# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.3477 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 A 0.013 0.002 0.001 0.016 0.035 0.105 0.037 0.001 0.001 0.002 0.790 3 R 0.251 0.007 0.002 0.025 0.020 0.042 0.062 0.001 0.001 0.004 0.586 4 Q 0.215 0.010 0.004 0.018 0.029 0.045 0.073 0.001 0.001 0.003 0.602 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 7 A 0.037 0.002 0.001 0.024 0.021 0.057 0.068 0.001 0.001 0.003 0.787 8 A 0.212 0.013 0.001 0.031 0.026 0.031 0.057 0.001 0.001 0.002 0.626 9 L 0.194 0.030 0.001 0.035 0.030 0.042 0.045 0.001 0.001 0.002 0.619 10 A 0.164 0.031 0.004 0.051 0.026 0.048 0.096 0.004 0.001 0.004 0.571 11 K 0.092 0.018 0.005 0.029 0.019 0.035 0.090 0.003 0.001 0.004 0.706 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 14 G 0.098 0.003 0.003 0.025 0.017 0.043 0.062 0.001 0.001 0.005 0.742 15 T 0.188 0.006 0.003 0.017 0.016 0.026 0.089 0.001 0.001 0.003 0.651 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 18 S 0.088 0.002 0.001 0.024 0.018 0.036 0.089 0.001 0.001 0.004 0.737 19 L 0.278 0.013 0.002 0.032 0.022 0.029 0.032 0.001 0.001 0.002 0.590 20 G 0.116 0.024 0.002 0.051 0.055 0.082 0.087 0.001 0.001 0.003 0.578 21 A 0.109 0.016 0.004 0.032 0.024 0.040 0.099 0.002 0.001 0.005 0.670 22 S 0.083 0.021 0.002 0.039 0.055 0.060 0.106 0.002 0.001 0.004 0.626 23 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 24 A 0.032 0.006 0.003 0.029 0.023 0.066 0.142 0.001 0.001 0.006 0.693 25 K 0.210 0.006 0.004 0.026 0.019 0.031 0.078 0.001 0.001 0.004 0.619 26 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 27 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.980 28 S 0.064 0.002 0.001 0.014 0.021 0.033 0.091 0.001 0.001 0.002 0.770 29 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 30 G 0.050 0.005 0.001 0.020 0.022 0.057 0.120 0.001 0.001 0.006 0.719 31 A 0.452 0.006 0.003 0.019 0.022 0.028 0.072 0.001 0.001 0.004 0.392 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 33 A 0.021 0.005 0.001 0.033 0.060 0.120 0.053 0.001 0.001 0.003 0.704 34 L 0.147 0.014 0.002 0.060 0.056 0.085 0.061 0.001 0.001 0.004 0.571 35 H 0.104 0.015 0.003 0.037 0.043 0.070 0.076 0.002 0.001 0.004 0.647 36 V 0.080 0.017 0.003 0.044 0.060 0.074 0.072 0.001 0.001 0.003 0.645 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 38 A 0.028 0.004 0.002 0.028 0.024 0.067 0.085 0.001 0.001 0.005 0.756 39 K 0.166 0.007 0.006 0.029 0.014 0.030 0.074 0.001 0.001 0.004 0.669 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 42 R 0.048 0.004 0.001 0.019 0.014 0.034 0.079 0.001 0.001 0.003 0.798 43 A 0.206 0.020 0.001 0.020 0.010 0.019 0.062 0.001 0.001 0.002 0.659 44 A 0.261 0.069 0.002 0.033 0.021 0.041 0.083 0.002 0.001 0.004 0.484 45 A 0.219 0.091 0.004 0.031 0.019 0.030 0.072 0.003 0.001 0.005 0.527 46 A 0.125 0.091 0.006 0.037 0.026 0.037 0.068 0.004 0.001 0.005 0.600 47 A 0.086 0.082 0.012 0.044 0.025 0.041 0.069 0.006 0.001 0.006 0.630 48 A 0.103 0.090 0.011 