# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.3477 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.766 0.184 0.033 0.012 0.004 0.001 0.001 2 A 0.772 0.177 0.036 0.012 0.002 0.001 0.001 3 R 0.580 0.248 0.117 0.045 0.008 0.001 0.001 4 Q 0.636 0.260 0.077 0.023 0.004 0.001 0.001 5 P 0.459 0.231 0.165 0.102 0.037 0.006 0.001 6 P 0.546 0.294 0.105 0.041 0.012 0.003 0.001 7 A 0.304 0.234 0.206 0.165 0.072 0.018 0.001 8 A 0.354 0.321 0.178 0.096 0.040 0.010 0.001 9 L 0.158 0.184 0.227 0.225 0.142 0.059 0.005 10 A 0.186 0.166 0.182 0.208 0.178 0.072 0.007 11 K 0.334 0.305 0.185 0.106 0.050 0.017 0.001 12 P 0.337 0.255 0.180 0.136 0.067 0.023 0.002 13 P 0.360 0.253 0.175 0.122 0.065 0.022 0.002 14 G 0.355 0.237 0.175 0.137 0.069 0.025 0.002 15 T 0.396 0.254 0.169 0.107 0.053 0.019 0.002 16 P 0.406 0.248 0.162 0.116 0.050 0.017 0.002 17 P 0.489 0.256 0.130 0.077 0.036 0.011 0.001 18 S 0.433 0.290 0.142 0.085 0.037 0.013 0.001 19 L 0.193 0.182 0.213 0.212 0.140 0.055 0.005 20 G 0.202 0.211 0.207 0.197 0.128 0.052 0.004 21 A 0.288 0.251 0.206 0.148 0.076 0.028 0.002 22 S 0.377 0.254 0.165 0.119 0.062 0.021 0.002 23 P 0.440 0.263 0.148 0.092 0.041 0.015 0.002 24 A 0.343 0.223 0.174 0.147 0.081 0.029 0.003 25 K 0.340 0.289 0.188 0.113 0.048 0.019 0.002 26 P 0.242 0.172 0.178 0.198 0.141 0.062 0.006 27 P 0.377 0.296 0.162 0.096 0.048 0.019 0.002 28 S 0.300 0.195 0.173 0.172 0.107 0.047 0.005 29 P 0.407 0.258 0.159 0.099 0.054 0.020 0.002 30 G 0.371 0.279 0.161 0.110 0.054 0.023 0.003 31 A 0.259 0.194 0.193 0.178 0.117 0.052 0.007 32 P 0.315 0.254 0.174 0.135 0.081 0.036 0.004 33 A 0.293 0.240 0.184 0.144 0.090 0.043 0.006 34 L 0.173 0.168 0.203 0.217 0.162 0.069 0.007 35 H 0.262 0.297 0.200 0.134 0.075 0.030 0.003 36 V 0.155 0.153 0.185 0.232 0.188 0.080 0.006 37 P 0.322 0.269 0.189 0.128 0.069 0.022 0.001 38 A 0.417 0.269 0.159 0.102 0.042 0.011 0.001 39 K 0.484 0.286 0.132 0.066 0.025 0.006 0.001 40 P 0.377 0.240 0.172 0.136 0.058 0.016 0.001 41 P 0.497 0.265 0.133 0.068 0.029 0.008 0.001 42 R 0.438 0.272 0.166 0.089 0.027 0.008 0.001 43 A 0.344 0.237 0.187 0.139 0.071 0.021 0.002 44 A 0.278 0.259 0.202 0.156 0.073 0.028 0.002 45 A 0.229 0.198 0.187 0.185 0.135 0.060 0.006 46 A 0.244 0.254 0.206 0.163 0.087 0.041 0.004 47 A 0.183 0.165 0.181 0.201 0.167 0.090 0.012 48 A 0.218 0.222 0.196 0.177 0.120 0.059 0.008 49 A 0.274 0.220 0.185 0.161 0.105 0.047 0.007 50 A 0.344 0.268 0.177 0.119 0.061 0.026 0.004 51 A 0.294 0.247 0.179 0.147 0.087 0.041 0.006 52 A 0.190 0.172 0.187 0.210 0.153 0.077 0.011 53 A 0.262 0.257 0.187 0.150 0.092 0.046 0.006 54 P 0.190 0.189 0.189 0.199 0.146 0.077 0.010 55 P 0.196 0.191 0.183 0.191 0.153 0.077 0.009 56 A 0.213 0.229 0.204 0.177 0.117 0.054 0.006 57 P 0.243 0.221 0.191 0.175 0.113 0.050 0.006 58 P 0.336 0.236 0.181 0.141 0.074 0.029 0.003 59 E 0.484 0.256 0.132 0.079 0.034 0.013 0.002 60 G 0.393 0.247 0.165 0.118 0.053 0.022 0.002 61 A 0.301 0.201 0.182 0.162 0.104 0.045 0.004 62 S 0.294 0.254 0.197 0.146 0.071 0.034 0.003 63 P 0.304 0.197 0.178 0.169 0.101 0.045 0.005 64 G 0.494 0.255 0.132 0.073 0.033 0.012 0.001 65 D 0.574 