# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.3477 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.179 0.007 0.715 0.012 0.003 0.022 0.001 0.001 0.004 0.001 0.057 2 A 0.278 0.135 0.373 0.123 0.024 0.037 0.009 0.003 0.014 0.001 0.002 3 R 0.201 0.237 0.276 0.180 0.036 0.034 0.011 0.003 0.015 0.002 0.003 4 Q 0.036 0.195 0.525 0.021 0.048 0.026 0.016 0.001 0.124 0.006 0.002 5 P 0.106 0.014 0.790 0.007 0.006 0.013 0.001 0.001 0.032 0.005 0.027 6 P 0.339 0.006 0.559 0.039 0.004 0.024 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 7 A 0.304 0.171 0.318 0.133 0.021 0.025 0.006 0.004 0.014 0.001 0.003 8 A 0.165 0.213 0.431 0.079 0.039 0.032 0.009 0.002 0.024 0.003 0.003 9 L 0.173 0.181 0.468 0.088 0.024 0.034 0.007 0.001 0.019 0.001 0.005 10 A 0.163 0.264 0.318 0.129 0.032 0.054 0.013 0.002 0.016 0.002 0.008 11 K 0.030 0.346 0.471 0.015 0.035 0.021 0.008 0.001 0.066 0.004 0.002 12 P 0.015 0.029 0.869 0.003 0.004 0.018 0.001 0.001 0.041 0.002 0.019 13 P 0.096 0.006 0.830 0.020 0.002 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 14 G 0.063 0.126 0.220 0.115 0.106 0.041 0.029 0.259 0.008 0.031 0.002 15 T 0.020 0.368 0.494 0.013 0.048 0.012 0.003 0.001 0.038 0.003 0.001 16 P 0.024 0.027 0.872 0.003 0.006 0.026 0.001 0.001 0.029 0.001 0.011 17 P 0.284 0.019 0.592 0.032 0.010 0.027 0.001 0.001 0.008 0.001 0.025 18 S 0.197 0.273 0.294 0.102 0.056 0.036 0.007 0.004 0.026 0.002 0.004 19 L 0.121 0.293 0.355 0.138 0.040 0.018 0.012 0.002 0.019 0.001 0.002 20 G 0.084 0.116 0.220 0.060 0.239 0.039 0.060 0.076 0.020 0.085 0.002 21 A 0.177 0.251 0.309 0.148 0.051 0.030 0.007 0.003 0.014 0.004 0.005 22 S 0.024 0.243 0.411 0.013 0.072 0.017 0.009 0.001 0.192 0.016 0.001 23 P 0.298 0.008 0.587 0.023 0.005 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.064 24 A 0.188 0.139 0.303 0.227 0.031 0.077 0.011 0.005 0.011 0.001 0.006 25 K 0.021 0.259 0.579 0.010 0.019 0.013 0.003 0.001 0.092 0.002 0.001 26 P 0.032 0.006 0.900 0.003 0.002 0.018 0.001 0.001 0.011 0.001 0.025 27 P 0.349 0.010 0.500 0.063 0.005 0.028 0.002 0.001 0.005 0.002 0.037 28 S 0.063 0.245 0.416 0.027 0.028 0.018 0.005 0.001 0.190 0.005 0.001 29 P 0.204 0.006 0.682 0.031 0.003 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.062 30 G 0.076 0.028 0.120 0.116 0.066 0.031 0.035 0.467 0.005 0.054 0.001 31 A 0.021 0.237 0.610 0.009 0.034 0.009 0.002 0.001 0.072 0.004 0.001 32 P 0.141 0.013 0.750 0.015 0.004 0.027 0.001 0.001 0.004 0.001 0.044 33 A 0.176 0.192 0.393 0.123 0.034 0.052 0.006 0.003 0.015 0.001 0.003 34 L 0.139 0.392 0.289 0.074 0.051 0.023 0.006 0.001 0.022 0.001 0.003 35 H 0.099 0.191 0.429 0.105 0.041 0.083 0.021 0.002 0.019 0.002 0.008 36 V 0.014 0.316 0.380 0.006 0.024 0.011 0.003 0.001 0.242 0.002 0.001 37 P 0.128 0.004 0.746 0.009 0.002 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.091 38 A 0.198 0.194 0.296 0.198 0.026 0.052 0.010 0.007 0.014 0.001 0.004 39 K 0.032 0.199 0.601 0.013 0.033 0.015 0.005 0.001 0.093 0.006 0.001 40 P 0.075 0.007 0.852 0.004 0.004 0.014 0.001 0.001 0.019 0.002 0.020 41 P 0.364 0.007 0.535 0.035 0.004 0.029 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 42 R 0.559 0.084 0.238 0.072 