0.052 0.034 0.061 0.107 0.007 0.001 0.007 0.529 49 A 0.097 0.090 0.009 0.038 0.030 0.049 0.076 0.005 0.001 0.006 0.600 50 A 0.115 0.100 0.006 0.042 0.042 0.051 0.076 0.006 0.001 0.006 0.554 51 A 0.112 0.067 0.007 0.034 0.029 0.041 0.058 0.007 0.001 0.005 0.640 52 A 0.157 0.062 0.014 0.050 0.032 0.057 0.087 0.009 0.001 0.007 0.525 53 A 0.099 0.028 0.009 0.033 0.029 0.042 0.066 0.005 0.001 0.005 0.683 54 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 55 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.991 56 A 0.055 0.002 0.002 0.028 0.037 0.079 0.068 0.001 0.001 0.003 0.725 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 58 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.975 59 E 0.085 0.003 0.001 0.015 0.015 0.022 0.083 0.001 0.001 0.003 0.773 60 G 0.372 0.006 0.001 0.012 0.015 0.019 0.059 0.001 0.001 0.004 0.513 61 A 0.300 0.018 0.008 0.033 0.029 0.039 0.109 0.001 0.001 0.007 0.455 62 S 0.054 0.011 0.003 0.024 0.046 0.046 0.193 0.001 0.001 0.005 0.617 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 64 G 0.010 0.006 0.001 0.014 0.020 0.061 0.179 0.001 0.001 0.004 0.705 65 D 0.199 0.006 0.002 0.007 0.006 0.012 0.092 0.001 0.001 0.008 0.668 66 S 0.109 0.062 0.002 0.008 0.011 0.015 0.115 0.001 0.001 0.003 0.675 67 A 0.052 0.119 0.004 0.012 0.018 0.044 0.189 0.001 0.001 0.003 0.557 68 R 0.068 0.279 0.002 0.014 0.029 0.056 0.192 0.003 0.001 0.004 0.354 69 Q 0.163 0.432 0.002 0.009 0.034 0.039 0.037 0.002 0.001 0.002 0.280 70 K 0.039 0.748 0.003 0.003 0.019 0.017 0.026 0.002 0.001 0.001 0.142 71 L 0.029 0.819 0.003 0.003 0.018 0.018 0.011 0.002 0.001 0.001 0.097 72 E 0.028 0.782 0.001 0.003 0.005 0.014 0.024 0.008 0.001 0.001 0.133 73 E 0.112 0.661 0.007 0.003 0.004 0.007 0.055 0.016 0.001 0.002 0.133 74 T 0.126 0.691 0.007 0.002 0.003 0.005 0.016 0.012 0.001 0.002 0.136 75 S 0.051 0.611 0.025 0.003 0.005 0.007 0.030 0.008 0.001 0.002 0.257 76 A 0.019 0.399 0.024 0.003 0.004 0.005 0.069 0.002 0.001 0.001 0.474 77 C 0.022 0.573 0.005 0.003 0.004 0.006 0.142 0.002 0.001 0.002 0.241 78 L 0.019 0.876 0.002 0.001 0.003 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.073 79 A 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.026 80 A 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 81 A 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 82 L 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 83 Q 0.009 0.959 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.022 84 A 0.012 0.946 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.027 85 V 0.029 0.913 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.042 86 E 0.019 0.912 0.005 0.001 0.001 0.002 0.008 0.008 0.001 0.001 0.044 87 E 0.034 0.880 0.007 0.001 0.002 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.062 88 K 0.068 0.845 0.004 0.001 0.002 0.002 0.006 0.010 0.001 0.001 0.061 89 I 0.037 0.849 0.016 0.002 0.004 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.075 90 R 0.058 0.639 0.014 0.006 0.011 