# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.3477 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.535 0.146 0.034 0.087 0.061 0.036 0.043 0.028 0.016 0.009 0.005 2 A 0.225 0.120 0.043 0.113 0.093 0.085 0.106 0.074 0.065 0.048 0.028 3 R 0.139 0.138 0.048 0.138 0.123 0.109 0.121 0.078 0.055 0.033 0.018 4 Q 0.201 0.240 0.062 0.169 0.109 0.069 0.060 0.040 0.026 0.016 0.009 5 P 0.128 0.082 0.030 0.096 0.099 0.101 0.134 0.116 0.098 0.070 0.047 6 P 0.346 0.248 0.053 0.165 0.081 0.037 0.032 0.019 0.011 0.006 0.003 7 A 0.067 0.038 0.023 0.070 0.080 0.122 0.148 0.119 0.142 0.119 0.073 8 A 0.190 0.194 0.067 0.175 0.123 0.085 0.069 0.043 0.027 0.017 0.009 9 L 0.055 0.058 0.029 0.101 0.100 0.114 0.153 0.125 0.125 0.086 0.055 10 A 0.078 0.061 0.029 0.081 0.091 0.092 0.139 0.127 0.120 0.104 0.079 11 K 0.186 0.206 0.087 0.229 0.126 0.060 0.045 0.029 0.017 0.010 0.005 12 P 0.196 0.117 0.043 0.137 0.110 0.112 0.109 0.073 0.050 0.034 0.019 13 P 0.170 0.101 0.028 0.099 0.091 0.086 0.118 0.099 0.091 0.067 0.051 14 G 0.210 0.131 0.036 0.116 0.103 0.090 0.107 0.077 0.060 0.044 0.025 15 T 0.173 0.157 0.052 0.144 0.107 0.095 0.091 0.061 0.055 0.041 0.024 16 P 0.247 0.175 0.036 0.133 0.101 0.076 0.087 0.060 0.042 0.028 0.016 17 P 0.296 0.141 0.038 0.143 0.105 0.074 0.076 0.057 0.035 0.022 0.013 18 S 0.212 0.162 0.050 0.163 0.114 0.089 0.083 0.056 0.036 0.023 0.012 19 L 0.054 0.059 0.022 0.087 0.095 0.123 0.148 0.124 0.126 0.096 0.066 20 G 0.139 0.091 0.035 0.108 0.110 0.091 0.126 0.105 0.089 0.064 0.043 21 A 0.143 0.140 0.065 0.165 0.125 0.098 0.097 0.064 0.049 0.036 0.019 22 S 0.142 0.146 0.049 0.150 0.118 0.101 0.108 0.072 0.056 0.038 0.021 23 P 0.360 0.180 0.034 0.136 0.090 0.055 0.052 0.040 0.026 0.017 0.010 24 A 0.197 0.101 0.031 0.100 0.086 0.089 0.115 0.098 0.083 0.062 0.037 25 K 0.162 0.229 0.055 0.206 0.133 0.078 0.059 0.036 0.022 0.014 0.007 26 P 0.082 0.045 0.019 0.056 0.066 0.090 0.132 0.132 0.153 0.126 0.100 27 P 0.311 0.231 0.051 0.169 0.100 0.049 0.041 0.023 0.013 0.007 0.004 28 S 0.066 0.059 0.021 0.063 0.064 0.076 0.112 0.112 0.157 0.142 0.128 29 P 0.267 0.180 0.035 0.153 0.132 0.068 0.062 0.046 0.028 0.017 0.011 30 G 0.362 0.175 0.039 0.126 0.075 0.060 0.063 0.041 0.030 0.019 0.010 31 A 0.137 0.102 0.033 0.135 0.121 0.112 0.113 0.088 0.072 0.051 0.037 32 P 0.200 0.156 0.036 0.144 0.114 0.085 0.095 0.072 0.050 0.031 0.017 33 A 0.101 0.091 0.037 0.125 0.112 0.106 0.121 0.101 0.092 0.070 0.045 34 L 0.081 0.065 0.035 0.110 0.113 0.117 0.152 0.117 0.099 0.070 0.042 35 H 0.227 0.208 0.071 0.200 0.113 0.063 0.051 0.031 0.020 0.012 0.006 36 V 0.058 0.043 0.021 0.062 0.072 0.099 0.148 0.133 0.151 0.122 0.091 37 P 0.213 0.183 0.048 0.161 0.118 0.074 0.078 0.053 0.036 0.024 0.013 38 A 0.231 0.128 0.053 0.129 0.101 0.089 0.098 0.066 0.052 0.034 0.019 39 K 0.298 0.231 0.061 0.153 0.093 0.055 0.048 0.028 0.017 0.010 0.006 40 P 0.162 0.101 0.030 0.104 0.096 0.092 0.128 0.102 0.086 0.061 0.038 41 P 0.289 0.213 0.061 0.148 0.099 0.059 0.056 0.036 0.020 0.012 0.006 42 R 0.197 0.159 0.072 0.186 0.126 0.087 0.073 0.047 0.028 0.017 0.009 43 A 0.180 0.115 0.051 0.128 0.106 0.096 0.116 