0.272 0.094 0.040 0.015 0.005 0.001 66 S 0.289 0.225 0.201 0.168 0.083 0.030 0.004 67 A 0.158 0.182 0.192 0.217 0.170 0.074 0.007 68 R 0.179 0.254 0.244 0.190 0.095 0.036 0.002 69 Q 0.317 0.295 0.178 0.125 0.064 0.019 0.001 70 K 0.153 0.259 0.257 0.203 0.097 0.030 0.002 71 L 0.074 0.077 0.150 0.281 0.285 0.123 0.009 72 E 0.320 0.321 0.187 0.107 0.051 0.013 0.001 73 E 0.411 0.324 0.149 0.078 0.029 0.009 0.001 74 T 0.259 0.231 0.195 0.178 0.095 0.038 0.004 75 S 0.239 0.238 0.211 0.167 0.095 0.045 0.005 76 A 0.141 0.177 0.240 0.231 0.136 0.063 0.011 77 C 0.074 0.086 0.153 0.196 0.229 0.194 0.068 78 L 0.027 0.044 0.063 0.116 0.239 0.385 0.125 79 A 0.099 0.252 0.282 0.210 0.103 0.045 0.008 80 A 0.027 0.075 0.137 0.269 0.270 0.184 0.038 81 A 0.012 0.038 0.082 0.164 0.265 0.362 0.077 82 L 0.012 0.027 0.063 0.188 0.336 0.330 0.044 83 Q 0.160 0.452 0.229 0.092 0.050 0.015 0.001 84 A 0.031 0.082 0.164 0.321 0.261 0.127 0.014 85 V 0.019 0.038 0.083 0.156 0.330 0.340 0.035 86 E 0.105 0.225 0.261 0.264 0.120 0.024 0.001 87 E 0.518 0.413 0.049 0.013 0.006 0.001 0.001 88 K 0.091 0.263 0.325 0.248 0.062 0.010 0.001 89 I 0.039 0.060 0.180 0.305 0.346 0.070 0.001 90 R 0.267 0.405 0.227 0.076 0.023 0.002 0.001 91 Q 0.523 0.332 0.103 0.034 0.007 0.001 0.001 92 E 0.564 0.309 0.086 0.033 0.007 0.001 0.001 93 D 0.562 0.277 0.111 0.042 0.006 0.001 0.001 94 A 0.559 0.228 0.147 0.054 0.011 0.001 0.001 95 Q 0.760 0.202 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 96 G 0.657 0.236 0.074 0.027 0.005 0.001 0.001 97 P 0.595 0.235 0.111 0.047 0.011 0.001 0.001 98 R 0.681 0.223 0.069 0.021 0.005 0.001 0.001 99 D 0.654 0.244 0.072 0.023 0.006 0.001 0.001 100 S 0.419 0.265 0.168 0.101 0.038 0.008 0.001 101 A 0.280 0.234 0.228 0.165 0.070 0.021 0.001 102 A 0.390 0.293 0.172 0.091 0.039 0.013 0.001 103 E 0.330 0.272 0.186 0.129 0.061 0.021 0.002 104 K 0.120 0.186 0.233 0.231 0.157 0.067 0.008 105 S 0.072 0.096 0.134 0.215 0.236 0.206 0.041 106 T 0.072 0.119 0.178 0.240 0.210 0.155 0.026 107 G 0.213 0.241 0.197 0.166 0.108 0.065 0.011 108 S 0.139 0.184 0.187 0.197 0.165 0.098 0.028 109 I 0.038 0.040 0.056 0.116 0.206 0.358 0.186 110 L 0.057 0.069 0.117 0.195 0.231 0.237 0.093 111 D 0.244 0.268 0.180 0.129 0.091 0.066 0.022 112 D 0.116 0.113 0.141 0.209 0.195 0.155 0.072 113 I 0.075 0.052 0.052 0.088 0.176 0.346 0.210 114 G 0.298 0.198 0.130 0.124 0.109 0.093 0.048 115 S 0.365 0.203 0.119 0.112 0.081 0.075 0.045 116 M 0.146 0.103 0.091 0.133 0.172 0.232 0.123 117 F 0.152 0.109 0.102 0.130 0.185 0.212 0.110 118 D 0.310 0.213 0.147 0.126 0.098 0.070 0.036 119 D 0.243 0.158 0.142 0.146 0.131 0.110 0.070 120 L 0.114 0.077 0.081 0.123 0.171 0.262 0.173 121 A 0.200 0.153 0.144 0.149 0.163 0.138 0.053 122 D 0.207 0.228 0.189 0.167 0.108 0.073 0.028 123 Q 0.066 0.048 0.077 0.147 0.196 0.300 0.166 124 L 0.071 0.066 0.082 0.145 0.262 0.292 0.082 125 D 0.394 0.343 0.141 0.063 0.039 0.017 0.002 126 A 0.190 0.202 0.189 0.224 0.120 0.064 0.010 127 M 0.157 0.109 0.153 0.198 0.190 0.167 0.025 128 L 0.315 0.169 0.196 0.201 0.090 0.026 0.003 129 E 0.836 0.149 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001