.128 0.005 0.058 0.021 0.039 0.138 0.007 0.002 0.076 0.472 107 G 0.028 0.077 0.004 0.086 0.028 0.040 0.116 0.005 0.001 0.111 0.505 108 S 0.033 0.097 0.006 0.114 0.052 0.052 0.149 0.005 0.001 0.143 0.347 109 I 0.076 0.231 0.004 0.066 0.015 0.028 0.102 0.014 0.002 0.120 0.343 110 L 0.163 0.160 0.006 0.072 0.011 0.020 0.102 0.016 0.002 0.164 0.284 111 D 0.044 0.118 0.008 0.082 0.014 0.038 0.159 0.008 0.002 0.126 0.400 112 D 0.077 0.111 0.008 0.091 0.012 0.030 0.121 0.013 0.003 0.150 0.385 113 I 0.166 0.171 0.010 0.065 0.016 0.023 0.112 0.030 0.004 0.090 0.314 114 G 0.072 0.116 0.006 0.049 0.012 0.016 0.114 0.014 0.003 0.162 0.437 115 S 0.089 0.193 0.006 0.027 0.006 0.011 0.098 0.018 0.002 0.064 0.485 116 M 0.030 0.239 0.002 0.022 0.005 0.008 0.126 0.009 0.001 0.131 0.428 117 F 0.033 0.680 0.005 0.003 0.001 0.001 0.029 0.034 0.003 0.021 0.189 118 D 0.122 0.691 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.015 0.002 0.075 0.069 119 D 0.023 0.878 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.005 0.014 0.051 120 L 0.040 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.006 0.014 121 A 0.071 0.679 0.019 0.001 0.001 0.001 0.010 0.046 0.014 0.106 0.053 122 D 0.062 0.803 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.004 0.034 0.067 123 Q 0.026 0.803 0.009 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.004 0.044 0.088 124 L 0.036 0.745 0.035 0.001 0.001 0.002 0.021 0.024 0.007 0.032 0.095 125 D 0.274 0.351 0.012 0.002 0.002 0.004 0.040 0.020 0.016 0.072 0.206 126 A 0.122 0.079 0.032 0.009 0.004 0.005 0.070 0.021 0.022 0.066 0.569 127 M 0.140 0.041 0.017 0.010 0.009 0.014 0.107 0.007 0.006 0.066 0.582 128 L 0.096 0.019 0.004 0.008 0.003 0.005 0.090 0.004 0.002 0.023 0.745 129 E 0.042 0.014 0.001 0.008 0.003 0.005 0.108 0.002 0.001 0.016 0.801