0.013 0.017 0.003 0.002 0.011 0.001 0.002 43 A 0.515 0.091 0.215 0.115 0.021 0.021 0.007 0.001 0.010 0.001 0.002 44 A 0.378 0.141 0.245 0.121 0.042 0.031 0.010 0.001 0.028 0.001 0.001 45 A 0.399 0.145 0.301 0.065 0.024 0.027 0.008 0.001 0.025 0.002 0.002 46 A 0.437 0.118 0.313 0.057 0.021 0.027 0.006 0.001 0.017 0.001 0.003 47 A 0.477 0.109 0.247 0.095 0.022 0.025 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 48 A 0.367 0.139 0.285 0.088 0.042 0.032 0.014 0.002 0.029 0.003 0.001 49 A 0.480 0.111 0.237 0.097 0.022 0.022 0.010 0.001 0.015 0.002 0.003 50 A 0.316 0.151 0.282 0.129 0.040 0.032 0.016 0.003 0.027 0.003 0.002 51 A 0.257 0.178 0.345 0.129 0.028 0.029 0.011 0.001 0.018 0.001 0.003 52 A 0.186 0.257 0.285 0.149 0.032 0.047 0.017 0.003 0.017 0.002 0.005 53 A 0.025 0.258 0.541 0.014 0.027 0.019 0.008 0.001 0.101 0.004 0.002 54 P 0.032 0.011 0.892 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.026 0.001 0.020 55 P 0.142 0.006 0.674 0.047 0.003 0.046 0.001 0.001 0.003 0.001 0.076 56 A 0.018 0.425 0.352 0.014 0.024 0.011 0.003 0.002 0.150 0.001 0.001 57 P 0.025 0.007 0.911 0.003 0.004 0.016 0.001 0.001 0.010 0.001 0.023 58 P 0.242 0.039 0.567 0.065 0.013 0.028 0.002 0.001 0.014 0.001 0.028 59 E 0.130 0.201 0.283 0.209 0.076 0.019 0.032 0.023 0.015 0.010 0.002 60 G 0.048 0.049 0.141 0.106 0.200 0.026 0.097 0.170 0.010 0.151 0.001 61 A 0.117 0.195 0.386 0.124 0.089 0.033 0.013 0.009 0.018 0.014 0.002 62 S 0.045 0.233 0.503 0.014 0.032 0.031 0.005 0.001 0.127 0.009 0.002 63 P 0.287 0.014 0.589 0.042 0.007 0.017 0.002 0.001 0.003 0.001 0.037 64 G 0.277 0.052 0.151 0.075 0.108 0.027 0.029 0.203 0.010 0.067 0.001 65 D 0.517 0.073 0.246 0.086 0.033 0.024 0.007 0.001 0.010 0.003 0.001 66 S 0.624 0.081 0.135 0.084 0.029 0.018 0.010 0.002 0.014 0.002 0.001 67 A 0.830 0.041 0.056 0.046 0.010 0.007 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 68 R 0.749 0.067 0.054 0.091 0.016 0.009 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 69 Q 0.617 0.114 0.128 0.079 0.024 0.012 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 70 K 0.389 0.145 0.280 0.072 0.028 0.035 0.011 0.001 0.037 0.001 0.001 71 L 0.694 0.043 0.174 0.049 0.010 0.016 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 72 E 0.748 0.054 0.072 0.083 0.014 0.013 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 73 E 0.552 0.062 0.125 0.176 0.021 0.030 0.020 0.002 0.011 0.001 0.001 74 T 0.512 0.103 0.154 0.124 0.022 0.046 0.015 0.002 0.021 0.001 0.001 75 S 0.840 0.031 0.070 0.020 0.008 0.020 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 76 A 0.977 0.005 0.005 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 C 0.986 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.995 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 Q 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.969 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 V 0.957 0.006 0.005 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 E 0.956 0.005 0.012 0.019 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 87 E 0.925 0.010 0.017 0.041 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 88 K 0.735 0.045 0.087 0.090 0.010 0.016 