0.087 0.058 0.041 0.021 44 A 0.112 0.131 0.063 0.182 0.139 0.106 0.105 0.072 0.047 0.029 0.014 45 A 0.090 0.069 0.055 0.111 0.107 0.114 0.144 0.115 0.091 0.065 0.038 46 A 0.126 0.128 0.090 0.201 0.149 0.095 0.087 0.056 0.035 0.021 0.012 47 A 0.067 0.047 0.037 0.076 0.087 0.101 0.154 0.136 0.130 0.098 0.067 48 A 0.120 0.123 0.067 0.177 0.145 0.094 0.104 0.073 0.049 0.031 0.018 49 A 0.116 0.091 0.053 0.120 0.108 0.104 0.135 0.100 0.081 0.059 0.033 50 A 0.238 0.173 0.076 0.181 0.118 0.067 0.060 0.040 0.024 0.014 0.008 51 A 0.186 0.131 0.051 0.145 0.109 0.089 0.104 0.076 0.052 0.035 0.020 52 A 0.099 0.077 0.036 0.104 0.102 0.110 0.130 0.109 0.101 0.079 0.053 53 A 0.181 0.161 0.061 0.155 0.119 0.089 0.089 0.061 0.042 0.027 0.015 54 P 0.142 0.093 0.046 0.131 0.114 0.106 0.121 0.088 0.075 0.051 0.034 55 P 0.151 0.087 0.037 0.099 0.094 0.088 0.120 0.098 0.097 0.075 0.054 56 A 0.125 0.116 0.044 0.148 0.127 0.108 0.114 0.082 0.067 0.043 0.027 57 P 0.159 0.125 0.045 0.132 0.112 0.090 0.108 0.084 0.066 0.046 0.033 58 P 0.216 0.127 0.038 0.125 0.106 0.082 0.099 0.077 0.059 0.042 0.028 59 E 0.339 0.201 0.046 0.145 0.089 0.052 0.051 0.034 0.021 0.013 0.007 60 G 0.253 0.124 0.036 0.140 0.109 0.083 0.092 0.066 0.047 0.031 0.019 61 A 0.189 0.099 0.036 0.103 0.094 0.092 0.118 0.092 0.080 0.059 0.038 62 S 0.152 0.189 0.056 0.170 0.133 0.090 0.085 0.054 0.037 0.021 0.013 63 P 0.105 0.124 0.039 0.099 0.099 0.091 0.130 0.106 0.092 0.068 0.047 64 G 0.332 0.154 0.052 0.134 0.104 0.069 0.073 0.039 0.024 0.013 0.007 65 D 0.512 0.173 0.069 0.119 0.054 0.029 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 66 S 0.136 0.101 0.056 0.147 0.142 0.105 0.126 0.081 0.055 0.031 0.021 67 A 0.046 0.053 0.041 0.089 0.110 0.104 0.196 0.149 0.107 0.071 0.034 68 R 0.040 0.056 0.195 0.220 0.166 0.124 0.105 0.050 0.025 0.015 0.004 69 Q 0.028 0.051 0.315 0.187 0.117 0.117 0.099 0.047 0.022 0.013 0.004 70 K 0.021 0.070 0.169 0.218 0.161 0.109 0.125 0.072 0.032 0.016 0.007 71 L 0.013 0.010 0.034 0.029 0.044 0.069 0.180 0.179 0.183 0.163 0.097 72 E 0.055 0.090 0.382 0.221 0.118 0.058 0.041 0.018 0.009 0.005 0.002 73 E 0.031 0.060 0.243 0.156 0.137 0.105 0.134 0.073 0.035 0.020 0.008 74 T 0.023 0.035 0.061 0.060 0.079 0.109 0.213 0.161 0.130 0.089 0.041 75 S 0.075 0.065 0.105 0.133 0.108 0.121 0.162 0.101 0.071 0.040 0.020 76 A 0.040 0.042 0.108 0.130 0.131 0.127 0.181 0.113 0.066 0.040 0.022 77 C 0.002 0.006 0.018 0.022 0.047 0.041 0.113 0.171 0.202 0.191 0.187 78 L 0.001 0.001 0.005 0.008 0.024 0.046 0.128 0.167 0.232 0.228 0.160 79 A 0.014 0.020 0.200 0.181 0.177 0.136 0.138 0.058 0.041 0.023 0.012 80 A 0.003 0.005 0.038 0.039 0.073 0.137 0.295 0.168 0.124 0.077 0.042 81 A 0.001 0.002 0.009 0.012 0.021 0.028 0.082 0.110 0.256 0.265 0.215 82 L 0.001 0.001 0.008 0.009 0.024 0.068 0.214 0.142 0.214 0.200 0.119 83 Q 0.007 0.032 0.577 0.216 0.100 0.040 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 84 A 0.008 0.009 0.052 0.044 0.104 0.144 0.299 0.189 0.076 0.044 0.031 85 V 0.003 0.012 0.019 0.018 0.026 0.038 0.120 0.145 0.236 0.229 0.153 86 E 0.027 0.025 0.101 0.129 0.169 0.178 0.237 0.074 0.037 0.016 0.007 87 E 