0.017 0.031 0.028 0.001 0.001 0.194 91 Q 0.140 0.433 0.037 0.007 0.010 0.013 0.037 0.019 0.001 0.003 0.300 92 E 0.105 0.375 0.009 0.008 0.011 0.012 0.050 0.019 0.001 0.003 0.408 93 D 0.166 0.177 0.010 0.008 0.013 0.014 0.073 0.026 0.001 0.006 0.507 94 A 0.205 0.200 0.020 0.012 0.009 0.012 0.056 0.013 0.001 0.004 0.469 95 Q 0.187 0.085 0.024 0.016 0.015 0.022 0.232 0.025 0.001 0.011 0.383 96 G 0.248 0.028 0.020 0.012 0.012 0.013 0.092 0.007 0.001 0.011 0.559 97 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 98 R 0.009 0.006 0.002 0.008 0.010 0.023 0.153 0.001 0.001 0.004 0.783 99 D 0.185 0.010 0.003 0.009 0.007 0.013 0.093 0.001 0.001 0.009 0.670 100 S 0.131 0.054 0.004 0.008 0.010 0.015 0.131 0.001 0.001 0.004 0.642 101 A 0.049 0.050 0.004 0.008 0.011 0.013 0.262 0.001 0.001 0.004 0.597 102 A 0.055 0.092 0.002 0.010 0.009 0.018 0.375 0.002 0.001 0.004 0.434 103 E 0.155 0.401 0.002 0.011 0.022 0.033 0.098 0.003 0.001 0.003 0.271 104 K 0.081 0.658 0.002 0.007 0.016 0.019 0.026 0.003 0.001 0.002 0.186 105 S 0.057 0.725 0.015 0.006 0.011 0.013 0.045 0.006 0.001 0.002 0.121 106 T 0.044 0.802 0.013 0.006 0.009 0.019 0.016 0.006 0.001 0.002 0.083 107 G 0.082 0.631 0.013 0.011 0.013 0.025 0.024 0.013 0.001 0.003 0.186 108 S 0.070 0.443 0.032 0.010 0.009 0.007 0.135 0.007 0.001 0.004 0.283 109 I 0.150 0.529 0.049 0.023 0.009 0.013 0.050 0.011 0.001 0.005 0.161 110 L 0.085 0.769 0.007 0.011 0.004 0.018 0.021 0.010 0.001 0.001 0.073 111 D 0.028 0.782 0.004 0.008 0.004 0.007 0.041 0.009 0.001 0.001 0.115 112 D 0.097 0.688 0.002 0.004 0.001 0.002 0.015 0.031 0.001 0.002 0.159 113 I 0.183 0.694 0.008 0.003 0.001 0.003 0.011 0.049 0.001 0.002 0.045 114 G 0.110 0.661 0.046 0.010 0.003 0.010 0.061 0.017 0.001 0.002 0.080 115 S 0.076 0.432 0.054 0.017 0.009 0.011 0.139 0.014 0.001 0.004 0.243 116 M 0.286 0.357 0.047 0.022 0.002 0.005 0.029 0.017 0.001 0.006 0.230 117 F 0.104 0.421 0.020 0.016 0.003 0.010 0.200 0.019 0.001 0.002 0.204 118 D 0.045 0.409 0.012 0.013 0.008 0.009 0.191 0.004 0.001 0.003 0.305 119 D 0.029 0.507 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 0.004 0.001 0.001 0.414 120 L 0.043 0.636 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.015 0.001 0.001 0.165 121 A 0.062 0.805 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.008 0.001 0.001 0.065 122 D 0.046 0.835 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.009 0.001 0.001 0.073 123 Q 0.136 0.754 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.084 124 L 0.011 0.943 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.029 125 D 0.015 0.884 0.009 0.002 0.002 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.072 126 A 0.007 0.953 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.028 127 M 0.051 0.879 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.001 0.001 0.040 128 L 0.080 0.857 0.005 0.002 0.001 0.002 0.006 0.016 0.001 0.001 0.031 129 E 0.090 0.682 0.029 0.005 0.004 0.006 0.013 0.030 0.001 0.001 0.141