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 89 I 0.546 0.115 0.167 0.105 0.018 0.022 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 90 R 0.418 0.187 0.195 0.092 0.030 0.037 0.015 0.001 0.024 0.001 0.001 91 Q 0.521 0.115 0.208 0.065 0.031 0.029 0.008 0.001 0.019 0.002 0.001 92 E 0.685 0.053 0.113 0.104 0.013 0.015 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 93 D 0.318 0.084 0.179 0.245 0.037 0.046 0.043 0.005 0.037 0.006 0.001 94 A 0.649 0.048 0.150 0.086 0.011 0.016 0.022 0.002 0.011 0.002 0.004 95 Q 0.169 0.062 0.143 0.531 0.012 0.017 0.049 0.004 0.009 0.002 0.001 96 G 0.022 0.039 0.260 0.010 0.088 0.013 0.089 0.082 0.120 0.276 0.001 97 P 0.292 0.009 0.613 0.030 0.004 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 98 R 0.239 0.187 0.297 0.163 0.030 0.045 0.011 0.007 0.017 0.003 0.001 99 D 0.215 0.145 0.373 0.092 0.069 0.051 0.016 0.004 0.027 0.007 0.002 100 S 0.565 0.096 0.176 0.084 0.037 0.018 0.007 0.001 0.013 0.001 0.002 101 A 0.688 0.094 0.107 0.056 0.023 0.014 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 102 A 0.574 0.159 0.115 0.077 0.034 0.017 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 103 E 0.402 0.220 0.214 0.063 0.034 0.027 0.006 0.001 0.032 0.001 0.001 104 K 0.413 0.213 0.244 0.053 0.028 0.020 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 105 S 0.555 0.102 0.129 0.069 0.068 0.028 0.017 0.005 0.018 0.007 0.001 106 T 0.431 0.086 0.121 0.292 0.027 0.010 0.019 0.001 0.010 0.001 0.001 107 G 0.234 0.023 0.053 0.045 0.123 0.009 0.103 0.268 0.006 0.137 0.001 108 S 0.366 0.214 0.200 0.101 0.055 0.037 0.009 0.002 0.012 0.002 0.001 109 I 0.647 0.118 0.136 0.047 0.013 0.028 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 110 L 0.853 0.036 0.042 0.038 0.010 0.011 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 111 D 0.859 0.009 0.022 0.068 0.012 0.007 0.015 0.002 0.003 0.002 0.001 112 D 0.798 0.017 0.027 0.113 0.011 0.011 0.011 0.002 0.009 0.001 0.001 113 I 0.870 0.022 0.039 0.056 0.003 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 114 G 0.919 0.006 0.010 0.025 0.015 0.003 0.011 0.005 0.002 0.005 0.001 115 S 0.812 0.011 0.018 0.138 0.007 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 116 M 0.730 0.025 0.033 0.169 0.013 0.012 0.009 0.002 0.007 0.001 0.001 117 F 0.833 0.037 0.036 0.050 0.009 0.017 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 118 D 0.945 0.004 0.010 0.029 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 119 D 0.888 0.004 0.008 0.085 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 120 L 0.972 0.003 0.005 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 121 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 D 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 L 0.992 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 D 0.989 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 A 0.730 0.007 0.005 0.250 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 127 M 0.713 0.036 0.080 0.115 0.013 0.009 0.012 0.001 0.020 0.001 0.001 128 L 0.653 0.052 0.160 0.098 0.004 0.021 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 129 E 0.590 0.032 0.115 0.173 0.008 0.035 0.037 0.002 0.008 0.001 0.001