0.088 0.075 0.706 0.103 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.023 0.040 0.101 0.139 0.182 0.156 0.231 0.090 0.026 0.009 0.004 89 I 0.009 0.005 0.009 0.008 0.014 0.023 0.100 0.159 0.219 0.278 0.178 90 R 0.009 0.099 0.557 0.216 0.077 0.025 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 91 Q 0.034 0.065 0.559 0.166 0.088 0.044 0.027 0.012 0.003 0.002 0.001 92 E 0.401 0.166 0.136 0.112 0.061 0.041 0.046 0.025 0.008 0.004 0.001 93 D 0.185 0.123 0.088 0.124 0.093 0.089 0.139 0.088 0.042 0.021 0.008 94 A 0.167 0.111 0.166 0.130 0.104 0.092 0.109 0.060 0.031 0.021 0.009 95 Q 0.230 0.245 0.241 0.163 0.065 0.025 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 96 G 0.347 0.145 0.088 0.100 0.074 0.062 0.084 0.051 0.026 0.016 0.007 97 P 0.227 0.191 0.077 0.155 0.109 0.072 0.076 0.047 0.024 0.014 0.006 98 R 0.211 0.179 0.105 0.161 0.112 0.083 0.073 0.042 0.019 0.010 0.004 99 D 0.266 0.124 0.103 0.143 0.113 0.083 0.085 0.045 0.021 0.011 0.006 100 S 0.209 0.189 0.100 0.157 0.109 0.065 0.081 0.048 0.023 0.013 0.007 101 A 0.109 0.075 0.062 0.145 0.144 0.109 0.145 0.100 0.059 0.037 0.015 102 A 0.155 0.113 0.127 0.190 0.123 0.089 0.097 0.056 0.028 0.017 0.006 103 E 0.034 0.075 0.179 0.225 0.153 0.122 0.101 0.056 0.031 0.017 0.008 104 K 0.031 0.061 0.098 0.119 0.127 0.136 0.161 0.114 0.073 0.050 0.030 105 S 0.045 0.069 0.081 0.116 0.113 0.098 0.131 0.114 0.107 0.076 0.050 106 T 0.086 0.057 0.071 0.090 0.086 0.087 0.143 0.116 0.117 0.093 0.054 107 G 0.107 0.095 0.127 0.195 0.137 0.109 0.100 0.052 0.041 0.025 0.014 108 S 0.042 0.056 0.079 0.113 0.111 0.116 0.166 0.128 0.092 0.063 0.034 109 I 0.011 0.019 0.024 0.047 0.061 0.088 0.156 0.155 0.188 0.142 0.109 110 L 0.009 0.010 0.016 0.032 0.045 0.055 0.131 0.167 0.193 0.179 0.162 111 D 0.029 0.044 0.111 0.141 0.129 0.130 0.153 0.093 0.084 0.054 0.031 112 D 0.012 0.018 0.047 0.068 0.093 0.086 0.201 0.182 0.139 0.100 0.055 113 I 0.005 0.009 0.019 0.024 0.026 0.038 0.094 0.125 0.240 0.244 0.177 114 G 0.027 0.034 0.044 0.071 0.073 0.085 0.161 0.127 0.162 0.122 0.093 115 S 0.010 0.014 0.035 0.042 0.054 0.069 0.136 0.159 0.197 0.172 0.112 116 M 0.007 0.013 0.027 0.041 0.069 0.060 0.143 0.226 0.173 0.148 0.091 117 F 0.007 0.009 0.021 0.027 0.034 0.041 0.107 0.172 0.223 0.223 0.136 118 D 0.013 0.019 0.046 0.074 0.093 0.111 0.188 0.155 0.139 0.095 0.066 119 D 0.014 0.019 0.060 0.068 0.100 0.093 0.196 0.183 0.137 0.089 0.042 120 L 0.008 0.015 0.052 0.050 0.057 0.068 0.163 0.147 0.195 0.159 0.086 121 A 0.011 0.013 0.037 0.045 0.058 0.088 0.186 0.144 0.181 0.136 0.101 122 D 0.045 0.058 0.141 0.123 0.106 0.124 0.173 0.081 0.079 0.045 0.022 123 Q 0.013 0.018 0.069 0.074 0.116 0.089 0.205 0.193 0.108 0.070 0.045 124 L 0.012 0.014 0.039 0.036 0.043 0.063 0.152 0.171 0.193 0.193 0.084 125 D 0.042 0.076 0.165 0.169 0.122 0.115 0.143 0.067 0.057 0.031 0.015 126 A 0.069 0.042 0.125 0.120 0.141 0.114 0.161 0.122 0.059 0.029 0.017 127 M 0.095 0.101 0.157 0.137 0.112 0.084 0.138 0.083 0.050 0.028 0.014 128 L 0.037 0.041 0.067 0.071 0.091 0.093 0.228 0.159 0.109 0.065 0.038 129 E 0.276 0.163 0.217 0.159 0.081 0.039 0.034 0.016 0.009 0.005 0.002